AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons024_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256305
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0847	100	287aa long hypothetical dihydrodipicoline synthase
#1	PH0857	300	394aa long hypothetical threonine synthase
#2	PH0858	201	359aa long hypothetical protein
#3	PH0859	138	590aa long hypothetical transport protein
#4	PH1075	83	319aa long hypothetical homoserine dehydrogenase
#5	PH1086	199	346aa long hypothetical aspartokinase
#6	PH1087	62	271aa long hypothetical homoserine kinase
#7	PH1406	300	440aa long hypothetical threonine synthase

Motif 1
TTCGCTCTAGAAGGAAAGAAAAATTCCTGGAAACT	1	61	1
TAAACAAGAAAAAAATAGAAAGATTTATTATAGCG	2	143	1
TTGTAGATTTAAAACAATAAAAATTTTTTCGCTTC	0	14	1
GACGAAAGGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAAAGCTT	4	58	0
TAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATCCACTTTT	5	23	1
TTAAGGTTTGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTT	4	19	1
AGCAACTAGCATACACAGAAAATTCGGAATATCAA	7	230	1
AAAGCTTAGAAAAAGGACAAAACTTAAAA      	2	4	0
GGGAATAAGGAAAGTTACAAAATTTTTTAATTTTG	3	37	0
ATATGTCAAAAAATATATAAAAATCGTGAGCTT  	5	176	1
TATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGAATCTAA	2	93	1
AGGGAGAACTGAAGTAATAAAGGTTAATATGGAAG	7	68	1
GACGGGTAATTGACCAAGAAAAGTTAATGGAGGGT	1	270	1
TTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAATT	5	106	1
CCGTTCACGGAGAACCACAAAAGTGCCTCGATTTA	7	196	1
TATTCTGAGATCAAATTGAAAATTTAAAAGTGGAT	5	48	0
GACATATTTTTTAGGATTAAAAATTCCTATTAGGA	5	148	0
          * *   ****** **
MAP Score: 14.2404

Motif 2
GCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAATTTT        	0	2	0
CCAGGAATTTTTCTTTCCTTCTAGAGCGAACCTTAGTATACTCC	1	47	0
GAAACTCATCGTTCCTCCTTATTCAGGAGATGTTATGAAGAACA	1	90	1
TAGGTTGCTAGTTCCTGATTTCCAAGAATGAAGTAGGAAGAAGG	1	155	1
TTTCTAAGCTTTTCCAAATTGTCAGTGAAGGTTTAGCTGTCATT	2	27	1
AATCTTTCTATTTTTTTCTTGTTTAATTGATATTTCTTCATTAG	2	124	0
ATAAGGAAAGTTACAAAATTTTTTAATTTTGTTTAGGTAATTAC	3	24	0
ATTTTGTAACTTTCCTTATTCCCAAAGCCCAGGTTGCCCAGGAA	3	49	1
TCACTGAGCTTTCCCTCGTTTTAAATAGATTATTCATACATTCC	3	89	0
GTTAATAAAGTTTCTAAGTTCTTTCATAAGCTTTTTAAACCTTT	4	31	1
CATAAGCTTTTTAAACCTTTCTCCGCTTACCTTTCGTC      	4	55	1
TAAATAAAGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGA	5	36	1
TATACAATTTTTGAGAAATTCTTTATTTCAATTTTATGTTATTA	5	81	1
TTATCTCAAATTGTTTTATTCCTAATAGGAATTTTTAATCCTAA	5	129	1
CTCACGATTTTTATATATTTTTTGACATATTTTTTAGGATTAAA	5	162	0
TATTACTTCAGTTCTCCCTTCCTCACCAACCATTGGAATTTCCC	7	43	0
ACCGTCGATTGTGTGAACTTCCATATTAACCTTTATTACTTCAG	7	76	0
ATCGAGGCACTTTTGTGGTTCTCCGTGAACGGTTATTATCCTTT	7	184	0
          ** *    ****  *       **
MAP Score: 13.569

Motif 3
CTCAGCGTATCTATCCTTTTTATAGTGAGG	1	18	1
AGGAATTTTTCTTTCCTTCTAGAGCGAACC	1	59	0
GGAAACTCATCGTTCCTCCTTATTCAGGAG	1	89	1
TAGCAACCTACTATCCTCCTTTAAAGTGCT	1	135	0
CCTAAATCACCCTTCTTCCTACTTCATTCT	1	179	0
   CCATGTTCATTCCCCCTGGAGTTAACC	2	184	0
         GCTATCCCCTTAGGGTAATTA	3	1	1
AATTTTGTAACTTTCCTTATTCCCAAAGCC	3	48	1
TTTCACTGAGCTTTCCCTCGTTTTAAATAG	3	105	0
        AACTTTCCCCCCATTTCACTGA	3	126	0
CCGCTCTGAACTTGCCTTCCAAGGGTTC  	7	8	0
TTCAGTTCTCCCTTCCTCACCAACCATTGG	7	51	0
TAACTCTCTCCTATCCGCATGACCTGAGAA	7	120	0
          **********
MAP Score: 11.924

Motif 4
GGATCACCACAAAATAGAGCAACGCTCTATGC	0	77	0
TCCCTCACTATAAAAAGGATAGATACGCTGAG	1	18	0
AACATCTCCTGAATAAGGAGGAACGATGAGTT	1	92	0
ATAGCACTTTAAAGGAGGATAGTAGGTTGCTA	1	133	1
AATGAAGTAGGAAGAAGGGTGATTTAGGACTA	1	181	1
GAAAAGCTTAGAAAAAGGACAAAACTTAAAA 	2	9	0
AGTATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGAA	2	91	1
AATATCAATTAAACAAGAAAAAAATAGAAAGA	2	134	1
TATTATAGCGAAAGGAGGTTAACTCCAGGGGG	2	168	1
TGGGCTTTGGGAATAAGGAAAGTTACAAAATT	3	48	0
AATCTATTTAAAACGAGGGAAAGCTCAGTGAA	3	102	1
AAGCTCAGTGAAATGGGGGGAAAGTT      	3	122	1
TTGAAAATTTAAAAGTGGATAAGCTTTATTTA	5	36	0
GTTCAGAGCGGAATTAGGGAAATTCCAATGGT	7	27	1
          *** ***** **
MAP Score: 8.85846

Motif 5
CACCTACAAGTATAGTTGAAATGAGTATAAAATTCAAGAATCTA	2	83	1
AAATATCAATTAAACAAGAAAAAAATAGAAAGATTTATTATAGC	2	133	1
GCTTATGAAAGAACTTAGAAACTTTATTAACCTCAAACCTTAAG	4	18	0
AGGTAAGACCGAGACCTGAAAGGATAATAACCGTTCACGGAGAA	7	166	1
GTGGTACTTGTCTTGGAGAAAGGTCATGAAAGACGTCTTTGGGA	1	213	1
TGGGCTTTGGGAATAAGGAAAGTTACAAAATTTTTTAATTTTGT	3	36	0
TCCTAAAAAATATGTCAAAAAATATATAAAAATCGTGAGCTT  	5	167	1
   AAAATTGTAGATTTAAAACAATAAAAATTTTTTCGCTTCGA	0	7	1
CGAACCTAACTAGTGCGAAAATATAAATAAAGCTTATCCACTTT	5	13	1
CGTTCCTCCTTATTCAGGAGATGTTATGAAGAACATAGCACTTT	1	99	1
GAAGGCAAGTTCAGAGCGGAATTAGGGAAATTCCAATGGTTGGT	7	19	1
GTATGAATAATCTATTTAAAACGAGGGAAAGCTCAGTGAAATGG	3	94	1
AGGTCATGCGGATAGGAGAGAGTTAATGAATTACGTAGCTAAGG	7	125	1
GAAAGATTTATTATAGCGAAAGGAGGTTAACTCCAGGGGGAATG	2	160	1
GACGAAAGGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAAAGCTTATGAAAGAA	4	49	0
ACATAAAATTGAAATAAAGAATTTCTCAAAAATTGTATATTCTG	5	76	0
ATACTAAGGTTCGCTCTAGAAGGAAAGAAAAATTCCTGGAAACT	1	52	1
ACAATTTGGAAAAGCTTAGAAAAAGGACAAAACTTAAAA     	2	5	0
          **     ****  *    **   *
MAP Score: 8.28686

Motif 6
TATTTAGATGAAAGTCGAAGCGAAAAAATTTTTAT	0	30	0
GGGAGTTTTGAAGTTGGGACGGGTAATTGACCAAG	1	253	1
TGACCAAGAAAAGTTAATGGAGGGTGCAAA     	1	280	1
TCCCAAAGCCCAGGTTGCCCAGGAATGTATGAATA	3	68	1
     GACGAAAGGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAA	4	63	0
CTTGGAAGGCAAGTTCAGAGCGGAATTAGGGAAAT	7	15	1
GGAAATTCCAATGGTTGGTGAGGAAGGGAGAACTG	7	44	1
TGAAGTAATAAAGGTTAATATGGAAGTTCACACAA	7	77	1
GACGGTTTCTCAGGTCATGCGGATAGGAGAGAGTT	7	114	1
TTACGTAGCTAAGGTAAGACCGAGACCTGAAAGGA	7	155	1
TAGACACCATAAGGTTGAGGTGACAGC        	7	283	1
          ***** *  * ** *
MAP Score: 7.45022

Motif 7
   TTTTAAGTTTTGTCCTTTTTCTAAGCTTTTCCAAATTGTCA	2	7	1
TCTTGTTTAATTGATATTTCTTCATTAGATTCTTGAATTTTATA	2	108	0
TCACTGAGCTTTCCCTCGTTTTAAATAGATTATTCATACATTCC	3	89	0
CTCACGATTTTTATATATTTTTTGACATATTTTTTAGGATTAAA	5	162	0
AACTTCCATATTAACCTTTATTACTTCAGTTCTCCCTTCCTCAC	7	61	0
AGTTACAAAATTTTTTAATTTTGTTTAGGTAATTACCCTAAGGG	3	16	0
TTAATAAAGTTTCTAAGTTCTTTCATAAGCTTTTTAAACCTTTC	4	32	1
GTGGATAAGCTTTATTTATATTTTCGCACTAGTTAGGTTCGGGG	5	10	0
GCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAATTTT        	0	2	0
TGATCTCAGAATATACAATTTTTGAGAAATTCTTTATTTCAATT	5	70	1
TTTATTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTATCTCAAATTGTTTT	5	102	1
TAAATAAAGCTTATCCACTTTTAAATTTTCAATTTGATCTCAGA	5	36	1
GCACCCTCCATTAACTTTTCTTGGTCAATTACCCGTCCCAACTT	1	263	0
CTAGTCCTAAATCACCCTTCTTCCTACTTCATTCTTGGAAATCA	1	170	0
TCCTTTCGCTATAATAAATCTTTCTATTTTTTTCTTGTTTAATT	2	140	0
ATTCTTGAATTTTATACTCATTTCAACTATACTTGTAGGTGATA	2	80	0
          **      * **    *  ** **
MAP Score: 5.85004

Motif 8
AGCGAAAAAATTTTTATTGTTTTAAATCTACAATTTT  	0	8	0
CATAGAGCGTTGCTCTATTTTGTGGTGATCCC       	0	78	1
          TTTTAAGTTTTGTCCTTTTTCTAAGCTTT	2	0	1
TTCATTAGATTCTTGAATTTTATACTCATTTCAACTATA	2	93	0
ATAATAAATCTTTCTATTTTTTTCTTGTTTAATTGATAT	2	135	0
GTTACAAAATTTTTTAATTTTGTTTAGGTAATTACCCTA	3	20	0
ATGAAAGAACTTAGAAACTTTATTAACCTCAAACCTTAA	4	19	0
CTAAGTTCTTTCATAAGCTTTTTAAACCTTTCTCCGCTT	4	44	1
TGGATAAGCTTTATTTATATTTTCGCACTAGTTAGGTTC	5	14	0
GAAATTCTTTATTTCAATTTTATGTTATTAAAAATTATC	5	95	1
ATATATTTTTTGACATATTTTTTAGGATTAAAAATTCCT	5	155	0
      AAGCTCACGATTTTTATATATTTTTTGACATAT	5	176	0
CTCGTTGATATTCCGAATTTTCTGTGTATGCTAGTTGCT	7	230	0
          ** * * **** *     *
MAP Score: 4.60898

Motif 9
GTTCGCTCTAGAAGGAAAGAAAAATTCCTGGAA	1	60	1
GTACTTGTCTTGGAGAAAGGTCATGAAAGACGT	1	216	1
TGGAAAAGCTTAGAAAAAGGACAAAACTTAAAA	2	10	0
AAGAATCTAATGAAGAAATATCAATTAAACAAG	2	118	1
GTTAACTCCAGGGGGAATGAACATGG       	2	185	1
GCTATCCCCTTAGGGTAATTACCTAAACAAAAT	3	10	1
GCTTTGGGAATAAGGAAAGTTACAAAATTTTTT	3	44	0
TATTTAAAACGAGGGAAAGCTCAGTGAAATGGG	3	106	1
      GAATTAAAGTCAGAGCACCCGCGACAA	6	4	1
 GAACCCTTGGAAGGCAAGTTCAGAGCGGAATT	7	9	1
AGAGCGGAATTAGGGAAATTCCAATGGTTGGTG	7	31	1
AAGGGAGAACTGAAGTAATAAAGGTTAATATGG	7	67	1
ATTACGTAGCTAAGGTAAGACCGAGACCTGAAA	7	154	1
          ***** ***  **
MAP Score: 2.93586

Motif 10
AGAATGAAGTAGGAAGAAGGGTGATTTAGGACTAGTGGT	1	179	1
CGTCTTTGGGAGTTTTGAAGTTGGGACGGGTAATTGACC	1	246	1
GGGTAATTGACCAAGAAAAGTTAATGGAGGGTGCAAA  	1	273	1
TTTATTATAGCGAAAGGAGGTTAACTCCAGGGGGAATGA	2	166	1
ATTAAACTTAAGGTTTGAGGTTAATAAAGTTTCTAAGTT	4	12	1
GAAAGGTAAGCGGAGAAAGGTTTAAAAAGCTTATGAAAG	4	51	0
  GAACCCTTGGAAGGCAAGTTCAGAGCGGAATTAGGGA	7	8	1
GGAGAACTGAAGTAATAAAGGTTAATATGGAAGTTCACA	7	70	1
TAATGAATTACGTAGCTAAGGTAAGACCGAGACCTGAAA	7	148	1
          ** *   ***** *    *
MAP Score: 1.7787