AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255323 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0069 52 456aa long hypothetical protein #1 PH0378 56 318aa long hypothetical UDP-glucose 4-epimerase #2 PH0379 133 385aa long hypothetical protein #3 PH0396 58 321aa long hypothetical protein #4 PH0401 222 294aa long hypothetical glycosyl transferase #5 PH0412 99 110aa long hypothetical protein #6 PH0413 47 356aa long hypothetical glucose-1-phosphate thymidylyltransferase #7 PH0421 109 432aa long hypothetical lipopolysaccharide O-side chain biosynthesis protein (O-antigen transpoter) #8 PH0434 185 336aa long hypothetical protein #9 PH1022 300 416aa long hypothetical sugar-phosphate nucleotydyl transferase #10 PH1037 129 142aa long hypothetical protein #11 PH1209 45 259aa long hypothetical protein #12 PH1214 267 441aa long hypothetical cytoplasmic protein #13 PH1217 127 216aa long hypothetical alkyl hydroperoxide reductase #14 PH1218 82 410aa long hypothetical phosphoglycerate kinase #15 PH1515 149 391aa long hypothetical chlorohydrolase #16 PH1617 122 336aa long hypothetical UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase #17 PH1618 246 418aa long hypothetical UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase #18 PH1742 55 306aa long hypothetical UDP-glucose 4-epimerase #19 PH1843 183 310aa long hypothetical protein Motif 1 CCTCCCTACATTTATGTTAGACTGATTTTTAAT 12 235 0 AAATAAGGTTTTTATATTAAACTGTAATTCTAA 15 20 1 TACAGACATTTTTAAATGACACTATGGTGACAT 12 116 1 TCGATAAATTTTTATTTCACACTAGAGTATTAA 6 22 1 TTCATACTCTTTTATCTTCAACTCACCCTCGAC 9 67 1 TCTTCTAGGATTTACATTAAATTTGTCAAAGTT 12 180 0 CACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAGAAATCT 8 114 0 TGGAGGTAATTTTAGCTTACAATAGGGAGGGCA 8 14 0 GCAACGGGACTTTAAATGAAATTCCTCATGATA 4 72 1 ATATAAAAACCTTATTTGAAACTTTGA 15 4 0 TTTGGAAAGTTTTTATTCATACTCTCATAAATT 19 91 1 TTTATGAAATTTTACATCAAAATATGAT 5 81 1 AAAGTTTCTCGTTAAATCAAACTGGAGATTTCT 8 89 1 ATTATCCTTATTTAACTTCTTCTCTAACGGATT 9 237 1 ATGTTAAAAATTTTAGTGCTACTCTTTATCA 3 8 0 TATTTTATCTCCCTCTATCAGGATAT 15 133 0 ATACTTAAAGTTTTTGTTAGAATCTCTTCTAGG 12 204 0 CAGGAGCCCGCTTAATTTATAATTCCCCATACC 12 21 0 GATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTATCACAGAAG 8 139 0 AACCTTCGTTTTTTATTGAAATTTGGTGGTGAA 14 59 1 CTCTCTGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTA 8 56 1 TCCTCCCATATTTTGTTTCCATTATAAACTAAT 13 97 0 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCCCGATACT 9 7 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTACC 13 2 1 CAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAACC 8 154 1 **** *** *** MAP Score: 16.154 Motif 2 TAACCTTTCTGAAAATTTAAAAAA 0 38 1 GAAAGACTGGGAAAACCTTCTAC 2 120 1 AGATAATGTTAAAAATTTTAGTGCTACTCT 3 16 0 AGTGGTTCTCGAAAACCTTAAATATCATTT 5 53 1 CACCTCGCTCAAAAATTTGATGAAATACTT 7 84 0 GATTTAACGAGAAACTTTTAAAAGAGGGAT 8 77 0 TTCTTCCCCTGAAAACTTGATTAACTCCTT 9 115 1 CTAACGGATTGAAAACCTTATAAAGGGGAA 9 260 1 CATAACTCCCAAAACTTTGACAAATTTAAT 12 168 1 AGATTCTAACAAAAACTTTAAGTATTAAAA 12 212 1 GATCATGATCGAAAAGTTTATAAGTTCGAA 13 63 1 AACCTTATTTGAAACTTTGA 15 0 0 AGTTTAATATAAAAACCTTATTTGAAACTT 15 13 0 GGATTAAGCTGAAAATCTTCCAGTTTATGG 17 171 1 GATAGGACAAGAAATCCTTAAAATTAAGCG 17 200 1 CCTAATTATTAAAAATTTGAGGCATTTAAA 18 27 0 ATCAAACATCGAAATCTTTATAAAGGGAAA 19 38 0 GAGTATGAATAAAAACTTTCCAAAGAGGTA 19 85 0 ********** MAP Score: 15.9081 Motif 3 GTAGAAGGTTTTCCCAGTCTT 2 122 0 TCTCTATTGATTTAAGGATAGTGGTTCTCG 5 34 1 TAAAATGATATTTAAGGTTTTCGAGAACCA 5 55 0 GAAGAAGTTAAATAAGGATAATGAGAAGGA 9 229 0 CGTTCCCCTTTATAAGGTTTTCAATCCGTT 9 262 0 AGGGGAACGGTTTAAGGATAACATCAG 9 283 1 GTTGAAAGATTAAAAGTTGCA 11 34 0 TAACAAAAACTTTAAGTATTAAAAATCAGT 12 218 1 CAAAGTTTCAAATAAGGTTTTTATATTAAA 15 11 1 TATCTCCCTCTATCAGGATATCAGCCCTAG 15 124 0 TTTATCAAGTTATAAGGATTCTCACTTGGT 17 36 1 GCAAGCATATTACAAGGATTAAGCTGAAAA 17 156 1 AACGCTTAATTTTAAGGATTTCTTGTCCTA 17 202 0 ATTTTCCCTTTATAAAGATTTCGATGTTTG 19 36 1 ********** MAP Score: 11.317 Motif 4 GTAGGGTTCTTCCCCTGAAAACTTGATTAA 9 109 1 ATGATTCATCCCTCCTGAACCGATGATGAA 12 63 0 ATGATAAATGTCTCCTCATAACTCCCAAAA 12 152 1 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCC 9 3 1 CCGCTCACGATCTCTTCATAGGGCCTTACC 10 106 0 CGGAAGCTCCCTTCATCCTTAATCTTA 0 7 1 TTTATCCCTTTCCCTTCAACCTATGACAA 8 166 1 TAAATTATTTTCCCTTTATAAAGATTTCGA 19 30 1 CTAGGGCTGATATCCTGATAGAGGGAGATA 15 124 1 ATTTCAATATCCTCTTTAAAAGTTATTTTT 4 166 0 TTAAACCGTTCCCCTTTATAAGGTTTTCAA 9 268 0 AAGTTATCCTTCTCATTATCCTTATTTAAC 9 223 1 ATTCCTTATTTACCCTGAAATTAAAAGGAG 17 124 0 CTGATGTTATCCTTAAACCGTTCCCCT 9 283 0 CGAGAACCACTATCCTTAAATCAATAGAGA 5 34 0 CCATCAATACTCCCATGAACGGGATTAGCC 10 72 0 TGGTCTTAAATCTCCTGTACTCCTCCCTAA 9 186 1 AAATGAAATTCCTCATGATATAGTTTTAGC 4 85 1 CATACTCTTTTATCTTCAACTCACCCTCGA 9 69 1 TTTATGGCTATCTCCTTTTAATTTCAGGGT 17 113 1 GCTCCTCCAGCATCTTTATCAAGGTTCTCG 4 198 0 AGCTTATCCTCACCTTCAACTATTCCTGAT 13 36 1 TCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCG 8 70 1 ********** MAP Score: 11.1304 Motif 5 GAATTATAAATTAAGCGGGCTCCTGGGGGACCGCTTCATC 12 29 1 ATCTGACTTGTCAATTCTATTAAAGGGAGGCCTTATCTTA 15 62 1 ATTTTTAAGTTGAAGCAATTACATGGGAGAACGTAAACAT 4 132 0 AAAAATCAGTCTAACATAAATGTAGGGAGGCGACTAACA 12 238 1 ATTTGAGGCATTTAAACGATTTCGGGGAGGGTA 18 3 0 TTTAAAGGAGTTAATCAAGTTTTCAGGGGAAGAACCCTAC 9 109 0 CATACTCTCATAAATTTACATCGAAGGGGAAATCTCTAAA 19 108 1 TGGAGGTAATTTTAGCTTACAATAGGGAGGGCACTTC 8 7 0 TCTAACGGATTGAAAACCTTATAAAGGGGAACGGTTTAAG 9 259 1 AGCGTTAGTCTAATCTTGCCAGGTGGGAGA 17 226 1 TAGTTTATAATGGAAACAAAATATGGGAGGAGATCGAA 13 99 1 ATAATTTATCCCAACTTTCCATACAGGAGGGTACAGTAG 19 154 1 TGCGAGAACCTTGATAAAGATGCTGGAGGAGCGGGA 4 196 1 AGAAGGATAACTTATGTCACTTAGGGAGGAGTACAGGAGA 9 196 0 TTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAGAGATTCTAACA 12 183 1 GGGGACCGCTTCATCATCGGTTCAGGAGGGATGAATCATG 12 54 1 AACTAGGGCTGATATCCTGATAGAGGGAGATAAAATA 15 122 1 AATAGCCTGGCTAATCCCGTTCATGGGAGTATTGATGGCA 10 64 1 GATTTCTTGTCCTATCCATAAACTGGAAGATTTTCAGCTT 17 176 0 TTTGTCAAAGTTTTGGGAGTTATGAGGAGACATTTATCAT 12 152 0 AGGTTAAGAATATTATGCCAATATAGGGGAAGATAAGAAT 14 24 0 CTGGATACCGCTATGGGGCATTAAAGAAGACGCTTGAGGT 4 24 1 * ** * ****** MAP Score: 11.0841 Motif 6 TACCCTCCCCGAAATCGTTTAAATGC 18 6 1 AGGGTTCTTCCCCTGAAAACTTGATTAACT 9 111 1 TCCAGGAAGGCCCTTATAACTGGAGAGAGC 16 50 0 CTGATGTTATCCTTAAACCGTTCCCCTTT 9 281 0 ACTGGTTCCCTCAAATCTTGTACTTCT 5 7 1 AGAACCACTATCCTTAAATCAATAGAGAAG 5 32 0 GGATATCCCTTAACCCACTAGACCTT 1 40 0 TCCTTATTTACCCTGAAATTAAAAGGAGAT 17 122 0 CAAGTGAGAATCCTTATAACTTGATAAATT 17 34 0 TTATCCCTTTCCCTTCAACCTATGACAA 8 167 1 TTCTTATCTTCCCCTATATTGGCATAATAT 14 25 1 ATCTTAATTTCCCCGATACTTTCCAAGAAT 9 20 1 AATTTATAATTCCCCATACCCATAACATTA 12 11 0 GATAAATGTCTCCTCATAACTCCCAAAACT 12 154 1 GGACAAGAAATCCTTAAAATTAAGCGTTAG 17 204 1 ATTAATTCAACCCCGAACTTACCTCTTTGG 19 66 1 TATTTTATCTCCCTCTATCAGGATATCAG 15 130 0 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCCCG 9 5 1 CTTCAACTATTCCTGATCATGATCGAAAAG 13 49 1 ********** MAP Score: 10.9505 Motif 7 CGGAAGCTCCCTTCATCCTTAATCTTATTAACCTTTCTG 0 8 1 ACTGGTTCCCTCAAATCTTGTACTTCTCTATTGATTTA 5 7 1 GATAGTGGTTCTCGAAAACCTTAAATATCATTTTATGAAAT 5 50 1 TTTATCCTATCTCGATAAATTTTTATTTCACACTAGAGTAT 6 11 1 GTGATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAA 8 144 1 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCCCGATACTTTCC 9 3 1 TGGCTTCATACTCTTTTATCTTCAACTCACCCTCGACCCTC 9 63 1 AGGGTTCTTCCCCTGAAAACTTGATTAACTCCTTTAAAATG 9 111 1 AGTTATCCTTCTCATTATCCTTATTTAACTTCTTCTCTAAC 9 224 1 CCCCCAGGAGCCCGCTTAATTTATAATTCCCCATACCCATA 12 17 0 CTCCTCATAACTCCCAAAACTTTGACAAATTTAATGTAAAT 12 163 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTACCTAGCTTATCCTCACCT 13 10 1 TTCGATCTCCTCCCATATTTTGTTTCCATTATAAACTAA 13 98 0 TTGCATTCCTTTCTATTCTTATCTTCCCCTATATTGGCA 14 8 1 CCTATATTGGCATAATATTCTTAACCTTCGTTTTTTATTGA 14 37 1 TACCCTCCCCGAAATCGTTTAAATGCCTCAAATTTTTA 18 7 1 GAACTTACCTCTTTGGAAAGTTTTTATTCATACTCTCATAA 19 80 1 * * ** *** * * * MAP Score: 10.725 Motif 8 TCAAGCGTCTTCTTTAATGCCCCATAGCGGTAT 4 28 0 TCCTTTCTATTCTTATCTTCCCCTATATTGGCA 14 16 1 GACCTCCTTATCTTAATTTCCCCGATACTTTCC 9 11 1 GTCAAAAACTTCTTAATATCCTC 7 0 0 CTGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAG 8 60 1 GTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAA 8 152 1 TCATCCTTAATCTTATTAACCTTTCTGAAAATT 0 22 1 ATAAATGTCTCCTCATAACTCCCAAAACTTTGA 12 155 1 CTTGCTAATTCCTTATTTACCCTGAAATTAAAA 17 128 0 AAGTTATCCTTCTCATTATCCTTATTTAACTTC 9 223 1 GGATAGTGGTTCTCGAAAACCTTAAATATCATT 5 49 1 CCGGTGCTGGTCTTAAATCTCCTGTACTCCTCC 9 179 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTACCTAGCTTA 13 9 1 TGAGGAATTTCATTTAAAGTCCCGTTGCTCACC 4 67 0 TTCCCTCAAATCTTGTACTTCTCTATTGATTTA 5 15 1 TATTTTATCTCCCTCTATCAGGA 15 136 0 ATTGGCATAATATTCTTAACCTTCGTTTTTTAT 14 42 1 GGAAAGTTTTTATTCATACTCTCATAAATTTAC 19 94 1 TTACCGATGCCATCAATACTCCCATGAACGGGA 10 78 0 TTCAACTCACCCTCGACCCTCTCCCAGTAGGGT 9 83 1 TCCCGCTCCTCCAGCATCTTTATCAAGGTT 4 202 0 **** * * **** MAP Score: 10.1339 Motif 9 TTCTCCAGCTCTATCCTTCCTTAGTATAATGG 2 50 0 TCGAGAACCACTATCCTTAAATCAATAGAGAA 5 33 0 TTACCTCCAGTTATACTACTCTCTGTAGGTTA 8 38 1 TCTCTGTAGGTTATCTTAAAATCCCTCTTTTA 8 57 1 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCCCGATACT 9 8 1 TCATACTCTTTTATCTTCAACTCACCCTCGAC 9 68 1 GTGACATAAGTTATCCTTCTCATTATCCTTAT 9 216 1 ATCCTTCTCATTATCCTTATTTAACTTCTTCT 9 228 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTAC 13 2 1 CTTACCTAGCTTATCCTCACCTTCAACTATTC 13 29 1 CTTTCTATTCTTATCTTCCCCTATATTGGCAT 14 18 1 CATAATATTCTTAACCTTCGTTTTTTATTGAA 14 47 1 AATAAGGTTTTTATATTAAACTGTAATTCTAA 15 21 1 TATTTTATCTCCCTCTATCAGGATAT 15 133 0 GAGCTATAATTTATCCCAACTTTCCATACAGG 19 149 1 ******* * ** MAP Score: 7.70101 Motif 10 ATTAACCTTTCTGAAAATTTAAAAAA 0 36 1 AAGAGTAGCACTAAAATTTTTAACATTATCTTAGG 3 15 1 TAGTGGTTCTCGAAAACCTTAAATATCATTTTATG 5 52 1 GCAGATAATACAGCAATTTTAAAAAGCTAAGTATT 7 56 1 GGTTCTTCCCCTGAAAACTTGATTAACTCCTTTAA 9 113 1 CTCATAACTCCCAAAACTTTGACAAATTTAATGTA 12 166 1 GAGATTCTAACAAAAACTTTAAGTATTAAAAATCA 12 211 1 TTCACCACCAAATTTCAATAAAAAACGAAG 14 62 0 GTTTAAATGCCTCAAATTTTTAATAATTAGGGGCC 18 26 1 * *** *** * ** MAP Score: 7.49343 Motif 11 TCCAGCTCTATCCTTCCTTAGTATAATGGC 2 49 0 AACCTCAAGCGTCTTCTTTAATGCCCCATA 4 35 0 TCAAATCTTGTACTTCTCTATTGATTTAAG 5 20 1 GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGCTA 8 5 1 TATCTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCT 8 68 1 CGACCTCCTTATCTTAATTTCCCCG 9 5 1 ACATAAGTTATCCTTCTCATTATCCTTATT 9 219 1 CTTCTCATTATCCTTATTTAACTTCTTCTC 9 231 1 CTTATTTAACTTCTTCTCTAACGGATTGAA 9 243 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTACC 13 5 1 TTCCTTTCTATTCTTATCTTCCCCTATATT 14 15 1 TTAAAGGGAGGCCTTATCTTATATGATACC 15 81 1 GCTTGCTAATTCCTTATTTACCCTGAAATT 17 132 0 ********** MAP Score: 6.56127 Motif 12 CGGAAGCTCCCTTCATCCTTAATCTTA 0 7 1 GGATATCCCTTAACCCACTAGACCT 1 41 0 TCTCCAGCTCTATCCTTCCTTAGTATAATG 2 51 0 AACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAACCTAT 8 160 1 AATCTCCTGTACTCCTCCCTAAGTGACATA 9 194 1 TGACATAAGTTATCCTTCTCATTATCCTTA 9 217 1 CCGCTCACGATCTCTTCATAGGGCCTTACC 10 106 0 ATGATAAATGTCTCCTCATAACTCCCAAAA 12 152 1 TTACCTAGCTTATCCTCACCTTCAACTATT 13 30 1 TTCGATCTCCTCCCATATTTTGTTT 13 112 0 TTTCTATTCTTATCTTCCCCTATATTGGCA 14 19 1 ATTGGAGAAATACCCTTCTCCAGGAAGGCC 16 68 0 TACCCTCCCCGAAATCGTTT 18 0 1 TAAATTATTTTCCCTTTATAAAGATTTCGA 19 30 1 CTACTGTACCCTCCTGTATGGAAAGT 19 167 0 ********** MAP Score: 3.94311 Motif 13 ATTAAGGATGAAGGGAGCTTCCG 0 1 0 GATTCGATGTTTACGTTCTCCCATGTAATTGC 4 126 1 GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGC 8 1 1 CCTCTCCCAGTAGGGTTCTTCCCCTGAAAACT 9 100 1 ATTATAAATTAAGCGGGCTCCTGGGGGACCGC 12 31 1 ACCGATGATGAAGCGGTCCCCCAGGAGCCCGC 12 43 0 TGTTAGTCGCCTCCCTACATTTATG 12 252 0 ATCATATAAGATAAGGCCTCCCTTTAATAGAA 15 76 0 CCTGAAATAATAAAGCTCTCTCCAGTTATAAG 16 36 1 TCTCCAGTTATAAGGGCCTTCCTGGAGAAGGG 16 54 1 ATAGCTCTTTTAGAGATTTCCCCTTCGATGTA 19 124 0 *** * ****** MAP Score: 2.91669 Motif 14 GAAAGACTGGGAAAACCTTCTAC 2 120 1 CAAATCCTAAGATAATGTTAAAAATTTTAGTG 3 23 0 AGGAGAAGCTCCAACTGGATACCG 4 2 1 ACTATATCATGAGGAATTTCATTTAAAGTCCC 4 77 0 AACTTTTAAAGAGGATATTGAAATTGCGAGAA 4 172 1 TTGAAATTGCGAGAACCTTGATAAAGATGCTG 4 189 1 AGTGGTTCTCGAAAACCTTAAATATCATTTTA 5 53 1 GAGGATATTAAGAAGTTTTTGA 7 0 1 CTTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACA 8 121 0 ATCCGTTAGAGAAGAAGTTAAATAAGGATAAT 9 237 0 CTAACGGATTGAAAACCTTATAAAGGGGAACG 9 260 1 TCTAGATACAGACATTTTTAAATGACACTATG 12 110 1 GTAAATCCTAGAAGAGATTCTAACAAAAACTT 12 198 1 GATCATGATCGAAAAGTTTATAAGTTCGAACC 13 63 1 CAAAATATGGGAGGAGATCGAA 13 115 1 CTGAAAGGATGAGAAATTTATATAAATTAACA 17 75 0 CCATAAACTGGAAGATTTTCAGCTTAATCCTT 17 169 0 TTAAAAATTTGAGGCATTTAAACGATTTCGGG 18 17 0 ***** ***** MAP Score: 0.111215