AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_fusions001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236723 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP096 151 unknown #1 RP129 119 PUTATIVE GLUTAMINE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN GLNP (glnP) #2 RP204 80 GLUTAREDOXIN 3 (grxC1) #3 RP205 98 MITOCHONDRIAL TRANSPORTER ATM1 PRECURSOR (atm1) #4 RP214 297 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT3) #5 RP317 138 PROTEIN KINASE C INHIBITOR 1 (pkcI) #6 RP367 300 unknown #7 RP385 300 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA) #8 RP386 56 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB) #9 RP505 184 KPSF PROTEIN (kpsF) #10 RP508 68 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT2) #11 RP699 112 unknown Motif 1 CAATTAAAATATTATTATTTTTATTTGTGTTC 3 70 0 TAAAGATATCATAAATATTTTTAACTGAAGTA 6 158 0 TTATGTATATTTTTGATCACTTAC 0 137 0 ATTTTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTA 7 96 1 GCGTTATTAAATTTGTATTTTGGACAAAACAG 10 24 0 TAAATAAGTTATCAGTATTTTATGTTATATTT 11 57 0 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