AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons032_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256523
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0057	134	168aa long hypothetical protein
#1	PH0092	99	821aa long hypothetical phosphoenolpyruvate synthase
#2	PH0093	62	247aa long hypothetical protein
#3	PH0819	221	459aa long hypothetical methyltransferase
#4	PH1001	66	150aa long hypothetical protein
#5	PH1694	31	445aa long hypothetical signal recognition particle protein
#6	PH1701	40	428aa long hypothetical protein
#7	PHS046	224	70aa long hypothetical archaeal histon
#8	PH1703	42	235aa long hypothetical protein
#9	PH1704	300	166aa long hypothetical intracellular proteinase
#10	PH1875	80	432aa long hypothetical protein

Motif 1
TTCAATTTCGAAAAATTTATGCGGGGATAA	3	36	0
GAGAAATCCGAAAAATTTATATAGTTTTTC	7	172	1
   TTTATCAAAAACTTTATATTATTTTGA	8	7	1
ACTCCTCGCGAAAACTTTATAAACCCACAT	4	18	0
CATGGAGATTAAAACCTTATTACTTACATC	9	234	1
GTGCATCACCAAAAGGTTATTACATAATTT	9	279	0
TTCTTTCCTTTAAAGTTTATATTCCTATTT	2	17	1
GAGGTAATCTAAAAATTTGTTCTTAGCCCA	3	127	0
CAGAACTTAAAAAGGCTTATTAAATTATGA	9	19	0
CATTCGTAAATAAAATTTATCTGGACAGAT	3	169	0
GGGATTTTTAAAATGTTTATTGTACACAAA	0	89	0
GTTTCATTTAAAAGGTTTGTGTACAATAAA	0	74	1
ATAGTTTACAATAAGTTTATAAAAACAAAA	10	38	0
TCTTTATTGTAAAGGTTCATAAGCATCCAT	7	72	0
          **********
MAP Score: 16.8743

Motif 2
GATAGTTTCATTTAAAAGGTTTGTGTACAATAA	0	70	1
GAGGGGATTTTTAAAATGTTTATTGTACACAAA	0	89	0
TCCTTTAAAGTTTATATTCCTATTTTTGGATAT	2	22	1
TGTGAAGATATTTTAAGAATTTTGCATTTCCTG	3	70	1
TAAATGTGGGTTTATAAAGTTTTCGCGAGGAGT	4	15	1
GTTTCTTTCTTTTTTAGTATTATTTTTAAGTAG	6	11	1
ATCCGAAAAATTTATATAGTTTTTCCGCCCATT	7	177	1
TATCAAAAACTTTATATTATTTTGATTTCTACT	8	12	1
TTCTCATAATTTAATAAGCCTTTTTAAGTTCTG	9	16	1
TTTGATGTAAGTAATAAGGTTTTAATCTCCATG	9	234	0
CATAATTTTCTTTAAAGGGTTTTGATGTAAGTA	9	254	0
AGAAAATTATGTAATAACCTTTTGGTGATGCAC	9	276	1
ACATTTTGTTTTTATAAACTTATTGTAAACTAT	10	35	1
          ******   ****
MAP Score: 10.3481

Motif 3
  AGCTCTCTTCTTTCCTTTAAAGTTTATATTCC	2	8	1
TTAGATTACCTCTTTGTTATTCAGATCTGTCCAG	3	145	1
TTCAAGTTAATCTTACTTTAAGACCC        	5	2	0
      TGTTTCTTTCTTTTTTAGTATTATTTTT	6	4	1
CCATTTCTCTTCTTACCTGGATAGCATCTTTACT	7	32	1
CTGGATAGCATCTTTACTGGTTAAATGGATGCTT	7	48	1
TTGAGCATGTTCTTTATTGTAAAGGTTCATAAGC	7	78	0
TTCGGATTTCTCATGCCTGCATAGAGATTATGGC	7	150	0
CCTATCAGTCTTTTCATTTCAAAATGGGCGGAAA	7	198	0
 TGCCTCTTCTCATAATTTAATAAGCCTTTTTAA	9	9	1
AAAATTAATTTCTTAGCTGAAGAAATATATGCTC	9	163	0
GTTCTGAACATTTTGTTTTTATAAACTTATTGTA	10	28	1
TATTGTAAACTATTGGTTGGATAATAAATAAAAG	10	55	1
          ****  *** * **
MAP Score: 8.90206

Motif 4
GTTTGTGTACAATAAACATTTTAAAAATCCCCTCTCC	0	88	1
TAAGGTATTCACGTTAATTTTAAATATGATCCACCTT	1	44	1
GCTTGCACCGAAGAAATATCCAAAAATAGGAATATAA	2	33	0
TCTTCACATGAATTCAATTTCGAAAAATTTATGCGGG	3	41	0
TGAATTCATGTGAAGATATTTTAAGAATTTTGCATTT	3	62	1
AAAATTTATCTGGACAGATCTGAATAACAAAGAGGTA	3	151	0
AAAGTTTTCGCGAGGAGTTTTAAACAAGGATAGCGAA	4	30	1
AATCTACTTAAAAATAATACTAAAAAAGAAAGAAACA	6	10	0
ATGGATGCTTATGAACCTTTACAATAAAGAACATGCT	7	72	1
CTATGCAGGCATGAGAAATCCGAAAAATTTATATAGT	7	160	1
   CAGTAATAGTAGAAATCAAAATAATATAAAGTTT	8	18	0
    TGCCTCTTCTCATAATTTAATAAGCCTTTTTAA	9	6	1
TGAGAAACCAAAAACAGAACTTAAAAAGGCTTATTAA	9	26	0
GATAAAGTTCAACGAAATTTGTAACAACTTAAATGAG	9	59	0
CTTCTCCCATTCCTCAAATTTCAAAAATGAGTATGGA	9	121	1
AACCCTTTAAAGAAAATTATGTAATAACCTTTTGGTG	9	266	1
CAATAGTTTACAATAAGTTTATAAAAACAAAATGTTC	10	33	0
          *  * * ***  ** **
MAP Score: 6.74986

Motif 5
ATGTGAAGATATTTTAAGAATTTTGCATTTC	3	69	1
TTCCATACTCATTTTTGAAATTTGAGGAATG	9	128	0
TACAATAAACATTTTAAAAATCCCCTCTCCC	0	95	1
CCCGCATAAATTTTTCGAAATTGAATTCATG	3	41	1
ATTCACGTTAATTTTAAATATGATCCACCTT	1	50	1
CTAAGAACAAATTTTTAGATTACCTCTTTGT	3	131	1
TATATTCCTATTTTTGGATATTTCTTCGGTG	2	34	1
TGTTTCTTTCTTTTTTAGTATTATTTTTAAG	6	10	1
ACTATATAAATTTTTCGGATTTCTCATGCCT	7	166	0
TGAGTATGGAATTTTGAGCATATATTTCTTC	9	148	1
ACCTTTATCAATTTCGGAAATTCGAGCCTGG	1	76	1
TTTAAGTTCTGTTTTTGGTTTCTCATTTAAG	9	38	1
TGGGAGAAGATTGTTTGGAATCATTAAACAT	9	99	0
TTAGCCCAGATTTATCGAAATTCATGGGATC	3	104	0
          ***** *****
MAP Score: 6.71989

Motif 6
CAATAAACATTTTAAAAATCCCCTCTCCCTCTA	0	97	1
CCTTCGGGTATTTATTATCCCCGCATAAATTTT	3	22	1
TTTTAAGAATTTTGCATTTCCTGGGATCCCATG	3	80	1
AGAACAAATTTTTAGATTACCTCTTTGTTATTC	3	134	1
TCGCGAAAACTTTATAAACCCACATTTAGTGAG	4	10	0
GCTATCCTTGTTTAAAACTCCTCGCGAAAACTT	4	31	0
ACTCCAATTATTTATAATTCATTGAATCCTTAT	7	114	1
CTTCTCATAATTTAATAAGCCTTTTTAAGTTCT	9	15	1
AGAAATTAATTTTACACCTCCTGTTGGGTTCTA	9	184	1
GTAATAAGGTTTTAATCTCCATGATTAAACAAC	9	224	0
   CCTTTTATTTATTATCCAACCAATAGTTTA	10	60	0
          **** **  ****
MAP Score: 3.877

Motif 7
CTTTATATTATTTTGATTTCTACTATTACTG        	8	21	1
TAATAAGCCTTTTTAAGTTCTGTTTTTGGTTTCTCATTT	9	27	1
TTGGCAAATTCTTCCATTTCTCTTCTTACCTGGATAGCA	7	19	1
TTTTAAGAATTTTGCATTTCCTGGGATCCCATGAATTTC	3	80	1
ACTCCAATTATTTATAATTCATTGAATCCTTATTTGGCC	7	114	1
TCCTTTAAAGTTTATATTCCTATTTTTGGATATTTCTTC	2	22	1
AAACAATCTTCTCCCATTCCTCAAATTTCAAAAATGAGT	9	114	1
GATCCACCTTTATCAATTTCGGAAATTCGAGCCTGGAG 	1	71	1
TGTTTTTGGTTTCTCATTTAAGTTGTTACAAATTTCGTT	9	47	1
TCGCGAAAACTTTATAAACCCACATTTAGTGAG      	4	4	0
          ***  * ***     ** *
MAP Score: 1.62671

Motif 8
GTGTACAATAAACATTTTAAAAATCCCCTCTCCCTC	0	92	1
CCCTCTCCCTCTAAGTTTGGTGATCCT         	0	117	1
GCTATACCTTCGGGTATTTATTATCCCCGCATAAAT	3	16	1
ATTTCGCTATCCTTGTTTAAAACTCCTCGCGAAAAC	4	33	0
TCAAATACTCCAATTATTTATAATTCATTGAATCCT	7	108	1
AATCTCTATGCAGGCATGAGAAATCCGAAAAATTTA	7	155	1
TGCCTCTTCTCATAATTTAATAAGCCTTTTTAAGTT	9	10	1
AACTTTATCCCCATGTTTAATGATTCCAAACAATCT	9	87	1
ATTATGTAATAACCTTTTGGTGATGCACG       	9	281	1
         CCTTTTATTTATTATCCAACCAATAGT	10	63	0
          *    *** ** ****
MAP Score: 1.13914