AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256353
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0207	206	428aa long hypothetical protein
#1	PH0209	300	131aa long hypothetical protein
#2	PH0376	47	283aa long hypothetical cobalamin biosynthesis protein D
#3	PH0434	185	336aa long hypothetical protein
#4	PH0437	263	367aa long hypothetical protein
#5	PH0438	58	339aa long hypothetical adenylosuccinate synthetase
#6	PH0439	31	255aa long hypothetical competence-damage protein
#7	PH0702	46	364aa long hypothetical translation initiation factor eIF-2 beta chain
#8	PH0770	167	154aa long hypothetical protein
#9	PH0771	46	391aa long hypothetical aspartate aminotransferase
#10	PH1322	55	401aa long hypothetical aspartate aminotransferase
#11	PH1371	191	389aa long hypothetical aspartate aminotransferase

Motif 1
TATTTCCTTTCTTGAAATAATTTATGAAGCCCG	0	15	1
AGGAGCCTTGCTTATAAAAATTTGCTACTAATA	1	26	1
TAAAAATTTGCTACTAATACTTTTAAATTTACT	1	40	1
CAATTACAATTTCATCAACTTTTCCAATGTACT	1	156	0
TAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCGTTAAAT	3	73	1
GTGATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTT	3	144	1
TTATCCCTTTCCCTTCAACCTATGACAA     	3	167	1
TACCAGGGATCTCCTCAAAATATTAGGTGAAGA	4	34	1
CCTTAATTCTCTTCTCAAACTCTTCACCTAATA	4	54	0
TCACATAATACTCCTCATACTTTTCGATTGGAG	4	90	0
TACCCTCTTTCCCTTAAACTTTTCT        	7	2	0
ATATTATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATA	8	95	1
TAAATTTATACCGGTCAAAATTTAAAAATTTTT	8	118	1
ACCAATTGTGTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTG	8	133	0
ACATGAAAAATTTATAAAACTTT          	9	0	0
          **  ***** ***
MAP Score: 12.4412

Motif 2
TGTTTACTTTTGTAAAGTTGTAGGTTACAAATG	0	132	0
GTCAATTAAATATAAATGTTTCGGCATTTCCTG	0	172	0
GCCTTGCTTATAAAAATTTGCTACTAATACTTT	1	30	1
AATGGTGAACTAAATGGTTATGGAATTATCAAA	1	88	1
CAAGTACATTGGAAAAGTTGATGAAATTGTAAT	1	154	1
GGAGGGCGAAGGAAAGGTTCTAATACTTGCACT	1	196	1
ACTACCAGGAGAAAGGGTTGGAGTTCCTTACGA	1	226	1
AGTTCCTTACGAAAAAGTTACAGCAGTTGGAGA	1	247	1
ATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCGTTAAATCAAA	3	77	1
GGGAAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTAT	3	147	0
AAATATTAGGTGAAGAGTTTGAGAAGAGAATTA	4	51	1
GACTCCAATCGAAAAGTATGAGGAGTATTATGT	4	88	1
         AGAAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGT	7	1	1
TTTATCTAGTTAAATATTTTTTGGCTTAAATTA	8	54	1
GGTATAAATTTAAAAGTTTTTTAAGTTCATAAT	8	97	0
GGTCAAAATTTAAAAATTTTTAGCAACACAATT	8	130	1
CGGATTACATGAAAAATTTATAAAACTTT    	9	6	0
GGACATAGGCTATAAGTTTGTCAAGCTTTATAA	11	37	1
          *********   *
MAP Score: 10.8834

Motif 3
ATAAGTTTGTCAAGCTTTATAAAGGTTATCTG	11	48	1
TATTAGTAGCAAATTTTTATAAGCAAGGCTCC	1	27	0
          AAAGTTTTATAAATTTTTCATG	9	0	1
ATTTAACGAGAAACTTTTAAAAGAGGGATTTT	3	74	0
ATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCGG	8	100	1
TAGATAAACTCAAGCCTTAGAATAGGGAATTC	8	30	0
TGTGTTGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCGG	8	128	0
ACAATTTCATCAACTTTTCCAATGTACTTGCC	1	152	0
CCTCGATACGAATATTTTACAAACAAGTAAAA	11	119	0
TTTGTAACCTACAACTTTACAAAAGTAAACAT	0	134	1
CCTGGTAGTGCAAGTATTAGAACCTTTCCTTC	1	203	0
ATTTGCTACTAATACTTTTAAATTTACTAGTT	1	45	1
CGGGCTTCATAAATTATTTCAAGAAAGGAAAT	0	16	0
AAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCT	3	149	1
CTATTGAGAGCAAACCTTATATTATATACCAT	4	216	1
          *** ***** **
MAP Score: 9.50501

Motif 4
ATATAACACCAGGGGCAAGTACATTGGAAAA	1	139	1
GACATCAAGGAGGGCGAAGGAAAGGTTCTAA	1	188	1
TTGCACTACCAGGAGAAAGGGTTGGAGTTCC	1	222	1
TCATAGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGT	3	161	0
 CCCTGTCAAAAGGGTAAGCATTTTAAGGTA	5	9	1
CTCCTTACCAAAGGGTAAGTAAAGGGGTACC	5	36	0
AGAAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGATC	7	10	1
TCCTCAATCGAGGACAAAGTGGGACATAGGC	11	16	1
          ***** *****
MAP Score: 8.20113

Motif 5
ATGAAAATCAGGAAATGCCGAAACATTTATATTTAATTGAC	0	164	1
TTCATAGTTAGGGAATGGTGAACTAAATGGTTATGGAATTA	1	75	1
CAAGTACATTGGAAAAGTTGATGAAATTGTAATTGACATCA	1	154	1
GGAGGGCGAAGGAAAGGTTCTAATACTTGCACTACCAGGAG	1	196	1
AGTTCCTTACGAAAAAGTTACAGCAGTTGGAGATATAATTT	1	247	1
TAGGTTGAAGGGAAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTA	3	148	0
GAAGCGGAGTGGAAGCGCCTAAGAAGCTTTACGACATGAAG	4	131	1
AAAAGTTTAAGGGAAAGAGGGTAGAGATCTAAATAGGTGGA	7	12	1
          ***** *    *  *  *  *
MAP Score: 7.4559

Motif 6
CCTTTACTTACCCTTTGGTAAGGAGT      	5	42	1
GAAGTGCCCTCCCTATTGTAAGCTAAAATTAC	3	10	1
CAGCGGAATTCCCTATTCTAAGGCTTGAGTTT	8	25	1
          CCCTGTCAAAAGGGTAAGCATT	5	0	1
TTCCCAGATAACCTTTATAAAGCTTGACAAAC	11	52	0
CTTAAAATCCCTCTTTTAAAAGTTTCTCGTTA	3	71	1
TTTCATGTTTACTTTTGTAAAGTTGTAGGTTA	0	138	0
ACTGCTGTAACTTTTTCGTAAGGAACTCCAAC	1	242	0
GTTATCTGGGAACTATCGAAAGATTAGGATTG	11	72	1
ATTAGTAGCAAATTTTTATAAGCAAGGCTCCT	1	26	0
          ******  ****
MAP Score: 6.82711

Motif 7
CTACTAATACTTTTAAATTTACTAGTTCAT	1	50	1
TCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAGAA	3	118	0
          CTTTAAATTTCCTATCCCTA	6	0	1
CTTAAAAAACTTTTAAATTTATACCGGTCA	8	105	1
TGCTAAAAATTTTTAAATTTTGACCGGTAT	8	125	0
    AAAGTTTTATAAATTTTTCATGTAAT	9	6	1
GGGACATAGGCTATAAGTTTGTCAAGCTTT	11	36	1
          **********
MAP Score: 4.45323

Motif 8
TGTAAAGTTGTAGGTTACAAATGATGCCTCAA	0	123	0
TACCAGGAGAAAGGGTTGGAGTTCCTTACGAA	1	228	1
CTCCCTATTGTAAGCTAAAATTACCTCCAGTT	3	18	1
TTTATCACAGAAGGTTTTAATTTATTCTACAG	3	120	0
AAAGGGATAAAAAGGTTTAGTTGACTTTATCA	3	145	0
TCCCTATTCTAAGGCTTGAGTTTATCTAGTTA	8	34	1
TAAATATTTTTTGGCTTAAATTATTTTTGTGA	8	64	1
       TTCAAGGATTAAAGTAGGCAAAACT	10	3	1
AAGTGGGACATAGGCTATAAGTTTGTCAAGCT	11	32	1
ATCGAAAGATTAGGATTGAATTGGAGTGATAT	11	86	1
          **** ** ****
MAP Score: 3.82784

Motif 9
GTATGTTTCGTCAATTAAATATAAATGTTTCGGCATTT	0	176	0
TATGAACTAGTAAATTTAAAAGTATTAGTAGCAAATTT	1	43	0
TAGGGAATGGTGAACTAAATGGTTATGGAATTATCAAA	1	83	1
CTCTGGGGCTTGGACTAAAATTATATCTCCAACTGCTG	1	267	0
AGAGAGTAGTATAACTGGAGGTAATTTTAGCTTACAAT	3	24	0
CTCGTTAAATCAAACTGGAGATTTCTGTAGAATAAATT	3	96	1
TTCTGTAGAATAAATTAAAACCTTCTGTGATAAAGTCA	3	118	1
TGTGATAAAGTCAACTAAACCTTTTTATCCCTTTCCCT	3	143	1
TGTGATATTATGAACTTAAAAAACTTTTAAATTTATAC	8	91	1
AGATTAGGATTGAATTGGAGTGATATCTTTTACTTGTT	11	92	1
GATTGGGTTTTAAACTCGATTATCATATTCTCAAGTGG	11	154	1
          * **** **   *  * *
MAP Score: 2.19553