AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256477
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0318	300	433aa long hypothetical phosphoribosylglycinamide formyl transferase
#1	PH0320	88	177aa long hypothetical phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
#2	PH0322_PH0323	157	PH0322: 219aa long hypothetical protein, PH0323: 438aa long hypothetical phosphoribosylamide--glycine ligase
#3	PH0325	66	364aa long hypothetical protein
#4	PH0328	300	320aa long hypothetical protein

Motif 1
GACCCCGGCTTTAATATTATCACTTCCATGAG	0	12	0
GACAAAGAGATTTAGCTTCTAATTCTCTTGCT	0	120	0
TTTCTCAATTTTCTTCTTTTCAAGTGAATAGG	0	181	0
AAATTGAGAAATTTTCTTGACAAGAATGGATA	0	202	1
TTTAAACATATTTATGTTAAAAAGGCTTAAAT	0	242	1
TTAAATATAATTTAAATTTTAACATTTATACG	0	268	1
GTATTAATGGTTTTTGTTTACATAAACGTGTT	2	43	1
GTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTA	2	61	0
TGGACACTACTTTATTTAGTAATTAACTTTTT	2	79	0
ACAAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCT	2	116	1
        CCTTTAATTTTTCATTAGGGAAGG	3	2	1
AGGGAAGGAGTTTTTAATTACATGCTACTATT	3	26	1
TACAACGAGAATTTTCTTTTCAGAACCTTTTA	4	88	0
GGAATGTAAGTTTATCTTTTAACGATTTTAAG	4	244	1
          ***** ** ***
MAP Score: 12.1892

Motif 2
AACACAAGCAAGAGAATTAGAAGCTAAATCTCTTTGTCAGA	0	114	1
AATTATATTTAAGCCTTTTTAACATAAATATGTTTAAATGA	0	239	0
AAAGGCTTAAATATAATTTAAATTTTAACATTTATACGTCA	0	262	1
ATATTCGAAGAAACTTTTTAAATATTGACATTAAATTGCTA	1	25	1
AAAAACCATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTG	2	17	0
CTGGTTAAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAGTTTTGTG	2	115	0
CCGGGAGTTTATAGGGTTCAAACGATGAAATGGGGGATAAA	4	51	1
ATGGGGGATAAAAGGTTCTGAAAAGAAAATTCTCGTTGTAG	4	80	1
TTCTCGTTGTAGATAGTTTAAATGATGCCGTGGTGAAGATA	4	109	1
ATTCTTGGAAAGAGCGTTCTAACGGAAATTTTTGAGAAGGC	4	195	1
GAAGGTCTTAAAATCGTTAAAAGATAAACTTACATTCCCAT	4	241	0
          * *   **  **   ***  *
MAP Score: 9.82382

Motif 3
TTCTTCGAATATTTCTACATATATGTG   	1	7	0
TGCTGGGGATATTTTTCCATCCCTATTCAC	0	160	1
ATAGATTATAATATCTCCATTTATAACAGC	0	76	1
       TTTATATCACCATATTTAAGTCA	2	3	1
TATAATTTAAATTTTAACATTTATACGTCA	0	273	1
ATAGTCCATCATTTAAACATATTTATGTTA	0	231	1
AACTTTTTAAATATTGACATTAAATTGCTA	1	36	1
TGTCAAGAAAATTTCTCAATTTTCTTCTTT	0	194	0
TATTTAAGCCTTTTTAACATAAATATGTTT	0	245	0
CTGATTTATATTTTCAAAATGTATCTTTAA	2	122	1
          **********
MAP Score: 7.27177

Motif 4
TTCCATCCCTATTCACTTGAAAAGAAGAAAATTG	0	174	1
          AGTTCGTTGGAAAGGGAAGAGAAT	4	0	1
TTTAAACATATTTATGTTAAAAAGGCTTAAATAT	0	242	1
CCGGGAGTTTATAGGGTTCAAACGATGAAATGGG	4	51	1
TTCTCAAAAATTTCCGTTAGAACGCTCTTTCCAA	4	199	0
AAATTGAGAAATTTTCTTGACAAGAATGGATAGT	0	202	1
TTCTCGTTGTAGATAGTTTAAATGATGCCGTGGT	4	109	1
GTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAA	2	59	0
ACCGTTCGGGAAATTCTTGGAAAGAGCGTTCTAA	4	183	1
GGAATGTAAGTTTATCTTTTAACGATTTTAAGAC	4	244	1
TAAATCTCTTTGTCAGATAAAATGCTGGGGATAT	0	138	1
ATATTTAAAAAGTTTCTTCGAATATTTCTACATA	1	16	0
GTATTAATGGTTTTTGTTTACATAAACGTGTTAA	2	43	1
          ***  *** *** *
MAP Score: 5.99005

Motif 5
       AGCTCATGGAAGTGATAATATTAAAG	0	3	1
TGCAGGAAGCTCTGGAAATTGCTATAGATTATA	0	53	1
AGCCTTTTTAACATAAATATGTTTAAATGATGG	0	236	0
 CCCTAATTGACGTATAAATGTTAAAATTTAAA	0	278	0
TTAAATATTGACATTAAATTGCTAGGGTATCCC	1	42	1
TATAATTTTGACTTAAATATGGTGATATAAA  	2	8	0
GTTTTTGTTTACATAAACGTGTTAACAAAAAAG	2	52	1
GTGTCCACCTACACAAAACTGATTTATATTTTC	2	104	1
GAAAGACCGTTCGGGAAATTCTTGGAAAGAGCG	4	178	1
TTTATGAAGGTCTTAAAATCGTTAAAAGATAAA	4	254	0
TTTAAGACCTTCATAAAACTCGTGGGAGGTAAG	4	270	1
          ** ***** ** *
MAP Score: 5.13749