AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256452
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0893	52	161aa long hypothetical protein
#1	PH1019	136	607aa long hypothetical aldehyde:ferredoxin oxidoreductase
#2	PH1274	77	625aa long hypothetical formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase
#3	PH1353	66	679aa long hypothetical formate dehydrogenase
#4	PH1354	28	196aa long hypothetical protein
#5	PH1359	300	639aa long hypothetical protein

Motif 1
CCAATTTTGTCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGAAAATG	0	15	1
        ATAAAAACATTTTCATATTTAAAACCAAAAGT	0	30	0
GGAAGGTTAAACGAATCTGTTAATTTGACATTTATCTGAA	1	31	0
CTATTTACCGAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATA	1	70	1
ATTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGACAAATGTAAAGA	1	86	1
  AAAATAACACCAAAATTTTGTCTTTACATTTGTCCATA	1	108	0
ACTAAATTTCATAAATATTTTGGAATGAAATCCGTTTAAC	2	33	0
ATTACTTGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT   	3	39	1
TGATAACTCTCTCAAGCTTTTCCATTTTTAATCTCCTCCT	5	32	0
AGGCAAAGATATTACGCTTTTCAGATGATGAAGTGATAAT	5	105	1
TTGGAAAGCGAGGAAGATTTTGAAAAGGGGAGGTACGTTG	5	251	1
          *  ** *****    *   *
MAP Score: 9.67717

Motif 2
TCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGAAAATGTTTTTAT	0	24	1
   TCCCCTCTTCTCTTAAATAATTTCAGATAAATGTC	1	7	1
GAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGACAA	1	79	1
     TTAGATTAACTTTCATAATTACTGTTAAACGGA	2	5	1
GTTAAACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATTTA	2	33	1
ATTTATGAAATTTAGTTTAAAAATGTCAAG        	2	57	1
GAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT          	3	48	1
ATGAAGTCTGTTAAATTCCTTGATAACTCTCTCAAGCT	5	54	0
GAAGCTACCCGTAAATTCTATTATCACTTCATCATCTG	5	126	0
TGCCTTGGATTTCGGATTAAAAATAAAACCAGTTGAGA	5	211	1
AAAATCTTCCTCGCTTTCCAAGATCTCAACTGGTTTTA	5	234	0
AAAAGGGGAGGTACGTTGTAAAATATAAAGTTGAAAG 	5	273	1
          **   **  ** ** * *
MAP Score: 9.21995

Motif 3
TCTGAAATTATTTAAGAGAAGAGGGGA   	1	7	0
TCTTAAATAATTTCAGATAAATGTCAAATT	1	20	1
ACCTTCCTATTTACCGAGAACGATTTTATT	1	64	1
ATGAAATCCGTTTAACAGTAATTATGAAAG	2	19	0
CTCTTGACTATTTAGGAGGAGATTAAAAAT	5	19	1
ATATTACGCTTTTCAGATGATGAAGTGATA	5	113	1
GATAATAGAATTTACGGGTAGCTTCTGCAA	5	139	1
ACCTGTGGCCTTTACGATTACTTCGAGGAT	5	170	1
ATGCCTTGGATTTCGGATTAAAAATAAAAC	5	210	1
          **********
MAP Score: 6.42794

Motif 4
ATTTTCATATTTAAAACCAAAAGTTATGGACAAAATTGGGA	0	13	0
ATAAAATTTTTCGAAAATAAAATCGTTCTCGGTAAATAGGA	1	68	0
TATGGACAAATGTAAAGACAAAATTTTGGTGTTATTTT   	1	108	1
ATTTTTAAACTAAATTTCATAAATATTTTGGAATGAAATCC	2	40	0
GTAATTTACATAAATATGACCAAAAATGGGGAAC       	3	3	0
   ATAAATGTTAAAAATAAAAATATTATTCGCAAGTAATT	3	38	0
TAGGAGGAGATTAAAAATGGAAAAGCTTGAGAGAGTTATCA	5	31	1
CTTCATCATCTGAAAAGCGTAATATCTTTGCCTGGGCCTCA	5	97	0
GGATTTCGGATTAAAAATAAAACCAGTTGAGATCTTGGAAA	5	217	1
CCTCCCCTTTTCAAAATCTTCCTCGCTTTCCAAGATCTCAA	5	243	0
          * ****    **    * * *
MAP Score: 5.72128

Motif 5
 ATTTCCCAATTTTGTCCATAACTTTTGGTTTTAAA	0	9	1
ACTTTTGGTTTTAAATATGAAAATGTTTTTAT    	0	30	1
   TCCCCTCTTCTCTTAAATAATTTCAGATAAATG	1	7	1
GAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGAC	1	79	1
TCGAAAAATTTTATATGGACAAATGTAAAGACAAAA	1	95	1
TTAACAGTAATTATGAAAGTTAATCTAA        	2	2	0
GTTAAACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATT	2	33	1
   CTTGACATTTTTAAACTAAATTTCATAAATATT	2	54	0
TATTCGCAAGTAATTTACATAAATATGACCAAAAAT	3	17	0
   ATAAATGTTAAAAATAAAAATATTATTCGCAAG	3	43	0
CTCTCAAGCTTTTCCATTTTTAATCTCCTCCTAAAT	5	28	0
AGTCTGTTAAATTCCTTGATAACTCTCTCAAGCTTT	5	52	0
AAAAGGGGAGGTACGTTGTAAAATATAAAGTTGAAA	5	273	1
          ***  *   ***** *
MAP Score: 2.07761

Motif 6
 TCCCCTCTTCTCTTAAATAATTTCAGATAA	1	9	1
TAAATAATTTCAGATAAATGTCAAATTAACA	1	23	1
   AAAATAACACCAAAATTTTGTCTTTACA	1	118	0
ACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATT	2	38	1
TAAACTAAATTTCATAAATATTTTGGAATGA	2	45	0
GCAAGTAATTTACATAAATATGACCAAAAAT	3	17	0
  GGAAAAACCTCCAAAAAGAGGAAAGAAA 	4	9	0
TTTTAATCTCCTCCTAAATAGTCAAGAGTCT	5	16	0
CGGGTAGCTTCTGCAAAACCTGTGGCCTTTA	5	153	1
CTTCCTCGCTTTCCAAGATCTCAACTGGTTT	5	236	0
TACCTCCCCTTTTCAAAATCTTCCTCGCTTT	5	255	0
          ********* *
MAP Score: 1.37001

Motif 7
TTTCCCAATTTTGTCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGAAAAT	0	11	1
      AAAATAACACCAAAATTTTGTCTTTACATTTGTCCAT	1	109	0
ATGAAATCCGTTTAACAGTAATTATGAAAGTTAATCTAA    	2	6	0
ACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATTTAGTTTAAAAAT	2	38	1
         GTTCCCCATTTTTGGTCATATTTATGTAAATTAC	3	1	1
      TTTCTTTCCTCTTTTTGGAGGTTTTTCC         	4	4	1
TTAAATTCCTTGATAACTCTCTCAAGCTTTTCCATTTTTAATC	5	39	0
TATCAAGGAATTTAACAGACTTCATGGGAGTGAGGCCCAGGCA	5	67	1
CACTTCATCATCTGAAAAGCGTAATATCTTTGCCTGGGCCTCA	5	97	0
ACGGGTAGCTTCTGCAAAACCTGTGGCCTTTACGATTACTTCG	5	152	1
TACCTCCCCTTTTCAAAATCTTCCTCGCTTTCCAAGATCTCAA	5	243	0
          *   * *    *  **  *** *
MAP Score: 0.295644