AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons024_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256281
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0847	100	287aa long hypothetical dihydrodipicoline synthase
#1	PH0857	300	394aa long hypothetical threonine synthase
#2	PH0858	201	359aa long hypothetical protein
#3	PH1075	83	319aa long hypothetical homoserine dehydrogenase
#4	PH1086	199	346aa long hypothetical aspartokinase
#5	PH1087	62	271aa long hypothetical homoserine kinase
#6	PH1406	300	440aa long hypothetical threonine synthase

Motif 1
TTGTAGATTTAAAACAATAAAAATTTTTTCGCTTC	0	14	1
TTCGCTCTAGAAGGAAAGAAAAATTCCTGGAAACT	1	61	1
GACGGGTAATTGACCAAGAAAAGTTAATGGAGGGT	1	270	1
AAAGCTTAGAAAAAGGACAAAACTTAAAA      	2	4	0
TATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGAATCTAA	2	93	1
TAAACAAGAAAAAAATAGAAAGATTTATTATAGCG	2	143	1
TTAAGGTTTGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTT	3	19	1
GACGAAAGGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAAAGCTT	3	58	0
TAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATCCACTTTT	4	23	1
TATTCTGAGATCAAATTGAAAATTTAAAAGTGGAT	4	48	0
TTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAATT	4	106	1
GACATATTTTTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGGA	4	148	0
ATATGTCAAAAAATATATAAAAATCGTGAGCTT  	4	176	1
AGGGAGAACTGAAGTAATAAAGGTTAATATGGAAG	6	68	1
AGCAACTAGCATACACAGAAAATTCGGAATATCAA	6	230	1
          * *   ****** **
MAP Score: 12.9805

Motif 2
TTTAAAACAATAAAAATTTTTTCGCTTCGACTT	0	21	1
TGCTATGTTCTTCATAACATCTCCTGAATAAGG	1	106	0
AAAGACGTCTTTCATGACCTTTCTCCAAGACAA	1	220	0
TTTGTCCTTTTTCTAAGCTTTTCCAAATTGTCA	2	18	1
TTCTTGAATTTTATACTCATTTCAACTATACTT	2	90	0
TTTTCTTGTTTAATTGATATTTCTTCATTAGAT	2	122	0
CCTTTCGCTATAATAAATCTTTCTATTTTTTTC	2	150	0
CCCCCTGGAGTTAACCTCCTTTCGCTATAATAA	2	167	0
AGGTTTGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTTT	3	22	1
CATAAGCTTTTTAAACCTTTCTCCGCTTACCTT	3	55	1
AAAATTGAAATAAAGAATTTCTCAAAAATTGTA	4	83	0
TTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAATTGTTTT	4	113	1
TTTTTAATCCTAAAAAATATGTCAAAAAATATA	4	160	1
CCGTGAACGGTTATTATCCTTTCAGGTCTCGGT	6	173	0
          **** * * ****
MAP Score: 8.70103

Motif 3
CTTTTTATAGTGAGGGAGTATACTAAGGTTCG	1	33	1
CATAGCACTTTAAAGGAGGATAGTAGGTTGCT	1	132	1
GAAGTAGGAAGAAGGGTGATTTAGGACTAGTG	1	184	1
TTGTCTTGGAGAAAGGTCATGAAAGACGTCTT	1	220	1
AAAAGTTAATGGAGGGTGCAAA          	1	288	1
AAGTATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGA	2	90	1
TTATTATAGCGAAAGGAGGTTAACTCCAGGGG	2	167	1
GGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAAAGCTTATGA	3	54	0
ATTGAAAATTTAAAAGTGGATAAGCTTTATTT	4	37	0
GGTTGGTGAGGAAGGGAGAACTGAAGTAATAA	6	56	1
ACTGAAGTAATAAAGGTTAATATGGAAGTTCA	6	75	1
CATGCGGATAGGAGAGAGTTAATGAATTACGT	6	129	1
ACCGAGACCTGAAAGGATAATAACCGTTCACG	6	173	1
          ******** * *
MAP Score: 8.27282

Motif 4
AGCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAA	0	14	0
CAACTCAGCGTATCTATCCTTTTTATAGTGAGG	1	15	1
AAAGACGTCTTTCATGACCTTTCTCCAAGACAA	1	220	0
TTTTGTCCTTTTTCTAAGCTTTTCCAAATTGTC	2	17	1
TCTTGTTTAATTGATATTTCTTCATTAGATTCT	2	119	0
ATAATAAATCTTTCTATTTTTTTCTTGTTTAAT	2	141	0
AGGTTTGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTTT	3	22	1
TCTAAGTTCTTTCATAAGCTTTTTAAACCTTTC	3	43	1
GGATAAGCTTTATTTATATTTTCGCACTAGTTA	4	19	0
AGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCT	4	43	1
GCTCACGATTTTTATATATTTTTTGACATATTT	4	174	0
CCGTGAACGGTTATTATCCTTTCAGGTCTCGGT	6	173	0
          **  *** *****
MAP Score: 7.26704

Motif 5
ATATATTTAGATGAAAGTCGAAGCGAAAAAATT	0	35	0
CTCCTGAATAAGGAGGAACGATGAGTTTCCAGG	1	86	0
AGGAGATGTTATGAAGAACATAGCACTTTAAAG	1	114	1
AGCACTTTAAAGGAGGATAGTAGGTTGCTAGTT	1	135	1
ATTTCCAAGAATGAAGTAGGAAGAAGGGTGATT	1	172	1
AGACGTCTTTGGGAGTTTTGAAGTTGGGACGGG	1	243	1
CCAATGGTTGGTGAGGAAGGGAGAACTGAAGTA	6	51	1
TTCTCAGGTCATGCGGATAGGAGAGAGTTAATG	6	120	1
GAGAGAGTTAATGAATTACGTAGCTAAGGTAAG	6	140	1
          ****** * * **
MAP Score: 4.22976

Motif 6
TCGAAGCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAATTTT   	0	7	0
ACTTTCATCTAAATATATAATTAAAGTGCATAGAGCGTTGCTCT	0	50	1
GCTCTAGAAGGAAAGAAAAATTCCTGGAAACTCATCGTTCCTCC	1	64	1
AAGTATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGAATCTAATGAAGA	2	90	1
ATCTAATGAAGAAATATCAATTAAACAAGAAAAAAATAGAAAGA	2	122	1
GAAAAAAATAGAAAGATTTATTATAGCGAAAGGAGGTTAACTCC	2	150	1
AGAAAGGTTTAAAAAGCTTATGAAAGAACTTAGAAACTTTATTA	3	33	0
TAACTAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATCCACTTTTAAATT	4	19	1
TTAATAACATAAAATTGAAATAAAGAATTTCTCAAAAATTGTAT	4	82	0
TTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGGAATAAAACAATTTGAGATA	4	130	0
TTTTAATCCTAAAAAATATGTCAAAAAATATATAAAAATCGTGA	4	161	1
CGGAATTAGGGAAATTCCAATGGTTGGTGAGGAAGGGAGAACTG	6	35	1
ACCGAGACCTGAAAGGATAATAACCGTTCACGGAGAACCACAAA	6	173	1
          ****    *** *      *   *
MAP Score: 3.7362

Motif 7
TCGAAGCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAA	0	14	0
TATCCAACTCAGCGTATCTATCCTTTTTATAGTGAGG	1	11	1
AGTTTCCAGGAATTTTTCTTTCCTTCTAGAGCGAACC	1	59	0
TAAGTTTTGTCCTTTTTCTAAGCTTTTCCAAATTGTC	2	13	1
TTTCTTCATTAGATTCTTGAATTTTATACTCATTTCA	2	99	0
CGCTATAATAAATCTTTCTATTTTTTTCTTGTTTAAT	2	141	0
TGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTTTCATAAGCTT	3	27	1
TGAAATAAAGAATTTCTCAAAAATTGTATATTCTGAG	4	74	0
ATGTTATTAAAAATTATCTCAAATTGTTTTATTCCTA	4	116	1
AATCCTAAAAAATATGTCAAAAAATATATAAAAATCG	4	165	1
CACACAATCGACGGTTTCTCAGGTCATGCGGATAGGA	6	105	1
CCTCAACCTTATGGTGTCTAAATTATTTGGGGCCCTC	6	266	0
          *   * *****  ** *
MAP Score: 2.97276