AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944255807
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0502	151	641aa long hypothetical protein
#1	PH0503	35	330aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein AppB
#2	PH0807	174	597aa long hypothetical oligopeptide binding protein APPA
#3	PH0808	41	323aa long hypothetical oligopeptide transport permease protein APPB
#4	PH1409	250	721aa long hypothetical protein
#5	PH1410	117	332aa long hypothetical dipeptide transport system permease protein dppB
#6	PH1818	300	398aa long hypothetical protein
#7	PH1961	198	349aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein appB
#8	PH1962	300	841aa long hypothetical protein

Motif 1
AATTTGAATGTTTTTATAACTTCCCTTAAATCT	0	38	1
AGAAGTTCACATTATATAAACTTTTTGATTATA	0	104	0
AGACTCAATTTTTATAAGAAGTTCACATTATAT	0	120	0
ACCCTATATTTTTGAATAAATTTGTCGAATTGA	2	22	0
TTTAACCTAGTGTAAATGAACTTCATAATTTTA	4	111	1
GTTATATCTCTTTGGATAACCTTCCCTGGTGAT	4	222	1
TTAAGAAATATTTCAATAACGCTCAGCTCCTTC	6	30	1
GCTCCTTCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTAT	6	55	1
CGGCTTATCGTTTAGATGACTTTCGAAAGTAAG	7	91	1
CTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAA      	8	4	0
TAAGCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGC	8	121	1
TATCAGAGTTTGTGTATAAAGTTATGCCTTGTA	8	218	1
          ***  ***** **
MAP Score: 13.1156

Motif 2
TGTGAACTTCTTATAAAAATTGAGTCTTAATTATA   	0	126	1
GGACTTTCAATTCGACAAATTTATTCAAAAATATAGGG	2	16	1
ATTAGTGATATGTTAAAATTTAACCCTATATTTTTGAA	2	39	0
TTACCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTACGTCGA	2	140	0
TCATAAAACATTCAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTAT	4	62	1
TCCCTTATTTTTTGAGATGTTTAACCTAGTGTAAATGA	4	92	1
GTAAATGAACTTCATAATTTTATTACTAATTGTTATAA	4	122	1
TATTACTAATTGTTATAATTTGGATCTTCTATTTTCCA	4	142	1
AAAAAGATAATGTTCAAACTTGTTCCTTCAAAAACTGG	7	150	1
TTATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTT	8	18	1
AAGCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTGTCT	8	122	1
ATTGCGACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAATGGGTA	8	173	0
TCAGAGTTTGTGTATAAAGTTATGCCTTGTAAGCACTA	8	220	1
AGGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAG	8	262	1
          ***   ** **    ***
MAP Score: 12.4598

Motif 3
AAAAAGATAATGTTCAAACTTGTTCCTTCAAA	7	150	1
GCTAATAAGCTTTTCGATCTTGGTTCACTTTG	4	180	0
AACATTATCTTTTTCAAGCTTGTAAAACTACC	7	132	0
    GCTTATTGTTTCACCTTGAAGATGCTTA	4	6	1
ATTGACGTCCTGTTCGGCCTTGGAGGACTAGG	6	105	1
TGCCCCTCCTTGTACATTCTTGTTCTATAACA	5	92	0
TTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAGGTGAGAG	3	18	1
AGCTATAGCCTGTCTAATCTTGGCCGAATACC	8	145	1
CTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAAT	7	16	1
TACCACCTATTTTTTGTCGTTGCAATAACGAT	6	204	1
TTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT	8	29	1
TTTTTTGAGATGTTTAACCTAGTGTAAATGAA	4	99	1
AGGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGT	8	262	1
TTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTATTTA	5	16	1
AAATCAGTGGTGTATCATTTTGATCATAAAAC	4	39	1
 GCTCTCTCTTTTATTATTTTGTTGGGGGGAA	1	9	1
TATTACTAATTGTTATAATTTGGATCTTCTAT	4	142	1
TTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTT	7	29	1
          ***** * ****
MAP Score: 11.2787

Motif 4
TTCAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGTT	4	72	1
TTCCCTTAAATCTGAATTAATCCCCCCTTTTAATCCTCAAG	0	58	1
TCTTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTATTTAAACACCAAAA	5	17	1
          TATAATTAAGACTCAATTTTTATAAGAAGTT	0	130	0
       TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAGG	3	3	1
AATAGTCCAGTTCAACTACCACCTATTTTTTGTCGTTGCAA	6	188	1
          CTAAGATTACCCCCAATTTTAAATCTTAAAA	2	153	0
TCTCCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAG	7	12	1
AGTGATATGTTAAAATTTAACCCTATATTTTTGAATAAATT	2	33	0
GGGACTATCTTCCTGATAAAGCTCTGCTTTAATAGCGATCC	6	135	0
ATTTAAGGATTGCGACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAAT	8	178	0
TACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGAAAAATA	8	44	1
TTTAGAAACCCTTCTCTTAAGCTCTCTTTCTCGTTAGTTCT	7	48	1
CCAAGATTAGACAGGCTATAGCTCAAATTTATTAACAATTA	8	127	0
ACGTTAAAACCAACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAG	8	70	0
CCATGAAGTCCGTGAATAGCTCTCCAAATTTATAGAAACTG	6	62	0
          *     **   ***   ****
MAP Score: 11.1098

Motif 5
CATGTTACTGTAAATTTGAATGTTTTTATA	0	26	1
TAACTTCCCTTAAATCTGAATTAATCCCCC	0	54	1
AATATAGGGTTAAATTTTAACATATCACTA	2	45	1
CCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTAC	2	145	0
TCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTATTCA	6	61	1
CCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTCT	7	33	1
TTTGAAGGAACAAGTTTGAACATTATCTTT	7	152	0
TAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTG	8	127	1
GACTATTCCGCAAATTTAAGCTATAAATGG	8	176	0
ACTTTAGATCCAAATTTGAAACAGAGATGC	8	264	0
          **********
MAP Score: 9.36898

Motif 6
     TCAATCTCCCCCTCATCATGTTACTGTAAATT	0	5	1
ATCTGAATTAATCCCCCCTTTTAATCCTCAAGCTAAT	0	67	1
         GCTCTCTCTTTTATTATTTTGTTGGGGG	1	1	1
ATTCAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAG	4	71	1
ATAACCAGGCACCTCGCTAATAAGCTTTTCGATCTTG	4	190	0
        TAATCTTTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGC	5	2	1
     ATTTGCCCCTCCTTGTACATTCTTGTTCTATA	5	95	0
CGGTGGGACTATCTTCCTGATAAAGCTCTGCTTTAAT	6	143	0
       TTTCTCCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGAT	7	3	1
AATTTTAGAAACCCTTCTCTTAAGCTCTCTTTCTCGT	7	45	1
CTCTTAAGCTCTCTTTCTCGTTAGTTCTTTCGGCTTA	7	61	1
AGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACT	8	35	1
          ***** **  *    **
MAP Score: 9.27865

Motif 7
AATCTCCCCCTCATCATGTTACTGTAAATTTGAATGTTTTT	0	12	1
CTAATTATAATCAAAAAGTTTATATAATGTGAACTTCTTAT	0	99	1
TATAATTAAGACTCAATTTTTATAAGAAGTTCACATTATAT	0	120	0
        GCTCTCTCTTTTATTATTTTGTTGGGGGGAATA	1	2	1
ACTATGTACGTCGAAGCGTATATTTAATTTTTATGGATCGG	2	113	0
TCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGTTTAACCTAGTG	4	82	1
TAAATGAACTTCATAATTTTATTACTAATTGTTATAATTTG	4	123	1
ATAATTTGGATCTTCTATTTTCCACAAAGTGAACCAAGATC	4	156	1
AACGCTCAGCTCCTTCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTAT	6	47	1
CCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTT	7	20	1
          TTAGAAAGTTATTAAAAGGTTCTTAAGTTTT	8	0	1
TTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGA	8	38	1
TCCTTAAATATCAGAGTTTGTGTATAAAGTTATGCCTTGTA	8	210	1
GCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAGGTGGT	8	264	1
          **     ***  *   * ***
MAP Score: 5.52901

Motif 8
TTACTGTAAATTTGAATGTTTTTATAACTTCCCTTAAATCTGA	0	30	1
ATTAGTGATATGTTAAAATTTAACCCTATATTTTTGAATAAAT	2	34	0
TTACCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTACGTCGAAGCGT	2	135	0
          TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAG	3	0	1
GAGAGATGTTTTTGAATGTTTTATGATCAAAATGATACACCAC	4	45	0
TTTTTTGAGATGTTTAACCTAGTGTAAATGAACTTCATAATTT	4	99	1
GTAAATGAACTTCATAATTTTATTACTAATTGTTATAATTTGG	4	122	1
GGTGCCTGGTTATATCTCTTTGGATAACCTTCCCTGGTGATGT	4	214	1
TCCTTCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTATTCACGGACTTCA	6	57	1
CAGCTGGCGGTTTCTATATTTCTAGAGCTCATCAAAGGAATGC	6	246	1
TTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTCTCTTAAGCTC	7	29	1
AAAACTACCTTATATATCTTACTTTCGAAAGTCATCTAAACGA	7	98	0
TATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTT	8	19	1
ACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTAACGTAGAACCAA	8	56	0
AGCTATAGCCTGTCTAATCTTGGCCGAATACCCATTTATAGCT	8	145	1
          * * *** ***      *    *
MAP Score: 5.26424

Motif 9
GAGGATTAAAAGGGGGGATTAATTCAGATTT	0	65	0
TTATAATTAGCTTGAGGATTAAAAGGGGGGA	0	78	0
ATTATTTTGTTGGGGGGAATATT        	1	22	1
GATTTAAAATTGGGGGTAATCTTAG      	2	159	1
CTTGGTTCACTTTGTGGAAAATAGAAGATCC	4	163	0
TATAACATCGTTTGAGAATTATATTATCGCA	5	68	0
      TTATTTTGTGGAAACACGCTTTAAG	6	4	1
CTGTTCGGCCTTGGAGGACTAGGATCGCTAT	6	114	1
GTCCCACCGTATGGAGTAATAGTCCAGTTCA	6	171	1
CTACGTTACTTTTGGGAAAAATATGGAGTGA	8	62	1
CTGTCTAATCTTGGCCGAATACCCATTTATA	8	154	1
ATAGCTTAAATTTGCGGAATAGTCGCAATCC	8	182	1
AATATCAGAGTTTGTGTATAAAGTTATGCCT	8	216	1
          **** ******
MAP Score: 4.73706

Motif 10
CTTAAATCTGAATTAATCCCCCCTTTTAATCCTCAAG	0	62	1
      TATAATTAAGACTCAATTTTTATAAGAAGTT	0	130	0
ATATGTTAAAATTTAACCCTATATTTTTGAATAAATT	2	33	0
        CTAAGATTACCCCCAATTTTAAATCTTAA	2	155	0
     TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGA	3	5	1
AAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGT	4	75	1
AATTGTTATAATTTGGATCTTCTATTTTCCACAAAGT	4	149	1
        TAATCTTTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGC	5	2	1
TCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTATTTAAACACCAAA	5	20	1
TTCAATAACGCTCAGCTCCTTCAGTTTCTATAAATTT	6	41	1
GAAGTCCGTGAATAGCTCTCCAAATTTATAGAAACTG	6	62	0
AGTCCAGTTCAACTACCACCTATTTTTTGTCGTTGCA	6	191	1
CCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTA	7	15	1
CTCGTTAGTTCTTTCGGCTTATCGTTTAGATGACTTT	7	77	1
GTAAAACTACCTTATATATCTTACTTTCGAAAGTCAT	7	106	0
TCACACCCTCCTGAACATTCCAGTTTTTGAAGGAACA	7	170	0
AAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT	8	24	1
TAAAACCAACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAG	8	70	0
CCGAATACCCATTTATAGCTTAAATTTGCGGAATAGT	8	168	1
AGTCGCAATCCTTAAATATCAGAGTTTGTGTATAAAG	8	202	1
TACCTTAGGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAG	8	256	1
          ****    ***   ***
MAP Score: 4.1318