AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_sum_all037_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253783
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1946	59	hypothetical protein
#1	PAB1901	49	PAB1901
#2	PAB1900	300	hypothetical protein
#3	PAB0521	209	hypothetical protein
#4	PAB2390	65	PAB2390
#5	PAB0830	255	PAB0830
#6	PAB1173	300	PAB1173

Motif 1
AGGGGAGTAAGTGGAGTCATCATTGGACTATAGC	2	259	1
TTTAAGTTCGTTTCGGTTCTCTTTCGCAAGTTCA	3	75	0
TTTTAAATAGTTTTTGCTAAGTTGAGATTAAATT	3	149	0
ACATTCCTGGTTTAAGGGATTTTTAAATAGTTTT	3	169	0
 GATTTGAAGTTGGGGATAGCTTTTATAACGCTT	4	42	0
TTTTATTAAATTTTTGTTATTTTTATTTTGCACC	5	10	1
TAACTTCTTATTTAAGTCAAAATTGGAATTCTCA	5	56	0
TTAATCTCATTTATTGTTAAAATTTAACTTCTTA	5	80	0
GAGATTAATTTTTTAGTTATAATTGTTGAGATAA	5	106	1
AGTTATAATTGTTGAGATAAAATTTATTTTTAAT	5	120	1
TTACTTTTAATTTAAGTTATATTTTTCAAATTAA	5	149	0
CGGTTAGATTGTTTCGCTATAATTCGATAGAATT	6	45	0
AAACCGTTATTTAATGGTAGTTTTTGAAATATCT	6	89	1
GTTCTAGCCGGTTATGTCATGTTTTATTCGGGTT	6	144	1
AATTCCCTAATTTAAGGTAATATTTTCCGCGTTT	6	226	1
CGCGTTTTGATTTGGGTCAGCTTTTTAAATGGGC	6	253	1
          ***  * *** ***
MAP Score: 14.686

Motif 2
ATGCCATTGTTTTTAAAATCAGTTGCACATGATTA	0	13	0
AGAACATGACTTTAAATCTAGGTTTGAACTTGCGA	3	51	1
TTAATAGCTTTTTAAGTTCGTTTCGGTTCTCTTTC	3	84	0
TTAAGGGATTTTTAAATAGTTTTTGCTAAGTTGAG	3	157	0
          TTTTATTAAATTTTTGTTATTTTTA	5	0	1
TAACTTCTTATTTAAGTCAAAATTGGAATTCTCAA	5	55	0
GAGATTAATTTTTTAGTTATAATTGTTGAGATAAA	5	106	1
TATTTTTCAAATTAAAAATAAATTTTATCTCAACA	5	129	0
TTACTTTTAATTTAAGTTATATTTTTCAAATTAAA	5	148	0
ATACGTTGGATTTAAAAGACCATTGCATAAATGCA	5	223	1
AAAAACTACCATTAAATAACGGTTTAATAGAAAAA	6	79	0
TTATGTCATGTTTTATTCGGGTTTTATCTGTTGAA	6	155	1
AATTCCCTAATTTAAGGTAATATTTTCCGCGTTTT	6	226	1
GGGTCAGCTTTTTAAATGGGCCTTTAGAGTAGGTA	6	266	1
          *******     ***
MAP Score: 10.5906

Motif 3
    CAATGACCCCCAGGAAAATGTAGAAG	1	33	0
TGCTTGACATAAACAAGGAACTTGGAAAAC	2	161	1
GAACTTGGAAAACCCAGGAACGGAATCTTC	2	178	1
GGATAAACAGCATCAAGGAGGCCATAACAG	2	209	1
TCAGACCGAATCCCCAGGTATCAATCCACC	3	12	1
GGTATCAATCCACCTAGGAAGAAAGAACAT	3	28	1
AAAATCCCTTAAACCAGGAATGTAGAGAGG	3	180	1
CTCAATTTTACACCAAGGTGCAAAATAAAA	5	30	0
AGAACCAAAACATCCAGGAAAGGTCTAGAT	6	119	0
          **********
MAP Score: 10.2776

Motif 4
GTCGTTTCTTTTACGGATCCCAGGGAAACCGCGCTATCCGATG	2	55	1
GAAACCGCGCTATCCGATGAGAGGGAAAAGGCAATTATGGAAA	2	79	1
AAAAGCATAATTACATAATTAAAGAATTAAGTGAGTTTGAAGT	2	119	1
TTGAAGTGCTTGACATAAACAAGGAACTTGGAAAACCCAGGAA	2	155	1
CAGGTAGGATTGCCAAAGAAAGGGGAGTAAGTGGAGTCATCAT	2	239	1
TATTTAAAAATCCCTTAAACCAGGAATGTAGAGAGGTGGAAAA	3	174	1
  TAAGAATATAACTTAGCTGAGTAATCCTGGGAAAGCGTTAT	4	8	1
CGGAAAATATTACCTTAAATTAGGGAATTTTAAGTAACGAAGC	6	212	0
          *  *  *    *****    * *
MAP Score: 8.02231

Motif 5
AAATTTTGAGGGATTCAAATGATCGGCGTCGTTTCT	2	28	1
GGATAGCGCGGTTTCCCTGGGATCCGTAAAAGAAAC	2	58	0
GGGAAACCGCGCTATCCGATGAGAGGGAAAAGGCAA	2	77	1
AAGGAACTTGGAAAACCCAGGAACGGAATCTTCGGG	2	175	1
CAGCAGGTAGGATTGCCAAAGAAAGGGGAGTAAGTG	2	236	1
TAGGTGGATTGATACCTGGGGATTCGGTCTGAAA  	3	8	0
ACTTAGCTGAGTAATCCTGGGAAAGCGTTATAAAAG	4	20	1
          * ** ** * **  **
MAP Score: 2.24066

Motif 6
ACTGATTTTAAAAACAATGGCATAATTCCTAAGAGGGATGC	0	25	1
AAGCTAATAGAAAAATTTTGAGGGATTCAAATGATCGGCGT	2	16	1
GAAGCCCTAAAGAAGTTATAAGGAAATTTAATCTCAACTTA	3	125	1
AAAGCGTTATAAAAGCTATCCCCAACTTCAAATC       	4	41	1
AAGGTGCAAAATAAAAATAACAAAAATTTAATAAAA     	5	5	0
ATTTTGACTTAAATAAGAAGTTAAATTTTAACAATAAATGA	5	67	1
AATTTTAACAATAAATGAGATTAATTTTTTAGTTATAATTG	5	90	1
TTGTTGAGATAAAATTTATTTTTAATTTGAAAAATATAACT	5	128	1
AATATAACTTAAATTAAAAGTAAAAATTGAAGGATTTTCAC	5	160	1
GTGCATTTATGCAATGGTCTTTTAAATCCAACGTATCTACT	5	218	0
AGGCCCATTTAAAAAGCTGACCCAAATCAAAACGCGGAAAA	6	248	0
          * **   *     ** ** **
MAP Score: 1.9531

Motif 7
GGAAGCCCTAAAGAAGTTATAAGGAAATTTA	3	124	1
AGGGATTTTTAAATAGTTTTTGCTAAGTTGA	3	158	0
TAATCCTGGGAAAGCGTTATAAAAGCTATCC	4	31	1
ATTGTTGAGATAAAATTTATTTTTAATTTGA	5	127	1
TCACTACAGTAAATAGTTATTAGTAGATACG	5	197	1
CGAAACAATCTAACCGTTTTTCTATTAAACC	6	63	1
TTTTTCTATTAAACCGTTATTTAATGGTAGT	6	79	1
          *** *******
MAP Score: 0.00153095