AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_profile029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234497
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0316	300	334aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamide cyclo-ligase
#1	PH0320	88	177aa long hypothetical phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
#2	PH0322	157	219aa long hypothetical protein
#3	PH1727	195	361aa long hypothetical 2-isopropylmalate synthase
#4	PH1955	299	227aa long hypothetical phosphoribosylformylglycinamidine synthase I
#5	PH1961	198	349aa long hypothetical oligopeptide transport system permease protein appB
#6	PH1962	300	841aa long hypothetical protein

Motif 1
AGTAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAACAA	2	56	0
CTTTTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGG	4	35	1
ACTCCTATTTTATAATGTTCACAATTTTTTTCGAAAAT	3	29	1
AATTTAAAAGGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA   	4	7	0
GTAGTAATATTTATATATTCCCATATTTTATTTTAAGT	0	20	0
AATAAAATTTTAAGATCTTAAAAATTTTAGAAAATTTT	3	83	0
AAAAACTTAAGAACCTTTTAATAACTTTCTAA      	6	4	0
AAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGT	6	23	1
TGAACTAAGCGTAATTGTTAATAAATTTGAGCTATAGC	6	116	1
GTCAAAATTATAAGGTATTAATGGTTTTTGTTTACATA	2	29	1
TTTCGTAGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGA	0	87	1
   TTTTCGATGGTATATTCCCAAGTATGAATTAAGGG	4	274	0
AAAATCTTAGTATTATATAGAAAAATTTTCTAAAATTT	3	62	1
AAAAGTTTCTTCGAATATTTCTACATATATGTG     	1	5	0
AATATTCGAAGAAACTTTTTAAATATTGACATTAAATT	1	24	1
AGTTTGAACATTATCTTTTTCAAGCTTGTAAAACTACC	5	132	0
TTGTTTGTGTTCTTTTGTTCACTCTTTTACTTTGGCTT	0	142	0
ATACACAAACTCTGATATTTAAGGATTGCGACTATTCC	6	197	0
TCTTTCGGCTTATCGTTTAGATGACTTTCGAAAGTAAG	5	86	1
          *    * ** ***  ***
MAP Score: 15.6072

Motif 2
TTGTACTCCTATTTTATAATGTTCACAATTTTTTTCGAAAATC	3	25	1
TTAGTATTATATAGAAAAATTTTCTAAAATTTTTAAGATCTTA	3	68	1
ATCTTGGATTATCGAATAAAATTTTAAGATCTTAAAAATTTTA	3	92	0
ATCACCATATTTAAGTCAAAATTATAAGGTATTAATGGTTTTT	2	15	1
TGTAGAAATATTCGAAGAAACTTTTTAAATATTGACATTAAAT	1	18	1
  TTAGAAAGTTATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTT	6	8	1
AAATATGGGAATATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTA	0	30	1
TTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTCTCTTAAGCT	5	28	1
AATCCTTTTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGA	4	31	1
ACAAGCTTGAAAAAGATAATGTTCAAACTTGTTCCTTCAAAAA	5	141	1
TCCAAGATATTTCTCGAAAATTTTATATACCTAGGTTCAAGAT	3	127	1
CGTTTTTAAGTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGATA 	0	268	1
TAGACAGGCTATAGCTCAAATTTATTAACAATTACGCTTAGTT	6	118	0
TTTAAAAGGATTATTTTAACATTTTTATGTTAA          	4	0	0
ATAGCTTAAATTTGCGGAATAGTCGCAATCCTTAAATATCAGA	6	182	1
          **     **  **   *  * **
MAP Score: 13.3612

Motif 3
TCACTTAAAATAAAATATGGGAATATATAAATATTAC	0	18	1
TGGGAATATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTT	0	35	1
TAATTATAAATAAAAAATCCTACGAAAAGAAAAAGAT	0	77	0
AAAGCCAAAGTAAAAGAGTGAACAAAAGAACACAAAC	0	141	1
TCAATATTTAAAAAGTTTCTTCGAATATTTCTACATA	1	16	0
AGAAACTTTTTAAATATTGACATTAAATTGCTAGGGT	1	33	1
AATTTTGACTTAAATATGGTGATATAAA         	2	1	0
TTTGTTTACATAAACGTGTTAACAAAAAAGTTAATTA	2	55	1
GATTTTCGAAAAAAATTGTGAACATTATAAAATAGGA	3	31	0
ATTTTTTTCGAAAATCTTAGTATTATATAGAAAAATT	3	52	1
TATTATATAGAAAAATTTTCTAAAATTTTTAAGATCT	3	72	1
ATTATCGAATAAAATTTTAAGATCTTAAAAATTTTAG	3	91	0
CCTAGGTATATAAAATTTTCGAGAAATATCTTGGATT	3	125	0
    TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCCTTTTAAA	4	6	1
CAAAAAGATGTAAAAATTGGAAATTTAAAAGGATTAT	4	29	0
ACCTTGGGTATAAAGTTGAGGATCTAAGGGTGCCAAA	4	161	1
GGAAATGTGCAAAAGATTGTTAGCTAATCCCTTAATT	4	246	1
GAAGGGTTTCTAAAATTTAAAAATCAAGGAGAAAACT	5	25	0
GAAAGTCATCTAAACGATAAGCCGAAAGAACTAACGA	5	78	0
GAAAGTTATTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTT	6	13	1
          ****  **   *  ***
MAP Score: 12.1824

Motif 4
AAATATGGGAATATATAAATATTACTACTTATAAAT	0	30	1
AGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAGGCG	0	93	1
   CACATATATGTAGAAATATTCGAAGAAACTTTT	1	7	1
TCCCAGGGATAGCTAGAAATCTCAAAT         	1	71	1
TCACAATTTTTTTCGAAAATCTTAGTATTATATAGA	3	47	1
AATTTTAAGATCTTAAAAATTTTAGAAAATTTTTCT	3	80	0
AATTTTTAAGATCTTAAAATTTTATTCGATAATCCA	3	95	1
CCAAGATATTTCTCGAAAATTTTATATACCTAGGTT	3	128	1
       TTAACATAAAAATGTTAAAATAATCCTTT	4	3	1
ATCCTTTTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGT	4	32	1
TTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTCTC	5	28	1
AAATTGAACTAAGCGTAATTGTTAATAAATTTGAGC	6	112	1
AATAGTCGCAATCCTTAAATATCAGAGTTTGTGTAT	6	199	1
          *  *  **** *** *
MAP Score: 11.0313

Motif 5
TATTCCCATATTTTATTTTAAGTGACTAATTGG	0	10	0
AAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTAGAAT	0	174	1
CTTAAAAACGTTGGTTTTACGGTGTGGAATTCT	0	245	0
ATTGTACTCCTATTTTATAATGTTCACAATTTT	3	24	1
CTCAAGAACCTTGGGTATAAAGTTGAGGATCTA	4	154	1
GGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGG	6	27	1
CCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTTTGGGA	6	46	1
AGTGATACTGTTGGTTTTAACGTTAAATTGAAC	6	88	1
ATATCAGAGTTTGTGTATAAAGTTATGCCTTGT	6	217	1
TGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTAGGTGG	6	271	1
          **** * *** **
MAP Score: 7.82319

Motif 6
TTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAGAAACCCTTC	5	28	1
GTACACATAAATTTATCAATTCTAGGTGAGATA 	0	277	1
CACAAAACTGATTTATATTTTCAAAATGTATCTT	2	115	1
CCGAATACCCATTTATAGCTTAAATTTGCGGAAT	6	168	1
TATTAACTCAATTTATAAGTAGTAATATTTATAT	0	42	0
AGGATTTTTTATTTATAATTATTAAAATCCGAGG	0	93	1
AACAAAAACCATTAATACCTTATAATTTTGACTT	2	27	0
ATTTTAGAAAATTTTTCTATATAATACTAAGATT	3	64	0
ATCCTTTTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTG	4	32	1
ACAAACAATCATTTTTATATTATGTAGTGTAGAA	0	172	1
       CCAATTAGTCACTTAAAATAAAATATG	0	3	1
TTACTTTGGCTTTTTTCGTTTGAATCGCCTCGGA	0	120	0
AAAAAAGTTAATTACTAAATAAAGTAGTGTCCAC	2	78	1
          **** **  ** **
MAP Score: 7.01488

Motif 7
TTTTTCTTTTCGTAGGATTTTTTATTTATA	0	80	1
GTTTGAATCGCCTCGGATTTTAATAATTAT	0	107	0
CACTCTTTTACTTTGGCTTTTTTCGTTTGA	0	131	0
TACTTAAAAACGTTGGTTTTACGGTGTGGA	0	250	0
TTCTAAAATTTTTAAGATCTTAAAATTTTA	3	89	1
TGCCAAAATGCTTTGAATTTATTTTAGAGA	4	191	1
TTCTCCTCCCCTTTAGTTTTCTCCTTGATT	5	11	1
TTAGTTTTCTCCTTGATTTTTAAATTTTAG	5	23	1
AAACCCTTCTCTTAAGCTCTCTTTCTCGTT	5	53	1
CTCTCTTTCTCGTTAGTTCTTTCGGCTTAT	5	69	1
TTAAAAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTT	6	21	1
TACCTTTCTTTTTTGGTTCTACGTTACTTT	6	44	1
GGAGTGATACTGTTGGTTTTAACGTTAAAT	6	86	1
TCTGTTTCAAATTTGGATCTAAAGTGTGTA	6	269	1
          **********
MAP Score: 4.10516

Motif 8
GGGAATATATAAATATTACTACTTATAAATTGAGTTAATAA	0	36	1
TTATAAATTGAGTTAATAAATCTTTTTCTTTTCGTAGGATT	0	58	1
GTTTGTGTTCTTTTGTTCACTCTTTTACTTTGGCTTTTTTC	0	137	0
AAAAACCATTAATACCTTATAATTTTGACTTAAATATGGTG	2	17	0
TAATTAACTTTTTTGTTAACACGTTTATGTAAACAAAAACC	2	51	0
TTAAATTTCCAATTTTTACATCTTTTTGGTAATGGAAAATG	4	38	1
CTTTCTCGTTAGTTCTTTCGGCTTATCGTTTAGATGACTTT	5	73	1
TTGAAAAAGATAATGTTCAAACTTGTTCCTTCAAAAACTGG	5	147	1
AAGGTTCTTAAGTTTTTTCTACCTTTCTTTTTTGGTTCTAC	6	25	1
CCTTGTAAGCACTACCTTAGGCATCTCTGTTTCAAATTTGG	6	244	1
          * **  * *  * * *   **
MAP Score: 1.07127