AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons028_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256438
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0851	70	450aa long hypothetical fmu protein
#1	PH1078	293	450aa long hypothetical fmu protein
#2	PH1376	38	107aa long hypothetical protein
#3	PH1378	51	187aa long hypothetical protein
#4	PH1463	40	438aa long hypothetical L-asparaginase
#5	PH1536	59	142aa long hypothetical protein
#6	PH1991	300	389aa long hypothetical nucleolar protein

Motif 1
TGAGAGGAGTGTTGAGAGGTGGATGTAG   	2	20	1
GCCCGAAATAGTCGAGATAGGGGATAAGATA	1	172	1
CCAGAAAAATGTTAAGAGAGGGGATATAAAC	4	11	0
TATATCCTGGGTTGAGGGATAGTAGTCAAGA	1	226	0
TCGCTTAAAGTTAGAGGGGTGAGATT     	5	43	1
  AAAGCCTACTTGAGAGGAGTGTTGAGAGG	2	8	1
TGTGACTTTTGTAGAGGTATAGGGAGGCTAC	6	192	0
AAGGATTTCCATAGAGGGATGAGCC      	3	4	0
CCTCCTCAGGGTGAAGAAGGGGAGCTAATGA	1	20	0
ATTTTTTATTGTTGAGATAAAACGTTGAATT	0	19	1
TTCAAAATTAGTAGAAATGTGACTTTTGTAG	6	209	0
AATTAGGATCGTTAAGAAGAGCCTGTTTGAA	1	55	1
ACAATAAAAAATAGAGATAGA          	0	0	0
          ** ********
MAP Score: 9.47517

Motif 2
AATTTAAAAGAGATTTTTAAGGGATTATATTTCG    	0	46	1
ACAGCTTGAAAAATTTCCCCAGGTTTTTCAAGAAGGCC	1	89	0
CCCTCTCTTAACATTTTTCTGGGGGTATTC        	4	20	1
AGAGATCGTTAGAATTCTCTCGGATTATAGCAAAACTA	6	36	1
TAGAAAAATCAAATTTGACTAGGACTGTACATGACGCT	6	154	0
TAGAAATGTGACTTTTGTAGAGGTATAGGGAGGCTACT	6	191	0
ATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTATG	6	267	1
          * ****  *  **  * *
MAP Score: 8.46204

Motif 3
     GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCA	1	5	1
   GGCTCATCCCTCTATGGAAATCCTTTTATTTA	3	7	1
CGTTAGAATTCTCTCGGATTATAGCAAAACTATTG	6	42	1
AATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGT	6	266	1
CTCTGTTCATAGCTTTTAGCAAATCATAAAATCCT	1	130	0
TCCCTTAAAAATCTCTTTTAAATTCAACGTTTTAT	0	35	0
       GCTCTCTTTTAGGATAGTTGTTTTTAAA	5	3	1
TATTAAGCTGACCTTTAATTATCGTTTTTGGAATA	6	88	1
TTTATATCCCCTCTCTTAACATTTTTCTGGGGGTA	4	12	1
ATCCTAACACAGCTTGAAAAATTTCCCCAGGTTTT	1	100	0
  CTACATCCACCTCTCAACACTCCTCTCAAGTAG	2	15	0
GCCTCCCTATACCTCTACAAAAGTCACATTTCTAC	6	195	1
GATAATTAGGATCGTTAAGAAGAGCCTGTTTGAAG	1	52	1
TAAGAAGAGCCTGTTTGAAGACGGCCTTCTTGAAA	1	67	1
TTTTTAAAAGATCTCGCTTAAAGTTAGAGGGGTGA	5	30	1
CGATAATTACCTGTTTTAATATTCCAAAAACGATA	6	107	0
          AAGTTTAAATAAATTTAATTAAATA	3	36	0
          * **** ** *  **
MAP Score: 5.69909

Motif 4
        TCTATCTCTATTTTTTATTGTTGAGATAAAAC	0	2	1
CCCTTAAAAATCTCTTTTAAATTCAACGTTTTATCTCAAC	0	29	0
      GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCACCCT	1	4	1
TCGGGCCCTTTTCCTCTGTTCATAGCTTTTAGCAAATCAT	1	138	0
TGGTTTTATAATGCTTTCTAGCCTACCATTATATCCTGGG	1	246	0
    GGCTCATCCCTCTATGGAAATCCTTTTATTTAATTA	3	6	1
        GCTCTCTTTTAGGATAGTTGTTTTTAAAAGAT	5	2	1
CTCACCCCTCTAACTTTAAGCGAGATCTTTTAAAAACAAC	5	26	0
TTATTAAGCTGACCTTTAATTATCGTTTTTGGAATATTAA	6	87	1
CTACTAATTTTGAATTTAATAGCTATCCTTGCTATTTCCT	6	226	1
TAATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTATG	6	265	1
          *  **** *      ** **
MAP Score: 5.31127

Motif 5
  TCTATCTCTATTTTTTATTGTTGAGATAAAACGTTG	0	8	1
AATTTAAAAGAGATTTTTAAGGGATTATATTTCG    	0	46	1
AAACCTGGGGAAATTTTTCAAGCTGTGTTAGGATTTTA	1	101	1
CCCTCTCTTAACATTTTTCTGGGGGTATTC        	4	20	1
      TTTTAAAGTTTTTTGGTTCAATGGAAAGAGAT	6	4	1
TAGTCAAATTTGATTTTTCTAGTAGCCTCCCTATACCT	6	171	1
AGTAGAAATGTGACTTTTGTAGAGGTATAGGGAGGCTA	6	193	0
TAATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTAGGGTTA	6	265	1
          * * **** * *  *  *
MAP Score: 2.43704

Motif 6
       GCAGTCCCTTTCATTAGCTCCCCTTC	1	3	1
CTTTCATTAGCTCCCCTTCTTCACCCTGAGGAG	1	17	1
TCCTAATTATCTCCTCCTCAGGGTGAAGAAGGG	1	30	0
TTCAAACAGGCTCTTCTTAACGATCCTAATTAT	1	53	0
TCATTATCTTATCCCCTATCTCGACTATTTCGG	1	174	0
CTTGACTACTATCCCTCAACCCAGGATATAATG	1	227	1
CCTCTCAACACTCCTCTCAAGTAGGCTTT    	2	6	0
      CTACATCCACCTCTCAACACTCCTCTC	2	21	0
     GGCTCATCCCTCTATGGAAATCCTTTTA	3	5	1
CTCTATGGAAATCCTTTTATTTAATTAAATTTA	3	19	1
   GGTTTATATCCCCTCTCTTAACATTTTTCT	4	7	1
         GCTCTCTTTTAGGATAGTTGTTTT	5	1	1
       AATCTCACCCCTCTAACTTTAAGCGA	5	43	0
TTCTAACGATCTCTTTCCATTGAACCAAAAAAC	6	17	0
ATAATTAAAGGTCAGCTTAATAAAAAAACTACC	6	77	0
CTAATAATGGGTCACTTTTTTAAGGGCCTTTTA	6	264	1
          ********  * *
MAP Score: 0.137761