AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_operons018_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944256116 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0239_PH0240 56 PH0239: 238aa long hypothetical phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase, PH0240: 449aa long hypothetical amidophosphoribosyltransferase #1 PH0243 69 601aa long hypothetical glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase #2 PH0316 300 334aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamide cyclo-ligase #3 PH0323 157 438aa long hypothetical phosphoribosylamide--glycine ligase #4 PH0366 54 423aa long hypothetical beta-glucosidase #5 PH0501 151 483aa long hypothetical beta-mannosidase #6 PH0510 36 325aa long hypothetical protein #7 PH1102 121 480aa long hypothetical asparagine synthetase #8 PH1103 23 127aa long hypothetical 30S ribosomal protein S8 #9 PH1953 110 705aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamidine synthase II #10 PH1955 299 227aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamidine synthase I #11 PH1961 198 349aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein appB #12 PH1962 300 841aa long hypothetical protein Motif 1 AAAAATCATAATACTTTTAAGATTTTTTAGACAT 0 24 0 TAAAAGTATTATGATTTTTACATAAAC 0 39 1 ATCGCCCAGGAAATTTTTTTAATATGCCCCAATA 1 33 1 TATAAGTAGTAATATTTATATATTCCCATATTTT 2 29 0 TATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAATAA 2 43 1 TTGAGTTAATAAATCTTTTTCTTTTCGTAGGATT 2 65 1 TTCTTTTCGTAGGATTTTTTATTTATAATTATTA 2 83 1 TCTTTTACTTTGGCTTTTTTCGTTTGAATCGCCT 2 124 0 AATGATTGTTTGTGTTCTTTTGTTCACTCTTTTA 2 151 0 AACACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTA 2 169 1 AATATAGTCCAGCCTTCTATGATTGTGGCTATTA 2 204 1 CCGTAAAACCAACGTTTTTAAGTACACATAAATT 2 256 1 TATTTAGTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTA 3 78 1 TTTGAACTAAACAATTTTAAGGTTGGTGAGAGT 4 9 0 TCACATTATATAAACTTTTTGATTATAATTAGCT 5 40 1 AGAAATTGGGAAGGTTTTTACATTCCATTAGGTA 7 87 1 TAAAAATTTTAAATTTTTAAGATTTATTTTGACA 9 56 0 TTAAAAATTTAAAATTTTTACATTTTTCTGGCAA 9 70 1 GGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA 10 2 0 ATGTTAAAATAATCCTTTTAAATTTCCAATTTTT 10 21 1 TCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGAAAATG 10 45 1 AGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCC 11 25 1 AAGTTATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCT 12 15 1 TTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACT 12 38 1 AGTGATACTGTTGGTTTTAACGTTAAATTGAACT 12 88 1 * ****** *** MAP Score: 21.9885 Motif 2 CTTTTGCCAGATATATGTCTAAAAAAT 0 1 1 ATCATAATACTTTTAAGATTTTTTAGACATATATCT 0 18 0 AATATTTATATATTCCCATATTTTATTTTAAGTGAC 2 17 0 AATATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAAT 2 39 1 TAGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAGGC 2 92 1 TCTCACCTAGAATTGATAAATTTATGTGTACTTAAA 2 272 0 TTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAACAAAAA 3 88 1 TTTATATCACCATATTTAAGTCAAAATTAT 3 137 0 ATACTTTTCTTTTACATCCTTTCAGAATTGCCCAC 7 9 1 AATTTTAAATTTTTAAGATTTATTTTGACAAAGAAA 9 50 0 AAATTTAAAATTTTTACATTTTTCTGGCAAATAAGG 9 74 1 AAAAGGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA 10 4 0 AAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGAAA 10 40 1 TTCGATGGTATATTCCCAAGTATGAATTAAGGGATT 10 271 0 TATAAGGTAGTTTTACAAGCTTGAAAAAGATAATGT 11 127 1 CTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAA 12 1 0 GTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCT 12 28 1 TAAGCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTG 12 121 1 TAGGCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTG 12 261 1 * ** * * *** ** MAP Score: 16.4405 Motif 3 AATTCCACACCGTAAAACCAACGTTTTTAAGTACACATAAA 2 247 1 TATATCACCATATTTAAGTCAAAATTATAAGGTATTAATGG 3 124 0 TTTAATATACTTTGAACTAAACAATTTTAAGGTTGGTGAGA 4 12 0 TATAATTAAGACTCAATTTTTATAAGAAGTTCACAT 5 5 1 CAGAAAAATGTAAAAATTTTAAATTTTTAAGATTTATTTTG 9 59 0 CAAAAAGATGTAAAAATTGGAAATTTAAAAGGATTATTTTA 10 25 0 GAACCTTGGGTATAAAGTTGAGGATCTAAGGGTGCCAAAAT 10 159 1 CGGAGAAAGACGTCGAGGAAATGTGCAAAAGATTGTTAGCT 10 230 1 TTTTCGATGGTATATTCCCAAGTATGAATTAA 10 277 0 TTCGGCTTATCGTTTAGATGACTTTCGAAAGTAAGATATAT 11 89 1 GAAAGTAAGATATATAAGGTAGTTTTACAAGCTTGAAAAAG 11 115 1 CACACCCTCCTGAACATTCCAGTTTTTGAAGGAACAAGTTT 11 165 0 TAGATCCAAATTTGAAACAGAGATGCCTAAGGTAGTGCTTA 12 249 0 CTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAGGTGGTAGGAC 12 270 1 * * * * *** *** MAP Score: 14.5054 Motif 4 AAAAAAGCCAAAGTAAAAGAGTGAACAAAAGAACACAAA 2 138 1 TGAACTAAACAATTTTAAGGTTGGTGAGAGT 4 2 0 AGTTCAAAGTATATTAAAGGTGGTCGTAA 4 35 1 TTAGCTTGAGGATTAAAAGGGGGGATTAATTCAGATTTA 5 68 1 GATTAATTCAGATTTAAGGGAAGTTATAAAAACATTCAA 5 91 1 TGCTACCTCTATTTAAAGGGGTGAGGTTAA 6 16 1 CATTTTTCTGGCAAATAAGGAGGTGTCACG 9 90 1 AAAATTGGAAATTTAAAAGGATTATTTTAACATTTTTAT 10 15 0 GTTCTCGTTAGGCTAAAAGAAGGACTCAACGATCCAGAA 10 94 1 ATAAAGTTGAGGATCTAAGGGTGCCAAAATGCTTTGAAT 10 170 1 TCCCAAGTATGAATTAAGGGATTAGCTAACAATCTTTTG 10 255 0 TCAAGGAGAAAACTAAAGGGGAGGAGAAA 11 0 0 AAGAGAGCTTAAGAGAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATC 11 37 0 CGAAAGTAAGATATATAAGGTAGTTTTACAAGCTTGAAA 11 114 1 GTAGAACCAAAAAAGAAAGGTAGAAAAAACTTAAGAACC 12 27 0 * * ***** * ** MAP Score: 13.0158 Motif 5 CTTTTGCCAGATATATGTCTAAAAAATCTTAAAAGTA 0 6 1 AAGACTTAATATTGGGGCATATTAAAAAAATTTCCTGGGCG 1 35 0 TTAAAATAAAATATGGGAATATATAAATATTACTACTTATA 2 22 1 AAAAGAACACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTAGA 2 164 1 GTTTTTAAGTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGATA 2 269 1 TCACCTGGTTAAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAGTTT 3 17 1 TTTATATCACCATATTTAAGTCAAAATTATAAGGTATTAA 3 127 0 CAGATTGCATACTAATTCATTTAGAAATTGGGAAGGTTTTT 7 65 1 CCTTATCTACCTAATGGAATGTAAAAACCTTCCCAATTTCT 7 87 0 ATTTCTTTGTCAAAATAAATCTTAAAAATTTAAAATTTTTA 9 49 1 TCCTTATTTGCCAGAAAAATGTAAAAATTTTAAATTTTTAA 9 70 0 TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCCTTTTAAAT 10 3 1 TTTTCCATTACCAAAAAGATGTAAAAATTGGAAATTTAAAA 10 36 0 AGAGAGCTTAAGAGAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATCAAG 11 34 0 AGTAAGATATATAAGGTAGTTTTACAAGCTTGAAAAAGATA 11 118 1 ACAAGCTTGAAAAAGATAATGTTCAAACTTGTTCCTTCAAA 11 141 1 * * * ** * *** * MAP Score: 10.6625 Motif 6 TTAAAAGTATTATGATTTTTACATAAAC 0 38 1 ATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAATAAAT 2 42 1 CCTCGGATTTTAATAATTATAAATAAAAAATCCTACG 2 90 0 TATCTCACCTAGAATTGATAAATTTATGTGTACTTA 2 274 0 AAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCTTTAACCA 3 22 0 ATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTGATA 3 126 1 CCCCTCATCATGTTACTGTAAATTTGAATGTTTTTAT 5 116 0 TTTGTCAAAATAAATCTTAAAAATTTAAAATTTTTAC 9 54 1 TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCCTTTTAAA 10 6 1 CAAAAAGATGTAAAAATTGGAAATTTAAAAGGATTAT 10 29 0 TACATCTTTTTGGTAATGGAAAATGAAGTGGAAGGTT 10 54 1 GAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATCAAGGAGAAAACT 11 25 0 GGTTCTACGTTACTTTTGGGAAAAATATGGAGTGATA 12 58 1 ** * ** **** * MAP Score: 10.358 Motif 7 CTTAAAAGTATTATGATTTTTACATAAAC 0 37 1 ATTTATATATTCCCATATTTTATTTTAAGTGACTAATT 2 12 0 TTTCTTTTCGTAGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAA 2 82 1 CAAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCTTTAACCA 3 22 0 CATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTGATA 3 125 1 TCACCAACCTTAAAATTGTTTAGTTCAAAGTATATTAA 4 14 1 ATCATGTTACTGTAAATTTGAATGTTTTTATAACTTCC 5 109 0 GTAAAAACCTTCCCAATTTCTAAATGAATTAGTATGCA 7 70 0 TGTAAAAATTTTAAATTTTTAAGATTTATTTTGACAAA 9 54 0 AAGGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA 10 0 0 AAATAATCCTTTTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTT 10 27 1 AGAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATCAAGGAGAAAACT 11 25 0 GCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCCTGTCTAA 12 124 1 CTTGGCCGAATACCCATTTATAGCTTAAATTTGCGGAA 12 163 1 GCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAGGT 12 264 1 * ***** * * ** MAP Score: 9.50767 Motif 8 AACGAAAAAAGCCAAAGTAAAAGAGTGAACAAAAGAA 2 134 1 TAATTAGCTTGAGGATTAAAAGGGGGGATTAATTCAG 5 65 1 TTCAAATTTACAGTAACATGATGAGGGGGAGATTGA 5 125 1 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5 1 GGCAATTCTGAAAGGATGTAAAAGAAAAGTAT 7 4 0 GTAAAAACCTTCCCAATTTCTAAATGAATTAGTATGCA 7 70 0 ACAGTATCACTCCATATTTTTCCCAAAAGTAACGTAGA 12 61 0 ATACTGTTGGTTTTAACGTTAAATTGAACTAAGCGTAA 12 92 1 CTTGGCCGAATACCCATTTATAGCTTAAATTTGCGGAA 12 163 1 GCATCTCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAGGT 12 264 1 * **** * **** MAP Score: 4.13682 Motif 10 GATATATGTCTAAAAAATCTTAAAAGTATTA 0 19 1 ATATGGGAATATATAAATATTACTACTTATA 2 32 1 TAAATTGAGTTAATAAATCTTTTTCTTTTCG 2 61 1 GATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAG 2 95 1 TTTATTTAGTAATTAACTTTTTTGTTAACAC 3 76 1 CATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAATAT 3 125 1 CTCACCAACCTTAAAATTGTTTAGTTCAAAG 4 13 1 AGTTCACATTATATAAACTTTTTGATTATAA 5 37 1 TTCTTTGTCAAAATAAATCTTAAAAATTTAA 9 51 1 AATGTAAAAATTTTAAATTTTTAAGATTTAT 9 63 0 TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCC 10 5 1 TCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTT 11 30 1 GCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGCC 12 124 1 ******** ** MAP Score: 0.932917