AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256423
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0851	70	450aa long hypothetical fmu protein
#1	PH1078	293	450aa long hypothetical fmu protein
#2	PH1376	38	107aa long hypothetical protein
#3	PH1378	51	187aa long hypothetical protein
#4	PH1463	40	438aa long hypothetical L-asparaginase
#5	PH1536	59	142aa long hypothetical protein
#6	PH1991	300	389aa long hypothetical nucleolar protein

Motif 1
GAGATAAAACGTTGAATTTAAAAGAGATTTTTAAGGGATTAT	0	32	1
       GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCACCCTG	1	3	1
GAGATAATTAGGATCGTTAAGAAGAGCCTGTTTGAAGACGGC	1	50	1
AATTTCCCCAGGTTTTTCAAGAAGGCCGTCTTCAAACAGGCT	1	74	0
AAAAACCTGGGGAAATTTTTCAAGCTGTGTTAGGATTTTATG	1	99	1
CTGGGTTGAGGGATAGTAGTCAAGACCCAACTTCTGCCTGTA	1	209	0
CTACTTGAGAGGAGTGTTGAGAGGTGGATGTAG         	2	15	1
TTTTAGGATAGTTGTTTTTAAAAGATCTCGCTTAAAGTTAGA	5	16	1
AAAGTTTTTTGGTTCAATGGAAAGAGATCGTTAGAATTCTCT	6	14	1
CTATTGGGTAGTTTTTTTATTAAGCTGACCTTTAATTATCGT	6	71	1
CTAATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTATGT	6	264	1
          **    **   ***  *   **
MAP Score: 9.05422

Motif 2
TAAAAGAGATTTTTAAGGGATTATATTTCG    	0	50	1
AAACAGGCTCTTCTTAACGATCCTAATTATCTCC	1	49	0
GAAGACGGCCTTCTTGAAAAACCTGGGGAAATTT	1	83	1
TGTTCATAGCTTTTAGCAAATCATAAAATCCTAA	1	128	0
TTATAATGCTTTCTAGCCTACCATTATATCCTGG	1	247	0
CTCTTAACATTTTTCTGGGGGTATTC        	4	24	1
AGGATAGTTGTTTTTAAAAGATCTCGCTTAAAGT	5	20	1
TCCGAGAGAATTCTAACGATCTCTTTCCATTGAA	6	26	0
ATCGTTAGAATTCTCTCGGATTATAGCAAAACTA	6	40	1
ATCGTTTTCGTTCTAGAGCGTCATGTACAGTCCT	6	138	1
CAAATTTGATTTTTCTAGTAGCCTCCCTATACCT	6	175	1
GAAATGTGACTTTTGTAGAGGTATAGGGAGGCTA	6	193	0
AATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTA	6	269	1
          ****  ** * ***
MAP Score: 7.01973

Motif 3
AAGAAGAGCCTGTTTGAAGACGGCCTTCTTGAAAA	1	68	1
TTTCCCCAGGTTTTTCAAGAAGGCCGTCTTCAAAC	1	79	0
CCTGGGGAAATTTTTCAAGCTGTGTTAGGATTTTA	1	104	1
TCTCTTAACATTTTTCTGGGGGTATTC        	4	23	1
TTAGGATAGTTGTTTTTAAAAGATCTCGCTTAAAG	5	18	1
GGGTAGTTTTTTTATTAAGCTGACCTTTAATTATC	6	76	1
TCAAATTTGATTTTTCTAGTAGCCTCCCTATACCT	6	174	1
AGAAATGTGACTTTTGTAGAGGTATAGGGAGGCTA	6	193	0
TAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTA	6	268	1
          ***** ***  *  *
MAP Score: 6.20796

Motif 4
      GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCA	1	4	1
TTAAGAAGAGCCTGTTTGAAGACGGCCTTCTTGAAA	1	66	1
AATCCTAACACAGCTTGAAAAATTTCCCCAGGTTTT	1	100	0
CCTCTGTTCATAGCTTTTAGCAAATCATAAAATCCT	1	130	0
   CTACATCCACCTCTCAACACTCCTCTCAAGTAG	2	15	0
    GGCTCATCCCTCTATGGAAATCCTTTTATTTA	3	6	1
GTTTATATCCCCTCTCTTAACATTTTTCTGGGGGTA	4	11	1
        GCTCTCTTTTAGGATAGTTGTTTTTAAA	5	2	1
TCGTTAGAATTCTCTCGGATTATAGCAAAACTATTG	6	41	1
ACGATAATTACCTGTTTTAATATTCCAAAAACGATA	6	107	0
AGCCTCCCTATACCTCTACAAAAGTCACATTTCTAC	6	194	1
TAATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGT	6	265	1
          ** **** *  *  **
MAP Score: 5.50938

Motif 5
CCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCACCCTGA	1	16	1
CGATCCTAATTATCTCCTCCTCAGGGTGAA	1	36	0
ATCATTATCTTATCCCCTATCTCGACTATT	1	178	0
CCACCTCTCAACACTCCTCTCAAGTAGGCT	2	12	0
       GGCTCATCCCTCTATGGAAATCC	3	3	1
    GGTTTATATCCCCTCTCTTAACATTT	4	6	1
      AATCTCACCCCTCTAACTTTAAGC	5	45	0
          **********
MAP Score: 5.34928

Motif 6
GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCACCCTG	1	10	1
GAAGAGCCTGTTTGAAGACGGCCTTCTTGAAAAAC	1	70	1
CTGTTCATAGCTTTTAGCAAATCATAAAATCCTAA	1	128	0
TTTATAATGCTTTCTAGCCTACCATTATATCCTGG	1	247	0
GGCTCATCCCTCTATGGAAATCCTTTTATTTAATT	3	10	1
GTAGTTTTTTTATTAAGCTGACCTTTAATTATCGT	6	78	1
TTTGATTTTTCTAGTAGCCTCCCTATACCTCTACA	6	179	1
AATTTTGAATTTAATAGCTATCCTTGCTATTTCCT	6	231	1
          * * ****   ****
MAP Score: 3.45149