AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256465
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0893	52	161aa long hypothetical protein
#1	PH1019	136	607aa long hypothetical aldehyde:ferredoxin oxidoreductase
#2	PH1274	77	625aa long hypothetical formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase
#3	PH1353	66	679aa long hypothetical formate dehydrogenase
#4	PH1354	28	196aa long hypothetical protein
#5	PH1359	300	639aa long hypothetical protein

Motif 1
TTATGGACAAAATTGGGAAAT         	0	1	0
TTTTGGTTTTAAATATGAAAATGTTTTTAT	0	32	1
AATTTCAGATAAATGTCAAATTAACAGATT	1	28	1
CGTTCTCGGTAAATAGGAAGGTTAAACGAA	1	56	0
TTATATGGACAAATGTAAAGACAAAATTTT	1	105	1
GTTTAACAGTAATTATGAAAGTTAATCTAA	2	10	0
TTTAGTTTAAAAATGTCAAG          	2	67	1
ATATGACCAAAAATGGGGAAC         	3	1	0
 ATAAATGTTAAAAATAAAAATATTATTCG	3	47	0
AAACCTCCAAAAAGAGGAAAGAAA      	4	4	0
TCTCCTCCTAAATAGTCAAGAGTCTCATCA	5	11	0
AGGAGATTAAAAATGGAAAAGCTTGAGAGA	5	35	1
ATTTCGGATTAAAAATAAAACCAGTTGAGA	5	219	1
GAAGATTTTGAAAAGGGGAGGTACGTTGTA	5	263	1
GTACGTTGTAAAATATAAAGTTGAAAG   	5	283	1
          **********
MAP Score: 20.9013

Motif 2
         GTTCCCCATTTTTGGTCATATTTATGTAAA	3	1	1
CCCTCTTCTCTTAAATAATTTCAGATAAATGTCAAATTA	1	12	1
         ATTTCCCAATTTTGTCCATAACTTTTGGTT	0	1	1
ATAAAAACATTTTCATATTTAAAACCAAAAGTTATGGAC	0	23	0
GATGAGACTCTTGACTATTTAGGAGGAGATTAAAAATGG	5	12	1
TTAGATTAACTTTCATAATTACTGTTAAACGGATTTCAT	2	10	1
         CTTGACATTTTTAAACTAAATTTCATAAAT	2	57	0
TCTCAACTGGTTTTATTTTTAATCCGAAATCCAAGGCAT	5	210	0
ACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATTTAGTTTAA	2	38	1
ACATTTGTCCATATAAAATTTTTCGAAAATAAAATCGTT	1	82	0
        CTTTCAACTTTATATTTTACAACGTACCTCC	5	279	0
AAAAATATTATTCGCAAGTAATTTACATAAATATGACCA	3	22	0
          **  * *****     * *
MAP Score: 9.04017

Motif 3
TCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGAAAATGTTTTT	0	24	1
   TCCCCTCTTCTCTTAAATAATTTCAGATAAATG	1	7	1
GAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGAC	1	79	1
     TTAGATTAACTTTCATAATTACTGTTAAACG	2	5	1
GTTAAACGGATTTCATTCCAAAATATTTATGAAATT	2	33	1
ATTTATGAAATTTAGTTTAAAAATGTCAAG      	2	57	1
TTATTCGCAAGTAATTTACATAAATATGACCAAAAA	3	18	0
GAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT        	3	48	1
GAAGCTACCCGTAAATTCTATTATCACTTCATCATC	5	128	0
TGCCTTGGATTTCGGATTAAAAATAAAACCAGTTGA	5	211	1
AAAAGGGGAGGTACGTTGTAAAATATAAAGTTGAAA	5	273	1
          **   **  ***** *
MAP Score: 9.00814

Motif 4
ATTTTGTCCATAACTTTTGGTTTTAAATATGAAAATG	0	18	1
     ATAAAAACATTTTCATATTTAAAACCAAAAGT	0	30	0
AGGTTAAACGAATCTGTTAATTTGACATTTATCTGAA	1	31	0
TTTACCGAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATA	1	73	1
TTATTTTCGAAAAATTTTATATGGACAAATGTAAAGA	1	89	1
AAATAACACCAAAATTTTGTCTTTACATTTGTCCATA	1	108	0
AAATTTCATAAATATTTTGGAATGAAATCCGTTTAAC	2	33	0
ACTTGCGAATAATATTTTTATTTTTAACATTTAT   	3	42	1
TAACTCTCTCAAGCTTTTCCATTTTTAATCTCCTCCT	5	32	0
CAAAGATATTACGCTTTTCAGATGATGAAGTGATAAT	5	108	1
GCTTCTGCAAAACCTGTGGCCTTTACGATTACTTCGA	5	159	1
GAAAGCGAGGAAGATTTTGAAAAGGGGAGGTACGTTG	5	254	1
          ** *****   **   *
MAP Score: 8.80309

Motif 5
ATTTAAAACCAAAAGTTATGGACAAAATTGGGAAAT  	0	8	0
TTTATCTGAAATTATTTAAGAGAAGAGGGGA       	1	3	0
CTTCTCTTAAATAATTTCAGATAAATGTCAAATTAACA	1	16	1
CGAGAACGATTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGACA	1	78	1
ATGTAAAGACAAAATTTTGGTGTTATTTT         	1	117	1
AAATTTCATAAATATTTTGGAATGAAATCCGTTTAACA	2	32	0
TTCATTCCAAAATATTTATGAAATTTAGTTTAAAAATG	2	44	1
      GTTCCCCATTTTTGGTCATATTTATGTAAATT	3	4	1
ATTTATGTAAATTACTTGCGAATAATATTTTTATTTTT	3	29	1
GAGACTCTTGACTATTTAGGAGGAGATTAAAAATGGAA	5	15	1
AAGTGATAATAGAATTTACGGGTAGCTTCTGCAAAACC	5	135	1
TGGGATGCCTTGGATTTCGGATTAAAAATAAAACCAGT	5	206	1
          *  ****  **  **  *
MAP Score: 4.44882

Motif 6
AAGTTATGGACAAAATTGGGAAAT         	0	1	0
AATAATTTCAGATAAATGTCAAATTAACAGATT	1	25	1
TTTTATTTTCGAAAAATTTTATATGGACAAATG	1	87	1
ATTTTATATGGACAAATGTAAAGACAAAATTTT	1	102	1
TAACTTTCATAATTACTGTTAAACGGATTTCAT	2	16	1
       CTTGACATTTTTAAACTAAATTTCAT	2	61	0
TAAATATGACCAAAAATGGGGAAC         	3	1	0
GACTATTTAGGAGGAGATTAAAAATGGAAAAGC	5	24	1
TCACTCCCATGAAGTCTGTTAAATTCCTTGATA	5	67	0
TTCATCATCTGAAAAGCGTAATATCTTTGCCTG	5	104	0
AAAACCAGTTGAGATCTTGGAAAGCGAGGAAGA	5	235	1
GGAAAGCGAGGAAGATTTTGAAAAGGGGAGGTA	5	253	1
          ** ** *** ***
MAP Score: 0.630857

Motif 7
   ATTTCCCAATTTTGTCCATAACTTTTGG	0	7	1
ATAATTTCAGATAAATGTCAAATTAACAGAT	1	26	1
TGTCCATATAAAATTTTTCGAAAATAAAATC	1	85	0
TTTTGTCTTTACATTTGTCCATATAAAATTT	1	100	0
ATAACACCAAAATTTTGTCTTTACATTTGTC	1	112	0
AAATTTCATAAATATTTTGGAATGAAATCCG	2	39	0
AATTTAGTTTAAAAATGTCAAG         	2	65	1
TAATTTACATAAATATGACCAAAAATGGGGA	3	12	0
          ********* *
MAP Score: 0.462745