AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons034_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256578
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0184	54	149aa long hypothetical molybdopterinconverting factor, subunit
#1	PH0185	91	310aa long hypothetical protein
#2	PH0186	82	251aa long hypothetical protein
#3	PH0284	108	252aa long hypothetical protein
#4	PH0833	300	483aa long hypothetical protein
#5	PH1025	81	236aa long hypothetical protein

Motif 1
TCGATCTTCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCA	5	23	1
TTTACTACTAATGATTTTAAATTAATAACATC	4	193	0
TAATGGCTAAATAATTTTAAATCGTAATAAAT	4	83	0
 GTTCTCGTTAATTTTTTAATTACTACTTTTA	1	9	1
TTAAAATTTTATTGTATTAATTAACTTAGTAA	4	238	0
CAAATATCCAAACATTTTAAATAATTTACATT	4	133	0
CTCAAGCAAAATCTTTATATTTCTCTTGTCCA	2	32	1
ACTAAAATTTATCGTTATAAATGTAAATTATT	4	114	1
TTTATATGTCAAACTTTTATATTGAGCCTCGA	4	51	1
ATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGGATAA	3	22	1
ATATTTTGGATTAGTTTTAAATTTAAGATGTT	4	167	1
 TTCTTATCTATGGTTTTATTAACTTCATGAT	3	87	0
TTAATACAATAAAATTTTAATATAAAGTAATA	4	250	1
TTACTCAGGAATTATATTAACTTTTTCTATAC	1	57	0
ATTTTAATATAAAGTAATATTTCAACACAAAA	4	263	1
TGTTTGGATATTTGTTATATTTTGGATTAGTT	4	151	1
ATTAATTAACTTAGTAATAATTTCGAGTTTTT	4	223	0
TTTTTAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAA	1	22	1
          **  ********
MAP Score: 20.8609

Motif 2
ATTACTCAGGAATTATATTAACTTTTTCTATACGGAT	1	53	0
TTTGGACAAGAGAAATATAAAGATTTTGCTTGAGCAA	2	29	0
TCGAATTTATTACGATTTAAAATTATTTAGCCATTAC	4	79	1
AGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGG	3	13	1
ACCTCTTGCTTTATATGTCAAACTTTTATATTGAGCC	4	42	1
TTTTACTACTAATGATTTTAAATTAATAACATCTTAA	4	189	0
AAAATATAACAAATATCCAAACATTTTAAATAATTTA	4	137	0
TAATAACATCTTAAATTTAAAACTAATCCAAAATATA	4	166	0
ATTAGTAGTAAAAAACTCGAAATTATTACTAAGTTAA	4	213	1
TTAAATTTCAAGGAACTTAAATATGTTGGGATGAGGG	0	27	1
ATAGTGCAACAACTAAATAAAAGTATTGAAGATCGAA	5	22	0
ATTTATCGTTATAAATGTAAATTATTTAAAATGTTTG	4	120	1
TACTTTATATTAAAATTTTATTGTATTAATTAACTTA	4	242	0
      CATAAAGCCCTTAAACGTAATTTACTCGATT	4	4	1
ATGATACTATAACGTCGTCAAGATATTTAAGGGTTTC	3	55	0
ACGACGTTATAGTATCATGAAGTTAATAAAACCATAG	3	74	1
          *   ** * **  ****
MAP Score: 12.2406

Motif 3
AGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATTTGTGGA	3	13	1
   GTTCTCGTTAATTTTTTAATTACTACTTTTAATTG	1	7	1
ACCTCTTGCTTTATATGTCAAACTTTTATATTGAGCCT	4	42	1
TGGATATTTGTTATATTTTGGATTAGTTTTAAATTTAA	4	155	1
       TTCTTATCTATGGTTTTATTAACTTCATGAT	3	87	0
TTCGAGTTTTTTACTACTAATGATTTTAAATTAATAAC	4	196	0
ATCGAGTAAATTACGTTTAAGGGCTTTATG        	4	2	0
CTCGAATTTATTACGATTTAAAATTATTTAGCCATTAC	4	78	1
AAATTTATCGTTATAAATGTAAATTATTTAAAATGTTT	4	118	1
GTAAATTATTTAAAATGTTTGGATATTTGTTATATTTT	4	136	1
ATACTTTTATTTAGTTGTTGCACTATAAATAACACTTG	5	33	1
TTTTATTGTATTAATTAACTTAGTAATAATTTCGAGTT	4	226	0
TTAGTCTATATTTTGTGTTGAAATATTACTTTATATTA	4	267	0
CCCGCTAATCTTAAATTTCAAGGAACTTAAATATGTTG	0	17	1
TACTCAGGAATTATATTAACTTTTTCTATACGGATTTT	1	50	0
AAATATTACTTTATATTAAAATTTTATTGTATTAATTA	4	247	0
          ***  * *   * ** **
MAP Score: 8.27334

Motif 4
     CCCTCATCCCAACATATTTAAGTTCCTTGAAATT	0	30	0
CGTTAATTTTTTAATTACTACTTTTAATTGTAAGCAAAA	1	15	1
AAATAGGAAATTACTCAGGAATTATATTAACTTTTTCTA	1	60	0
TTTGTTGCTCAAGCAAAATCTTTATATTTCTCTTGTCCA	2	25	1
TTATCCACAAATATAAAAACTTAAGATTTAATAATCTTT	3	15	0
TATTTGTGGATAAGGAAACCCTTAAATATCTTGACGACG	3	41	1
TCGAGGCTCAATATAAAAGTTTGACATATAAAGCAAGAG	4	44	0
GAGCCTCGAATTTATTACGATTTAAAATTATTTAGCCAT	4	74	1
TTAAAATTATTTAGCCATTACTAAAATTTATCGTTATAA	4	95	1
TATCCAAACATTTTAAATAATTTACATTTATAACGATAA	4	122	0
TTTAAAATGTTTGGATATTTGTTATATTTTGGATTAGTT	4	144	1
TGATTTTAAATTAATAACATCTTAAATTTAAAACTAATC	4	175	0
ATTAATTAACTTAGTAATAATTTCGAGTTTTTTACTACT	4	216	0
GTGTTGAAATATTACTTTATATTAAAATTTTATTGTATT	4	252	0
ATGTTGTTCGATCTTCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCA	5	16	1
          **   **    *** * **
MAP Score: 7.16778