AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256165
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0183	54	318aa long hypothetical protein
#1	PH0200	58	190aa long hypothetical protein
#2	PH0521	154	226aa long hypothetical protein
#3	PH0522	53	248aa long hypothetical protein
#4	PH0523	71	173aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein
#5	PH0524	43	325aa long hypothetical protein
#6	PH0525	41	397aa long hypothetical GTP-binding protein
#7	PH0642	300	262aa long hypothetical protein
#8	PH1163	40	148aa long hypothetical protein
#9	PH1321	55	337aa long hypothetical protein
#10	PH1672	58	387aa long hypothetical developmentally regulated GTP-binding protein

Motif 1
GAACTTAAATATGTTGGGATGAGGG         	0	1	0
AAATTTAAGATTAGCGGGAAGGAGA         	0	39	1
ATTTATAAATTCATAGGGTAAAAAGAAAAAGATT	1	12	0
ATCCCTTAATTCTTTGGTATGGAAGAGAAAATTA	2	91	1
CCTTCCATACTAAGAGGGGAGGGGC         	2	139	1
TTCCCTAAGTTGTGGGGGGAGTAA          	5	29	1
TTCCCCAGGAAGATAGGGGAGAAAATGCTTATAA	6	12	0
TCCCCTATCTTCCTGGGGAAAGAAA         	6	26	1
AATAAGGCTTAGTTTGGGGAGAGATTAGGAGGTG	7	40	0
CTAGAGTAGGTTATTGGCTAGAAAAACCGATATG	7	176	0
CATCCCCATTAGATAGGTTAGGGAGCTAACAAAA	7	271	0
AGGTAAATCTAACTTGGTGAGAAA          	8	26	1
          *  * *** *****
MAP Score: 11.4283

Motif 2
TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTATGAATTTAT	1	10	1
AATCCCATAATTTTGTTAGATTCCG       	1	43	1
TATAATAATCTTTTTCTGGGCTTAGGTATATA	2	43	1
     TGAGGTTTTATTAGGCTACAAAACTAG	3	36	0
GTGTTATAACACTTTCTAGACTTACTATACAA	4	32	0
TTCTCCCCTATCTTCCTGGGGAAAGAAA    	6	23	1
       CCATTTCCTTGGTCTCCTCTTCATG	7	3	1
AATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGAAACC	7	78	1
TAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAA	7	112	1
ATCATATCGGTTTTTCTAGCCAATAACCTACT	7	174	1
TGTCTAAATTATTTGCTAGAGTAGGTTATTGG	7	193	0
AAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATCGATACTC	7	243	0
AAAATTAAATTTTTGTTAGCTCCCTAACCTAT	7	261	1
 TTATTTAAATCTTCTTAGGTAAATCTAACTT	8	9	1
AGGCAAAACTATTTATTAGTGTACTCATAACA	9	18	0
          **** **** **
MAP Score: 10.4069

Motif 3
TCCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAA	0	27	0
CTTTGGTATGGAAGAGAAAATTATAATAACTTCTA	2	102	1
AGCACCTAAGGAAAAATAAATTAAAGGA       	3	3	0
CTAGACTTACTATACAAAAATAAAAAACTAGACCT	4	14	0
AACTAAGCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATT	7	60	1
GAAATTTTACTAAAACAAAATAATAAGATAGGATA	7	115	0
TGTTAAATTCTAGTTAGAAATTTTACTAAAACAAA	7	131	0
AGACAAAATCGAACATGAAATTTGAGTATCGATAA	7	220	1
GTATCGATAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAG	7	245	1
TAAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGGGAG	10	29	1
          **  *  ****** *
MAP Score: 9.57686

Motif 4
         TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTATGAATTTATAA	1	1	1
CGGAATCTAACAAAATTATGGGATTTATAAATTCATAGGGTAA	1	25	0
        TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTTTG	3	2	1
  AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTATAGTAAGTCTAGAA	4	8	1
GCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGAAAC	7	66	1
CCTTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAATTTCTA	7	109	1
ATAACCTACTCTAGCAAATAATTTAGACAAAATCGAACATGAA	7	196	1
AGGGAGCTAACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATCGATACTC	7	243	0
TATGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTTTAATCCTTGA	9	21	1
          * *   * *  ****  *    *
MAP Score: 7.15779

Motif 5
 CCCTCATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATTTAAGATT	0	9	1
 TCTCCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAAATAT	0	23	0
         TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTATGAATTTATA	1	1	1
CATCGAAAGACCGTATAATAATCTTTTTCTGGGCTTAGGTAT	2	30	1
         TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTT	3	1	1
  AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTATAGTAAGTCTAGA	4	8	1
AGCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGAA	7	65	1
CCTTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAATTTCT	7	109	1
ATCGATAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAGCTCCCTAAC	7	247	1
TTTTAAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGGGAGTTCT	10	26	1
          *    ** **** **      *
MAP Score: 7.04302

Motif 6
ATTTAAGATTAGCGGGAAGGAGA       	0	41	1
TTCCATACTAAGAGGGGAGGGGC       	2	141	1
CCCTAAGTTGTGGGGGGAGTAA        	5	31	1
CCAGGAAGATAGGGGAGAAAATGCTTATAA	6	12	0
CCTATCTTCCTGGGGAAAGAAA        	6	29	1
AGGCTTAGTTTGGGGAGAGATTAGGAGGTG	7	40	0
AAATCTAACTTGGTGAGAAA          	8	30	1
TAAATTAAACAGGAGGGAGTTCT       	10	45	1
          **********
MAP Score: 6.81764

Motif 7
GAATTTATAAATCCCATAATTTTGTTAGATTCCG 	1	34	1
ATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTTTGTAGCCTAATAA	3	21	1
       AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTAT	4	3	1
AACTAATAAAACTTAAAAATTTGGTAATAAGGCTT	7	64	0
TTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTAAAA	7	111	1
GCTAACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATCGATA	7	246	0
TAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAGCTCCCTA	7	252	1
TGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTTTAAT	9	23	1
          *    *** ******
MAP Score: 5.01913

Motif 8
 CGGAATCTAACAAAATTATGGGATTTATAAATTCA	1	33	0
TAAGCCCAGAAAAAGATTATTATACGGTCTTTCGAT	2	31	0
CCAAAGAATTAAGGGATATTTAGAATCCTTAGATAT	2	72	0
TTTGGTATGGAAGAGAAAATTATAATAACTTCTAGC	2	103	1
GACTTACTATACAAAAATAAAAAACTAGACCTTATT	4	10	0
CAAATAAACTAATAAAACTTAAAAATTTGGTAATAA	7	69	0
AAATTTTACTAAAACAAAATAATAAGATAGGATATT	7	113	0
AAAATTTCTAACTAGAATTTAACAGTGCGATAATCA	7	142	1
TATCGATAAGACAAAAAAATTAAATTTTTGTTAGCT	7	246	1
CTTTTAAAAAACCGGATTATTAAATTAAACAGGAGG	10	25	1
          ** * ** ** * * *
MAP Score: 2.62454

Motif 9
         TCAATCTTTTTCTTTTTACCCTATG	1	1	1
   TTCATCACCATTTAGATCGTCATCGAAAGAC	2	7	1
GGGCTAGAAGTTATTATAATTTTCTCTTCCATAC	2	107	0
      TCCTTTAATTTATTTTTCCTTAGGTGCT	3	4	1
  AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTTGTATAGTA	4	8	1
          CCATTTCCTTGGTCTCCTCTTCAT	7	0	1
GCCTTATTACCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTT	7	66	1
CCTTAATATCCTATCTTATTATTTTGTTTTAGTA	7	109	1
CTGTTAAATTCTAGTTAGAAATTTTACTAAAACA	7	133	0
TATCGATACTCAAATTTCATGTTCGATTTTGTCT	7	220	0
TAACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTATCGATAC	7	245	0
          TTATTTAAATCTTCTTAGGTAAAT	8	0	1
TATGAGTACACTAATAAATAGTTTTGCCTACTTT	9	21	1
          * * *** ** ***
MAP Score: 2.20036

Motif 10
AAGTTCCTTGAAATTTAAGATTAGCGGGAAG	0	29	1
ATTTTTCCTTAGGTGCTAGTTTTGTAGCCTA	3	21	1
        TGAGGTTTTATTAGGCTACAAAA	3	40	0
       AATAAGGTCTAGTTTTTTATTTTT	4	3	1
TAAGTCTAGAAAGTGTTATAACACCTCTCTT	4	40	1
       TAGAAATTTTAAGAGAGGTGTTAT	4	57	0
ATTTGGTAATAAGGCTTAGTTTGGGGAGAGA	7	50	0
CCAAATTTTTAAGTTTTATTAGTTTATTTGA	7	75	1
TTCTAGTTAGAAATTTTACTAAAACAAAATA	7	128	0
TCGCACTGTTAAATTCTAGTTAGAAATTTTA	7	141	0
GAGCTAACAAAAATTTAATTTTTTTGTCTTA	7	252	0
TTACCTAAGAAGATTTAAATAA         	8	1	0
CTTCTTAGGTAAATCTAACTTGGTGAGAAA 	8	20	1
     CTGGTATATGTTATGAGTACACTAAT	9	5	1
TTAAAAGGTAAGGTTTTAAGTA         	10	1	0
          ******** **
MAP Score: 0.41343