AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256149
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0183	54	318aa long hypothetical protein
#1	PH0200	58	190aa long hypothetical protein
#2	PH0521	154	226aa long hypothetical protein
#3	PH0522	53	248aa long hypothetical protein
#4	PH0523	71	173aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein
#5	PH0524	43	325aa long hypothetical protein
#6	PH0525	41	397aa long hypothetical GTP-binding protein
#7	PH0642	300	262aa long hypothetical protein
#8	PH1163	40	148aa long hypothetical protein
#9	PH1321	55	337aa long hypothetical protein
#10	PH1672	58	387aa long hypothetical developmentally regulated GTP-binding protein

Motif 1
   TCTCCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAA	0	32	0
TCTTTTTACCCTATGAATTTATAAATCCCATAATT	1	20	1
CGATGACGATCTAAATGGTGATGAA          	2	0	0
TATGGAAGGGCTAGAAGTTATTATAATTTTCTCTT	2	113	0
AAACTAGCACCTAAGGAAAAATAAATTAAAGGA  	3	8	0
TCTAGACTTACTATACAAAAATAAAAAACTAGACC	4	15	0
TATAGTAAGTCTAGAAAGTGTTATAACACCTCTCT	4	35	1
TATAACACCTCTCTTAAAATTTCTA          	4	56	1
CTTAGGGAACCCAAGCAATTTTATAGGT       	5	3	0
TTCAAATAAACTAATAAAACTTAAAAATTTGGTAA	7	72	0
AGTAAAATTTCTAACTAGAATTTAACAGTGCGATA	7	139	1
ATAACCTACTCTAGCAAATAATTTAGACAAAATCG	7	196	1
GGTTAGGGAGCTAACAAAAATTTAATTTTTTTGTC	7	255	0
TTAGATTTACCTAAGAAGATTTAAATAA       	8	3	0
          ***   *** ** **
MAP Score: 13.5728

Motif 2
         TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTA	1	1	1
TTTATAAATCCCATAATTTTGTTAGATTCCG 	1	37	1
GACCGTATAATAATCTTTTTCTGGGCTTAGGT	2	38	1
AAATATCCCTTAATTCTTTGGTATGGAAGAGA	2	87	1
CTAGAAGTTATTATAATTTTCTCTTCCATACC	2	106	0
AGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTATAGTAAGTC	4	14	1
     CCTTATAAGCATTTTCTCCCCTATCTT	6	5	1
TAATAAAACTTAAAAATTTGGTAATAAGGCTT	7	64	0
ATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAA	7	114	1
GATTTTGTCTAAATTATTTGCTAGAGTAGGTT	7	198	0
AACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATCGATA	7	246	0
          ****  ******
MAP Score: 9.86361

Motif 3
CATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATTTAAGATTAG	0	14	1
TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTATGAATTTATAAATCCC	1	10	1
TATCTAAGGATTCTAAATATCCCTTAATTCTTTGGTATG	2	73	1
    TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTTTG	3	6	1
TAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTATAGTAAGTCTAGAA	4	12	1
CCTATAAAATTGCTTGGGTTCCCTAAGTTGTGGGGGGAG	5	11	1
TATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGAAAC	7	70	1
TTTATTAGTTTATTTGAAACCCTTAATATCCTATCTTAT	7	89	1
CCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAATTTCTAACTAG	7	118	1
ATCATATCGGTTTTTCTAGCCAATAACCTACTCTAGCAA	7	174	1
AAATTAAATTTTTGTTAGCTCCCTAACCTATCTAATGGG	7	262	1
         TTATTTAAATCTTCTTAGGTAAATCTAACT	8	1	1
          * ***    *** * *  *
MAP Score: 7.44823

Motif 4
   TCTCCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAA	0	36	0
GATTCTAAATATCCCTTAATTCTTTGGTATG	2	81	1
ATTGCTTGGGTTCCCTAAGTTGTGGGGGGAG	5	19	1
TAAGCATTTTCTCCCCTATCTTCCTGGGGAA	6	15	1
ATGAGCATCACCTCCTAATCTCTCCCCAAAC	7	32	1
CTCCTAATCTCTCCCCAAACTAAGCCTTATT	7	43	1
TTTTTGTTAGCTCCCTAACCTATCTAATGGG	7	270	1
       TTTCTCACCAAGTTAGATTTACCT	8	26	0
          ******** **
MAP Score: 7.25775

Motif 5
CAAGGAACTTAAATATGTTGGGATGAGGG    	0	6	0
CTTGAAATTTAAGATTAGCGGGAAGGAGA    	0	35	1
CCTCCCCTCTTAGTATGGAAGGGCTAGAAGTTA	2	128	0
TATTTTTGTATAGTAAGTCTAGAAAGTGTTATA	4	27	1
TTGGGTTCCCTAAGTTGTGGGGGGAGTAA    	5	24	1
TTTCCCCAGGAAGATAGGGGAGAAAATGCTTAT	6	14	0
TAATAAGGCTTAGTTTGGGGAGAGATTAGGAGG	7	42	0
GCATCCCCATTAGATAGGTTAGGGAGCTAACAA	7	273	0
TAGGTAAATCTAACTTGGTGAGAAA        	8	25	1
ATTATTAAATTAAACAGGAGGGAGTTCT     	10	40	1
          ***  *** ****
MAP Score: 6.08643

Motif 6
TGAATTTATAAATCCCATAATTTTGTTAGATTCCG	1	33	1
GGATTCTAAATATCCCTTAATTCTTTGGTATGGAA	2	80	1
TATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTTTGTAGCCTAATA	3	20	1
        AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTA	4	2	1
AATTTGGTAATAAGGCTTAGTTTGGGGAGAGATTA	7	47	0
AACTAAGCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATT	7	60	1
CTTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAA	7	110	1
TAACCTACTCTAGCAAATAATTTAGACAAAATCGA	7	197	1
GGGAGCTAACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATC	7	250	0
ATGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTTTAA	9	22	1
          **     ********
MAP Score: 6.0557

Motif 7
CCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAA	0	27	0
AAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGGGAG	10	30	1
TGATTATCGCACTGTTAAATTCTAGTTAGAAATT	7	144	0
GCACCTAAGGAAAAATAAATTAAAGGA       	3	3	0
TTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATT	7	69	1
ATAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAGCTCCC	7	251	1
AAATTATGGGATTTATAAATTCATAGGGTAAAAA	1	22	0
TGTCTTATCGATACTCAAATTTCATGTTCGATTT	7	225	0
TCATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATTTAA	0	13	1
TTATGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTT	9	20	1
TAGACTTACTATACAAAAATAAAAAACTAGACCT	4	14	0
          * * *******  *
MAP Score: 5.89354

Motif 8
  CCCTCATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATT	0	8	1
TATTTAAGTTCCTTGAAATTTAAGATTAGCGGGAAG	0	24	1
TCATCGAAAGACCGTATAATAATCTTTTTCTGGGCT	2	29	1
         TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTGC	3	1	1
AAGCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTT	7	64	1
CCCTTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAA	7	108	1
AAAATTTCTAACTAGAATTTAACAGTGCGATAATCA	7	142	1
TCTTATCGATACTCAAATTTCATGTTCGATTTTGTC	7	221	0
TATCGATAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAGCT	7	246	1
CTTTTAAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGG	10	25	1
          **   ***** *  **
MAP Score: 1.59792

Motif 9
ATTTATAAATCCCATAATTTTGTTAGATTCCG   	1	36	1
ATCGAAAGACCGTATAATAATCTTTTTCTGGGCTT	2	31	1
         TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTG	3	1	1
TATAACACCTCTCTTAAAATTTCTA          	4	56	1
         ACCTATAAAATTGCTTGGGTTCCCTA	5	1	1
         CCTTATAAGCATTTTCTCCCCTATCT	6	1	1
CAAACTAAGCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTA	7	58	1
ATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGAAACCCTTA	7	79	1
AATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAATT	7	113	1
GTTTTTCTAGCCAATAACCTACTCTAGCAAATAAT	7	183	1
 GCCCGCATCCCCATTAGATAGGTTAGGGAGCTAA	7	276	0
TATGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTTTA	9	21	1
TTTAAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGGG	10	27	1
          *  ****  ** ***
MAP Score: 1.15725