AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944255836 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0502 151 641aa long hypothetical protein #1 PH0503 35 330aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein AppB #2 PH0806 85 148aa long hypothetical protein #3 PH0807 174 597aa long hypothetical oligopeptide binding protein APPA #4 PH0808 41 323aa long hypothetical oligopeptide transport permease protein APPB #5 PH1408 233 226aa long hypothetical protein #6 PH1409 250 721aa long hypothetical protein #7 PH1410 117 332aa long hypothetical dipeptide transport system permease protein dppB #8 PH1818 300 398aa long hypothetical protein #9 PH1961 198 349aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein appB #10 PH1962 300 841aa long hypothetical protein Motif 1 AGCTTGAGGATTAAAAGGGGGGATTAATTCAGATTTA 0 64 0 TGAACTTCTTATAAAAATTGAGTCTTAATTATA 0 128 1 GAACAAAGCTATTAAACAGGGGGTGAAACTAG 2 5 0 AAATTTATTCAAAAATATAGGGTTAAATTTTAACATA 3 32 1 AGTTTTAAGATTTAAAATTGGGGGTAATCTTAG 3 151 1 CACCTCCAACAAAGAAAAGGGGAATAAAAATAAAAA 4 9 0 TGAAGATGCTTAAAAATCAGTGGTGTATCATTTTGAT 6 26 1 TAAACATCTCAAAAAATAAGGGAATTAGAGAGATGTT 6 78 0 AAGGGCAATAAAGAAAAGAGAGAAGAAAGATTA 7 6 0 AATTTTGGTGTTTAAATAAGGGCAATAAAGAAAAGAG 7 23 0 TTCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTATTCACGGACT 8 60 1 TAGGATCGCTATTAAAGCAGAGCTTTATCAGGAAGAT 8 133 1 TATTGCAACGACAAAAAATAGGTGGTAGTTGAACTGG 8 194 0 CAAGGAGAAAACTAAAGGGGAGGAGAAA 9 1 0 TTCTAAAATTTAAAAATCAAGGAGAAAACTAAAGGGG 9 18 0 ACGTAGAACCAAAAAAGAAAGGTAGAAAAAACTTAAG 10 31 0 TACTTTTGGGAAAAATATGGAGTGATACTGTTGGTTT 10 68 1 CGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTGTCTAA 10 125 1 * **** *** ** MAP Score: 20.6583 Motif 2 TTGAATGTTTTTATAACTTCCCTTAAATCTGAATTAAT 0 41 1 TAAATCTGAATTAATCCCCCCTTTTAATCCTCAAGCTA 0 64 1 TGTTTAATAGCTTTGTTCGCCCTTAAATAGGTTACCAT 2 24 1 TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAGG 4 6 1 AGGCCTAACTCTTGTAATTCCTTTATATGCTGATGAAC 5 110 0 CAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGT 6 74 1 GGTTATATCTCTTTGGATAACCTTCCCTGGTGATGTAA 6 221 1 TTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTATTTAAACACCAAA 7 19 1 TTTAGCTCACCCTTGGATCAAGCATTCC 8 282 0 TTTCTCCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTG 9 0 1 GATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTCTCTTAAGCTCTCT 9 37 1 GGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTA 10 27 1 *** * ***** * MAP Score: 16.4809 Motif 3 TCAGTTTCTATAAATTTGGAGAGCTATTCA 8 61 1 TAACTTCCCTTAAATCTGAATTAATCCCCC 0 54 1 CATGTTACTGTAAATTTGAATGTTTTTATA 0 26 1 TTGTTCCTTCAAAAACTGGAATGTTCAGGA 9 169 1 CCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTAC 3 145 0 AATATAGGGTTAAATTTTAACATATCACTA 3 45 1 GAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATCAAGGA 9 32 0 AGGCTTATTGAAAATCTTGAGTAGAGGGTG 5 209 1 GAAAGGTAGAAAAAACTTAAGAACCTTTTA 10 22 0 ACTTTTGGGAAAAATATGGAGTGATACTGT 10 69 1 GAACTTCTTATAAAAATTGAGTCTTAATTA 0 129 1 ATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGT 10 266 1 GGTTTTAACGTTAAATTGAACTAAGCGTAA 10 100 1 TTCCGATCCATAAAAATTAAATATACGCTT 3 111 1 ACTAATTGTTATAATTTGGATCTTCTATTT 6 146 1 GTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCT 10 126 1 ********** MAP Score: 7.99794 Motif 4 TAGGCGTACATCTCTCTTTCCTCGAGGATTTT 5 35 0 TCTCTTAAGCTCTCTTTCTCGTTAGTTCTTTC 9 60 1 TTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCT 10 32 1 TTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAGGT 4 13 1 ACCTTAGGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCT 10 257 1 CAATAAGCCTTCTACCTCTCTCAGTCAGCTTG 5 187 0 TCAATCTCCCCCTCATCATGTTACTG 0 4 1 GCTCTCTCTTTTATTATTTTGTTG 1 2 1 TAATCTTTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCT 7 10 1 GCTGGCGGTTTCTATATTTCTAGAGCTCATCA 8 248 1 ATTTGGATCTTCTATTTTCCACAAAGTGAACC 6 159 1 CAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTG 6 74 1 TTTCTCCTCCCCTTTAGTTTTCTC 9 2 1 CTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGAAAAA 10 51 1 TATATCCTCTTCCCCTTTCTATATGCCTCCTT 5 152 0 ACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTAA 10 67 0 ***** **** * MAP Score: 7.75984 Motif 5 ATTGTTATAATTTGGATCTTCTATTTTCCACAAAG 6 150 1 CGAATACCCATTTATAGCTTAAATTTGCGGAATAG 10 169 1 CTAATAAGCTTTTCGATCTTGGTTCACTTTGTGGA 6 176 0 TCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTA 10 30 1 ATACTGTTGGTTTTAACGTTAAATTGAACTAAGCG 10 92 1 TACCCCCAATTTTAAATCTTAAAACTATGTACGTC 3 142 0 GGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGT 10 263 1 AGTTTTGGACTTTCAATTCGACAAATTT 3 3 1 TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTT 4 0 1 CACCCCCTGTTTAATAGCTTTGTTCGCCCTTAAAT 2 17 1 TTACTGTAAATTTGAATGTTTTTATAACTTCCCTT 0 30 1 ACATTATCTTTTTCAAGCTTGTAAAACTACCTTAT 9 128 0 GAGAGATGTTTTTGAATGTTTTATGATCAAAATGA 6 53 0 AGTAATAAAATTATGAAGTTCATTTACACTAGGTT 6 114 0 TCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTA 9 17 1 *** * *** *** MAP Score: 6.13634 Motif 6 GACTTTCGAAAGTAAGATATATAAGGTAGTTTTACAAGCT 9 108 1 ATTAAAGCAGAGCTTTATCAGGAAGATAGTCCCACCGTAT 8 143 1 AGAAACCGCCAGCTGAATCGTTAAGATCGTTATTGCAACG 8 221 0 CAAATTTGAAACAGAGATGCCTAAGGTAGTGCTTACAAGG 10 244 0 AACAATTAGTAATAAAATTATGAAGTTCATTTACACTAGG 6 116 0 CCTCAAGCTAATTATAATCAAAAAGTTTATATAATGTGAA 0 92 1 AAGTTTGAACATTATCTTTTTCAAGCTTGTAAAACTACCT 9 131 0 CACAAAGTGAACCAAGATCGAAAAGCTTATTAGCGAGGTG 6 178 1 TCCTTCAAAAACTGGAATGTTCAGGAGGGTGTGAG 9 173 1 AGCGTTATTGAAATATTTCTTAAAGCGTGTTTCCACAAAA 8 13 0 AAGGGCGAACAAAGCTATTAAACAGGGGGTGAAACTAG 2 8 0 * * ** *** * ** MAP Score: 4.55077 Motif 7 TTTTATAACTTCCCTTAAATCTGAATTAATCCCCCCTT 0 49 1 ACTTCTTATAAAAATTGAGTCTTAATTATA 0 131 1 CTAGTTTCACCCCCTGTTTAATAGCTTTG 2 1 1 CCCTGTTTAATAGCTTTGTTCGCCCTTAAATAGGTTAC 2 21 1 TGATATGTTAAAATTTAACCCTATATTTTTGAATAAAT 3 34 0 CTAAGATTACCCCCAATTTTAAATCTTAAA 3 154 0 TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGA 4 4 1 CAAAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGT 6 74 1 CTAATTGTTATAATTTGGATCTTCTATTTTCCACAAAG 6 147 1 TAATCTTTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGC 7 1 1 TTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTATTTAAACACCAAA 7 19 1 TAGTCCAGTTCAACTACCACCTATTTTTTGTCGTTGCA 8 190 1 TCCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTA 9 14 1 AAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT 10 23 1 TCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGAA 10 42 1 ACCACCTACACACTTTAGATCCAAATTTGAAACAGAGA 10 267 0 ** ** *** *** MAP Score: 4.47035 Motif 8 TAAATCTGAATTAATCCCCCCTTTTAATCCTCAAGCTA 0 64 1 CTAGTTTCACCCCCTGTTTAATAGCTTTGTTC 2 4 1 TTTTTATTTTTATTCCCCTTTTCTTTGTTGGAGGT 4 7 1 TTGTAATATATCCTCTTCCCCTTTCTATATGCCTCCTT 5 152 0 AAAACATCTCTCTAATTCCCTTATTTTTTGAGATGTTT 6 76 1 TAATCTTTCTTCTCTCTTTTCTTTATTGCCCTTA 7 6 1 TTTAGCTCACCCTTGGATCAAGCATTCC 8 282 0 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