AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_operons035_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944256596
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0790	300	331aa long hypothetical iron (III) dicitrate transport system permease protein
#1	PH1055	149	162aa long hypothetical protein
#2	PH1056	31	136aa long hypothetical protein
#3	PH1238	73	231aa long hypothetical protein
#4	PH1239	59	237aa long hypothetical protein
#5	PH1241	48	167aa long hypothetical protein
#6	PH1659	78	345aa long hypothetical protein

Motif 1
TAAGCCCTTGGTAAAACTTTACTTCCTCGA	0	62	1
TCAGTCCTATTCAACAATTTCGCAGTTTCC	0	170	0
          CTAAAAATTTGGGAGTAAAG	1	0	1
GCGAATTAGACTAATAATTTAAAAGTATAA	1	75	1
GCTCAATGAACTAAAAATTAAGTGGGTAAT	1	107	1
AAGTTGAAAACTAAAACTTTTAAAAATTGT	3	15	1
GTTACAGCTTTTAACAATTTTTAAAAGTTT	3	28	0
GTTAAAAGCTGTAACACTTTTTCTGAAATT	3	43	1
TTATTAAGGATTAACACTTGATTTTTAAAT	5	10	0
GGATCGTTGTTTAAAAAATTAATGGATAAA	6	22	0
          **********
MAP Score: 10.0691

Motif 2
ATCGATACAGTTCAATAATGGATATATACTGG	1	31	0
  ACCTAAAGTTGAAAACTAAAACTTTTAAAA	3	8	1
AACTAAAACTTTTAAAAATTGTTAAAAGCTGT	3	23	1
TTTTAGGAGTTTTTAAAATAAAAGGTTAAAAA	4	10	0
  GACGATCTTTGAAAAATAGAAAAGGGCTTT	4	39	0
         ATTTAAAAATCAAGTGTTAATCC	5	1	1
GGATCGTTGTTTAAAAAATTAATGGATAAAAA	6	20	0
          ** ****** **
MAP Score: 7.41371

Motif 3
AAGCCCTTGGTAAAACTTTACTTCCTCGAC	0	63	1
GATCGTGCTCTTAATTCATAGAGTTCTCCA	0	125	1
CTCAGTCCTATTCAACAATTTCGCAGTTTC	0	171	0
CATCCCTAAGTTCCACCATTGTGTAAACCT	0	199	0
GCCACTATTTTATATCTTTTTCCTCATTAA	0	265	0
AAGTCCAGTATATATCCATTATTGAACTGT	1	27	1
AATTATACTTTTAAATTATTAGTCTAATTC	1	77	0
GATTACCCACTTAATTTTTAGTTCATTGAG	1	108	0
AGCCTGAAACTTACTCCTTATCC       	2	18	1
AGTTTTAGTTTTCAACTTTAGGT       	3	3	0
AGTTGAAAACTAAAACTTTTAAAAATTGTT	3	16	1
TGTTACAGCTTTTAACAATTTTTAAAAGTT	3	29	0
TTAAAAGCTGTAACACTTTTTCTGAAATTG	3	44	1
        TTTTTAACCTTTTATTTTAAAA	4	2	1
AAATCAAGTGTTAATCCTTAATAAATCTCG	5	16	1
ACTTGGACTTTTTATCCATTAATTTTTTAA	6	12	1
          **********
MAP Score: 5.8214

Motif 4
TTACCAAGGGCTTAACGGCATCAACGACTGTGTCA	0	41	0
TAAGCATATCCTTAATGAGGAAAAAGATATAAAAT	0	254	1
TGCGAATTAGACTAATAATTTAAAAGTATAATTGC	1	74	1
AGTATAATTGCTCAATGAACTAAAAATTAAGTGGG	1	98	1
       TTAATTAAAGCCTGAAACTTACTCCTTA	2	3	1
         ACCTAAAGTTGAAAACTAAAACTTTT	3	1	1
AGTTTTTAAAATAAAAGGTTAAAAA          	4	0	0
CCCGAGATTTATTAAGGATTAACACTTGATTTTTA	5	13	0
TGTTTAAAAAATTAATGGATAAAAAGTCCAAGTAA	6	10	0
          ***** *    ****
MAP Score: 5.70175

Motif 5
TAAGTGCGAATTAGACTAATAATTTAAAAGTAT	1	70	1
GACTAATAATTTAAAAGTATAATTGCTCAATGA	1	83	1
TGTTACAGCTTTTAACAATTTTTAAAAGTTTTA	3	26	0
        TTTTTAACCTTTTATTTTAAAAACT	4	2	1
      TTACTTGGACTTTTTATCCATTAATTT	6	4	1
GGATCGTTGTTTAAAAAATTAATGGATAAAAAG	6	19	0
TCCTAATTATTTGGACGAATAATCCAAGGAGGT	6	49	1
          ** ***  *****
MAP Score: 2.48749

Motif 6
ATACTGGACTTTACTCCCAAATTTTTAG       	1	3	0
CATTGAGCAATTATACTTTTAAATTATTAGTCTAA	1	80	0
GATCGTGAGATTACCCACTTAATTTTTAGTTCATT	1	111	0
     TTAATTAAAGCCTGAAACTTACTCCTTATC	2	5	1
       TTTTTAACCTTTTATTTTAAAAACTCCT	4	3	1
TATTAAGGATTAACACTTGATTTTTAAAT      	5	4	0
CTTGGACTTTTTATCCATTAATTTTTTAAACAACG	6	13	1
          ***  * * *** **
MAP Score: 1.71146