AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_sum_all054_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944254227
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0108	121	hypothetical protein
#1	PAB1784	103	PAB1784
#2	hydB-2	148	PAB0638

Motif 1
TGAGTTTAATTCAACTTCAGGTTCGCTAACGACCATTA	0	34	0
TGAAGTTGAATTAAACTCAGGTTGCCAACCGAAGGTTG	0	53	1
TATTGTGCATTCAACCTTCGGTTGGCAACCTGAGTTTA	0	64	0
ATCTCGCTGTTCAACTCTTAACTGGGGAACAAAGATGA	1	35	1
TAGTAGAATGTCAAATTTTAATTGGTGATGTATC    	2	6	0
TTTCATTTTATCAACCCATCGTTGGCAACTAATAGTTG	2	53	1
CCCATCGTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTT	2	67	1
          *****     ****   *
MAP Score: 10.2036

Motif 2
     CCCTATCACCCCACTAAACGTTTATAATGGTCGTTA	0	5	1
AACCTGAGTTTAATTCAACTTCAGGTTCGCTAACGACCATT	0	35	0
TCAACCTTCGGTTGGCAACCTGAGTTTAATTCAACTTCAGG	0	51	0
TATATATTGTGCATTCAACCTTCGGTTGGCAACCTGAGTTT	0	65	0
     TTTTCGGGTTTAAAAACGCTTTTTTATCTCGCTGTT	1	5	1
     GATACATCACCAATTAAAATTTGACATTCTACTACA	2	5	1
TTTGACATTCTACTACAAAACCCTTTTCATTTTATCAACCC	2	29	1
ACAACTATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAG	2	51	0
AAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTTGCCAACGATGGGTT	2	65	0
TAATTAGAATTTTCAAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTT	2	79	0
          *    ****     ***  **
MAP Score: 5.28181

Motif 3
AACGTTTAGTGGGGTGATAGGG        	0	2	0
TTCAACTTCAGGTTCGCTAACGACCATTAT	0	33	0
ACCCAGATGTGTGGCGCAAAGCTTATATAT	0	99	0
     TTTTCGGGTTTAAAAACGCTTTTTT	1	5	1
ACTCTTAACTGGGGAACAAAGATGAGCATC	1	48	1
TGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAGG	2	50	0
GCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTTTG	2	77	1
TTAAAATCTCGTTTTGAAAATTCTAATTAG	2	91	1
CTATTGTTGGGTTTCACTAATTAGAATTTT	2	107	0
GAAAGTATAAGGGGATAGAATT        	2	136	1
          **********
MAP Score: 4.99033