AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255363
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0024	36	284aa long hypothetical sugar transport membrane protein
#1	PH0025	169	426aa long hypothetical protein
#2	PH0154	55	248aa long hypothetical transport system protein
#3	PH0206	132	544aa long hypothetical protein
#4	PH1037	129	142aa long hypothetical protein
#5	PH1085	199	411aa long hypothetical flavoprotein
#6	PH1214	267	441aa long hypothetical cytoplasmic protein
#7	PH1217	127	216aa long hypothetical alkyl hydroperoxide reductase
#8	PH1353	66	679aa long hypothetical formate dehydrogenase
#9	PH1354	28	196aa long hypothetical protein
#10	PH1475	224	351aa long hypothetical glycerol 1-phaphate dehydrogenase
#11	PH1881	232	371aa long hypothetical protein
#12	PH1971	51	258aa long hypothetical protein

Motif 1
TTTTAGGAAGATACATTTTTAATTGGTAAATTTAAGCC	1	14	0
AAAGCTAACATAATAGATTTGAATTTTAGGAAGATACA	1	37	0
TTAGCTTTGTTATCTGTTTTTAATGTAAATTAGGCATT	1	67	1
GTTACTTAACAGAATGTTTTTAAGTTAACAATCTTGAG	2	22	1
ATAACTTACATTGGACTTTTCAATTTTAGTGTACTTTC	3	76	1
TTATTCCTAATAGGAATTTTTAATCCTAAAAAATATGT	5	37	0
AAACAATTTGAGATAATTTTTAATAACATAAAATTGAA	5	74	1
TTTTGAGAAATTCTTTATTTCAATTTTATGTTATTAAA	5	92	0
CTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGAATA	5	136	0
TTCTAGATACAGACATTTTTAAATGACACTATGGTGAC	6	109	1
CCCAAAACTTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAGA	6	175	1
     ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTACCTAGCTTAT	7	5	1
GTTCGAACCATATTAGTTTATAATGGAAACAAAATATG	7	86	1
TTACTTGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT  	8	40	1
AATCTAAGGGAACCTTTTTTAAAGATAAGGTTCTAGAA	11	184	1
          *   * **** ***   *
MAP Score: 13.403

Motif 2
CCTCCCAGATAAAAAAGAAATAGAGAAA      	0	4	0
TTAAATTTACCAATTAAAAATGTATCTTCCTAAA	1	17	1
GTATCTTCCTAAAATTCAAATCTATTATGTTAGC	1	38	1
TTTTGCCTTTGAAAACAAAACTAATGCCTAATTT	1	93	0
GGCAAAAACAGAAAAATAAATAAAGATTTAGGGC	1	120	1
TATTCTGAGAGAAATTAATATCTAACCGAAACAC	3	26	1
AAAATATGTCAAAAAATATATAAAAATCGTGAGC	5	12	0
TTAATAACATAAAATTGAAATAAAGAATTTCTCA	5	93	1
TTCTGAGATCAAATTGAAAATTTAAAAGTGGATA	5	138	1
AACTAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATCCAC	5	165	0
TGGGTATGGGGAATTATAAATTAAGCGGGCTCCT	6	19	1
ATAAATGTTAAAAATAAAAATATTATTCGCAAGT	8	42	0
AAGGTTCTAGAAAATGGAAATAAACCTAAGTT  	11	210	1
          *****  ****  *
MAP Score: 11.8014

Motif 3
  TTTTCATTATTTTACCTATTCTGAGAGAAA	3	8	1
GTGTACTTTCTTAATTCGTCCTCTAAGGGGGG	3	104	1
AGTTAGGAACTAGATACCTCCTAATTTTCATC	4	13	0
TTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGGAATAAAA	5	45	1
GATGACATGATTCATCCCTCCTGAACCGATGA	6	67	0
CATCATATGATAAATGTCTCCTCATAACTCCC	6	146	1
          ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTT	7	0	1
         TTTCTTTCCTCTTTTTGGAGGTT	9	1	1
        TCTTGATACCTCCTTAAAACTCCC	10	2	1
TGAGTTAACTATTATTCCTCCTCCAAAATATT	11	49	1
AAATTGCTTAAATATTCCTCTTCTAATTATAC	12	24	1
          ** ** ******
MAP Score: 9.55388

Motif 4
TGTAAATTAGGCATTAGTTTTGTTTTCAAAGGCA	1	90	1
AAGATTTAGGGCATAAGGGATCTTTGGTGAACCA	1	142	1
         CGGATAAGTGAAGTTACTTAACAGA	2	1	1
TAAATACCCCGAATAACTTACATTGGACTTTTCA	3	64	1
ATTTAAAAGTGGATAAGCTTTATTTATATTTTCG	5	157	1
TTATATTTTCGCACTAGTTAGGTTCGGGG     	5	180	1
TTGAAGGTGAGGATAAGCTAGGTAAGATTCAAAA	7	21	0
TAAGTCTTTCGCTTAAGGGAGTTTTAAGGAGGTA	10	16	0
ACTATTCTAAGCATAAGAGATTTTAAGGTGTTTA	10	193	1
AGTACCGATGGAACAAGAGATGTTGTGCTA    	11	6	0
          * ***** **  **
MAP Score: 9.42844

Motif 5
CTGGCTAATCCCGTTCATGGGAGTATTGATG	4	70	1
GCCCTATGAAGAGATCGTGAGCGGCTG    	4	112	1
TCGCACTAGTTAGGTTCGGGG          	5	188	1
TAAATTAAGCGGGCTCCTGGGGGACCGCTTC	6	35	1
GCTTCATCATCGGTTCAGGAGGGATGAATCA	6	61	1
TAATTCCAGGCAGTGCCGGGGTAGCTTAGCC	10	69	1
TCAAAGCGCCCGGCTCATAGGGCTGCTCCCC	10	103	1
CCCCGTGAGGGGGAGCCTGAGAAACCGGGAG	10	130	1
GAGAAACCGGGAGATCCGGGGTTCGAAGCCC	10	148	1
TAGAATAGTATGGTGCCGGGGCGGGGCTTCG	10	171	0
          *** *******
MAP Score: 6.52113

Motif 6
TTAAAAATGTATCTTCCTAAAATTCAAATCT	1	30	1
     CTTTCACCCCCCTTAGAGGACGAATT	3	116	0
AGGAACTAGATACCTCCTAATTTTCATCCCA	4	10	0
GTCCCCCAGGAGCCCGCTTAATTTATAATTC	6	29	0
ACATGATTCATCCCTCCTGAACCGATGATGA	6	64	0
GTCTCCTCATAACTCCCAAAACTTTGACAAA	6	161	1
   TTCGATCTCCTCCCATATTTTGTTTCCA	7	109	0
     GGAAAAACCTCCAAAAAGAGGAAAGA	9	12	0
    TCTTGATACCTCCTTAAAACTCCCTTA	10	6	1
ACCTCCTTAAAACTCCCTTAAGCGAAAGACT	10	17	1
ACTATTATTCCTCCTCCAAAATATTTTTTTA	11	56	1
AGCCCTCAGCAACCTGCTTAACCACGTAACC	11	87	1
          * *********
MAP Score: 6.30643

Motif 7
AATTCAAATCTATTATGTTAGCTTTGTTAT	1	50	1
GTTATCTGTTTTTAATGTAAATTAGGCATT	1	75	1
AACAGAATGTTTTTAAGTTAACAATCTTGA	2	29	1
TTTATTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTA	5	87	0
CTTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAG	6	182	1
GCCTCCCTACATTTATGTTAGACTGATTTT	6	239	0
TTTTGGTCATATTTATGTAAATTACTTGCG	8	19	1
TTTTAAGGTGTTTAACGTAAG         	10	213	1
        GTTTTTATGTAGCCAAATTGCT	12	2	1
          **********
MAP Score: 5.82805

Motif 8
TGGGATGAAAATTAGGAGGTATCTAGTTCCTA	4	10	1
TCATCATCGGTTCAGGAGGGATGAATCATGTC	6	64	1
TTTGGGAGTTATGAGGAGACATTTATCATATG	6	149	0
TCTTTCCTCTTTTTGGAGGTTTTTCC      	9	12	1
TAAGGGAGTTTTAAGGAGGTATCAAGA     	10	5	0
AAAAATATTTTGGAGGAGGAATAATAGTTAAC	11	52	0
          ** ****** **
MAP Score: 4.99544

Motif 9
   TTTCTCTATTTCTTTTTTATCTGGGAGG	0	7	1
GTTAGCTTTGTTATCTGTTTTTAATGTAAAT	1	66	1
CTTTATTTATTTTTCTGTTTTTGCCTTTGAA	1	114	0
TTTCATTATTTTACCTATTCTGAGAGAAATT	3	11	1
TACATTGGACTTTTCAATTTTAGTGTACTTT	3	82	1
CTCACGATTTTTATATATTTTTTGACATATT	5	13	1
GAAATTCTTTATTTCAATTTTATGTTATTAA	5	93	0
CACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGAAT	5	137	0
AAATAAAGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAA	5	151	0
GATAAGCTTTATTTATATTTTCGCACTAGTT	5	168	1
       ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTAC	7	3	1
TGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT	8	45	1
      TTTCTTTCCTCTTTTTGGAGGTTTT	9	4	1
CACGGAAGACTTTTAAGTCTTTCGCTTAAGG	10	32	0
CTTAGGTTTATTTCCATTTTCTAGAACCTTA	11	209	0
TTGCTTAAATATTCCTCTTCTAATTATACCT	12	27	1
          ****** ****
MAP Score: 3.4213

Motif 10
ACAGATAACAAAGCTAACATAATAGATTTGAA	1	52	0
TTGTTATCTGTTTTTAATGTAAATTAGGCATT	1	73	1
TAAGTGAAGTTACTTAACAGAATGTTTTTAAG	2	14	1
TAACAGAATGTTTTTAAGTTAACAATCTTGAG	2	28	1
TATTTTACCTATTCTGAGAGAAATTAATATCT	3	17	1
GAGAAATTAATATCTAACCGAAACACTTTTTA	3	34	1
AGGTATCTAGTTCCTAACTTAATTGCCTGGTC	4	26	1
GGAATAAAACAATTTGAGATAATTTTTAATAA	5	68	1
AACTTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAG	6	180	1
CCTAGAAGAGATTCTAACAAAAACTTTAAGTA	6	204	1
ATTAAAAATCAGTCTAACATAAATGTAGGGAG	6	235	1
CCTTAAAACTCCCTTAAGCGAAAGACTTAAAA	10	21	1
GATTTTAAGGTGTTTAACGTAAG         	10	211	1
GTACTACCACCATCTGAGTTAACTATTATTCC	11	35	1
CCCAATCAAAAATCTAAGGGAACCTTTTTTAA	11	174	1
          * ****** ***
MAP Score: 3.25695

Motif 11
GATTTAGGGCATAAGGGATCTTTGGTGAAC	1	144	1
GATGAAAATTAGGAGGTATCTAGTTCCTAA	4	13	1
TAAGGCCCTATGAAGAGATCGTGAGCGGCT	4	108	1
TCATCGGTTCAGGAGGGATGAATCATGTCA	6	67	1
GGGAGTTATGAGGAGACATTTATCATATGA	6	148	0
TGTAAATCCTAGAAGAGATTCTAACAAAAA	6	197	1
GGGAGTTTTAAGGAGGTATCAAGA      	10	4	0
TATTCTAAGCATAAGAGATTTTAAGGTGTT	10	195	1
TACCGATGGAACAAGAGATGTTGTGCTA  	11	8	0
          **********
MAP Score: 2.67516