AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons008_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255574 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0359 300 443aa long hypothetical glutamine synthetase #1 PH0572 300 445aa long hypothetical NADH oxidase #2 PH0878 300 285aa long hypothetical protein #3 PH0893 52 161aa long hypothetical protein #4 PH1290 300 372aa long hypothetical cytochrome-c3 hydrogenase alpha chain #5 PH1363 211 493aa long hypothetical protein #6 PH1426 209 336aa long hypothetical thioredoxin reductase #7 PH1509 300 440aa long hypothetical NADH oxidase #8 PH1516 149 303aa long hypothetical dihydroorotate dehydrogenase #9 PH1748 271 192aa long hypothetical protein #10 PH1749 50 482aa long hypothetical D-nopaline dehydrogenase #11 PH1751 259 377aa long hypothetical sarcosine oxidase #12 PH1874 80 298aa long hypothetical protein Motif 1 CCCTGGTTTAAAAACCTTCAGTTAAAAATTTTTAAGAA 1 272 0 TTTAGACATTTTTAAAACCAAAAGTTTTCAACCTATCCCCT 2 105 1 TATAGCGGTTTTTAAAACCATTAGTTTAAAACCCTCTAAAA 2 219 0 CATTTTCATATTTAAAACCAAAAGTTATGGACAAAATTGGG 3 14 0 AAAAAAAGAGTTCTCAACCTTTGGTTTTCAATTTTCGGGTT 4 191 1 TAACCTTTTTTTGCTAACCTAATGTTTTATAAATTATGACT 5 140 1 TAAAATAGCGTTTTAAACCAATGGTTGAGGAGGTTTGGAG 6 9 0 AAACCAAAGATATTAAACCAAAGGTTGAACACTTTTATTTT 6 123 0 TTTTATTTATTATCCAACCAATAGTTTACAATAAGTTTATA 12 12 1 ** **** *** * MAP Score: 23.2551 Motif 2 AACTGAAGGTTTTTAAACCAGGG 1 287 1 TTTAGACATTTTTAAAACCAAAAGTTTTCA 2 105 1 AAACCATTAGTTTAAAACCCTCTAAAAGGA 2 216 0 TATAGCGGTTTTTAAAACCATTAGTTTAAA 2 230 0 CATTTTCATATTTAAAACCAAAAGTTATGG 3 25 0 AACCCGAAAATTGAAAACCAAAGGTTGAGA 4 202 0 AAAAAAGCGTTTTTAAACCCGAAAATTGAA 4 217 0 AAGTCATAATTTATAAAACATTAGGTTAGC 5 152 0 TAAAATAGCGTTTTAAACCAATGGTTGAGG 6 20 0 TTCTAAGCTTTAAAAAACCCTTTTAAGATT 6 90 0 AAACCAAAGATATTAAACCAAAGGTTGAAC 6 134 0 TTAGTGAATATTTAAAAGCATTTTGGGGCA 6 180 0 TACAGTTTAATATAAAAACCTTATTTGAAA 8 123 1 ACAATAAGTTTATAAAAACAAAATGTTCAG 12 39 1 ********** MAP Score: 19.6325 Motif 3 GTTGCTCTGCAGTTAGTTTTGAAGACAGGTAGA 1 75 1 CCAAGCGCTTAGTTGATATTGAAATCGAGAGGG 1 194 1 AATTTTTAACTGAAGGTTTTTAAACCAGGG 1 280 1 CCGTCCCAGGAAAGGTTCTTGAAATTAAAGGAA 2 29 0 CAATATTTTTAGACATTTTTAAAACCAAAAGTT 2 98 1 CTTTCCTTTTAGAGGGTTTTAAACTAATGGTTT 2 213 1 GGTTTTAAACTAATGGTTTTAAAAACCGCTATA 2 227 1 TTAGGGTCATTGACGGTGTTAAAGGAGACCAAT 4 55 1 CAGGATAAAAAAGCGTTTTTAAACCCGAAAATT 4 220 0 AGATGTTGTTAAACTGCATAAGG 5 0 1 AAACTGCATAAGGAGCTCTTTAAAAAAGTTCCG 5 20 1 GACTTTACATAGGTAATGTTGAATTTGTTTCAA 5 177 1 GAAATCTTAAAAGGGTTTTTTAAAGCTTAGAAT 6 88 1 TTGTGCCCCAAAATGCTTTTAAATATTCACTAA 6 177 1 ATAATCGGAGAGATGCTCCTGAACTCTAGACAA 7 177 1 AGAAAGGGTTAAGAGATATTAAAATGTTGGGGA 7 260 0 TTAATTAAGAAGGGGATATTAAACTTTATTGTG 9 231 0 ATGTAACCCTAGAGGAAATTGAAAAGCTCATAG 11 31 1 *** * * ***** MAP Score: 16.9938 Motif 4 AAATTATCATTAACAGGGTTCCATAAAGGA 0 19 0 CCCCAGCAAGTAAGAGGGTTAGGAAGGCAA 0 103 0 AAAAAGCAATAAAAAGCATTCGTCGATTAT 1 31 1 TGAAGACAGGTAGAAGGGTTCATGATCATG 1 94 1 TAAAAATTTTTAAGAAGATTTAAATGCCAG 1 258 0 TCCTTTCCTTTTAGAGGGTTTTAAACTAAT 2 211 1 ATAAAAACATTTTCATATTTA 3 41 0 GGTCTTTGAAAAAAAGAGTTCTCAACCTTT 4 183 1 GTCCAGGATAAAAAAGCGTTTTTAAACCCG 4 226 0 AGGAGCTCTTTAAAAAAGTTCCGATAGAAA 5 30 1 TAGGTTAGCAAAAAAAGGTTAAAGAAGGCC 5 131 0 TAAGGAAGTAAAATAGCGTTTTAAACCAAT 6 28 0 GTAGAAATCTTAAAAGGGTTTTTTAAAGCT 6 85 1 GAATTGAAAATAAAAGTGTTCAACCTTTGG 6 117 1 AGTGAATATTTAAAAGCATTTTGGGGCACA 6 178 0 CTTTTTGACTAAAGAGGATTGACTCCCGAA 7 12 1 CACCCAAGAGAGAAAGGGTTAAGAGATATT 7 273 0 TCAAAGTTTCAAATAAGGTTTTTATATTAA 8 129 0 ********** MAP Score: 10.5729 Motif 5 GATAATTTCTCTAATAGTCAGGGAGCACTTCCG 0 41 1 GGGAGCACTTCCGAGAGTCAAGGCTATATAAAC 0 61 1 ATATTGTTCACTAAAAGCGGATGATCATTAGAT 0 264 1 GATATTGAAATCGAGAGGGAGGGAATATTTTAG 1 208 1 TCCCCTTATCCCAAAAGGGAATGTTGTCGGAGC 2 140 1 TTAAAACCCTCTAAAAGGAAAGGAAGCGTTTTT 2 202 0 ATATTTAAAACCAAAAGTTATGGACAAAATTGG 3 15 0 AAATTGAAAACCAAAGGTTGAGAACTCTTTTTT 4 192 0 TAAAAAAGTTCCGATAGAAAAGAGTGAGAAAAT 5 40 1 GCGTTTTAAACCAATGGTTGAGGAGGTTTGGAG 6 10 0 GCATCTCCACCCAAGAGAGAAAGGGTTAAGAGA 7 277 0 GGCTGATATCCTGATAGAGGGAGATAAAATA 8 8 0 ATTTTAATCGCCGACAGCGAGGGTACAATACCC 9 69 1 **** ** **** MAP Score: 8.33219 Motif 6 TATTCGCCTTCCTTTATGGAACCCTG 0 6 1 GAAGCTCCTTGCACCCTTTAATTAAACTCA 1 136 0 TAAAATATTCCCTCCCTCTCGATTTCAATA 1 210 0 CATGAAAAACGCTTCCTTTCCTTTTAGAGG 2 198 1 TAAACCTTGGGCACTCTTTAGAAGGCTTAA 4 17 1 TTTCGATAAACCTCTCCTTATCGAATGCTA 7 92 0 ATTTTGTTGGCCTTTCCTTCCTTATTTCGA 7 116 0 ATCTCTTAACCCTTTCTCTCTTGGGTGGAG 7 276 1 TATTTTATCTCCCTCTATCAGGATATC 8 7 1 TAAGATAAGGCCTCCCTTTAATAGAATTGA 8 67 1 AGATTAGCCTCCATCTATTAATTAAGA 9 254 0 ATCAGTGACTCCTTCATCTATGAGCTTTTC 11 51 0 ********** MAP Score: 6.67632 Motif 7 ATGAGTAAAGACTTATATTTGGTATATTGT 0 241 1 TCACCTTTTTTAGAGTTTAGCA 1 2 1 CTCCTTGCACCCTTTAATTAAACTCAAGAA 1 132 0 TCCCGATGTTTCCTTTAATTTCAAGAACCT 2 20 1 TAGGTTGAAAACTTTTGGTTTTAAAAATGT 2 110 0 TTTGTCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGA 3 20 1 AAGGCTTAATCCCTTTATTAGGGTCATTGA 4 38 1 CGCACCTTGACCTTTTATTTGGTGAAAAGT 4 114 0 AGAGTTCTCAACCTTTGGTTTTCAATTTTC 4 197 1 TGCCCTTGCAACCTTTATTTTCTCACTCTT 5 59 0 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160 1 ATCGCCGACAGCGAGGGTACAATACCCTCGCAAGGGCTCG 9 75 1 AGATTTAAATGCCAGGGAAAGCTTTGCCTGCTCTAAAATA 1 233 0 GAAGACAGGTAGAAGGGTTCATGATCATGGGGGGACCTTC 1 95 1 GTTATCGAGGATCAGGGATGAGCATCATGGTTAATCCTGT 4 264 1 CCCAGCAAGTAAGAGGGTTAGGAAGGCAAGTAAACTTAGT 0 92 0 TCACTGAAATATGAAGGAAAAATTTGAACGAATGCCCTCA 7 215 1 CCCTTTTGGGATAAGGGGATAGGTTGAAAACTTTTGGTTT 2 119 0 GAAGCTCGCTATGAGGGATGATAATGGATAAAGCAGTATG 7 49 1 AGGTTAGCAAAAAAAGGTTAAAGAAGGCCGGAAGCAATTG 5 120 0 CCCTTATCCCAAAAGGGAATGTTGTCGGAGCATTTTCTAC 2 142 1 CTAAATATAGGTTAGGGAAAATGAAATTTGAAAATTTTTT 10 20 0 ATGGGCCCTTGTCAAGGTAGAACTTGCATACCTATAGTAA 11 114 1 GGTTTATCGAAATAAGGAAGGAAAGGCCAACAAAATGTCA 7 110 1 TTCTCTAATAGTCAGGGAGCACTTCCGAGAGTCAAGGCTA 0 47 1 CTATCATCCAACTAGGGCTGATATCCTGATAGAGGGAGAT 8 16 0 * **** * * * * * MAP Score: 3.21011 Motif 12 CACCTTTTTTAGAGTTTAGCAAAAAGCAATAAA 1 11 1 GACAGGTAGAAGGGTTCATGATCATGGGGGGAC 1 98 1 TTTTTAACTGAAGGTTTTTAAACCAGGG 1 282 1 TTCCTTTTAGAGGGTTTTAAACTAATGGTTTTA 2 215 1 AAGAGTGCCCAAGGTTTATTAAAGA 4 2 0 TTTGAAAAAAAGAGTTCTCAACCTTTGGTTTTC 4 187 1 TTTCAATTTTCGGGTTTAAAAACGCTTTTTTAT 4 216 1 ATCGAGGATCAGGGATGAGCATCATGGTTAATC 4 267 1 AAATCTTAAAAGGGTTTTTTAAAGCTTAGAATT 6 89 1 TATTAAACCAAAGGTTGAACACTTTTATTTTCA 6 121 0 TTTTTTGTCTAGAGTTCAGGAGCATCTCTCCGA 7 181 0 CAGGCTGGGCAAGGATCATCATCCGCCCACAAG 9 14 1 GCCGACAGCGAGGGTACAATACCCTCGCAAGGG 9 78 1 GGCCCACAATAAAGTTTAATATCCCCTTCTTAA 9 227 1 ATAAAAACAAAATGTTCAGAACCTAGTGTAATG 12 50 1 ******** * * MAP Score: 2.76771 Motif 13 AGGGTTCCATAAAGGAAGGCGAATA 0 3 0 AGTAAGAGGGTTAGGAAGGCAAGTAAACTTAG 0 93 0 ATTGAAATCGAGAGGGAGGGAATATTTTAGAG 1 211 1 AAACCCTCTAAAAGGAAAGGAAGCGTTTTTCA 2 200 0 AGAAGAAAAAATAAGGAAGTAAAATAGCGTTT 6 37 0 ATCTTCTCTCTGAAGAAGAAAAAATAAGGAAG 6 50 0 CTAGCATTCGATAAGGAGAGGTTTATCGAAAT 7 91 1 TTTATCGAAATAAGGAAGGAAAGGCCAACAAA 7 112 1 ACTCACTGAAATATGAAGGAAAAATTTGAACG 7 213 1 ATATCCTGATAGAGGGAGATAAAATA 8 4 0 TTAATCGCCGACAGCGAGGGTACAATACCCTC 9 72 1 CATCTATTAATTAAGAAGGGGATATTAAACTT 9 238 0 CTTAATTAATAGATGGAGGCTAATCT 9 255 1 * ******* ** MAP Score: 1.76292