AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256181
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0544	58	135aa long hypothetical protein
#1	PH0546	136	237aa long hypothetical flagellin B precursor
#2	PH0548	57	207aa long hypothetical flagellin B precursor
#3	PH0550	56	214aa long hypothetical flagellin B precursor
#4	PH0555	300	164aa long hypothetical protein

Motif 1
ACTTCTTTTTGTTGTGTGCACCTACATATGTAG	1	15	1
AAAACTAAAAGGTGAAGAGAGCTAGAAAGAAA 	3	9	0
ATCAACGTGAGTCGAATTAACGTAAGATATCGA	4	32	0
TCACGTTGATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCA	4	55	1
TGTGTCTTCCGTCGATGTCACCTATCTAATCCC	4	130	1
GCGAGGGTTAGGTGATTTAAGCTCCCGCTCGTA	4	199	0
ACGGTTGCGTGGCGATCATAGCTTACCATTACA	4	240	1
CGCATACGTTGTTGACTCAACCTCGATTCA   	4	280	1
          ***** *  ****
MAP Score: 10.6838

Motif 2
CTTCTTTTTGTTGTGTGCACCTACATATGTAGGTAC	1	16	1
GAATTGAAGTACCTATGTACCTACATATGTAGGTGC	1	32	0
AAAAATGGCTTTATATCCAGCTATTTTTAGAAAATA	1	89	1
TTGAAAGGAAATTACTGAAGCTCCATAACATGTGCC	2	10	0
          TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGAA	2	41	0
         TTTCTTTCTAGCTCTCTTCACCTTTTA	3	1	1
CACGTTGATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAAACC	4	56	1
GATGTGCTTCACAACGGTACCTATGTGTCTTCCGTC	4	107	1
GTGTCTTCCGTCGATGTCACCTATCTAATCCCCGGC	4	131	1
GGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCAATAACG	4	207	1
GCATACGTTGTTGACTCAACCTCGATTCA       	4	281	1
          **   *  ****** *
MAP Score: 9.22568

Motif 3
        ATTTACTCCCTCTAAACTTTCTT	0	2	1
      TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGA	2	42	0
    TTTCTTTCTAGCTCTCTTCACCTTTTA	3	6	1
        GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAG	3	43	0
CCTATCTAGGTCAAACCCTTGAGGGTAAAAT	4	75	1
ATGTCACCTATCTAATCCCCGGCGAGAGCTA	4	144	1
ATAGTTATACTATAGCTCTCGCCGGGGATTA	4	156	0
CTCCCGCTCGTATCTCCCCCGGGGATAGTTA	4	180	0
GTTAGGTGATTTAAGCTCCCGCTCGTATCTC	4	195	0
GCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCAATAA	4	210	1
          * *********
MAP Score: 8.14668

Motif 4
         ATTTACTCCCTCTAAACTTTC	0	1	1
CTAAACTTTCTTCACTTCATGTATTTAAGG	0	21	1
        TATTCAACTCAAAGAAACCTTA	0	46	0
        CCTTTACTTCTTTTTGTTGTGT	1	2	1
TTTTGTTGTGTGCACCTACATATGTAGGTA	1	21	1
GAAGTACCTATGTACCTACATATGTAGGTG	1	33	0
ACATAGGTACTTCAATTCTTACGAGCACTT	1	50	1
AATTCTTACGAGCACTTCCACACGCAAAAA	1	63	1
     TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGA	2	42	0
TCTAGCTCTCTTCACCTTTTAGTTTTTCTT	3	16	1
       GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAG	3	43	0
TGATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAAAC	4	61	1
GCACATCAATTTTACCCTCAAGGGTTTGAC	4	84	0
GGGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTC	4	206	1
          **********
MAP Score: 7.92483

Motif 5
ACTTCTTTTTGTTGTGTGCACCTACATATGTAGG	1	15	1
        TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGAA	2	41	0
TTTCTTTCTAGCTCTCTTCACCTTTTAGTTTTTC	3	10	1
          GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAGA	3	42	0
TCACGTTGATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAA	4	55	1
TGTGTCTTCCGTCGATGTCACCTATCTAATCCCC	4	130	1
TTAAGCTCCCGCTCGTATCTCCCCCGGGGATAGT	4	182	0
ACGAGCGGGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTT	4	200	1
GTAATGGTAAGCTATGATCGCCACGCAACCGTTA	4	238	0
CGCATACGTTGTTGACTCAACCTCGATTCA    	4	280	1
          ***   *** ****
MAP Score: 7.1824

Motif 6
GGCTTTATATCCAGCTATTTTTAGAAAATA	1	95	1
    TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGAA	2	41	0
   TTTCTTTCTAGCTCTCTTCACCTTTTA	3	7	1
CTAGCTCTCTTCACCTTTTAGTTTTTCTTA	3	17	1
      GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAGA	3	42	0
GATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAAACC	4	62	1
TCCGTCGATGTCACCTATCTAATCCCCGGC	4	137	1
GGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCA	4	207	1
          **********
MAP Score: 1.74782