AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256079
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0612	170	245aa long hypothetical cell division inhibitor MinD
#1	PH0697	300	641aa long hypothetical protein
#2	PH0698	216	160aa long hypothetical nucleoside-diphosphate kinase
#3	PH0699	34	625aa long hypothetical threonyl-tRNA synthetase
#4	PH0768	40	256aa long hypothetical SOJ protein
#5	PHS024	167	62aa long hypothetical protein
#6	PH0948	77	175aa long hypothetical protein
#7	PH0949	82	295aa long hypothetical MRP protein
#8	PH1006	74	480aa long hypothetical prolyl-tRNA synthetase
#9	PH1581	75	139aa long hypothetical protein
#10	PH1600	101	217aa long hypothetical cell division inhibitor
#11	PH1694	31	445aa long hypothetical signal recognition particle protein
#12	PH1806	164	252aa long hypothetical protein

Motif 1
TTGTGTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCG	5	26	1
TATCTCCTCAAAAACCTTTTAAGTTATTATCC	12	48	0
TATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCG	5	56	0
ATTTAAGCCAAAAAATATTTAACTAGATAAAC	5	102	1
TAATATCACAAAAATAATTTAAGCCAAAAAAT	5	86	1
AAAATAGCACAAAGGTTTTTAAACTAGATTAG	7	35	1
ACCCTGAAGGAACAGTTTTTAAGACGTTCGTC	6	23	0
TTATCTGAAGAAAAGAATTAAAAAGT      	4	4	0
CAAACGAACAAAAATCTTATAATCAAATTATA	12	90	1
ATCGAAACGTTAAATTTTTAAATGAATTGAGA	0	21	0
GACTGATTCCAAAAGAAATAAATATTCAAGCT	0	74	1
          ****  ******
MAP Score: 10.5851

Motif 2
CGATATTAATTTGAGAAGGTGTTCAGACTG	0	49	1
TAACTCGTCTTTAAGGACGTTAAAGTAGCT	0	102	0
AATATGAGTATTGGGAAGGTATTTGAGATG	1	20	0
ACGTTGCTTTTAAAGAAGGAAAGTATGACA	1	138	0
ATCTTAGCGTTAGAGGTGGTCTTTATCTCC	2	26	1
GTGCCACCTATAAAGGAGGTAGTTCTGATA	2	77	0
GTATTCTTATTATGGAAGGTTAGGAACTTA	2	167	1
TGTTTTAGGTTAAGGAAGGTGGTAGG    	3	18	1
ATTACATTTATAATGGTGGTATATA     	9	5	0
      CTGGAAAAGGAGGTACAGGTAAAA	10	4	1
TCTAAGCGAGTAAAGAAGGATAATAACTTA	12	31	1
TAAAAGGTTTTTGAGGAGATAGGCAATATT	12	59	1
          **********
MAP Score: 10.4996

Motif 3
ATGACATAGCAATTTTTCTTGCAGAGCAAAGGCTT	1	109	0
GCGATGCAATAATCTTAGCGTTAGAGGTGGTCTTT	2	15	1
CTGGAGGGGTATTCTTATTATGGAAGGTTAGGAAC	2	159	1
  ACTTTTTAATTCTTTTCTTCAGATAACTTTAGG	4	8	1
GTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCGGTATAAA	5	30	1
GGCTTAAATTATTTTTGTGATATTATGAACTTAAA	5	76	0
CTAGTTAAATATTTTTTGGCTTAAATTATTTTTGT	5	93	0
TTACCGTTTTAATCTTAGGTTCAAACAT       	8	3	0
TTGTAGGCTGATTCTTTTAATTTTAATCTTTCGTT	8	36	0
AATCCCTTTCATTTTTAAACTATAATATATAAATC	9	32	1
ATAATATATAAATCTTGTCAGGTGATGGTAAC   	9	53	1
CCTTCAAGTTAATCTTACTTTAAGACCC       	11	3	0
AACGAACAAAAATCTTATAATCAAATTATATATGA	12	92	1
AAACTATTTGATTTTTCATATATAATTTGATTATA	12	107	0
          ******    * ***
MAP Score: 10.3657

Motif 4
GTTCAGACTGATTCCAAAAGAAATAAATATTCAAGCTAC	0	69	1
CTTTAACGTCCTTAAAGACGAGTTAAATTGTCATATCAT	0	107	1
TCATCCGATTATCAAAGCAGAACCAAGGAGGTTTAAAC 	0	142	1
TTGGGAAGGTATTTGAGATGAAAGATAGAA         	1	1	0
GCAAACGTTGCTTTTAAAGAAGGAAAGTATGACATAGCA	1	133	0
GGTTTTTAGCCTTGGAATTTAATTAAAAACTCCGAGAGA	1	270	1
TTACTTAAACCTTCAAGGGGAAGATAATAGGG       	2	194	1
 ACGATGCTTGTTTTAGGTTAAGGAAGGTGGTAGG    	3	9	1
ACCTAAAGTTATCTGAAGAAAAGAATTAAAAAGT     	4	5	0
ATTTATACCGGTCAAAATTTAAAAATTTTTAGCAACACA	5	27	0
CACAAAAATAATTTAAGCCAAAAAATATTTAACTAGATA	5	92	1
CACAAATTTGCTCCAAAAGCAACAAAATAGCACAAAGGT	7	12	1
        ATGTTTGAACCTAAGATTAAAACGGTAACGA	8	2	1
GTAACGAAAGATTAAAATTAAAAGAATCAGCCTACAATC	8	34	1
AGATTTATATATTATAGTTTAAAAATGAAAGGGATTACA	9	29	0
GATAGGCAATATTCCAAACGAACAAAAATCTTATAATCA	12	76	1
GAACAAAAATCTTATAATCAAATTATATATGAAAAATCA	12	95	1
          ***  **   **  **  *
MAP Score: 7.58941

Motif 5
TTGAGTAAGTCTTCAATCTTAGATCAGCATAT	1	48	1
TTAGATAAAGCTGAAGCCTTTGCTCTGCAAGA	1	96	1
ATCGGTAGGTTTTTAGCCTTGGAATTTAATTA	1	263	1
GTCAGCGATGCAATAATCTTAGCGTTAGAGGT	2	11	1
TAGGAACTTACTTAAACCTTCAAGGGGAAGAT	2	187	1
ACTAGATAAACTCAAGCCTTAGAATAGGGAAT	5	123	1
TAATCTAGTTTAAAAACCTTTGTGCTATTTTG	7	34	0
TTCGTTACCGTTTTAATCTTAGGTTCAAACAT	8	10	0
AACTATAATATATAAATCTTGTCAGGTGATGG	9	49	1
CCTATCTCCTCAAAAACCTTTTAAGTTATTAT	12	50	0
TCCAAACGAACAAAAATCTTATAATCAAATTA	12	88	1
          ** ******* *
MAP Score: 5.4408

Motif 6
TTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCGGTA	5	31	1
ATTTAAAAGTTTTTTAAGTTCATAATATCA	5	64	1
AGCACAAAGGTTTTTAAACTAGATTAGGTA	7	40	1
ATCCCTTTCATTTTTAAACTATAATATATA	9	33	1
          **********
MAP Score: 0.958147

Motif 7
AGAAGGTGTTCAGACTGATTCCAAAAGAAATAAATATTCAAG	0	62	1
AAGTAAGTTCCTAACCTTCCATAATAAGAATACCCCTCCAGT	2	158	0
 TTAATCACCTAAAGTTATCTGAAGAAAAGAATTAAAAAGT 	4	9	0
GGTATAAATTTAAAAGTTTTTTAAGTTCATAATATCACAAAA	5	57	1
CATAATATCACAAAAATAATTTAAGCCAAAAAATATTTAACT	5	84	1
          CAAACTTTATTTAGACGAACGTCTTAAAAACT	6	0	1
      TACACAAATTTGCTCCAAAAGCAACAAAATAGCACA	7	4	1
CAAAATAGCACAAAGGTTTTTAAACTAGATTAGGTATTATCC	7	34	1
CTTTCCCGAATTGAGCTAATGCAACGCCAATATTAGCGACAG	10	40	0
TCCAAACGAACAAAAATCTTATAATCAAATTATATATGAAAA	12	88	1
          ****  *  *  **    *  *
MAP Score: 0.414732