AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons034_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256560
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0184	54	149aa long hypothetical molybdopterinconverting factor, subunit
#1	PH0185	91	310aa long hypothetical protein
#2	PH0186	82	251aa long hypothetical protein
#3	PH0284	108	252aa long hypothetical protein
#4	PH0833	300	483aa long hypothetical protein
#5	PH1025	81	236aa long hypothetical protein

Motif 1
TTAATACAATAAAATTTTAATATAAAGTAATAT	4	250	1
GTAATGGCTAAATAATTTTAAATCGTAATAAAT	4	83	0
TATATTTTGGATTAGTTTTAAATTTAAGATGTT	4	166	1
TTAAGATGTTATTAATTTAAAATCATTAGTAGT	4	189	1
TTGCTCAAGCAAAATCTTTATATTTCTCTTGTC	2	29	1
TTTTTTAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAA	1	21	1
TTCGATCTTCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCA	5	22	1
GGCTCAATATAAAAGTTTGACATATAAAGCAAG	4	46	0
CCCCTCACTCACAAGTGTTATTTATAGTGCAAC	5	49	0
CCACAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCT	3	17	0
ATTTATCGTTATAAATGTAAATTATTTAAAATG	4	120	1
ACAAATATCCAAACATTTTAAATAATTTACATT	4	133	0
TTAAGTTCCTTGAAATTTAAGATTAGCGGGAAG	0	14	0
CCTCATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATT	0	30	0
ATCCGTATAGAAAAAGTTAATATAATTCCTGAG	1	53	1
AAATGTTTGGATATTTGTTATATTTTGGATTAG	4	148	1
  GTTCTCGTTAATTTTTTAATTACTACTTTTA	1	8	1
ATTTATAACGATAAATTTTAGTAATGGCTAAAT	4	103	0
          * ** ***** **
MAP Score: 19.8198

Motif 2
CAACATATTTAAGTTCCTTGAAATTTAAGATTAGCGGGAAG	0	14	0
GCTTACAATTAAAAGTAGTAATTAAAAAATTAACGAGAAC 	1	9	0
AATTGTAAGCAAAATCCGTATAGAAAAAGTTAATATAATTC	1	40	1
AGAAAAAGTTAATATAATTCCTGAGTAATTTCCTATTTTG 	1	61	1
GAGAAATATAAAGATTTTGCTTGAGCAACAAAAGAGAACAG	2	16	0
AATCAAGTTGAAGTTTGGACAAGAGAAATATAAAGATTTTG	2	38	0
    CCTAGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTG	3	6	1
TGGTTTTATTAACTTCATGATACTATAACGTCGTCAAGATA	3	67	0
GGCTCAATATAAAAGTTTGACATATAAAGCAAGAGGTCAAT	4	38	0
TTGAGCCTCGAATTTATTACGATTTAAAATTATTTAGCCAT	4	72	1
AGCCATTACTAAAATTTATCGTTATAAATGTAAATTATTTA	4	107	1
AAATATAACAAATATCCAAACATTTTAAATAATTTACATTT	4	132	0
TAACATCTTAAATTTAAAACTAATCCAAAATATAACAAATA	4	159	0
TTATTAATTTAAAATCATTAGTAGTAAAAAACTCGAAATTA	4	197	1
AAAAAACTCGAAATTATTACTAAGTTAATTAATACAATAAA	4	222	1
AATACAATAAAATTTTAATATAAAGTAATATTTCAACACAA	4	252	1
AAAAGTATTGAAGATCGAACAACATTAAAAA          	5	0	0
          ** ***   * *    **  *
MAP Score: 18.4808

Motif 3
CCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAAATA	0	13	1
ATTTCAAGGAACTTAAATATGTTGGGATGAGGG    	0	31	1
TAAAAGTAGTAATTAAAAAATTAACGAGAAC      	1	4	0
TTTAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAATCCGTAT	1	24	1
AGAAAAAGTTAATATAATTCCTGAGTAATTTCCTATT	1	61	1
CTTATCCACAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATC	3	18	0
TTCGAGGCTCAATATAAAAGTTTGACATATAAAGCAA	4	47	0
TGGCTAAATAATTTTAAATCGTAATAAATTCGAGGCT	4	75	0
TATAACGATAAATTTTAGTAATGGCTAAATAATTTTA	4	96	0
TATCGTTATAAATGTAAATTATTTAAAATGTTTGGAT	4	123	1
ACTAATCCAAAATATAACAAATATCCAAACATTTTAA	4	145	0
ATTAGTTTTAAATTTAAGATGTTATTAATTTAAAATC	4	176	1
GATGTTATTAATTTAAAATCATTAGTAGTAAAAAACT	4	193	1
GTAGTAAAAAACTCGAAATTATTACTAAGTTAATTAA	4	217	1
GTTAATTAATACAATAAAATTTTAATATAAAGTAATA	4	245	1
ATTTTAATATAAAGTAATATTTCAACACAAAATATAG	4	263	1
GCAACAACTAAATAAAAGTATTGAAGATCGAACAACA	5	17	0
          *** *** *  * *  *
MAP Score: 17.7016

Motif 4
        TCTCCTTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTT	0	2	1
CTCGTTAATTTTTTAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAATC	1	13	1
GTAAGCAAAATCCGTATAGAAAAAGTTAATATAATTCCTGAGT	1	44	1
TCTCTTTTGTTGCTCAAGCAAAATCTTTATATTTCTCTTGTCC	2	20	1
CTAGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGGATAA	3	11	1
TTTATATTTGTGGATAAGGAAACCCTTAAATATCTTGACGACG	3	37	1
GACCTCTTGCTTTATATGTCAAACTTTTATATTGAGCCTCGAA	4	41	1
ATATTGAGCCTCGAATTTATTACGATTTAAAATTATTTAGCCA	4	69	1
TAAAATTATTTAGCCATTACTAAAATTTATCGTTATAAATGTA	4	96	1
AATTTATCGTTATAAATGTAAATTATTTAAAATGTTTGGATAT	4	119	1
ATATTTGTTATATTTTGGATTAGTTTTAAATTTAAGATGTTAT	4	158	1
TTTCGAGTTTTTTACTACTAATGATTTTAAATTAATAACATCT	4	192	0
ACTAAGTTAATTAATACAATAAAATTTTAATATAAAGTAATAT	4	240	1
         TTTGTTTAGTCTATATTTTGTGTTGAAATATTAC	4	276	0
TTTAATGTTGTTCGATCTTCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCA	5	12	1
          *    *    **   *****  *
MAP Score: 10.3342

Motif 5
CTAGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGGATA	3	11	1
TTCCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAAATATGTTGGG	0	15	1
ATTAATAACATCTTAAATTTAAAACTAATCCAAAATATAACA	4	163	0
TATTACTTTATATTAAAATTTTATTGTATTAATTAACTTAGT	4	240	0
         TTTTTAATGTTGTTCGATCTTCAATACTTTTAT	5	1	1
GGCTAAATAATTTTAAATCGTAATAAATTCGAGGCTCAATAT	4	69	0
ATTTCGAGTTTTTTACTACTAATGATTTTAAATTAATAACAT	4	194	0
TCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCACTATAAATAACACTTGT	5	30	1
GTCGTCAAGATATTTAAGGGTTTCCTTATCCACAAATATAAA	3	37	0
TAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAATCCGTATAGAAAAA	1	26	1
TATCCAAACATTTTAAATAATTTACATTTATAACGATAAATT	4	119	0
AAAATCTTTATATTTCTCTTGTCCAAACTTCAACTTGATTAA	2	39	1
ATCTATGGTTTTATTAACTTCATGATACTATAACGTCGTCAA	3	71	0
        TTTGTTTAGTCTATATTTTGTGTTGAAATATTAC	4	276	0
          * ****   * *    * *  *
MAP Score: 8.79655