AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255393 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0024 36 284aa long hypothetical sugar transport membrane protein #1 PH0025 169 426aa long hypothetical protein #2 PH0154 55 248aa long hypothetical transport system protein #3 PH0206 132 544aa long hypothetical protein #4 PH0207 206 428aa long hypothetical protein #5 PH0209 300 131aa long hypothetical protein #6 PH1037 129 142aa long hypothetical protein #7 PH1085 199 411aa long hypothetical flavoprotein #8 PH1214 267 441aa long hypothetical cytoplasmic protein #9 PH1217 127 216aa long hypothetical alkyl hydroperoxide reductase #10 PH1353 66 679aa long hypothetical formate dehydrogenase #11 PH1354 28 196aa long hypothetical protein #12 PH1475 224 351aa long hypothetical glycerol 1-phaphate dehydrogenase #13 PH1881 232 371aa long hypothetical protein #14 PH1971 51 258aa long hypothetical protein Motif 1 TAAATTTACCAATTAAAAATGTATCTTCCT 1 18 1 TATCTGTTTTTAATGTAAATTAGGCATTAG 1 77 1 TCAAGAAAGGAAATATAAAT 4 0 0 TTCGTCAATTAAATATAAATGTTTCGGCAT 4 178 0 GGAGCCTTGCTTATAAAAATTTGCTACTAA 5 27 1 GTCAAAAAATATATAAAAATCGTGAGCTT 7 9 0 AATTTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAAT 7 79 0 TCTGAGATCAAATTGAAAATTTAAAAGTGG 7 139 1 ACTAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATC 7 168 0 GGGTATGGGGAATTATAAATTAAGCGGGCT 8 20 1 CCATAGTGTCATTTAAAAATGTCTGTATCT 8 113 0 TTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAGAG 8 184 1 AAACTTTAAGTATTAAAAATCAGTCTAACA 8 224 1 AAAATCAGTCTAACATAAATGTAGGGAGGC 8 239 1 TTGGTCATATTTATGTAAATTACTTGCGAA 10 21 1 TAAATGTTAAAAATAAAAATATTATTCGCA 10 45 0 TTACACCCCCAATCAAAAATCTAAGGGAAC 13 167 1 ********** MAP Score: 17.3239 Motif 2 AGGAAGATACATTTTTAATTGGTAAATTTAAGCCCTTT 1 9 0 CGAATAACTTACATTGGACTTTTCAATTTTAGTGTACTT 3 73 1 GTAACCTACAACTTTACAAAAGTAAACATGAAAATCAGG 4 137 1 CCATTCCCTAACTATGAACTAGTAAATTTAAAAGTATTA 5 54 0 TTTTTGACATATTTTTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGG 7 31 1 CTTTATTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAAT 7 79 0 AAGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGAA 7 138 0 AACTCCCAAAACTTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGA 8 171 1 TGTTAGACTGATTTTTAATACTTAAAGTTTTTGTTAGAA 8 215 0 CTTGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT 10 43 1 AGCATAAGAGATTTTAAGGTGTTTAACGTAAG 12 202 1 ***** ** ** * MAP Score: 11.2706 Motif 3 TTTTAGGAAGATACATTTTTAATTGGTAAATTT 1 19 0 GTTACTTAACAGAATGTTTTTAAGTTAACAATC 2 22 1 TATCTAACCGAAACACTTTTTAAATACCCCGAA 3 44 1 TCCTTTCTTGAAATAATTTATGAAGCCCGGGGA 4 19 1 CATCTTTTCTAGATATTTTACATTTGAGGCATC 4 100 1 AAGTATTAGTAGCAAATTTTTATAAGCAAGGCT 5 29 0 GCAGTTGGAGATATAATTTTAGTCCAAGCCCCA 5 269 1 CACGATTTTTATATATTTTTTGACATATTTTTT 7 15 1 ATTTTTTGACATATTTTTTAGGATTAAAAATTC 7 29 1 AAACAATTTGAGATAATTTTTAATAACATAAAA 7 74 1 ATCTCAGAATATACAATTTTTGAGAAATTCTTT 7 114 0 AATAAAGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTT 7 148 0 TTCTAGATACAGACATTTTTAAATGACACTATG 8 109 1 AGATTCTAACAAAAACTTTAAGTATTAAAAATC 8 212 1 GTTCGAACTTATAAACTTTTCGATCATGATCAG 9 61 0 TTACTTGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATT 10 40 1 AGGGCTTAAAAAAATATTTTGGAGGAGGAATAA 13 60 0 AATCTAAGGGAACCTTTTTTAAAGATAAGGTTC 13 184 1 *** * **** ** MAP Score: 10.4412 Motif 4 CCCTCCCAGATAAAAAAGAAATAGAGAAA 0 1 0 ACAGAAAAATAAATAAAGATTTAGGGCATAAGGGATCT 1 127 1 AATGTTTTTAAGTTAACAATCTTGAGGATTA 2 34 1 CCGAAGGCGGAGTCAATGAACTTGGGCGGGTTATTACC 4 58 1 TTACAAAAGTAAACATGAAAATCAGGAAATGCCGAAAC 4 150 1 GGGAATGGTGAACTAAATGGTTATGGAATTATCAAAGA 5 85 1 GTTATGGAATTATCAAAGATGTACGGGAAGCTGATATA 5 104 1 TTGATGAAATTGTAATTGACATCAAGGAGGGCGAAGGA 5 171 1 TGGAGTTCCTTACGAAAAAGTTACAGCAGTTGGAGATA 5 244 1 TGGGATGAAAATTAGGAGGTATCTAGTT 6 0 1 CCAATTGACCAGGCAATTAAGTTAGGAACTAGATACCT 6 26 0 TTTAATAACATAAAATTGAAATAAAGAATTTCTCAAAA 7 92 1 TTAATGTTATGGGTATGGGGAATTATAAATTA 8 4 1 GAAGAGATTCTAACAAAAACTTTAAGTATTAAAAATCA 8 208 1 AAAATCAGTCTAACATAAATGTAGGGAGGCGACTAACA 8 239 1 TAGTTTATAATGGAAACAAAATATGGGAGGAGATCGAA 9 99 1 TTACACCCCCAATCAAAAATCTAAGGGAACCTTTTTTA 13 167 1 AACCTTTTTTAAAGATAAGGTTCTAGAAAATGGAAATA 13 194 1 ** ** ** * ** * MAP Score: 9.72692 Motif 5 GTGTACTTTCTTAATTCGTCCTCTAAGGGGGG 3 104 1 ATTTATATTTCCTTTCTTGAAAT 4 1 1 AGTTAGGAACTAGATACCTCCTAATTTTCATC 6 13 0 GATGACATGATTCATCCCTCCTGAACCGATGA 8 67 0 CATCATATGATAAATGTCTCCTCATAACTCCC 8 146 1 ATTTTTCCTTCTTTTGAATCTTA 9 1 1 TTTCTTTCCTCTTTTTGGAGGTT 11 1 1 TCTTGATACCTCCTTAAAACTCCC 12 2 1 TGAGTTAACTATTATTCCTCCTCCAAAATATT 13 49 1 AAATTGCTTAAATATTCCTCTTCTAATTATAC 14 24 1 ** ** ****** MAP Score: 7.95878 Motif 6 TATTTATTTTTCTGTTTTTGCCTTTGAAAACAAAACTAAT 1 102 0 CTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGGCTTCATAAATTATT 4 30 0 TGAACTTGGGCGGGTTATTACCCCCGCATCTTTTCTAGAT 4 74 1 ACGGGATTAGCCAGGCTATTCCAATTGACCAGGCAATTAA 6 44 0 GAACCGATGATGAAGCGGTCCCCCAGGAGCCCGCTTAATT 8 37 0 ATGACTAATTCCAGGCAGTGCCGGGGTAGCTTAGCCTGGT 12 64 1 CTCCCCCTCACGGGGAGCAGCCCTATGAGCCGGGCGCTTT 12 105 0 CTGCTCCCCGTGAGGGGGAGCCTGAGAAACCGGGAGATCC 12 125 1 ATCCGGGGTTCGAAGCCCCGCCCCGGCACCATACTATTCT 12 161 1 TAACTCAGATGGTGGTAGTACCGATGGAACAAGAGATGTT 13 16 0 TGAAGGTTGTGGTGGGAATCCCTAGTTATAACAATGCTGA 13 125 0 ** ** * ** * * * MAP Score: 7.13548 Motif 7 CGGATAAGTGAAGTTACTTAACAGAATG 2 1 1 CCCCCTTAGAGGACGAATTAAGAAAGTACACTAAAAT 3 98 0 GTGCTCCCCGGGCTTCATAAATTATTTCAAGAAAGGA 4 19 0 CACCGCCGAAGGCGGAGTCAATGAACTTGGGCGGGTT 4 53 1 TCATAGTTAGGGAATGGTGAACTAAATGGTTATGGAA 5 76 1 AAATGGTTATGGAATTATCAAAGATGTACGGGAAGCT 5 99 1 CAAGTACATTGGAAAAGTTGATGAAATTGTAATTGAC 5 154 1 ATGGGTATGGGGAATTATAAATTAAGCGGGCTCCTGG 8 18 1 CATCGGTTCAGGAGGGATGAATCATGTCATCGCCCAG 8 68 1 GGAGTTATGAGGAGACATTTATCATATGATGTCACCA 8 140 0 GGTTGCTGAGGGCTTAAAAAAATATTTTGGAGGAGGA 13 64 0 AATTAGAAGAGGAATATTTAAGCAATTTGGCTACATA 14 15 0 *** ** ** ** * MAP Score: 7.00098 Motif 8 TTTTTTATCTGGGAGGGCGTTAAA 0 22 1 TCGTCCTCTAAGGGGGGTGAAAG 3 119 1 TAATTTATGAAGCCCGGGGAGCACCGCCGA 4 32 1 CAATGAACTTGGGCGGGTTATTACCCCCGC 4 71 1 CTAGAAAAGATGCGGGGGTAATAACCCGCC 4 82 0 AATTTTTATAAGCAAGGCTCCTTAAATAGC 5 18 0 ATTGACATCAAGGAGGGCGAAGGAAAGGTT 5 185 1 GAACGGGATTAGCCAGGCTATTCCAATTGA 6 56 0 ATTATAAATTAAGCGGGCTCCTGGGGGACC 8 31 1 ATCTAGAATTAGCTGGGCGATGACATGATT 8 87 0 ACATAAATGTAGGGAGGCGACTAACA 8 251 1 TTCCAGGCAGTGCCGGGGTAGCTTAGCCTG 12 72 1 CGGGCGCTTTGACCAGGCTAAGCTACCCCG 12 85 0 CAGCCCTATGAGCCGGGCGCTTTGACCAGG 12 98 0 GAGCCTGAGAAACCGGGAGATCCGGGGTTC 12 142 1 ATGGTGCCGGGGCGGGGCTTCGAACCCCGG 12 163 0 ********** MAP Score: 6.90128 Motif 9 CTTTCACCCCCCTTAGAGGACGAAT 3 117 0 GGGGGTAATAACCCGCCCAAGTTCATTGAC 4 69 0 TAACTTAATTGCCTGGTCAATTGGAATAGC 6 40 1 AATTGGAATAGCCTGGCTAATCCCGTTCAT 6 58 1 TCCCCCAGGAGCCCGCTTAATTTATAATTC 8 29 0 TCATGTCATCGCCCAGCTAATTCTAGATAC 8 89 1 TTTGAATCTTACCTAGCTTATCCTCACCTT 9 22 1 GGGTAGCTTAGCCTGGTCAAAGCGCCCGGC 12 87 1 TGGTCAAAGCGCCCGGCTCATAGGGCTGCT 12 100 1 GCCCTCAGCAACCTGCTTAACCACGTAACC 13 88 1 ********** MAP Score: 5.72183 Motif 10 TTTGTTATCTGTTTTTAATGTAAATTAGGCATT 1 72 1 TTAACAGAATGTTTTTAAGTTAACAATCTTGAG 2 27 1 AGAGAAATTAATATCTAACCGAAACACTTTTTA 3 33 1 TTGAGGCATCATTTGTAACCTACAACTTTACAA 4 123 1 CGAAACATTTATATTTAATTGACGAAACATACC 4 182 1 AAGTTGATGAAATTGTAATTGACATCAAGGAGG 5 168 1 GGGTATGGGGAATTATAAATTAAGCGGGCTCCT 8 20 1 AGATACAGACATTTTTAAATGACACTATGGTGA 8 113 1 AAACTTTGACAAATTTAATGTAAATCCTAGAAG 8 179 1 AACCATATTAGTTTATAATGGAAACAAAATATG 9 91 1 AGATTTTAAGGTGTTTAACGTAAG 12 210 1 CCCCAATCAAAAATCTAAGGGAACCTTTTTTAA 13 173 1 ** * *** **** MAP Score: 4.05028 Motif 11 TACAATTTCATCAACTTTTCCAATGTACTTGCCC 5 151 0 AAAGGGCTTAAATTTACCAATTAAAAATGTA 1 7 1 ACTAATACTTTTAAATTTACTAGTTCATAGTTAG 5 52 1 TTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGA 7 139 0 CCTTGCTTATAAAAATTTGCTACTAATACTTTTA 5 31 1 TTCGAACTTATAAACTTTTCGATCATGATCAGGA 9 59 0 TAACTTACATTGGACTTTTCAATTTTAGTGTACT 3 77 1 TTTGTAACCTACAACTTTACAAAAGTAAACATGA 4 134 1 TTTTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGGAATAAAA 7 43 1 CATAACTCCCAAAACTTTGACAAATTTAATGTAA 8 168 1 * ****** * * * MAP Score: 3.14909 Motif 12 TGTATCTTCCTAAAATTCAAATCTATTATGT 1 37 1 GAAAGTACACTAAAATTGAAAAGTCCAATGT 3 83 0 AAATGATGCCTCAAATGTAAAATATCTAGAA 4 106 0 TATGAACTAGTAAATTTAAAAGTATTAGTAG 5 50 0 ACATATTTTTTAGGATTAAAAATTCCTATTA 7 37 1 TTTAATAACATAAAATTGAAATAAAGAATTT 7 92 1 TATTCTGAGATCAAATTGAAAATTTAAAAGT 7 136 1 GAATCTCTTCTAGGATTTACATTAAATTTGT 8 187 0 GACTGATTTTTAATACTTAAAGTTTTTGTTA 8 218 0 ATAAGCTAGGTAAGATTCAAAAGAAGGAAAA 9 12 0 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