AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_fusions009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944254996
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0285	108	112aa long hypothetical methionyl-tRNA synthetase
#1	PH0636	128	476aa long hypothetical cysteinyl-tRNA synthetase

Motif 1
CTTGCTTTTGGCTTGAGGTTTCATAGTTGCC	1	53	1
GATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTG	0	79	0
    TTCTTATCTATGGTTTTATTAACTTCA	0	6	1
GAATTTACCTTCTTTAGGTATTTAAAGCTTG	1	26	1
CGTCAAGATATTTAAGGGTTTCCTTATCCAC	0	51	1
AGGTAAATTCTTTTTGGTGATGAAGA     	1	5	0
          **** ******
MAP Score: 4.34006

Motif 2
   TTCTTATCTATGGTTTTATTAACTTCA	0	7	1
GTCAAGATATTTAAGGGTTTCCTTATCCAC	0	52	1
TTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGG	0	78	0
ATTTACCTTCTTTAGGTATTTAAAGCTTGC	1	28	1
TGCTTTTGGCTTGAGGTTTCATAGTTGCCA	1	55	1
          **********
MAP Score: 2.77403

Motif 3
   TTCTTATCTATGGTTTTATTAACTTCATGA	0	7	1
GTCAAGATATTTAAGGGTTTCCTTATCCACAAA	0	52	1
AATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCTTTCTA	0	83	1
CTTTAGGTATTTAAAGCTTGCTTTTGGCTTGAG	1	37	1
TTGCTTTTGGCTTGAGGTTTCATAGTTGCCAAA	1	54	1
          *** ** **** *
MAP Score: 2.50867