AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255740 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0002 233 155aa long hypothetical transcription termination-antitermination factor #1 PH0285 108 112aa long hypothetical methionyl-tRNA synthetase #2 PH0314 300 896aa long hypothetical valyl-tRNA synthetase #3 PH0636 128 476aa long hypothetical cysteinyl-tRNA synthetase #4 PH0640 75 406aa long hypothetical phosphate permease #5 PH0641 300 213aa long hypothetical protein #6 PHS024 167 62aa long hypothetical protein #7 PH1131 285 318aa long hypothetical sodium dependent phosphate transporter #8 PH1333 300 706aa long hypothetical protein #9 PH1334 67 691aa long hypothetical protein #10 PH1390 56 301aa long hypothetical thiamin biosynthesis protein Motif 1 AACACTCTCTTCGACTCCTTGAAAAAGTTCCTGACCCTCT 0 77 0 AATCTCTCCCTCTCATCCTTGAGTTGTTTAAATAGCTCCT 2 73 0 AAGGATCTGATTTCCCTCTTCCTTATTTTACATAAAGCTT 2 167 1 TTAGAACTTATTCCCGTCTTAAAAGCTTTATGTAAAATAA 2 189 0 ACTTAAATTACACCCTTCTTTTCTTGGCTAGTTTAGATT 2 271 1 CAAAAAGAATTTACCTTCTTTAGGTATTTAAAGCTTGCTT 3 20 1 TCACCCTTCACCTCCTTAATCTCCATCCAGGAATTTT 3 101 0 CACCTCATTCTACCCTTCTTCTTCCATTTCCTTGGTCTCC 5 198 0 AGTCTCCTTATTCTCTTCTTAATCCACTTCCACCTCATTC 5 228 0 ATAAGTCCTCTCTCCTTCTTTCTTTGTCTCTTGAGTCTCC 5 261 0 ACTTTATAGATAAACTCCTTCGAATGCATGCAGAACACCA 7 51 0 CTCCAATGCCTAGGCTTCTTCAAACTCTTAAAAAACTTGA 7 147 1 CTGACTATAATCTCCTTATTATACGTTATCTCGACTAAAC 7 195 0 GATGAATGATTACACTTCATAGCTTCCTTCTTTCATTCTT 7 244 1 AGCTTCCTTCTTTCATTCTTGAGGTGATTAA 7 264 1 TCGAGCTCCATTAACTCCTTTATCAACATCTCTTCTGAAT 8 172 0 AACTTCCCCTCCTTTAAGAAAATCAGAAGGCTTA 9 43 0 * ******* ** MAP Score: 23.1675 Motif 2 ATCAAGTTGTGGGGGTAGGAGATGCCAGAGTT 0 40 1 AACTTTTTCAAGGAGTCGAAGAGAGTGTTCCT 0 88 1 TTTATATTTGTGGATAAGGAAACCCTTAAATA 1 59 0 GAAAATAGAGAGGATATGGAAGATATACGAGC 2 23 1 CAACTCAAGGATGAGAGGGAGAGATTGCTAAA 2 87 1 TGTAAAATAAGGAAGAGGGAAATCAGATCCTT 2 167 0 TCCTTTCTATGTGAAGCGAAGGACGATATGCA 2 240 0 TAAACTAGCCAAGAAAAGAAGGGTGTAATTTA 2 274 0 ATGGAGATTAAGGAGGTGAAGGGTGA 3 112 1 AGTTTGGGGAGAGATTAGGAGGTGATGCTCAT 5 161 1 GGTGATGCTCATGAAGAGGAGACCAAGGAAAT 5 181 1 GAGGAGACCAAGGAAATGGAAGAAGAAGGGTA 5 196 1 GAAGGGTAGAATGAGGTGGAAGTGGATTAAGA 5 220 1 GATTAAGAAGAGAATAAGGAGACTCAAGAGAC 5 244 1 AAGAGACAAAGAAAGAAGGAGAGAGGACTTAT 5 269 1 AACACAATTGGTGAGGGGGAGAA 6 1 0 GAGATAACGTATAATAAGGAGATTATAGTCAG 7 203 1 CCTCAAGAATGAAAGAAGGAAGCTATGAAGTG 7 256 0 AAGTTATTCGAGAAAGAGGAGAAAGCTTACCT 8 27 1 ACGTTATATAAGGACAAGAAAGTTTTGGGAAT 8 215 1 GATTTTCTTAAAGGAGGGGAAGTT 9 53 1 **** * ***** MAP Score: 19.5977 Motif 3 GGAGATGCCAGAGTTCCAGGAGAGGGTCAGGAA 0 57 1 ACTTTTTCAAGGAGTCGAAGAGAGTGTTCCTGG 0 89 1 GAGTGTTCCTGGTAACGAAGAAGCCCGGATGGG 0 110 1 AGCTTTTAGCGAAAATAGAGAGGATATGGAAGA 2 13 1 ACAACTCAAGGATGAGAGGGAGAGATTGCTAAA 2 86 1 CTTTATGTAAAATAAGGAAGAGGGAAATCAGAT 2 171 0 TTCCTGGATGGAGATTAAGGAGGTGAAGGGTGA 3 105 1 TAATAAGGCTTAGTTTGGGGAGAGATTAGGAGG 5 150 1 TTTGGGGAGAGATTAGGAGGTGATGCTCATGAA 5 163 1 AGGAGGTGATGCTCATGAAGAGGAGACCAAGGA 5 177 1 GGAGACCAAGGAAATGGAAGAAGAAGGGTAGAA 5 198 1 AGAAGAAGGGTAGAATGAGGTGGAAGTGGATTA 5 216 1 GGTGGAAGTGGATTAAGAAGAGAATAAGGAGAC 5 234 1 AGAGAATAAGGAGACTCAAGAGACAAAGAAAGA 5 252 1 AGAGACAAAGAAAGAAGGAGAGAGGACTTATCT 5 270 1 CAACACAATTGGTGAGGGGGAGAA 6 1 0 AGAAAGCTGTGAGTTTGAAGAGGCTTAGCTCCG 7 105 1 AGTTTTTTAAGAGTTTGAAGAAGCCTAGGCATT 7 151 0 CGAGATAACGTATAATAAGGAGATTATAGTCAG 7 202 1 AAAGTTATTCGAGAAAGAGGAGAAAGCTTACCT 8 26 1 TTCGAGGTCATATTCAGAAGAGATGTTGATAAA 8 161 1 ** * ******* MAP Score: 15.9084 Motif 4 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATAAC 0 3 1 ATACTATAACGTCGTCAAGATATTTAAGGGTTTCCT 1 39 1 TTCCTTATTTTACATAAAGCTTTTAAGACGGGAATA 2 185 1 CTTCGCTTCACATAGAAAGGACTTAAATTACACCCT 2 251 1 TCTTCATCACCAAAAAGAATTTACCTTCTTTAG 3 7 1 AATATTTTATTTCGGCAAGGGTTTTATTTTCCCAAA 4 24 1 GGGTTTTATTTTCCCAAAGTACTCTATAGCTGGAGG 4 42 1 CCAATTGTGTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCG 6 22 1 ATATTATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCG 6 56 0 TTCATAATATCACAAAAATAATTTAAGCCAAAAAAT 6 82 1 AATAATTTAAGCCAAAAAATATTTAACTAGATAAAC 6 98 1 TGGTCAAAAACATTAATTAAGGTTCC 7 0 1 ATGCCTAGGCTTCTTCAAACTCTTAAAAAACTTGAA 7 152 1 AGAAGAGATGTTGATAAAGGAGTTAATGGAGCTCGA 8 176 1 GTTAATGGAGCTCGAAAAACGTTATATAAGGACAAG 8 197 1 GGGAATGATCCACCAAAAGACCTTTATACTTAATTA 8 241 1 AAAACTTTTGCACTAAAAATAATTAAA 9 1 0 GCATCCACCCAAAATTATTTACCTATCCATT 10 35 0 * * **** **** MAP Score: 15.3926 Motif 5 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATAACCA 0 8 1 CCACAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCT 1 78 1 TTCCCGTCTTAAAAGCTTTATGTAAAATAAGGA 2 186 0 CTTCACATAGAAAGGACTTAAATTACACCCTTC 2 256 1 TCATCACCAAAAAGAATTTACCTTCTTTAGGTA 3 13 1 TTGCCGAAATAAAATATTGATATCTAAATATT 4 9 0 TTGTTTTAGTAAAATTTCTAACTAGAATTTAAC 5 60 0 AAAGAAGGAGAGAGGACTTATCTAACGGAG 5 280 1 TGTGTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCGGT 6 27 1 ATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCGGT 6 54 0 TTTAAGCCAAAAAATATTTAACTAGATAAACTC 6 103 1 CATGCATTCGAAGGAGTTTATCTATAAAGTGCT 7 61 1 TGTGAGTTTGAAGAGGCTTAGCTCCGAGCTTGA 7 112 1 GAGAAAGAGGAGAAAGCTTACCTTAAAGGCCTA 8 36 1 ATGGAGCTCGAAAAACGTTATATAAGGACAAGA 8 201 1 TTTTTAGTGCAAAAGTTTTATCTACTAAGCCTT 9 18 1 CATCCACCCAAAATTATTTACCTATCCATTGTA 10 32 0 **** **** ** MAP Score: 14.3311 Motif 6 TCTTCGACTCCTTGAAAAAGTTCCTGACCC 0 80 0 AAAAAGGCAGCTAAAATTACAGGCTTAGGG 0 151 1 CCCATTTACACTTGAAAAAAGGATCTGATT 2 149 1 ATAGAAAGGACTTAAATTACACCCTTCTTT 2 262 1 CAAAAGCAAGCTTTAAATACCTAAAGAAGG 3 33 0 AGGTTATTGGCTAGAAAAACCGATATGATT 5 22 1 TTCAAATAAACTAATAAAACTTAAAAATTT 5 118 1 ATATTATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTT 6 62 0 AAATATTTAACTAGATAAACTCAAGCCTTA 6 114 1 TCTTCAAACTCTTAAAAAACTTGAAAGTGA 7 163 1 TCTCCTCTTTCTCGAATAACTTTTCTCCAC 8 19 0 GTTAATGGAGCTCGAAAAACGTTATATAAG 8 197 1 CTTTCTTGTCCTTATATAACGTTTTTCGAG 8 207 0 AACTTTTGCACTAAAAATAATTAAA 9 5 0 ATCCCACTCACTTTAAATACAATGGATAGG 10 15 1 ********** MAP Score: 11.2357 Motif 7 CAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCTTT 1 81 1 AAACTAATAAAACTTAAAAATTTGGTAATAAG 5 125 1 AACTTAAGAGTGGAGAAAAGTT 8 0 1 GACCGGTATAAATTTAAAAGTTTTTTAAGTTC 6 53 1 TACCGGTCAAAATTTAAAAATTTTTAGCAACA 6 29 0 ATGGTTATTTAATTTAAAAATTTTAAGAAAAG 0 10 0 TTCTAACTAGAATTTAACAGTGCGATAATCAT 5 46 0 ACTCTTAAAAAACTTGAAAGTGATGGTTTAGT 7 170 1 CTACCCCCACAACTTGATGGTTATTTAATTTA 0 26 0 ******* * ** MAP Score: 9.54073 Motif 8 ACTTCCACCTCATTCTACCCTTCTTCTTCCATT 5 210 0 GATTACACTTCATAGCTTCCTTCTTTCATTCTT 7 251 1 TTTGGTGGTGCATATCGTCCTTCGCTTCACATA 2 232 1 GCACTTTATAGATAAACTCCTTCGAATGCATGC 7 60 0 TCTTGAGTCTCCTTATTCTCTTCTTAATCCACT 5 240 0 AACTCCAATGCCTAGGCTTCTTCAAACTCTTAA 7 145 1 CAAGCTCGGAGCTAAGCCTCTTCAAACTCACAG 7 111 0 AAAAGGATCTGATTTCCCTCTTCCTTATTTTAC 2 165 1 AAAGGACTTAAATTACACCCTTCTTTTCTTGGC 2 266 1 CCTTCACCTCCTTAATCTCCATCCAGGAATTTT 3 101 0 TCTTCCATTTCCTTGGTCTCCTCTTCATGAGCA 5 186 0 TTTCGAGCTCCATTAACTCCTTTATCAACATCT 8 181 0 **** ****** MAP Score: 5.37121 Motif 9 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATAACCATCAAGT 0 8 1 CCACAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCTTTCTAG 1 78 1 CAGAGCTTTTAGCGAAAATAGAGAGGATAT 2 1 1 TCCCGTCTTAAAAGCTTTATGTAAAATAAGGAAGAGGGA 2 179 0 AATAAGTTCTAATGTTTTGGTGGTGCATATCGTCCTTCG 2 217 1 TTCACATAGAAAGGACTTAAATTACACCCTTCTTTTCTT 2 257 1 TTATTTCGGCAAGGGTTTTATTTTCCCAAAGTACTCTAT 4 30 1 AATTCTAGTTAGAAATTTTACTAAAACAAAATAATAAGA 5 64 1 ATAGGATATTAAGGGTTTCAAATAAACTAATAAAACTTA 5 102 1 AATAAAACTTAAAAATTTGGTAATAAGGCTTAGTTTGGG 5 130 1 TCAAAATTTAAAAATTTTTAGCAACACAATTGGTGAGGG 6 16 0 ATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCGGTCAAAAT 6 48 0 ATATCACAAAAATAATTTAAGCCAAAAAATATTTAACTA 6 88 1 AACCAAAAAGAAAGCTGTGAGTTTGAAGAGGCTTAGCTC 7 97 1 CAAGTTTTTTAAGAGTTTGAAGAAGCCTAGGCATTGGAG 7 147 0 ACTTGAAAGTGATGGTTTAGTCGAGATAACGTATAATAA 7 181 1 TAAGGACAAGAAAGTTTTGGGAATGATCCACCAAAAGAC 8 223 1 CTTAGTAGATAAAACTTTTGCACTAAAAATAATTAAA 9 8 0 ** * *** * * * * MAP Score: 4.13748 Motif 10 AGAGGGTCAGGAACTTTTTCAAGGAGTCGAAGAGAGTGTTCC 0 77 1 CCGGATGGGAGGAGTACAAAAAGGCAGCTAAAATTACAGGCT 0 134 1 TATTAACTTCATGATACTATAACGTCGTCAAGATATTTAAGG 1 26 1 CATCCCGGAGGAGCTATTTAAACAACTCAAGGATGAGAGGGA 2 65 1 CCTCTTCCTTATTTTACATAAAGCTTTTAAGACGGGAATAAG 2 181 1 AAAATTCCTGGATGGAGATTAAGGAGGTGAAGGGTGA 3 101 1 AAATAATAAGATAGGATATTAAGGGTTTCAAATAAACTAATA 5 92 1 GGAGACCAAGGAAATGGAAGAAGAAGGGTAGAATGAGGTGGA 5 198 1 GAATGAGGTGGAAGTGGATTAAGAAGAGAATAAGGAGACTCA 5 228 1 TAGTCGAGATAACGTATAATAAGGAGATTATAGTCAGAGCAA 7 198 1 AATCACCTCAAGAATGAAAGAAGGAAGCTATGAAGTGTAATC 7 251 0 AGAGGAGAAAGCTTACCTTAAAGGCCTAAAAGCCGCGGACTT 8 41 1 ATTCAGAAGAGATGTTGATAAAGGAGTTAATGGAGCTCGAAA 8 172 1 GAGCTCGAAAAACGTTATATAAGGACAAGAAAGTTTTGGGAA 8 204 1 TAAGCCTTCTGATTTTCTTAAAGGAGGGGAAGTT 9 43 1 * * ** **** * * MAP Score: 3.92785 Motif 11 GAACACTCTCTTCGACTCCTTGAAAAAGTTC 0 87 0 GCCTGTAATTTTAGCTGCCTTTTTGTACTCC 0 144 0 GCTTTTAGCAATCTCTCCCTCTCATCCTTGA 2 91 0 AAAAAGGATCTGATTTCCCTCTTCCTTATTT 2 164 1 AAGGGTGTAATTTAAGTCCTTTCTATGTGAA 2 257 0 AGGACTTAAATTACACCCTTCTTTTCTTGGC 2 268 1 CAAAAAGAATTTACCTTCTTTAGGTATTTAA 3 20 1 TCACCCTTCACCTCCTTAATCTCCATC 3 111 0 TTTTCTCCCTCCAGCTATAGA 4 64 0 CTTCATGAGCATCACCTCCTAATCTCTCCCC 5 166 0 CATTTCCTTGGTCTCCTCTTCATGAGCATCA 5 183 0 TTCCACCTCATTCTACCCTTCTTCTTCCATT 5 210 0 AGTCTCCTTATTCTCTTCTTAATCCACTTCC 5 237 0 CTTTGTCTCTTGAGTCTCCTTATTCTCTTCT 5 249 0 TTCTCCCCCTCACCAATTGTG 6 0 1 CACTTTATAGATAAACTCCTTCGAATGCATG 7 61 0 AGCTCGGAGCTAAGCCTCTTCAAACTCACAG 7 111 0 ATTACACTTCATAGCTTCCTTCTTTCATTCT 7 252 1 TTAATCACCTCAAGAATGAAA 7 274 0 AAGGTAAGCTTTCTCCTCTTTCTCGAATAAC 8 29 0 GGTTGCAGTCTTAACCCCTACTCCGTAAGTT 8 122 0 TCGAGCTCCATTAACTCCTTTATCAACATCT 8 181 0 AACTTCCCCTCCTTTAAGAAAATC 9 53 0 GCTTTATCCCACTCACTTTAAATA 10 3 1 *** ******* MAP Score: 1.70487