AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PH/PH_profile001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944256977 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PH0010 142 206aa long hypothetical protein #1 PH0099 300 184aa long hypothetical protein #2 PH0284 108 252aa long hypothetical protein #3 PH0790 300 331aa long hypothetical iron (III) dicitrate transport system permease protein #4 PH0792 30 172aa long hypothetical protein #5 PH0918 55 377aa long hypothetical protein #6 PH0919 35 237aa long hypothetical protein #7 PH0921 300 121aa long hypothetical protein #8 PH1025 81 236aa long hypothetical protein #9 PH1113 99 337aa long hypothetical protein #10 PH1780 115 285aa long hypothetical protein #11 PH1842 183 172aa long hypothetical protein Motif 1 AACAAACTTCAAAAGTTTAGAGATTAATGAAGCAGTTGAC 1 19 1 ATAGAGAAAAAAATCCATGCAGATTACATAGCAGCGTCAA 1 54 0 ATAACATTCAAAAGAGCTGAAAAAGGATTATAACCCCTCA 1 255 1 TCGAGGAAGTAAAGTTTTACCAAGGGCTTAACGGCATCAA 3 52 0 GGAAACTGCGAAATTGTTGAATAGGACTGAGGTTTACACA 3 170 1 CTTAATGAGGAAAAAGATATAAAATAGTGGCATATTTATC 3 264 1 GACCTTCCCAAAATGTTTAGATATTATTGAACAAGAACTT 7 102 1 AGGACATAGTAAATGTTTAGAAAAAATTGAACATACTTCT 7 212 0 TTTTAACGTTAAATTTTTGAACATTATTAGGTACATTATA 7 263 1 CAACTAAATAAAAGTATTGAAGATCGAACAACATTAAAAA 8 10 0 ATATCGGTTAAAATCATTAGCGACTAATGATGAACTACTC 9 53 0 ATCTTACCCAACATTTTTCAATAAGATTTAAATATGGTTC 10 64 1 AGTATGAATAAAAACTTTCCAAAGAGGTAAGTTCGGGGTT 11 89 1 TCAAACATCGAAATCTTTATAAAGGGAAAATAATTTAGTA 11 136 1 *** ** * * * * * MAP Score: 13.1541 Motif 2 AAAGAACCTAACAAACTTCAAAAGT 1 1 1 TTGAAGATCGAACAACATTAAAAA 8 0 0 GAGTATGAATAAAAACTTTCCAAAGAGGTAAGTT 11 88 1 CTTAATGAGGAAAAAGATATAAAATAGTGGCATA 3 264 1 TTATAGTATCATGAAGTTAATAAAACCATAGATA 2 80 1 TCCTCATGTAATGAAGATAGAAAAGGTAGTAAAA 10 13 0 ATAAAATGATATTAAGCTTTTAAATCTATTATCT 0 71 1 CGCACTACCCTATAACATTCAAAAGAGCTGAAAA 1 244 1 TTGAACTTTTAAAAATAAAGGCAA 6 21 0 TGTTCAAAAATTTAACGTTAAAAATTGTTTGATA 7 252 0 TAATGTACCTAATAATGTTCAAAAATTTAACGTT 7 267 0 TTTATAGTGCAACAACTAAATAAAAGTATTGAAG 8 28 0 ATTGTTTGATAAGGACATAGTAAATGTTTAGAAA 7 229 0 TTATCTGGTAAATAAGTAATAAAATGATATTAAG 0 53 1 ATGTTAGTAAATCAAATTAACAAATAACAAAAAT 7 145 1 TATTTACCAGATAAAGTTTTAAAGGGAGATATAA 0 33 0 CGATTAAATTTATGAAATATCGGTTAA 9 82 0 AACATTTTTCAATAAGATTTAAATATGGTTCTCT 10 73 1 ** *** ** *** MAP Score: 12.6615 Motif 3 ACTTCAAAAGTTTAGAGATTAATGAAGCAGTTGACG 1 24 1 CCTAGAAAGATTATTAAATCTTAAGTTT 2 2 1 CGTTATAGTATCATGAAGTTAATAAAACCATAGATA 2 78 1 TGGAGATGTTCATAAAAAGGGTACTC 3 0 1 GTTGATGCCGTTAAGCCCTTGGTAAAACTTTACTTC 3 51 1 GTCGTGGGCTTGGAGAACTCTATGAATTAAGAGCAC 3 129 0 TTAAGCTACCTTTAGTGGTTAATAAAG 4 1 0 TCCCAAAATGTTTAGATATTATTGAACAAGAACTTA 7 107 1 GAACAAGAACTTAGAATGTTAGTAAATCAAATTAAC 7 130 1 TAGAAGTATGTTCAATTTTTTCTAAACATTTACTAT 7 211 1 GTAATGAAGATAGAAAAGGTAGTAAAATTG 10 4 0 GAGAACCATATTTAAATCTTATTGAAAAATGTTGGG 10 70 0 TAATCAAACATCGAAATCTTTATAAAGGGAAAATAA 11 133 1 * *** ** **** MAP Score: 11.3573 Motif 4 TATATCTCCCTTTAAAACTTTATCTGGTAAAT 0 34 1 AGATAATAGATTTAAAAGCTTAATATCATTTT 0 73 0 CCTAACAAACTTCAAAAGTTTAGAGATTAATG 1 16 1 TAATACTGGATTCATAGGGGTATAGTTCAATG 1 100 1 AGGGGTATAGTTCAATGGGTTATACCCTTCGT 1 115 1 TTTTCAGCTCTTTTGAATGTTATAGGGTAGTG 1 246 0 GTGCTCTTAATTCATAGAGTTCTCCAAGCCCA 3 129 1 TTGCCTTTATTTTTAAAAGTTCAA 6 21 1 GGGTAATTTGTTTTTAGTTTTAATAAT 7 5 0 AATGCTGGAAATCATAATGTTAGGGGATGAAG 7 65 1 TGAACAAGAACTTAGAATGTTAGTAAATCAAA 7 129 1 AATAGACGTTTTCAGAAGGTTATATTAGAAGT 7 186 1 CCTAATAATGTTCAAAAATTTAACGTTAAAAA 7 262 0 TAACCGATATTTCATAAATTTAATCG 9 83 1 TTATAGCTCTTTTAGAGATTTCCCCTTCGATG 11 45 1 TATTCATACTCTCATAAATTTACATCGAAGGG 11 67 0 **** ** **** MAP Score: 11.0703 Motif 5 TTTTAAATCTATTATCTATAAAGCAAAGCTGA 0 88 1 AAGTTTAGAGATTAATGAAGCAGTTGACGCTG 1 31 1 ACCCCTCAGGATTATTCACGAAC 1 287 1 TAAGGGTTTCCTTATCCACAAATATAAAAACT 2 33 0 CTTTATTAACCACTAAAGGTAGCTTA 4 4 1 ATGTTTAGATATTATTGAACAAGAACTTAGAA 7 114 1 AGTAAATCAAATTAACAAATAACAAAAATAAA 7 150 1 TTACTATGTCCTTATCAAACAATTTTTAACGT 7 240 1 GGTTAAAATCATTAGCGACTAATGATGAACTA 9 56 0 TTACATGAGGATTAATTACAAAGTGGGCATCT 10 36 1 ATATTTAAATCTTATTGAAAAATGTTGGGTAA 10 67 0 TCGGGGTTGAATTAATCAAACATCGAAATCTT 11 121 1 TTTGGTTACCATTAGTTACTAAATTATTTTCC 11 160 0 ****** ** ** MAP Score: 10.3049 Motif 6 AAGCCTTTCCCTATTAGTTTTATTTATAT 0 3 1 ATTTATATCTCCCTTTAAAACTTTATCTGGTAAATA 0 31 1 ATGGGTTATACCCTTCGTTATGAGATTAACAGAATC 1 129 1 CCTTTTTCAGCTCTTTTGAATGTTATAGGGTAGTGC 1 245 0 ACCCTTAAATATCTTGACGACGTTATAGTATCATGA 2 58 1 TGCCGTTAAGCCCTTGGTAAAACTTTACTTCCTCGA 3 56 1 GATGGATGAGACCTTACTTAGATGATAGGCAGATCG 3 94 1 AAATATGCCACTATTTTATATCTTTTTCCTCATTAA 3 265 0 GCTAGAAGTTCCCTTGTTAAGCCTTCATGGGGATAC 5 22 0 GAAGTTCGTGACCTTCCCAAAATGTTTAGATATTAT 7 93 1 ATTATATTTTATTTTTGTTATTTGTTAATTTGATTT 7 153 0 TTCTAATATAACCTTCTGAAAACGTCTATTATATTT 7 180 0 ATCTTCAATACTTTTATTTAGTTGTTGCACTATAAA 8 26 1 CAAAGTGGGCATCTTACCCAACATTTTTCAATAAGA 10 54 1 TAAATTATAGCTCTTTTAGAGATTTCCCCTTCGATG 11 41 1 CCGAACTTACCTCTTTGGAAAGTTTTTATTCATACT 11 89 0 AAATTATTTTCCCTTTATAAAGATTTCGATGTTTGA 11 136 0 ***** * **** MAP Score: 8.89312 Motif 7 ATCTCCCTTTAAAACTTTATCTGGTAAATA 0 37 1 AATAGATTTAAAAGCTTAATATCATTTTAT 0 71 0 AACAAACTTCAAAAGTTTAGAGATTAATGA 1 19 1 AAGAGCTGAAAAAGGATTATAACCCCTCAG 1 266 1 AAAGATTATTAAATCTTAAGTTTTTATATT 2 15 1 AGCCCTTGGTAAAACTTTACTTCCTCGACG 3 64 1 CAAATGCTGGAAATCATAATGTTAGGGGAT 7 63 1 GACCTTCCCAAAATGTTTAGATATTATTGA 7 102 1 AGGACATAGTAAATGTTTAGAAAAAATTGA 7 222 0 ATATCGGTTAAAATCATTAGCGACTAATGA 9 63 0 TCAAACATCGAAATCTTTATAAAGGGAAAA 11 136 1 ********** MAP Score: 7.18334 Motif 8 AAAGGGAGATATAAATAAAACTAATAGGGA 0 17 0 CTGGTAAATAAGTAATAAAATGATATTAAG 0 57 1 CCTTATCCACAAATATAAAAACTTAAGATT 2 26 0 GTATCATGAAGTTAATAAAACCATAGATAA 2 85 1 ATGAGGAAAAAGATATAAAATAGTGGCATA 3 268 1 ACCTTTAGTGGTTAATAAAG 4 0 0 TTGAACTTTTAAAAATAAAGGCAAAGAAGA 6 15 0 TGCATAAGCGAAAAATAAAGGGTAATTTGT 7 26 0 TAGAATGTTAGTAAATCAAATTAACAAATA 7 141 1 AACAAATAACAAAAATAAAATATAATAGAC 7 163 1 AGTGCAACAACTAAATAAAAGTATTGAAGA 8 27 0 TTGTTGCACTATAAATAACACTTGTGAGTG 8 47 1 TTATGAGAGTATGAATAAAAACTTTCCAAA 11 82 1 TCGGGGTTGAATTAATCAAACATCGAAATC 11 121 1 ********** MAP Score: 4.58366 Motif 9 CAGATAAAGTTTTAAAGGGAGATATAAATAAAACTAAT 0 22 0 AGATAATAGATTTAAAAGCTTAATATCATTTTATTACT 0 67 0 TAATACTGGATTCATAGGGGTATAGTTCAATGGGTTAT 1 100 1 TTTATATTTGTGGATAAGGAAACCCTTAAATATCTTGA 2 37 1 ACTTAGGGATGTTATAAGGGGACTCTGGTACTACTATA 3 218 1 ATCTTTTTCCTCATTAAGGATATGCTTATAGTAGTACC 3 244 0 TTGTTAAGCCTTCATGGGGATACCTTGAGAGTGCC 5 7 0 CCATGAAGGCTTAACAAGGGAACTTCTAGCATTAGGC 5 28 1 TTGTTTTCTTTGCATAAGCGAAAAATAAAGGGTAATTT 7 28 0 AATAGACGTTTTCAGAAGGTTATATTAGAAGTATGTTC 7 186 1 TAAAAATTGTTTGATAAGGACATAGTAAATGTTTAGAA 7 230 0 CAACTTTCCATACAGGAGGGTACAGTAG 11 0 0 TAAATTTACATCGAAGGGGAAATCTCTAAAAGAGCTAT 11 47 0 ATAAAAACTTTCCAAAGAGGTAAGTTCGGGGTTGAATT 11 96 1 CATCGAAATCTTTATAAAGGGAAAATAATTTAGTAACT 11 141 1 * * ***** * * * MAP Score: 3.16169 Motif 10 GTAAATAAGTAATAAAATGATATTAAGCTTTTAAATCTATTAT 0 60 1 ATCCATGAAAAAAGTAAGAATTCTAGCCATTAACATGCCTCAT 1 162 1 TCAAAAGAGCTGAAAAAGGATTATAACCCCTCAGGATTATTCA 1 262 1 TGGAGATGTTCATAAAAAGGGTACTCACTTATGACACAGTC 3 8 1 ATTATTAAAACTAAAAACAAATTACCCTTTATTTTTCGCTTA 7 9 1 CTTAGAATGTTAGTAAATCAAATTAACAAATAACAAAAATAAA 7 139 1 CAAATAACAAAAATAAAATATAATAGACGTTTTCAGAAGGTTA 7 165 1 ACTATGTCCTTATCAAACAATTTTTAACGTTAAATTTTTGAAC 7 242 1 TCATCATTAGTCGCTAATGATTTTAACCGATATTTCATAAATT 9 60 1 ATCTTTATAAAGGGAAAATAATTTAGTAACTAATGGTAACCAA 11 148 1 * *** * ** * * * MAP Score: 1.60465 Motif 11 AACCTAACAAACTTCAAAAGTTTAGAGATTAAT 1 14 1 TGGAGATGTTCATAAAAAGGGTACTCACT 3 6 1 TCTAAGTTCTTGTTCAATAATATCTAAACATTT 7 112 0 ATAATAGACGTTTTCAGAAGGTTATATTAGAAG 7 184 1 ATTAGAAGTATGTTCAATTTTTTCTAAACATTT 7 209 1 TACCTAATAATGTTCAAAAATTTAACGTTAAAA 7 263 0 TGTTGTTCGATCTTCAATACTTTTATTTAGTTG 8 17 1 TTTAACCGATATTTCATAAATTTAATCG 9 81 1 ACCTTTTCTATCTTCATTACATGAGGATTAATT 10 20 1 TACCCAACATTTTTCAATAAGATTTAAATATGG 10 68 1 * ******* ** MAP Score: 1.02189