AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255688
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0137	274	378aa long hypothetical protein
#1	PH0292	300	398aa long hypothetical 5-aminolevulinic acid synthase (8 amino-7-oxonenanoate synthase)
#2	PH0726	129	317aa long hypothetical ornithine carbamoyltransferase
#3	PH0781	99	526aa long hypothetical alanine transport protein
#4	PH1501	96	438aa long hypothetical aminotransferase
#5	PH1721	215	273aa long hypothetical ribosomal protein S6 modification protein
#6	PH1963	300	417aa long hypothetical dihydroorotase

Motif 1
AGGGAGGAAAAAATGTAACGTTGGACGAGAGGAA	0	10	0
AGTGAATATGAAAGATAAGGGAGGAAAAAATGTA	0	27	0
AAAGTGTTATAATGATTGAGCTGATTATTCTAAA	0	77	0
ATGAGTTGATATATGTTGTGGAGGTAGGAAG   	0	253	1
GGGTATTTGAAAAGATTAGGGAGGTTTTTGAAGC	1	48	0
GGCCCTGAATGGAGGAGAGGGAGGTATCATGATA	1	137	0
TATTGCAGAAATTTTTTATGGTGGGCCCTGAATG	1	160	0
TAATAAGTTAAAAAGTTTCGGAGGGGATTGAGTA	2	12	0
ATCCAAGTTTACTTATGTCGCAGAAACGATTATT	2	71	1
CTCAAGCCTAAGTGGTTACGGTGATTGGTC    	2	109	1
CATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAAAGCCTTAA	3	50	1
GGAGTGTCCTGTATGTGGAGCTGAGATAGAGCTT	5	34	1
TGAGTGTCCTGTATGTGGAGCTGAGCTTGAAGTG	5	94	1
GTCTAAACCCATTGGTGTTGGAGGAGGTTCCAGA	5	132	1
AGGAGGTTCCAGAGGTCGAGGAGGATTGGGGGGA	5	153	1
TTTGGATCTAAAGTGTGTAGGTGGT         	6	1	0
AAAAATATGGAGTGATACTGTTGGTTTTAACGTT	6	203	0
TATTTTTCCCAAAAGTAACGTAGAACCAAAAAAG	6	230	1
          * ****   *****
MAP Score: 15.078

Motif 2
TCAAGGCTAATTATACATAAAATTCCCCCAATAT	0	150	0
ATATATTAAATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATT	0	204	0
TAATCGTCTTTATTGCAGAAATTTTTTATGGTGG	1	170	0
TTTTATACTTTAATGCCCAAATGTAGTCG     	1	281	1
ATGTAAAAAATCTTTCATAAATTTCAAATTTTGA	3	35	1
TTTAAGGCTTTCCTGCTCAAAATTTGAAATTTAT	3	51	0
AACGATCTGGTGTAGCTCAACGTTCTCAAGCTCT	5	61	0
AGGCATAACTTTATACACAAACTCTGATATTTAA	6	68	1
GGATTGCGACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAA	6	102	1
TTAGACAGGCTATAGCTCAAATTTATTAACAATT	6	153	1
TCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTAACGTAGAAC	6	222	1
          * ** * **** **
MAP Score: 12.0626

Motif 3
TACATTTTTTCCTCCCTTATCTTTCATATTCA	0	27	1
   CTTCCTACCTCCACAACATATATCAACTC	0	255	0
GCTTCAAAAACCTCCCTAATCTTTTCAAATAC	1	48	1
TATCATGATACCTCCCTCTCCTCCATTCAGGG	1	137	1
TACTCAATCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTAT	2	12	1
CTCTATCTCAGCTCCACATACAGGACACTCCG	5	33	0
TTCAAGCTCAGCTCCACATACAGGACACTCAA	5	93	0
TCTGGAACCTCCTCCAACACCAATGGGTTTAG	5	134	0
TCCTCCTCGACCTCTGGAACCTCCTCCAACAC	5	146	0
AAGGGCTACTCCCCCCAATCCTCCTCGACCTC	5	164	0
   TCACCTCCCTCCAAAAATTAAAAATTAAA	5	196	0
          *****  *****
MAP Score: 10.1203

Motif 4
TACATTTTTTCCTCCCTTATCTTTCATATTCAC	0	27	1
GCTTCAAAAACCTCCCTAATCTTTTCAAATACC	1	48	1
TATCATGATACCTCCCTCTCCTCCATTCAGGGC	1	137	1
ATACTCAATCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTAT	2	11	1
ATTAAAACTTCATACCTGAGCTTTTTCTAATCC	2	42	1
GTTTCTGCGACATAAGTAAACTTGGATTAGAAA	2	65	0
GTTCTCAAGCTCTATCTCAGCTCCACATACAGG	5	41	0
TCCTCCTCGACCTCTGGAACCTCCTCCAACACC	5	145	0
GTAAGCACTACCTTAGGCATCTCTGTTTCAAAT	6	34	0
TGAGCTATAGCCTGTCTAATCTTGGCCGAATAC	6	139	0
          *** *** * ***
MAP Score: 7.52171

Motif 5
TGCTAACTGCAAATCTTTTATACTTTAATGCCCAAA	1	266	1
TAGCTTAATGAACTATTTAAGGCTTTCCTGCTCAAA	3	64	0
ATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATTTATCTTATTAT	0	193	0
AAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT	6	254	0
AAGCTATATAAGCTATTTTGACATTTAGCAAAATTA	4	46	1
ATAATGTAAAAAATCTTTCATAAATTTCAAATTTTG	3	32	1
AATGTTAGAAAAGCATATAATGCTTTCCTTTTATAT	0	118	1
CTTTCATATTCACTATATCGGCCTTTTATTTTTAGA	0	47	1
AGATTTTTTACATTATATAAAGCTTTTAATCTGCTG	3	12	0
TCCAACGTTACATTTTTTCCTCCCTTATCTTTCATA	0	19	1
AAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAACTTTG	6	274	1
GCTATAGCTCAAATTTATTAACAATTACGCTTAGTT	6	161	1
ATATTGGGGGAATTTTATGTATAATTAGCCTTGATA	0	150	1
TCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAACTTCAT	2	19	1
ATTAACCTGCAGATATATTAAATTTTTCTCAAAATT	0	214	0
TGGGGGGAGTAGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGG	5	179	1
TAGCTTATATAGCTTTTGACCGATTTCCTTTTATCC	4	25	0
          ** * ***    ****
MAP Score: 7.44622

Motif 6
ACTATATCGGCCTTTTATTTTTAGAATAATCA	0	58	1
TAACACTTTGCTTAGTAATGTTAGAAAAGCAT	0	102	1
GCCAATTTATCTTATTATTTTTAAATATCAAG	0	179	0
TTAAATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATTTAT	0	201	0
CTTCAAAAACCTCCCTAATCTTTTCAAATACC	1	49	1
AATATGCTAACTGCAAATCTTTTATACTTTAA	1	262	1
ACTCAATCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTATT	2	13	1
TGACCGATTTCCTTTTATCCTTAAAGGAAGAG	4	13	0
TGAGATAGAGCTTGAGAACGTTGAGCTACACC	5	55	1
GGGAGTAGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGG	5	183	1
GAGCTATAGCCTGTCTAATCTTGGCCGAATAC	6	139	0
AACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTA	6	215	1
GTAGAAAAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTT	6	268	1
CTTTTAATAACTTTCTAACTTTG         	6	287	1
          ***  *******
MAP Score: 7.24487

Motif 7
  TTCCTCTCGTCCAACGTTACATTTTTTCC	0	8	1
GTTACATTTTTTCCTCCCTTATCTTTCATAT	0	25	1
TTATATGCTTTTCTAACATTACTAAGCAAAG	0	107	0
CTGCAAATCTTTTATACTTTAATGCCCAAAT	1	272	1
CCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAACTTC	2	22	1
TATGAAAGATTTTTTACATTATATAAAGCTT	3	23	0
CTTTCATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAAA	3	46	1
ATATAAGCTATTTTGACATTTAGCAAAATTA	4	51	1
GGAGTAGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGG	5	184	1
GGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGT	6	21	0
ATACTGTTGGTTTTAACGTTAAATTGAACTA	6	192	0
TTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGAA	6	235	0
TCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT	6	254	0
TATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTT	6	265	0
TTTTAATAACTTTCTAACTTTG         	6	288	1
          ******* ***
MAP Score: 7.1636

Motif 8
ATAAAAGGAAAGCATTATATGCTTTTCTAACATTACTAAGCAAA	0	108	0
ATATTTAAAAATAATAAGATAAATTGGCAAAAATTTTGAGAAAA	0	183	1
TAAAGCCGTAAGCTTCAAAAACCTCCCTAATCTTTTCAAATACC	1	37	1
AGAGGGAGGTATCATGATAGAGAGAGTCAAAGGAACTAGGGACT	1	112	0
TTCAGGGCCCACCATAAAAAATTTCTGCAATAAAGACGATTACC	1	162	1
AAAGACGATTACCTTTATACAATGCCTGAATACTGTTGCATATA	1	193	1
GAAACTTTTTAACTTATTAAAACTTCATACCTGAGCTTTTTCTA	2	27	1
GCAGATTAAAAGCTTTATATAATGTAAAAAATCTTTCATAAATT	3	14	1
TTTCCTGCTCAAAATTTGAAATTTATGAAAGATTTTTTACATTA	3	33	0
TGAGCAGGAAAGCCTTAAATAGTTCATTAAGCTATACTAAAAG 	3	66	1
GTAACGTAGAACCAAAAAAGAAAGGTAGAAAAAACTTAAGAACC	6	244	1
AAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAACTTTG         	6	275	1
          * * * * * *  *    **   *
MAP Score: 6.38775

Motif 9
TAATCAGCTCAATCATTATAACACTTTGCTTA	0	84	1
TTAAAGCCGTAAGCTTCAAAAACCTCCCTAAT	1	36	1
AAACCTCCCTAATCTTTTCAAATACCCATCTT	1	55	1
TAAAGACGATTACCTTTATACAATGCCTGAAT	1	192	1
GCTAACTGCAAATCTTTTATACTTTAATGCCC	1	267	1
ATCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAAC	2	18	1
TAACTTATTAAAACTTCATACCTGAGCTTTTT	2	36	1
ACATTATATAAAGCTTTTAATCTGCTGAG   	3	7	0
TTGAGCAGGAAAGCCTTAAATAGTTCATTAAG	3	65	1
ATAGCTTATATAGCTTTTGACCGATTTCCTTT	4	30	0
 ACCACCTACACACTTTAGATCCAAATTTGAA	6	9	1
TTACAAGGCATAACTTTATACACAAACTCTGA	6	63	1
GAATAGTCGCAATCCTTAAATATCAGAGTTTG	6	85	0
AAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAAC	6	274	1
          ** ***** ***
MAP Score: 5.81642

Motif 10
CTAATCTTTTCAAATACCCATCTTCTTTTAG	1	63	1
CAGAAAGTCCCTAGTTCCTTTGACTCTCTCT	1	107	1
GCAATAAAGACGATTACCTTTATACAATGCC	1	188	1
          CGACTACATTTGGGCATTAAA	1	289	0
AGCTTTTGACCGATTTCCTTTTATCCTTAAA	4	20	0
TAATCTTGGCCGAATACCCATTTATAGCTTA	6	125	0
AATTTATTAACAATTACGCTTAGTTCAATTT	6	172	1
          *** *******
MAP Score: 2.7286