AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_fusions001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236741 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP095 300 ALANINE RACEMASE (alr) #1 RP096 151 unknown #2 RP122 98 HFLK PROTEIN (hflK) #3 RP123 143 HFLC PROTEIN (hflC) #4 RP124 30 PROBABLE PERIPLASMIC SERINE PROTEASE DO-LIKE PRECURSOR (htrA) #5 RP125 104 unknown #6 RP126 137 SUCCINATE DEHYDROGENASE CYTOCHROME B560 SUBUNIT (sdhC) #7 RP127 158 SUCCINATE DEHYDROGENASE HYDROPHOBIC MEMBRANE ANCHOR PROTEIN (sdhD) #8 RP128 133 SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT (sdhA) #9 RP129 119 PUTATIVE GLUTAMINE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN GLNP (glnP) #10 RP204 80 GLUTAREDOXIN 3 (grxC1) #11 RP205 98 MITOCHONDRIAL TRANSPORTER ATM1 PRECURSOR (atm1) #12 RP214 297 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT3) #13 RP317 138 PROTEIN KINASE C INHIBITOR 1 (pkcI) #14 RP318 264 unknown #15 RP367 300 unknown #16 RP385 300 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA) #17 RP386 56 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB) #18 RP501 215 TRNA PSEUDOURIDINE 55 SYNTHASE (truB) #19 RP503 21 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 (rpsO) #20 RP504 154 POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE (pnp) #21 RP505 184 KPSF PROTEIN (kpsF) #22 RP508 68 ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT2) #23 RP698 300 BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN (bcr2) #24 RP699 112 unknown Motif 1 ATAAAACGAATTTTTAATTTTTTAAAAATAGTATGTTTA 7 36 1 TGAAGTTATTTTCTGAATTTTGTAGCATTATTTAATGTA 12 22 1 ATAATTTATTTCTTGTTATTCTTACTGTTA 16 280 0 CTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATTATTCCAGCA 12 272 1 GCAGTAACAATTTTAAATTAAATTAAAGTT 5 84 1 TTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAGAGTTTTGA 10 31 0 GAAGCAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGATTTAATA 12 62 1 CATTATTGTGTATTGAATTACTTAATAATGTGCTTAAGT 8 57 1 AAATTAAGATTACTTTATTAACTGTAATTTGTATTTTAT 12 251 1 CAAGGAACAATAATTAATTAAATTGAATTAGTCAAGTAT 14 210 0 TTATAAAAAATTGTAAATTTGGTAGTAGATCAGATTTTT 0 194 1 TGTCTATCAATTTTGCATTTTATATCATATATTC 18 191 1 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATATAT 10 52 0 TACTGATCCTTTTTAAATTTTCTTGGACACACTGCCAAG 1 31 0 TTTTATTTGATTGATAATTTCTTTTCAATAATGACAATT 0 10 0 AGCACGTAACTTGACCATTTGATCTCATTATATATATTG 20 49 1 GTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTAAGATTACTT 12 227 1 AAGTCGTTGTTAGTTTTATGTTATTTCAAGCAAAG 23 275 0 TTTGTGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAA 12 116 0 TGATATTAAGTTGTTAATTAAGTACTATAACATAATATT 14 23 1 TAATATCCTGTTATAAATAATTTAATAATCAAAATTGAA 15 269 0 ATATAAAATTTATTGATATTAAGTTGTTAA 14 1 1 TTTGATCACTTACTAAGTTTAATATCATTTTCTAGCGTA 1 111 0 TAAAAGAATCTAGTAAATAAGTTATCAGTATTTTATGTT 24 63 0 TATTCCTTATTATTTTATAATATCATACTAAAAAAGCCT 3 110 0 ACTGCCAAGCTACTGTATTACATAAGATAT 1 1 0 GTCAAGACACTATAGTATTAAATTTTATTATTTTTATAT 6 99 1 GATTAAGTGATTATATATATAATAGTATATAACGTCAAG 2 47 0 TCTCATTTCATAATTTATATTCTATTAAAGATATCATTC 20 118 0 CAGCACAATCTAATCAATATTTTAAGATATGTGTGCAGC 13 62 0 TTAATTATATAGTATTATTTTATTTATAT 9 0 1 AGTATCTGACTTATCTATAAATTTTCATAATATTATAGT 0 250 1 ATTATATCAATACTAGGTATAGTTATATTCATTGATGAC 0 80 1 TTAGATGTAATACTCTGTTTTGTCCAAAATACAAATTTA 22 10 1 AGCCAAGACGTAAACAATAACATCCCAGTAACGGTTAAA 11 16 0 TCTTTAAAGGTTAATAGTTTAATCAAAAATTTGTATTGG 15 184 1 ** * **** * * * MAP Score: 40.5453 Motif 2 ATTATATATATAATAGTATATAACGTCAAGTTA 2 44 0 CACTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 2 77 1 TTTTTTAGTATGATATTATAAAATAATAAGGAA 3 114 1 ACCAAGAAATACAAATATAATAATTTTCTGAAA 6 38 1 TATTCAATATAAAAATAATAAAATTTAATACTA 6 111 0 ATACTATTTTTAAAAAATTAAAAATTCGTTTTA 7 37 0 GCGATTGTTCTGAAATGAAATAAAAATCATTTA 7 80 1 GTTAATGGTATTACAACTTAAAATATGTTTAGA 7 127 1 ATATACCGTATCAAAAGTAAAAAATTAATTGA 8 111 1 ATAAATAAAATAATACTATATAATTAA 9 4 0 TTATGAGAAGAAAAAATATATAATAATTT 9 100 1 CTCTAGTTTAAGATAATATATAAGATCTTACAA 10 37 1 ATATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAAC 10 54 1 TAGAACACAAATAAAAATAATAATATTTTAATT 11 68 1 GCCTTGCTTCTTACATTAAATAATGCTACAAAA 12 39 0 TTAAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGCCTTG 12 66 0 CTTAATTTTATCAAATTTTAAAAAATAAATACC 12 226 0 AAAATACAAATTACAGTTAATAAAGTAATCTTA 12 255 0 TGCTGGAATAATACCAAATAAAATACAAATT 12 276 0 GATGCTGCACACATATCTTAAAATATTGATTAG 13 59 1 AAGCAATTTAAAAAATCTTATAAAGATTACTCA 15 23 0 ATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATT 16 82 1 ACAATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTT 16 103 0 TAGTTTGGGCTAACACCATATAAGCAATTATTA 16 144 0 ACAGTAAGAATAACAAGAAATAAATTAT 16 282 1 TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTA 17 10 1 AAATCGAATATAATAGCTAAAAAATAGTTTTAT 17 27 0 CAACAAGAGCAAAAAGTTTATAATGCAAGGAGC 18 147 0 GAATATATGATATAAAATGCAAAAT 18 200 0 ATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAAT 20 120 1 TTTGATTACCACACAGCTTAAAACTTCTTACAA 21 18 0 TATGTACTAGATATAGTTAATAAACCACGGTGA 21 146 1 TGTCCAAAATACAAATTTAATAACGCATAGAGC 22 30 1 ATTCCATAATAAAAACAATAAAAATACTTGTAT 23 140 1 GAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAAC 23 190 1 TCTTTGCTTGAAATAACATAAAACTAACAACGA 23 274 1 TAGCCCAGAAATATAACATAAAATACTGATAAC 24 49 1 * *** ****** MAP Score: 39.1902 Motif 3 TAATTTTCTCTAAACATATTTTAAGTTGTAATA 7 135 0 AAATATAGCATAAAACTATTTTTTAGCTATTATAT 17 18 1 TAAAGTGAGATAAAACGAATTTTTAATTTTTTAAA 7 27 1 TATCATGTAATACAACGAATTTATACTGATCCTTT 1 58 0 GTAATCTTAATTTTATCAAATTTTAAAAAATAAAT 12 229 0 CATTCTACTTTAGAATAAAATATTATGTTATAGTA 14 45 0 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