AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255462 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0046 90 113aa long hypothetical protein #1 PH0047 40 122aa long hypothetical protein #2 PH0051 36 353aa long hypothetical dolichol-phosphate mannosyltransferase #3 PH0053 76 404aa long hypothetical protein #4 PH0054 37 328aa long hypothetical 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase #5 PH0061 72 151aa long hypothetical protein #6 PH0062 104 137aa long hypothetical protein #7 PH0140 60 158aa long hypothetical transcriptional regulator #8 PH0433 185 304aa long hypothetical protein #9 PHS023 128 75aa long hypothetical regulatory protein AsnC #10 PH1002 66 352aa long hypothetical protein #11 PH1014 60 181aa long hypothetical 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase #12 PH1055 149 162aa long hypothetical protein #13 PH1329 53 912aa long hypothetical ATP-dependent helicase #14 PH1519 136 151aa long hypothetical transcriptional regulator #15 PH1592 105 141aa long hypothetical transcriptional regulator #16 PH1593 275 422aa long hypothetical glutamate dehydrogenase #17 PH1595_PH1596 272 PH1595: 172aa long hypothetical protein, PH1596: 215aa long hypothetical protein #18 PH1692 43 151aa long hypothetical transcriptional regulator #19 PH1694 31 445aa long hypothetical signal recognition particle protein #20 PH1898 57 267aa long hypothetical protein #21 PH1899 284 735aa long hypothetical elongation factor 2 #22 PH1900 42 334aa long hypothetical protein #23 PHS057 118 86aa long hypothetical 50S ribosomal protein L37 #24 PH1916 32 150aa long hypothetical leucine-responsive regulatory protein #25 PH1918 57 162aa long hypothetical protein Motif 1 CTAAATGTGGGTTTATAAAGTTTTCGCGAGGAG 10 39 0 TTGGAAGTTAGTTTATAACTCTTTCCGTAGGAG 14 43 1 GTTGAACTAGGTTTATAAATATTTATGCTCACT 23 68 0 TAAATTGCAACTTTATAAACATTGAGAAGGTTT 11 19 1 GTTCATCGATGTATATAAAAATTTGAGATTTAA 16 91 1 TCAGCTCTAAGTATAAAAGAGTTGAGCTCTTAA 3 41 0 TGAACTTAAAGTATAAAAAATTTGTTTCATCTG 6 71 0 CCTTCTTTAGGTATTTAAAGCTTGCTTTTGGCT 9 82 0 AGCAATTATACTTTTAAATTATTAGTCTAATTC 12 77 0 TAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCGTTAAAT 8 99 0 GAGCAATAGCCTATATAAAGCTTTCGGTAAATG 16 219 0 ATGCGATCCCCTATAAAAAAGTTATTGTAGAGA 20 14 0 AGTCATCAGAGTTTTAATATGTTCATCGATGTA 16 71 1 ATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAGAAAT 8 56 1 GTAAAGTCCAGTATATATCCATTATTGAACTGT 12 24 1 TTTTTTAAAACTTTAAATATTTTGAAAACCTTT 0 11 1 CCTCTGAGGGCTTTTTATCCCTTAGTCATCAGA 16 48 1 TCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAAC 8 19 0 CGCTATCCTTGTTTAAAACTCCTCGCGAAAACT 10 21 1 CTAAGTTTTTAACTTCTTCTTCTAACA 22 4 1 AAAAAGTAGGGTTATAAAGCTTTTCCTGGGATT 21 235 0 CTATCTTACCATTTATAATAATTATCTTCCCTT 17 185 0 TTAGGCTGTAGTAATAAATTTTTTACTGAGGTC 25 12 0 GGGTAAAAGACTAAAAAAGGTTTTCAAAATATT 0 26 0 ATGTGAAGATATATAAAAACGTTTCGTATGTTT 5 36 0 ******** ** MAP Score: 23.3197 Motif 2 AAAAGACTAAAAAAGGTTTTCAAAATATTT 0 25 0 TTTATATCACCAAGGGATTTTTAAGCGGGG 1 20 0 TATCGGAAGAAAAGGGAATAA 3 1 0 GGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGTTTAG 8 18 1 ACTTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCT 8 51 1 AACTTTTAAAAGAGGGATTTTAAGATAACC 8 110 1 AAATACCTAAAGAAGGTAAATTCTTTTTGG 9 99 1 ATAAACATTGAGAAGGTTTACTGAAATTGG 11 33 1 AGATCAAGCTCGAGGGTTAACTTAAAAATG 13 32 0 CAACAAGAAGAAAAGGAAAAAGC 15 3 0 AAAAGCCCTCAGAGGGAAGTCGGTCATCAT 16 33 0 TTTGAGATTTAAAGGGAGTTTTCATAAAGA 16 112 1 TGATGACATCAAAGGGAAGATAATTATTAT 17 174 1 CGTCCCCTATAGAAGGAGTAGGATTAGCTT 21 70 1 ATTAGCTTCGAGAGGGATAAAAATAAGATA 21 92 1 TTCCTACCTTAGATGGATTAAGGTTGCAAT 21 172 1 TTCTAACATTAAAGGGATTAACT 22 29 1 CTTCAAAGGTCAAAGGATAATGATAGCTTT 23 40 0 ********** MAP Score: 11.8262 Motif 3 GTAACTAAAGTTTCGTAGGTGGGAAAATA 0 71 1 CCAAGGGATTTTTAAGCGGGGAAGTATTTAA 1 8 0 ATTCTAGCTTTAGCGGCGGCGGGCACGCCCGAG 4 11 0 TATCTTCACATTTCTTAGGAGAGG 5 58 1 TGGATGGAGATTAAGGAGGTGAAGGGTGA 9 6 0 TTATAACTCTTTCCGTAGGAGTACCGAGTTTAC 14 55 1 TTTGAAAAATTTTCTGAGGGGAGGAAAG 14 118 1 GATGACCGACTTCCCTCTGAGGGCTTTTTATCC 16 35 1 GTTAAATATCTTCCGGAGGTGGGGAGATGAAAA 17 32 1 TAATTGAATCTTACTTCGGTGAAGTACTCAAGG 18 14 1 ATCCTTGCTATATCCTCGGAGGGAAAC 21 4 0 ** * **** *** MAP Score: 11.766 Motif 4 GTAAAAGACTAAAAAAGGTTTTCAAAATATTTAAA 0 22 0 TTTATATCACCAAGGGATTTTTAAGCGGGGAAG 1 17 0 TGACTTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACA 8 49 1 GAAACTTTTAAAAGAGGGATTTTAAGATAACCTAC 8 108 1 CGGTACTCCTACGGAAAGAGTTATAAACTAACTTC 14 46 0 ACCTATTCTAACGGAATGATTTATATAGTATGGTG 15 52 1 CCGACTTCCCTCTGAGGGCTTTTTATCCCTTAGTC 16 40 1 AATTTCCTTAACGAAAGGATTTCCACCCTCATTTA 16 190 1 ACCCTCATTTACCGAAAGCTTTATATAGGCTATTG 16 214 1 GTCAAAGGATAATGATAGCTTTAGACTTTTCAACG 23 27 0 TTGATCGTGAACCGATGGGTTTAAGTTGAACTAGG 23 90 0 ** ** ** *** * MAP Score: 9.983 Motif 5 TTATTCCCTTTTCTTCCGATACTCTTTTT 3 9 1 AAAAAATTTGTTTCATCTGAAATGCACTTA 6 60 0 AACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCTTCAA 8 20 0 GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGCT 8 171 0 TATACTGGACTTTACTCCCAAATTTTTAG 12 9 0 TTTCCTCCCCCCAACCTTGT 14 0 1 CTTTCCTCCCCTCAGAAAATT 14 125 0 GATGACCGACTTCCCTCTGAGGGCTTTTTA 16 35 1 TCTGAGGGCTTTTTATCCCTTAGTCATCAG 16 50 1 AACGAAAGGATTTCCACCCTCATTTACCGA 16 199 1 TGAGCTTAATTTTCATCTCCCCACCTCCGG 17 44 0 CTCATGGGAGTTTTCTCTCATTTAGCCGGT 17 70 1 TCTTTATCCGTTACCTCCGCATCTTCTGTA 17 219 0 GTTTCCCTCCGAGGATATAGCA 21 2 1 ATTATCTTATTTTTATCCCTCTCGAAGCTA 21 94 0 ********** MAP Score: 9.19261 Motif 6 TTTTTTTAAAACTTTAAATATTTTGAAAACCTTTTTTAGTCT 0 9 1 CCCACCTACGAAACTTTAGTTACATACACAAATTAGGGTAAAA 0 51 0 TACCCCTTTTCTATTTTATATTGGTGGTAAAATA 2 12 1 CTTCCGATACTCTTTTTAATTAAGAGCTCAACTCTTTTATACT 3 22 1 TATTGTACTAACTTTTGAATTTTGGAAAACATACGAAACGTT 5 9 1 CTTTGAAAATAATTTTGGTTTGTAAGTGCATTTCAGATGAAAC 6 38 1 CAGAAATCTCCAGTTTGATTTAACGAGAAACTTTTAAAAGAGG 8 82 1 GCCAAAAGCAAGCTTTAAATACCTAAAGAAGGTAAATTCTTTT 9 83 1 GAGCAATTATACTTTTAAATTATTAGTCTAATTCGCACTTATT 12 68 0 TTACCCACTTAATTTTTAGTTCATTGAGCAATTATACTTTTAA 12 93 0 CGAATGATACATTTTTAAGTTAACCCTCGAGCTTGATCTG 13 23 1 CATCAAATTTATATTTTATTCTTTGAAAAATTTTCTGAGGGGA 14 97 1 TTGTTGTTTTAGGTTTAAATTATGTACCTATTCTAACGGAATG 15 27 1 TAGTCATCAGAGTTTTAATATGTTCATCGATGTATATAAAAAT 16 70 1 ATGTATATAAAAATTTGAGATTTAAAGGGAGTTTTCATAAAGA 16 99 1 TCCTGTGTCCCACTTTCAAATCGAAAGAAAGATCATCTCCTTG 16 147 1 AAAAATAAATTTAACTTAAGTAGTTAAATATCTTCCGGA 17 6 1 ATTGAGGTTAAAATTTCAGGAAAGAAGAGAGTTGGGGATATCC 17 109 1 TTATCCTTTGACCTTTGAAGTGAGCATAAATATTTATAAACCT 23 50 1 * *** * ** * * * MAP Score: 8.47298 Motif 7 TCAAAATATTTAAAGTTTTAAAAAAA 0 4 0 TATAAAAGAGTTGAGCTCTTAATTAAAAAGAG 3 31 0 TATTGTACTAACTTTTGAATTTTGGAAAA 5 7 1 TTTTTATACTTTAAGTTCAAAACCTTAAG 6 85 1 TGGAGGTAATTTTAGCTTACAATAGGGAGGGC 8 158 1 TGCTTTTGGCTTGAGGTTTCATAGTTGCCAAA 9 61 0 ATTGAGCAATTATACTTTTAAATTATTAGTCT 12 82 0 TTCTTGTTGTTTTAGGTTTAAATTATGTACCT 15 24 1 ATATAAAAATTTGAGATTTAAAGGGAGTTTTC 16 103 1 TCCCAGGAGATTGAGGTTAAAATTTCAGGAAA 17 100 1 CTTAGATGGATTAAGGTTGCAATGGATGCTAT 21 179 1 ATGGATGCTATTGACATCTAAACTTCTGAACT 21 200 1 CTAAGTTTTTAACTTCTTCTTC 22 0 1 ATGATAGCTTTAGACTTTTCAACGCTTTACTT 23 19 0 TCATTATCCTTTGACCTTTGAAGTGAGCATAA 23 47 1 ***** *** ** MAP Score: 6.30657 Motif 8 GTAACTAAAGTTTCGTAGGTGGGAAAATA 0 71 1 TCACCAAGGGATTTTTAAGCGGGGAAGTATTTAA 1 8 0 CTTTTCTATTTTATATTGGTGGTAAAATA 2 17 1 TTGTCATAGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAA 8 5 1 TCCTGGATGGAGATTAAGGAGGTGAAGGGTGA 9 6 0 GAAGGTAAATTCTTTTTGGTGATGAAGA 9 110 1 GAAGGTTTACTGAAATTGGTGGGAGA 11 44 1 CAATGAACTAAAAATTAAGTGGGTAATCTCACGATC 12 110 1 GTGTGAAACAAGGTTGGGGGGAGGAAA 14 1 0 TTTGAAAAATTTTCTGAGGGGAGGAAAG 14 118 1 AGGGATAAAAAGCCCTCAGAGGGAAGTCGGTCATCA 16 34 0 TAAAACTCTGATGACTAAGGGATAAAAAGCCCTCAG 16 51 0 AAGCTTTCGGTAAATGAGGGTGGAAATCCTTTCGTT 16 199 0 GTTAAATATCTTCCGGAGGTGGGGAGATGAAAATTA 17 32 1 ATCCTTGCTATATCCTCGGAGGGAAAC 21 1 0 TCGTCAATATATCATAAGGTGAGAAACC 24 14 1 * * ** ****** MAP Score: 5.9924 Motif 9 TTATTCCCTTTTCTTCCGATACTCTTTTTAA 3 3 1 TCATCTGAAATGCACTTACAAACCAAAATTATTTTCAA 6 40 0 GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAG 8 157 0 TCACCCTTCACCTCCTTAATCTCCATCCA 9 1 1 AAGCAAATTTCGCTATCCTTGTTTAAAACTCCTCGCGA 10 11 1 AGAATAGGTACATAATTTAAACCTAAAACAACAAGAAG 15 23 0 TTTATGAAAACTCCCTTTAAATCTCAAATTTTTATATA 16 102 0 ACTCCTGTGTCCCACTTTCAAATCGAAAGAAAGATCAT 16 145 1 AAAGGATTTCCACCCTCATTTACCGAAAGCTTTATATA 16 203 1 ATATCCCCAACTCTCTTCTTTCCTGAAATTTTAACCTC 17 112 0 AATATTTATGCTCACTTCAAAGGTCAAAGGATAATGAT 23 46 0 * * *** ** *** MAP Score: 3.1285 Motif 10 CAAAATATTTAAAGTTTTAAAAAAA 0 5 0 AAGACTAAAAAAGGTTTTCAAAATATTTAA 0 23 0 TATCACCAAGGGATTTTTAAGCGGGGAAGT 1 16 0 AAACATACGAAACGTTTTTATATATCTTCA 5 36 1 CAGATGAAACAAATTTTTTATACTTTAAGT 6 71 1 CTTAAGGTTTTGAACTTAAAGTA 6 91 0 AAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCC 8 25 0 AGGTTTAGTTGACTTTATCACAGAAGGTTT 8 40 1 TTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTAC 8 53 1 ATTTAACGAGAAACTTTTAAAAGAGGGATT 8 99 1 TACCTTCTTTAGGTATTTAAAGCTTGCTTT 9 87 0 GTTTTCGCGAGGAGTTTTAAACAAGGATAG 10 23 0 CTCCTCGCGAAAACTTTATAAACCCACATT 10 39 1 CTTAAATTGCAACTTTATAAACATTGAGAA 11 17 1 TCCTACGGAAAGAGTTATAAACTAACTTCC 14 45 0 TTCCCTCTGAGGGCTTTTTATCCCTTAGTC 16 45 1 CTTAGTCATCAGAGTTTTAATATGTTCATC 16 68 1 AGATTTAAAGGGAGTTTTCATAAAGATATA 16 116 1 CACCTCCGGAAGATATTTAACTACTTAAGT 17 23 0 TCCCAGGAAAAGCTTTATAACCCTACTTTT 21 237 1 CTAAGTTTTTAACTTCTTCTTC 22 2 1 TGATAGCTTTAGACTTTTCAACGCTTTACT 23 20 0 AAGTTGAACTAGGTTTATAAATATTTATGC 23 73 0 CTGTAGTAATAAATTTTTTACTGAGGTCGC 25 10 0 ********** MAP Score: 1.84225 Motif 11 AAATATTTAAAGTTTTAAAAAAA 0 3 0 TATTGTACTAACTTTTGAATTTTGGAAAA 5 9 1 AGATGAAACAAATTTTTTATACTTTAAGTT 6 72 1 TTTAACGAGAAACTTTTAAAAGAGGGATTT 8 100 1 TCCATCCAGGAATTTTATTAGGATGTCGGT 9 31 1 GCCAAAAGCAAGCTTTAAATACCTAAAGAA 9 83 1 TCCTCGCGAAAACTTTATAAACCCACATTT 10 40 1 CTTAAATTGCAACTTTATAAACATTGAGAA 11 17 1 CTGTATCGATAGCTTAATAAGTGCGAATTA 12 53 1 AGATCCCATCAAATTTATATTTTATTCTTT 14 91 1 TTAAATCTCAAATTTTTATATACATCGATG 16 94 0 ATTTACCGAAAGCTTTATATAGGCTATTGC 16 220 1 AAATAAATTTAACTTAAGTAGTTAAATATC 17 12 1 TCTCTACAATAACTTTTTTATAGGGGATCG 20 14 1 AAAATAAGATAATTTTAGAAATCATAGCAA 21 111 1 AGAAGTTCAGAAGTTTAGATGTCAATAGCA 21 205 0 TCCCAGGAAAAGCTTTATAACCCTACTTTT 21 237 1 CTAAGTTTTTAACTTCTTCTTC 22 2 1 AAGTTGAACTAGGTTTATAAATATTTATGC 23 73 0 CCTCAGTAAAAAATTTATTACTACAGCCTA 25 14 1 ********** MAP Score: 1.48065 Motif 12 TTTTAAGCGGGGAAGTATTTAA 1 2 0 CATCTACTTTGAAAATAATTTTGGTTTGTA 6 32 1 AACTTTTAAAAGAGGGATTTTAAGATAACC 8 110 1 TAGTATAACTGGAGGTAATTTTAGCTTACA 8 149 1 CACATAATTGGAAGTTAGTTTATAACTCTT 14 36 1 GTACTCCTACGGAAAGAGTTATAAACTAAC 14 49 0 CTATTCTAACGGAATGATTTATATAGTATG 15 54 1 TTTGAGATTTAAAGGGAGTTTTCATAAAGA 16 112 1 TTTCCTTAACGAAAGGATTTCCACCCTCAT 16 192 1 CCCACCTCCGGAAGATATTTAACTACTTAA 17 25 0 TTTCAGGAAAGAAGAGAGTTGGGGATATCC 17 122 1 ACATCAAAGGGAAGATAATTATTATAAATG 17 179 1 CTAATCCCAGGAAAAGCTTTATAACCCTAC 21 233 1 ********** MAP Score: 1.02494 Motif 13 AGGTTTTCAAAATATTTAAAGTTTTAAAAAAA 0 1 0 CCCACCTACGAAACTTTAGTTACATACACAAATTAGGGTAA 0 53 0 GATATATAAAAACGTTTCGTATGTTTTCCAAAATTCAAAAG 5 21 0 CAGATGAAACAAATTTTTTATACTTTAAGTTCAAAACCTTA 6 71 1 AAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTATCACAGAAGGTTT 8 29 1 TTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAGAAATCTCCA 8 53 1 AGCCAAAAGCAAGCTTTAAATACCTAAAGAAGGTAAATTCT 9 82 1 AAACCTTCTCAATGTTTATAAAGTTGCAATTTAAGTAGTCA 11 11 0 TGAGCAATTATACTTTTAAATTATTAGTCTAATTCGCACTT 12 71 0 TTACCCACTTAATTTTTAGTTCATTGAGCAATTATACTTTT 12 95 0 TTAACTTAAAAATGTATCATTCGATTAAGGAATAGT 13 5 0 CCCCTCAGAAAATTTTTCAAAGAATAAAATATAAATTTGAT 14 98 0 TTAAATCTCAAATTTTTATATACATCGATGAACATATTAAA 16 83 0 AGTTTTCATAAAGATATACTCCTGTGTCCCACTTTCAAATC 16 128 1 TCAAGGAGATGATCTTTCTTTCGATTTGAAAGTGGGACACA 16 150 0 ATCCCAGGAAAAGCTTTATAACCCTACTTTTTAAGTAAACC 21 236 1 GATAGCTTTAGACTTTTCAACGCTTTACTTATTCATGAG 23 8 0 AGTGAGCATAAATATTTATAAACCTAGTTCAACTTAAACCC 23 68 1 ATATTCGTCAATATATCATAAGGTGAGAAACC 24 9 1 ** **** ** * * MAP Score: 0.473387