AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_fusions011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255030
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0209	300	131aa long hypothetical protein
#1	PH0434	185	336aa long hypothetical protein
#2	PH0437	263	367aa long hypothetical protein
#3	PH0438	58	339aa long hypothetical adenylosuccinate synthetase
#4	PH0439	31	255aa long hypothetical competence-damage protein
#5	PH0702	46	364aa long hypothetical translation initiation factor eIF-2 beta chain
#6	PH1136	86	131aa long hypothetical protein

Motif 1
TAGTAAATTTAAAAGTATTAGTAGCAAATTTTT	0	41	0
TTTACTAGTTCATAGTTAGGGAATGGTGAACTA	0	67	1
TGGTGAACTAAATGGTTATGGAATTATCAAAGA	0	90	1
GGAATTATCAAAGATGTACGGGAAGCTGATATA	0	109	1
TTCCTTACGAAAAAGTTACAGCAGTTGGAGATA	0	249	1
TTTAGCTTACAATAGGGAGGGCACTTC      	1	4	0
GAAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTATCA	1	145	0
CTCTTCACCTAATATTTTGAGGAGATCCCTGGT	2	35	0
ATATTAGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTAAG	2	53	1
ACTCCAATCGAAAAGTATGAGGAGTATTATGTG	2	89	1
   CCCTGTCAAAAGGGTAAGCATTTTAAGGTA	3	7	1
 ACTCCTTACCAAAGGGTAAGTAAAGGGGTACC	3	36	0
 CAAAAGAAAAATAGGGATAGGAAATTTAAAG 	4	9	0
        AGAAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTA	5	2	1
GTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGATCTAAATAGG	5	16	1
          ** ***** ** *
MAP Score: 17.3482

Motif 2
CCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAACCTATGA	1	162	1
CTTTAAATTTCCTATCCCTATTTTTCTTTT	4	10	1
TCTCTACCCTCTTTCCCTTAAACTTTTCT 	5	9	0
TACCCCTTTACTTACCCTTTGGTAAGGAGT	3	38	1
CCTTAAAATGCTTACCCTTTTGACAGGG  	3	8	0
GTAAGGAACTCCAACCCTTTCTCCTGGTAG	0	227	0
AGTATTAGAACCTTTCCTTCGCCCTCCTTG	0	193	0
ATTTAGTTCACCATTCCCTAACTATGAACT	0	73	0
AGCAAAAAATCTTTTCCATTCACG      	6	72	1
CAAGCAGAGGCTTATACTTACTCAAGTATC	6	15	1
GCTTCTCTAGCCTTCACATAATACTCCTCA	2	106	0
AAATTTGCTACTAATACTTTTAAATTTACT	0	43	1
ATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTT	1	147	1
CATAATACTCCTCATACTTTTCGATTGGAG	2	90	0
          **********
MAP Score: 12.6292

Motif 3
TATAACACCAGGGGCAAGTACATTGGAAAAGTTGAT	0	140	1
TTCTCCTGGTAGTGCAAGTATTAGAACCTTTCCTTC	0	203	0
TGCACTACCAGGAGAAAGGGTTGGAGTTCCTTACGA	0	223	1
CTTACGAAAAAGTTACAGCAGTTGGAGATATAATTT	0	252	1
  TTGTCATAGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGT	1	161	0
TCAAAATATTAGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTA	2	48	1
AGAGAAGCGGAGTGGAAGCGCCTAAGAAGCTTTACG	2	128	1
CCCTGTCAAAAGGGTAAGCATTTTAAGGTACCCCTT	3	10	1
TCCTTACCAAAGGGTAAGTAAAGGGGTACCTTAAAA	3	30	0
     AGAAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGATC	5	5	1
          ** * *** *   ***
MAP Score: 10.504

Motif 4
TGATAATTCCATAACCATTTAGTTCACCATTC	0	87	0
GTAAGGAACTCCAACCCTTTCTCCTGGTAGTG	0	225	0
CTCCAGTTATACTACTCTCTGTAGGTTATCTT	1	42	1
GGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTC	1	65	1
AGAATAAATTAAAACCTTCTGTGATAAAGTCA	1	124	1
ATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCC	1	147	1
CTATTGAGAGCAAACCTTATATTATATACCAT	2	216	1
CCTTAAAATGCTTACCCTTTTGACAGGG    	3	6	0
TACCCCTTTACTTACCCTTTGGTAAGGAGT  	3	38	1
TTTAAATTTCCTATCCCTATTTTTCTTTTG  	4	11	1
TATTTAGATCTCTACCCTCTTTCCCTTAAACT	5	15	0
CCCATAGGAAAGAACCCTTTATATAGCAAAAA	6	48	1
          * ******** *
MAP Score: 9.90512

Motif 5
TACTAATACTTTTAAATTTACTAGTTCATAGTT	0	51	1
AGGAAAGGTTCTAATACTTGCACTACCAGGAGA	0	205	1
GGGGCTTGGACTAAAATTATATCTCCAACTGCT	0	268	0
CTATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAGTTATACT	1	22	1
TGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGT	1	61	1
AATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCGTTAAATCAA	1	76	1
GAGAGCAAACCTTATATTATATACCATGTAAAT	2	221	1
AAAGGGGTACCTTAAAATGCTTACCCTTTTGAC	3	14	0
         CTTTAAATTTCCTATCCCTATTTT	4	1	1
CAAGCAGAGGCTTATACTTACTCAAGTATCATC	6	15	1
          ****** *  ***
MAP Score: 8.3523

Motif 6
GGAATTATCAAAGATGTACGGGAAGCTGATATATA	0	109	1
AAGTACATTGGAAAAGTTGATGAAATTGTAATTGA	0	155	1
GTAATTGACATCAAGGAGGGCGAAGGAAAGGTTCT	0	182	1
AGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGA	1	153	0
AATATTAGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTAAGG	2	52	1
GACTCCAATCGAAAAGTATGAGGAGTATTATGTGA	2	88	1
GAGTATTATGTGAAGGCTAGAGAAGCGGAGTGGAA	2	110	1
AAGCGGAGTGGAAGCGCCTAAGAAGCTTTACGACA	2	132	1
ACTCCTTACCAAAGGGTAAGTAAAGGGGTACCTTA	3	33	0
AAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGATCTAAATAG	5	13	1
          **** *   * ****
MAP Score: 4.86765

Motif 7
TATAAAAATTTGCTACTAATACTTTTAAATTTACTA	0	38	1
GGCGAAGGAAAGGTTCTAATACTTGCACTACCAGGA	0	200	1
CCCTATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAGTTATACTA	1	20	1
TCTGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTT	1	59	1
TTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAGAAATC	1	115	0
AGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAACC	1	151	1
CGTACTGGGAAGCACTAAATCCCTGCAATGAATAGA	2	176	1
TTGAGAGCAAACCTTATATTATATACCATGTAAATT	2	219	1
GTAAAGGGGTACCTTAAAATGCTTACCCTTTTGACA	3	13	0
CCCTTTATATAGCAAAAAATCTTTTCCATTCACG  	6	62	1
          ****   *** * * *
MAP Score: 4.00785

Motif 8
AAATTTGCTACTAATACTTTTAAATTTACTA	0	43	1
ATTACAATTTCATCAACTTTTCCAATGTACT	0	156	0
AGGAAAGGTTCTAATACTTGCACTACCAGGA	0	205	1
AAAATTATATCTCCAACTGCTGTAACTTTTT	0	258	0
CTATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAGTTATA	1	22	1
TGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAA	1	61	1
CAGGGATCTCCTCAAAATATTAGGTGAAGAG	2	37	1
TAATTCTCTTCTCAAACTCTTCACCTAATAT	2	53	0
CATAATACTCCTCATACTTTTCGATTGGAGT	2	89	0
CTCTAGCCTTCACATAATACTCCTCATACTT	2	101	0
TACTGGGAAGCACTAAATCCCTGCAATGAAT	2	178	1
AAAGGGGTACCTTAAAATGCTTACCCTTTTG	3	16	0
          CTTTAAATTTCCTATCCCTAT	4	0	1
CTTTATATAGCAAAAAATCTTTTCCATTCAC	6	64	1
          ******** **
MAP Score: 3.17451

Motif 9
GGGGCTATTTAAGGAGCCTTGCTTATAAAAATTTGCT	0	15	1
TTTCCAATGTACTTGCCCCTGGTGTTATATATCAGCT	0	132	0
      GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGCTAAAATTA	1	4	1
ATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAGTTATACTACTCTC	1	24	1
TAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCG	1	63	1
TGTAGAATAAATTAAAACCTTCTGTGATAAAGTCAAC	1	121	1
TGATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTT	1	145	1
TACCTTAAAATGCTTACCCTTTTGACAGGG       	3	3	0
AAGCATTTTAAGGTACCCCTTTACTTACCCTTTGGTA	3	25	1
 CTTTAAATTTCCTATCCCTATTTTTCTTTTG     	4	9	1
          AGTTCCACCTATTTAGATCTCTACCCT	5	29	0
TCCCCATAGGAAAGAACCCTTTATATAGCAAAAAATC	6	46	1
          *     **** **** *
MAP Score: 2.62272

Motif 10
          ACAAAGGGGCTATTTAAGGAGCCTTGCTT	0	0	1
TATGGAATTATCAAAGATGTACGGGAAGCTGATATATAA	0	106	1
AATTGACATCAAGGAGGGCGAAGGAAAGGTTCTAATACT	0	184	1
GAGAAACTTTTAAAAGAGGGATTTTAAGATAACCTACAG	1	60	0
CATAGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGAC	1	152	0
AGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTAAGGAGACTCCAAT	2	58	1
TGTGAAGGCTAGAGAAGCGGAGTGGAAGCGCCTAAGAAG	2	118	1
 CCCTGTCAAAAGGGTAAGCATTTTAAGGTACCCCTTTA	3	9	1
   ACTCCTTACCAAAGGGTAAGTAAAGGGGTACCTTAA	3	32	0
AAAGAAAAATAGGGATAGGAAATTTAAAG          	4	0	0
          AGAAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGA	5	0	1
          *  ** * * *    ****
MAP Score: 2.2686

Motif 11
TACTTGCACTACCAGGAGAAAGGGTTGGAGT	0	219	1
AAGTTACAGCAGTTGGAGATATAATTTTAGT	0	261	1
AGAGTAGTATAACTGGAGGTAATTTTAGCTT	1	29	0
CGTTAAATCAAACTGGAGATTTCTGTAGAAT	1	98	1
 TATGTCGATAAGAAGAGAAATCTCTACCAG	2	9	1
TTCACCTAATATTTTGAGGAGATCCCTGGTA	2	34	0
TCCTCAAAATATTAGGTGAAGAGTTTGAGAA	2	45	1
TTAGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTAAGG	2	56	1
CCAATCGAAAAGTATGAGGAGTATTATGTGA	2	92	1
TATGAGGAGTATTATGTGAAGGCTAGAGAAG	2	104	1
          * *********
MAP Score: 1.09846