AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256100
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0239_PH0240	56	PH0239: 238aa long hypothetical phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase, PH0240: 449aa long hypothetical amidophosphoribosyltransferase
#1	PH0243	69	601aa long hypothetical glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase
#2	PH0316	300	334aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamide cyclo-ligase
#3	PH0323	157	438aa long hypothetical phosphoribosylamide--glycine ligase
#4	PH0366	54	423aa long hypothetical beta-glucosidase
#5	PH0501	151	483aa long hypothetical beta-mannosidase
#6	PH0510	36	325aa long hypothetical protein
#7	PH1102	121	480aa long hypothetical asparagine synthetase
#8	PH1953	110	705aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
#9	PH1955	299	227aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamidine synthase I

Motif 1
GATTTTTTAGACATATATCTGGCAAAAG         	0	1	0
      GTTTATGTAAAAATCATAATACTTTTAAGAT	0	35	0
TTCATCGCCCAGGAAATTTTTTTAATATGCCCCAATA	1	30	1
AGTCACTTAAAATAAAATATGGGAATATATAAATATT	2	16	1
TATTAACTCAATTTATAAGTAGTAATATTTATATATT	2	39	0
AATTATAAATAAAAAATCCTACGAAAAGAAAAAGATT	2	76	0
AGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAGGCGA	2	93	1
TTTTAAGTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGA	2	271	1
CACAAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCTTTAA	3	25	0
GTTTTTGTTTACATAAACGTGTTAACAAAAAAGTTAA	3	88	0
AACAAAAACCATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAA	3	116	1
TATAATTTTGACTTAAATATGGTGATATAAA      	3	136	1
AGTTCACATTATATAAACTTTTTGATTATAATTAGCT	5	37	1
AAGGGAAGTTATAAAAACATTCAAATTTACAGTAACA	5	106	1
TTCTTTGTCAAAATAAATCTTAAAAATTTAAAATTTT	8	51	1
CTTATTTGCCAGAAAAATGTAAAAATTTTAAATTTTT	8	72	0
       TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCCTTTT	9	3	1
TACCAAAAAGATGTAAAAATTGGAAATTTAAAAGGAT	9	32	0
AAAGTTGAGGATCTAAGGGTGCCAAAATGCTTTGAAT	9	172	1
          *  ****  *   ****
MAP Score: 20.8295

Motif 2
ATGTTAAAATAATCCTTTTAAATTTCCAATTTTT	9	21	1
AGAAATTGGGAAGGTTTTTACATTCCATTAGGTA	7	87	1
TTAAAAATTTAAAATTTTTACATTTTTCTGGCAA	8	70	1
AACACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTA	2	169	1
GGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA        	9	2	0
TATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAATAA	2	43	1
TAAAAGTATTATGATTTTTACATAAAC       	0	39	1
TATAAGTAGTAATATTTATATATTCCCATATTTT	2	29	0
CCGTAAAACCAACGTTTTTAAGTACACATAAATT	2	256	1
TAAAAATTTTAAATTTTTAAGATTTATTTTGACA	8	56	0
AAAAATCATAATACTTTTAAGATTTTTTAGACAT	0	24	0
TTGAGTTAATAAATCTTTTTCTTTTCGTAGGATT	2	65	1
TTTGAACTAAACAATTTTAAGGTTGGTGAGAGT 	4	9	0
TTCTTTTCGTAGGATTTTTTATTTATAATTATTA	2	83	1
ATCGCCCAGGAAATTTTTTTAATATGCCCCAATA	1	33	1
TCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGAAAATG	9	45	1
TCACATTATATAAACTTTTTGATTATAATTAGCT	5	40	1
TATTTAGTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTA	3	78	1
TCTTTTACTTTGGCTTTTTTCGTTTGAATCGCCT	2	124	0
AAAACCATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAAT	3	120	1
AGGGTGCCAAAATGCTTTGAATTTATTTTAGAGA	9	187	1
          *   ****** ***
MAP Score: 20.8194

Motif 3
TATATGTCTAAAAAATCTTAAAAGTATTATGATTTTT	0	21	1
GTCACTTAAAATAAAATATGGGAATATATAAATATTA	2	17	1
ATGGGAATATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGT	2	34	1
AATTGAGTTAATAAATCTTTTTCTTTTCGTAGGATTT	2	63	1
ACATAATATAAAAATGATTGTTTGTGTTCTTTTGTTC	2	160	0
TTAAGTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGATA	2	273	1
CTGGTTAAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAGTTT	3	21	1
CGTGTTAACAAAAAAGTTAATTACTAAATAAAGTAGT	3	71	0
TGAACTTCTTATAAAAATTGAGTCTTAATTATA    	5	6	0
TTCACATTATATAAACTTTTTGATTATAATTAGCTTG	5	39	1
GGGAAGTTATAAAAACATTCAAATTTACAGTAACATG	5	108	1
AATGGAATGTAAAAACCTTCCCAATTTCTAAATGAAT	7	79	0
CTTTGTCAAAATAAATCTTAAAAATTTAAAATTTTTA	8	53	1
TATTTGCCAGAAAAATGTAAAAATTTTAAATTTTTAA	8	70	0
AAATGTTAAAATAATCCTTTTAAATTTCCAATTTTTA	9	19	1
TAAGGGTGCCAAAATGCTTTGAATTTATTTTAGAGAG	9	185	1
          *****  **   * * *
MAP Score: 15.9096

Motif 4
AAGTATTATGATTTTTACATAAAC      	0	42	1
CGCCCAGGAAATTTTTTTAATATGCCCCAA	1	35	1
AAGTAGTAATATTTATATATTCCCATATTT	2	30	0
GTAGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAAT	2	91	1
ACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGT	2	172	1
TTAAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAG	3	25	1
TTAAGACTCAATTTTTATAAGAAGTTCACA	5	15	1
AAATTTGAATGTTTTTATAACTTCCCTTAA	5	104	0
TTTAAGATTTATTTTGACAAAGAAATGTCA	8	45	0
AAAATTTAAAATTTTTACATTTTTCTGGCA	8	73	1
TAAAAGGATTATTTTAACATTTTTATGTTA	9	11	0
TAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTA	9	39	1
          **********
MAP Score: 8.54311

Motif 5
GCTCGGATCCAGTTCTTCATCGCCCAGGAAATTTTTTTAATATGC	1	15	1
CCAATTAGTCACTTAAAATAAAATATGGGAATATATAAATATTAC	2	10	1
TATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAATAAATCTTTTTCTT	2	43	1
TTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAGGCGATTCAAACGAAAAAA	2	99	1
ACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTAGAATATAGTCCAGC	2	172	1
AAGTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGATA          	2	275	1
TTAGTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAACAAAAACC	3	81	1
ATACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTGATATAAA        	3	130	1
CCAACCTTAAAATTGTTTAGTTCAAAGTATATTAAAGGTGGTCGT	4	17	1
AAAAGGGGGGATTAATTCAGATTTAAGGGAAGTTATAAAAACATT	5	82	1
TCAAATTTACAGTAACATGATGAGGGGGAGATTGA          	5	126	1
ATTGCATACTAATTCATTTAGAAATTGGGAAGGTTTTTACATTCC	7	68	1
 CTCAGTTTCAGTTGATAGGATTTAGGGTGAGTGATTGACATTTC	8	9	1
AAAATTTAAAATTTTTACATTTTTCTGGCAAATAAGGAGGTGTCA	8	73	1
TAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGAAAATGAAGTG	9	39	1
          * **  *         ** ***  *
MAP Score: 7.2847