AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255712
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0134	300	300aa long hypothetical protein
#1	PH0136	24	375aa long hypothetical Na(+)/H(+) antiporter
#2	PH0137	274	378aa long hypothetical protein
#3	PH0292	300	398aa long hypothetical 5-aminolevulinic acid synthase (8 amino-7-oxonenanoate synthase)
#4	PH0726	129	317aa long hypothetical ornithine carbamoyltransferase
#5	PH0781	99	526aa long hypothetical alanine transport protein
#6	PH1501	96	438aa long hypothetical aminotransferase
#7	PH1721	215	273aa long hypothetical ribosomal protein S6 modification protein
#8	PH1963	300	417aa long hypothetical dihydroorotase

Motif 1
AGTTTTTCATTTAGCGAGGGTACCCTTGCT	0	39	0
CGTTCCCAAATTAGCGAGGGATTAAGTCGA	0	240	1
ATTTGAGAATTTGAAGAGGGTA        	1	2	0
AATGTAACGTTGGACGAGAGGAA       	2	3	0
TTGATATATGTTGTGGAGGTAGGAAG    	2	258	1
    ATTCCATTACGGGGGTTAAGATCTCC	3	6	1
GCTTACGGCTTTAAGGAGATCTTAACCCCC	3	20	0
TTTGAAAAGATTAGGGAGGTTTTTGAAGCT	3	47	0
GGAGGTATCATGATAGAGAGAGTCAAAGGA	3	122	0
GGGCCCTGAATGGAGGAGAGGGAGGTATCA	3	142	0
CAGAAATTTTTTATGGTGGGCCCTGAATGG	3	159	0
AGTTAAAAAGTTTCGGAGGGGATTGAGTAT	4	11	0
GCCTAAGTGGTTACGGTGATTGGTC     	4	114	1
          TTACGGGGGGATAGAGATGA	7	0	1
GGAGCTGAGCTTGAAGTGGTTAGTCTAAAC	7	110	1
CCATTGGTGTTGGAGGAGGTTCCAGAGGTC	7	140	1
TCGAGGAGGATTGGGGGGAGTAGCCCTTTT	7	168	1
AATTTTTAATTTTTGGAGGGAGGTGA    	7	199	1
ATCTAAAGTGTGTAGGTGGT          	8	0	0
          **********
MAP Score: 16.9173

Motif 2
AGTCTATTAGTTTTTCATTTAGCGAGGGTACCCTTGCT	0	39	0
GAGGGAAAAGTTTTTAATTTGAAAAAGTCGTTCCCAAA	0	212	1
GAAAAAGTCGTTCCCAAATTAGCGAGGGATTAAGTCGA	0	232	1
TAACTCACTATTCTAAAAGTGGGAAAGGGGAAGGAAT 	0	273	1
      ATATTTGAGAATTTGAAGAGGGTA        	1	2	0
ATATAGTGAATATGAAAGATAAGGGAGGAAAAAATGTA	2	27	0
AACACTTTGCTTAGTAATGTTAGAAAAGCATATAATGC	2	103	1
AGATGGGTATTTGAAAAGATTAGGGAGGTTTTTGAAGC	3	48	0
TTTTAATAAGTTAAAAAGTTTCGGAGGGGATTGAGTAT	4	11	0
CTTTCATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAAAGCCTTAA	5	46	1
TTAGTATAGCTTAATGAACTATTTAAGGCTTTCCTGCT	5	68	0
TTGGAGGAGGTTCCAGAGGTCGAGGAGGATTGGGGGGA	7	149	1
CCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGGAGGGAGGTGA    	7	191	1
     CAAAGTTAGAAAGTTATTAAAAGGTTCTTAAGT	8	277	0
          **   **  *   *****
MAP Score: 15.0745

Motif 3
TTTGAAAAAGTCGTTCCCAAATTAGCGAGGGATT	0	229	1
TCAAGGCTAATTATACATAAAATTCCCCCAATAT	2	150	0
ATATATTAAATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATT	2	204	0
TAATCGTCTTTATTGCAGAAATTTTTTATGGTGG	3	170	0
TTTTATACTTTAATGCCCAAATGTAGTCG     	3	281	1
ATGTAAAAAATCTTTCATAAATTTCAAATTTTGA	5	35	1
TTTAAGGCTTTCCTGCTCAAAATTTGAAATTTAT	5	51	0
GGATTGCGACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAA	8	102	1
TTAGACAGGCTATAGCTCAAATTTATTAACAATT	8	153	1
TCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTAACGTAGAAC	8	222	1
          *  * * *******
MAP Score: 11.9668

Motif 4
AACCGTGCTGAAGTCTATTAGTTTTTCATT	0	58	0
AAGTCAAACCAAGGTTTTTAATCTAAACTA	0	147	0
AGATGAGGGAAAAGTTTTTAATTTGAAAAA	0	208	1
ATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATTTATCT	2	199	0
AAGATTAGGGAGGTTTTTGAAGCTTACGGC	3	41	0
TTTATTGCAGAAATTTTTTATGGTGGGCCC	3	166	0
TGCTAACTGCAAATCTTTTATACTTTAATG	3	266	1
ATCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAA	4	18	1
TACATTATATAAAGCTTTTAATCTGCTGAG	5	10	0
AATTTATGAAAGATTTTTTACATTATATAA	5	28	0
TCAAAATTTGAAATTTATGAAAGATTTTTT	5	39	0
GTTTGTGTATAAAGTTATGCCTTGTAAGCA	8	60	0
GCTATAGCTCAAATTTATTAACAATTACGC	8	161	1
AAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTT	8	261	0
 CAAAGTTAGAAAGTTATTAAAAGGTTCTT	8	281	0
          **********
MAP Score: 11.9642

Motif 5
AGTCTATTAGTTTTTCATTTAGCGAGGGTA	0	47	0
CAAACCAAGGTTTTTAATCTAAACTAGCGA	0	143	0
GAGGGAAAAGTTTTTAATTTGAAAAAGTCG	0	212	1
ATTATATGCTTTTCTAACATTACTAAGCAA	2	109	0
ATCTTATTATTTTTAAATATCAAGGCTAAT	2	173	0
ACTGCAAATCTTTTATACTTTAATGCCCAA	3	271	1
CCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAACTT	4	22	1
TTATGAAAGATTTTTTACATTATATAAAGC	5	25	0
CTTTCATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAA	5	46	1
ACCGATTTCCTTTTATCCTTAAAGGAAGAG	6	13	0
GGAGTAGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTG	7	184	1
GGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAG	8	22	0
TCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGG	8	255	0
TTTTAATAACTTTCTAACTTTG        	8	288	1
          **********
MAP Score: 10.0957

Motif 6
CTATAGTAGGTCCAAATGGTAGCGGAAAAAC       	0	3	0
AGTCTATTAGTTTTTCATTTAGCGAGGGTACCCTTGCT	0	39	0
AACTTTGATCCTCAAGAATTGGAGATGAGGGAAAAGTT	0	186	1
GAAAAAGTCGTTCCCAAATTAGCGAGGGATTAAGTCGA	0	232	1
TAACTCACTATTCTAAAAGTGGGAAAGGGGAAGGAAT 	0	273	1
       ATATTTGAGAATTTGAAGAGGGTA       	1	3	0
GATGAGTTGATATATGTTGTGGAGGTAGGAAG      	2	252	1
CTTTCATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAAAGCCTTAA	5	46	1
AAGCGGAGTGTCCTGTATGTGGAGCTGAGATAGAGCTT	7	30	1
TCGTTGAGTGTCCTGTATGTGGAGCTGAGCTTGAAGTG	7	90	1
AGTCTAAACCCATTGGTGTTGGAGGAGGTTCCAGAGGT	7	131	1
TTGGAGGAGGTTCCAGAGGTCGAGGAGGATTGGGGGGA	7	149	1
CTTTTTAATTTTTAATTTTTGGAGGGAGGTGA      	7	193	1
          * *   * ** ***  **
MAP Score: 6.30845

Motif 7
GCAAGGGTACCCTCGCTAAATGAAAAACTAATAGACTTCA	0	40	1
GAACTTTTCGCTAGTTTAGATTAAAAACCTTGGTTTGACT	0	136	1
TTGGGAACGACTTTTTCAAATTAAAAACTTTTCCCTCATC	0	209	0
      TACCCTCTTCAAATTCTCAAATAT          	1	4	1
ACTATATCGGCCTTTTATTTTTAGAATAATCAGCTCAATC	2	58	1
TAACACTTTGCTTAGTAATGTTAGAAAAGCATATAATGCT	2	102	1
GTATAATTAGCCTTGATATTTAAAAATAATAAGATAAATT	2	168	1
ATCAAATTAACCTGCAGATATATTAAATTTTTCTCAAAAT	2	215	0
CCCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAACTTCATACCTGA	4	21	1
AGATTAAAAGCTTTATATAATGTAAAAAATCTTTCATAAA	5	16	1
TGTAAAAAATCTTTCATAAATTTCAAATTTTGAGCAGGAA	5	36	1
GCAGGAAAGCCTTAAATAGTTCATTAAGCTATACTAAAAG	5	69	1
GGGGAGTAGCCCTTTTTAATTTTTAATTTTTGGAGGGAGG	7	182	1
GTAGAAAAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAACTT	8	268	1
          ***    *  * * ***  *
MAP Score: 5.69564

Motif 8
TTTTCGCTAGTTTAGATTAAAAACCTTGGTTTGA	0	140	1
GAACGACTTTTTCAAATTAAAAACTTTTCCCTCA	0	211	0
   TACCCTCTTCAAATTCTCAAATAT       	1	7	1
ATAATTAGCCTTGATATTTAAAAATAATAAGATA	2	170	1
CCACTTAGGCTTGAGTTTTAATAATCGTTTCTGC	4	90	0
TGAAAGATTTTTTACATTATATAAAGCTTTTAAT	5	18	0
TGCTCAAAATTTGAAATTTATGAAAGATTTTTTA	5	38	0
ATAAGCTATTTTGACATTTAGCAAAATTATACTG	6	53	1
CCTCCAAAAATTAAAAATTAAAAAGGGCTACTCC	7	184	0
CAGGCTATAGCTCAAATTTATTAACAATTACGCT	8	158	1
          ** * *****  **
MAP Score: 2.57094

Motif 9
GGAGATGAGGGAAAAGTTTTTAATTTGAAAAAGTCGTTCCCAAATTAG	0	206	1
TATTTTTAGAATAATCAGCTCAATCATTATAACACTTTGCTTAGTAAT	2	73	1
ACTTTGCTTAGTAATGTTAGAAAAGCATATAATGCTTTCCTTTTATAT	2	106	1
CCTTAAAGCCGTAAGCTTCAAAAACCTCCCTAATCTTTTCAAATACCC	3	34	1
ATCCTCGGGCAGAAAGTCCCTAGTTCCTTTGACTCTCTCTATCATGAT	3	98	1
TTTTGAGCAGGAAAGCCTTAAATAGTTCATTAAGCTATACTAAAAG  	5	63	1
AGGATAAAAGGAAATCGGTCAAAAGCTATATAAGCTATTTTGACATTT	6	24	1
GGTAGTGCTTACAAGGCATAACTTTATACACAAACTCTGATATTTAAG	8	55	1
AACCAAAAAAGAAAGGTAGAAAAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTT	8	253	1
          * ** *     * *       *  ** *
MAP Score: 2.38335

Motif 10
ATCATCAGAGAACTTTTCGCTAGTTTAGATTAAA	0	127	1
ACCTTGGTTTGACTTTGAAGTGTAAACTTTGATC	0	162	1
TTGAAGTGTAAACTTTGATCCTCAAGAATTGGAG	0	176	1
GAAAAAATGTAACGTTGGACGAGAGGAA      	2	4	0
ATTTTTCTCAAAATTTTTGCCAATTTATCTTATT	2	195	0
AGGAACTAGGGACTTTCTGCCCGAGGATATGGCT	3	92	0
CCACCATAAAAAATTTCTGCAATAAAGACGATTA	3	170	1
TCCCCTCCGAAACTTTTTAACTTATTAAAACTTC	4	19	1
TTCCTGCTCAAAATTTGAAATTTATGAAAGATTT	5	42	0
AGAGCTTGAGAACGTTGAGCTACACCAGATCGTT	7	61	1
CTCCCTCCAAAAATTAAAAATTAAAAAGGGCTAC	7	187	0
CTTTAGATCCAAATTTGAAACAGAGATGCCTAAG	8	22	1
TACAAGGCATAACTTTATACACAAACTCTGATAT	8	64	1
ACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAATGGGTATT	8	110	1
AATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTGTCTAA	8	153	0
AGTTCAATTTAACGTTAAAACCAACAGTATCACT	8	193	1
ACCTTTTAATAACTTTCTAACTTTG         	8	285	1
          ******  ***  *
MAP Score: 0.862563