AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PH/PH_sum_all067_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236561
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PH0226	61	227aa long hypothetical protein
#1	PH1135	86	134aa long hypothetical protein
#2	PH1304	119	276aa long hypothetical protein

Motif 1
AATATATTTATCTTTGACATTATTTTTATAA	2	96	1
TTTTAAGTACTATTTGAAATTGTTAAATTTG	2	20	0
TGGAAAAGATTTTTTGCTATATAAAGGGTTC	1	16	1
TAGCAAAAAATCTTTTCCATTCACG      	1	4	0
TTTGTCATTGTGTTTGATTTTTATTGGATAA	2	54	0
GTCCTCTAAATATTTAAAATTGTTCAGGATT	0	29	1
TATAAAGGGTTCTTTCCTATGGGGATGATAC	1	35	1
TTTTAGATTAGTTTTGTCATTGTGTTTGATT	2	66	0
          * *********
MAP Score: 4.86615

Motif 2
GTCCTCTAAATATTTAAAATTGTTCAGGATTAAG	0	29	1
    CGTGAATGGAAAAGATTTTTTGCTATATAA	1	6	1
TTTTAAGTACTATTTGAAATTGTTAAATTTGGTG	2	17	0
GTTTGATTTTTATTGGATAATGTTTTTAAGTACT	2	40	0
ACAAAACTAATCTAAAAATATATTTATCTTTGAC	2	80	1
AATATATTTATCTTTGACATTATTTTTATAAAC 	2	96	1
          * ** ** *** **
MAP Score: 4.12331

Motif 3
TTTAGAGGACACCTTAACACGGTGGTTGA    	0	6	0
AATCCTGAACAATTTTAAATATTTAGAGGACAC	0	27	0
      CGTGAATGGAAAAGATTTTTTGCTATA	1	4	1
TAAGTCACCAAATTTAACAATTTCAAATAGTAC	2	12	1
TTCAAATAGTACTTAAAAACATTATCCAATAAA	2	33	1
ATCCAATAAAAATCAAACACAATGACAAAACTA	2	56	1
TGACAAAACTAATCTAAAAATATATTTATCTTT	2	78	1
          **** **** * *
MAP Score: 1.99411

Motif 4
ATCCTGAACAATTTTAAATATTTAGAGGACA	0	28	0
         GTTTATAGCTTAATCCTGAACA	0	49	0
ATGGAAAAGATTTTTTGCTATATAAAGGGTT	1	15	1
ATATAAAGGGTTCTTTCCTATGGGGATGATA	1	34	1
CTATTTGAAATTGTTAAATTTGGTGACTTAG	2	11	0
TTTTGTCATTGTGTTTGATTTTTATTGGATA	2	55	0
GATAAATATATTTTTAGATTAGTTTTGTCAT	2	77	0
TCTAAAAATATATTTATCTTTGACATTATTT	2	90	1
TCTTTGACATTATTTTTATAAAC        	2	106	1
          ****** ****
MAP Score: 1.48785