AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256190
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0544	58	135aa long hypothetical protein
#1	PH0546	136	237aa long hypothetical flagellin B precursor
#2	PH0548	57	207aa long hypothetical flagellin B precursor
#3	PH0550	56	214aa long hypothetical flagellin B precursor
#4	PH0555	300	164aa long hypothetical protein

Motif 1
         ATTTACTCCCTCTAAACTTTC	0	1	1
CTAAACTTTCTTCACTTCATGTATTTAAGG	0	21	1
        TATTCAACTCAAAGAAACCTTA	0	46	0
        CCTTTACTTCTTTTTGTTGTGT	1	2	1
TTTTGTTGTGTGCACCTACATATGTAGGTA	1	21	1
GAAGTACCTATGTACCTACATATGTAGGTG	1	33	0
ACATAGGTACTTCAATTCTTACGAGCACTT	1	50	1
AATTCTTACGAGCACTTCCACACGCAAAAA	1	63	1
     TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTGA	2	42	0
TCTAGCTCTCTTCACCTTTTAGTTTTTCTT	3	16	1
       GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAG	3	43	0
TGATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAAAC	4	61	1
GCACATCAATTTTACCCTCAAGGGTTTGAC	4	84	0
GGGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTC	4	206	1
          **********
MAP Score: 7.92483

Motif 2
          CTCCCCTTGGAAGTTTTTCA	1	126	0
     GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAGAA	3	41	0
GTTAATTCGACTCACGTTGATGTCGCGTTC	4	44	1
CTATCTAGGTCAAACCCTTGAGGGTAAAAT	4	76	1
TATACTATAGCTCTCGCCGGGGATTAGATA	4	152	0
TATAGTATAACTATCCCCGGGGGAGATACG	4	173	1
GTGATTTAAGCTCCCGCTCGTATCTCCCCC	4	191	0
CTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCAATAA	4	211	1
ACGTTGTTGACTCAACCTCGATTCA     	4	285	1
          **********
MAP Score: 7.52582

Motif 3
AGGTACTTCAATTCTTACGAGCACTTCCACACGC	1	54	1
CTTCAGTAATTTCCTTTCAAATTTTTAGGAGGTG	2	26	1
          TTCCTTTCACCTCCTAAAAATTTG	2	43	0
          TTTCTTTCTAGCTCTCTTCACCTT	3	0	1
CGATATTGGTAACGTTTCGATATCTTACGTTAAT	4	16	1
ATGTCGCGTTCACCTATCTAGGTCAAACCCTTGA	4	63	1
CCGTCGATGTCACCTATCTAATCCCCGGCGAGAG	4	138	1
TAAGCTCCCGCTCGTATCTCCCCCGGGGATAGTT	4	181	0
GAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCAATAAC	4	208	1
GTGGCGATCATAGCTTACCATTACAATGGAACCG	4	248	1
          ******** *   *
MAP Score: 4.18795

Motif 4
ACACTTCGATATTGGTAACGTTTCGATATCTTACGTTAAT	4	10	1
TCTTACGTTAATTCGACTCACGTTGATGTCGCGTTCACCT	4	38	1
AACGGTACCTATGTGTCTTCCGTCGATGTCACCTATCTAA	4	119	1
TCCCCCGGGGATAGTTATACTATAGCTCTCGCCGGGGATT	4	157	0
GGGAGCTTAAATCACCTAACCCTCGCTTTCAATAACGGTT	4	206	1
CTCGCTTTCAATAACGGTTGCGTGGCGATCATAGCTTACC	4	227	1
          **     *  * * *** **
MAP Score: 3.1732

Motif 5
ATTTAAGGTTTCTTTGAGTTGAATA      	0	43	1
GCTCTCTTCACCTTTTAGTTTTTCTTAAACT	3	20	1
 GCTATCACCCCCTTAAGTTTAAGAAAAACT	3	36	0
  CCTTTACTTCTTTTTGTTGTGTGCACCTA	1	8	1
TCAGTAATTTCCTTTCAAATTTTTAGGAGGT	2	28	1
CTAGGTCAAACCCTTGAGGGTAAAATTGATG	4	80	1
TCACTTCATGTATTTAAGGTTTCTTTGAGTT	0	32	1
          ***** *****
MAP Score: 0.421992