AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_fusions012_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255061
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0507	300	321aa long hypothetical oligopeptide transport ATP-binding protein AppF
#1	PH0806	85	148aa long hypothetical protein
#2	PH0807	174	597aa long hypothetical oligopeptide binding protein APPA
#3	PH0808	41	323aa long hypothetical oligopeptide transport permease protein APPB
#4	PH0820	221	312aa long hypothetical ATP-binding protein
#5	PH1815	24	284aa long hypothetical cobalt transport ATP-binding protein

Motif 1
ACTCAACTCCTTTTGAATTCTCTCCCGAGAATG	0	93	1
GGGAGAGGCTTCGTGGGATTCCTGGTTACCCGA	0	142	1
CTCCTGAGGGTTGTAGGTTTTATACTCGTTGTC	0	190	1
       GATTTTTAGGTTATCTCTAGAGAATT	1	69	0
        AGTTTTGGACTTTCAATTCGACAAA	2	2	1
TAGGGTTAAATTTTAACATATCACTAATGCAAT	2	49	1
GCATTGAAGATCATAGATTCTCAAGATTGCATT	2	74	0
ACGTACATAGTTTTAAGATTTAAAATTGGGGGT	2	143	1
ATTCATTAGGTTTTGATATGTCATTCGTAAATA	4	21	1
AAGAACAAATTTTTAGATTACCTCTTTGTTATT	4	75	0
TTATCGAAATTCATGGGATCCCAGGAAATGCAA	4	117	1
ATTTTAAGAATTTTGCATTTCCTGGGATCCCAT	4	129	0
AATGCAAAATTCTTAAAATATCTTCACATGAAT	4	143	1
          ******  * ***
MAP Score: 8.95173

Motif 2
TGGAGGAGGTTCTAGAATCTCCAGCTCACCCG	0	58	1
ACTCAACTCCTTTTGAATTCTCTCCCGAGAAT	0	93	1
CCGATTAGTCTCTTGAATCCTCCTGAGGGTTG	0	171	1
        AGTTTTGGACTTTCAATTCGACAA	2	2	1
ATCTTGAGAATCTATGATCTTCAATGCCAAAT	2	80	1
    TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGT	3	6	1
          TCTCTCACCTCCAACAAAGAAA	3	29	0
ATTTTAAGAATTTTGCATTTCCTGGGATCCCA	4	130	0
CCTTCGGGTATTTATTATCCCCGCATAAATTT	4	187	0
          *** * ******
MAP Score: 7.47874

Motif 3
CCATGCTTCCAATCTCAACAACCTTCCCAGCGTAC	0	26	0
TTTTAGGTTATCTCTAGAGAATTTAAGCTTATGGT	1	57	0
TAACCCTATATTTTTGAATAAATTTGTCGAATTGA	2	22	0
TATAGGGTTAAATTTTAACATATCACTAATGCAAT	2	47	1
TCACTAATGCAATCTTGAGAATCTATGATCTTCAA	2	69	1
CGACGTACATAGTTTTAAGATTTAAAATTGGGGGT	2	141	1
        CCTCTCTGAATATTCATTAGGTTTTGA	4	2	1
TATTCAGATCTGTCCAGATAAATTTTATTTACGAA	4	44	0
ACAAAGAGGTAATCTAAAAATTTGTTCTTAGCCCA	4	79	1
GGATCCCATGAATTTCGATAAATCTGGGCTAAGAA	4	103	0
GAAATGCAAAATTCTTAAAATATCTTCACATGAAT	4	141	1
ACATGAATTCAATTTCGAAAAATTTATGCGGGGAT	4	168	1
          * *** ** ** * *
MAP Score: 5.67606

Motif 4
TCAACTCCTTTTGAATTCTCTCCCGAGAAT	0	95	1
GATTAGTCTCTTGAATCCTCCTGAGGGTTG	0	173	1
TACCATAAGCTTAAATTCTCTAGAGATAAC	1	56	1
CCTGAATTAGTTGAAGTTTCCCCAGGGCAT	0	255	1
AAATATAGGGTTAAATTTTAACATATCACT	2	44	1
ACCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTA	2	146	0
TCAAAACCTAATGAATATTCAGAGAGG   	4	7	0
ATCTGTCCAGATAAATTTTATTTACGAATG	4	42	0
AAGCGTATATTTAATTTTTATGGATCGGAA	2	111	0
TTATCCCCGCATAAATTTTTCGAAATTGAA	4	175	0
ATTGAAGATCATAGATTCTCAAGATTGCAT	2	75	0
          **********
MAP Score: 5.17446

Motif 5
      ATAGGGTGATGATTATGTACGCTGGGAAGGTTG	0	4	1
TTATGTACGCTGGGAAGGTTGTTGAGATTGGAAGCATGG	0	22	1
TTGGAAGCATGGAGGAGGTTCTAGAATCTCCAGCTCACC	0	49	1
ATTATAAGAGGGAGAGGCTTCGTGGGATTCCTGGTTACC	0	133	1
CTACAACCCTCAGGAGGATTCAAGAGACTAATCGGGTAA	0	167	0
CTTGAATCCTCCTGAGGGTTGTAGGTTTTATACTCGTTG	0	182	1
CTAATGCAATCTTGAGAATCTATGATCTTCAATGCCAAA	2	72	1
TTTGTTCTTAGCCCAGATTTATCGAAATTCATGGGATCC	4	99	1
GAATTCATGTGAAGATATTTTAAGAATTTTGCATTTCCT	4	139	0
TATTATCCCCGCATAAATTTTTCGAAATTGAATTCATGT	4	168	0
          *  ** * **   **  **
MAP Score: 4.59314

Motif 6
CAGCTCACCCGTACACTCAACTCCTTTTGAATTCTCTCC	0	79	1
ATAGGTTACCATAAGCTTAAATTCTCTAGAGATAACCTA	1	50	1
ACGTCGAAGCGTATATTTAATTTTTATGGATCGGAATTT	2	108	0
CCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTACGTCGAAGCGT	2	135	0
TATGTCATTCGTAAATAAAATTTATCTGGACAGATCTGA	4	37	1
TAACAAAGAGGTAATCTAAAAATTTGTTCTTAGCCCAGA	4	77	1
AGGAAATGCAAAATTCTTAAAATATCTTCACATGAATTC	4	139	1
          * *  ** **  * * * *
MAP Score: 0.150536