AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons030_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256492
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0318	300	433aa long hypothetical phosphoribosylglycinamide formyl transferase
#1	PH0320	88	177aa long hypothetical phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
#2	PH0322_PH0323	157	PH0322: 219aa long hypothetical protein, PH0323: 438aa long hypothetical phosphoribosylamide--glycine ligase
#3	PH0325	66	364aa long hypothetical protein
#4	PH0328	300	320aa long hypothetical protein

Motif 1
GACCCCGGCTTTAATATTATCACTTCCATGAG	0	12	0
GACAAAGAGATTTAGCTTCTAATTCTCTTGCT	0	120	0
TTTCTCAATTTTCTTCTTTTCAAGTGAATAGG	0	181	0
AAATTGAGAAATTTTCTTGACAAGAATGGATA	0	202	1
TTTAAACATATTTATGTTAAAAAGGCTTAAAT	0	242	1
TTAAATATAATTTAAATTTTAACATTTATACG	0	268	1
GTATTAATGGTTTTTGTTTACATAAACGTGTT	2	43	1
GTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTA	2	61	0
TGGACACTACTTTATTTAGTAATTAACTTTTT	2	79	0
ACAAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCT	2	116	1
        CCTTTAATTTTTCATTAGGGAAGG	3	2	1
AGGGAAGGAGTTTTTAATTACATGCTACTATT	3	26	1
TACAACGAGAATTTTCTTTTCAGAACCTTTTA	4	88	0
GGAATGTAAGTTTATCTTTTAACGATTTTAAG	4	244	1
          ***** ** ***
MAP Score: 12.1892

Motif 2
GGCTTTAATATTATCACTTCCATGAGCT        	0	2	0
AATTTTCTTCTTTTCAAGTGAATAGGGATGGAAAAA	0	171	0
ATTTAAGCCTTTTTAACATAAATATGTTTAAATGAT	0	238	0
ATAATTTAAATTTTAACATTTATACGTCAATTAGGG	0	274	1
TCTTCGAATATTTCTACATATATGTG          	1	0	0
TACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTGATATAAA	2	10	0
TGATTTATATTTTCAAAATGTATCTTTAACCAGGTG	2	123	1
AGGGAAGGAGTTTTTAATTACATGCTACTATTGTTA	3	26	1
          **** ** *  **  *
MAP Score: 10.2998

Motif 3
ATAGATTATAATATCTCCATTTATAACAGCCTGTT	0	76	1
TGCTGGGGATATTTTTCCATCCCTATTCACTTGAA	0	160	1
ATAGTCCATCATTTAAACATATTTATGTTAAAAAG	0	231	1
TTTAAATTATATTTAAGCCTTTTTAACATAAATAT	0	249	0
TATAATTTAAATTTTAACATTTATACGTCAATTAG	0	273	1
TTCTTCGAATATTTCTACATATATGTG        	1	2	0
       TTTATATCACCATATTTAAGTCAAAATT	2	3	1
AGATAAACTTACATTCCCATACCTAGCCTTCTCAA	4	226	0
          ****   *** * **
MAP Score: 8.71029

Motif 4
TAACACAAGCAAGAGAATTAGAAGCTAAATCTCTTTGT	0	113	1
ACTTGAAAAGAAGAAAATTGAGAAATTTTCTTGACAAG	0	188	1
AAAAGGCTTAAATATAATTTAAATTTTAACATTTATAC	0	261	1
GAAATATTCGAAGAAACTTTTTAAATATTGACATTAAA	1	22	1
TATGTAAACAAAAACCATTAATACCTTATAATTTTGAC	2	29	0
GTTAACAAAAAAGTTAATTACTAAATAAAGTAGTGTCC	2	72	1
CACCTGGTTAAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAGT	2	121	0
TTGGAAAGGGAAGAGAATTTAGGGTTAAGCTCTCACCG	4	16	1
AGGTTCTGAAAAGAAAATTCTCGTTGTAGATAGTTTAA	4	92	1
TGCCGTGGTGAAGATATTCCTCGAAAAATATGATGGAG	4	134	1
AGCTCCAGGAAAGACCGTTCGGGAAATTCTTGGAAAGA	4	170	1
AATTCTTGGAAAGAGCGTTCTAACGGAAATTTTTGAGA	4	194	1
TGAAGGTCTTAAAATCGTTAAAAGATAAACTTACATTC	4	245	0
          **** * **   *   **
MAP Score: 7.99874

Motif 5
TCCCTATTCACTTGAAAAGAAGAAAATTGA	0	179	1
GAGAAATTTTCTTGACAAGAATGGATAGTC	0	207	1
AAAGATACATTTTGAAAATATAAATCAGTT	2	120	0
TAATTTTTCATTAGGGAAGGAGTTTTTAAT	3	14	1
     AGTTCGTTGGAAAGGGAAGAGAATT	4	5	1
GATAAAAGGTTCTGAAAAGAAAATTCTCGT	4	86	1
TGATGGAGCTCCAGGAAAGACCGTTCGGGA	4	164	1
TCGGGAAATTCTTGGAAAGAGCGTTCTAAC	4	188	1
AACGGAAATTTTTGAGAAGGCTAGGTATGG	4	215	1
          **********
MAP Score: 6.31088

Motif 6
ACATATTTATGTTAAAAAGGCTTAAATATAAT	0	247	1
AAATTATAAGGTATTAATGGTTTTTGTTTACA	2	33	1
TAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAACAA	2	56	0
ACTTTATTTAGTAATTAACTTTTTTGTTAACA	2	71	0
TGCTACTATTGTTATTAGGGGTAAAGAT    	3	48	1
AAAGGGAAGAGAATTTAGGGTTAAGCTCTCAC	4	20	1
CTCACCGGGAGTTTATAGGGTTCAAACGATGA	4	47	1
ATGAAATGGGGGATAAAAGGTTCTGAAAAGAA	4	75	1
TGGAGCTCCAGGAAAGACCGTTCGGGAAATTC	4	167	1
GGAAATTCTTGGAAAGAGCGTTCTAACGGAAA	4	191	1
TTATGAAGGTCTTAAAATCGTTAAAAGATAAA	4	254	0
          ***** * ****
MAP Score: 3.96418