AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236781
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP229	205	HISTIDINE KINASE SENSOR PROTEIN (barA)
#1	RP237	75	unknown
#2	RP246	54	unknown
#3	RP427	121	PETR PROTEIN (ompR)
#4	RP465	300	ALKALINE PHOSPHATASE SYNTHESIS SENSOR PROTEIN PHOR (phoR)
#5	RP614	227	NITROGEN REGULATION PROTEIN NTRY  (ntrY)

Motif 1
ATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCATAACT	0	67	0
ATACTTTATAATTACAACAATTCTTTTATTCGGAAA	0	104	1
AATAATTTGTATATTTATACTTAATTTTAAGTCTTA	1	23	0
ATTATTTCCTTTAAACACAAGAATTTAATCTT    	1	53	1
ATATTTAAGAATATTAAGACATTTTTACTTTAAATG	2	20	0
CTTAATATTCTTAAATATATAATTTT          	2	38	1
    TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAACTCAT	3	6	1
CAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGCTTTCG	3	57	0
AATGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATATAATA	4	20	1
TGCTTAAGCAAAATTAATATAATATTTAATCTATAT	4	53	0
AGCAATATAAAAAGGAATAGTAGTTTATAGCTTTTT	4	85	1
TCACTTACACTATCTTATACAAAATTCAGGATGTTA	4	140	1
ATTCAGGATGTTAATGACATTTAATTTTATAACATT	4	163	1
AGAAAAAAAGAAACAAACAATATTTTTATCGAGTTA	4	232	0
CGTTATTATTATTTGCATAGAAAATTTCTATAATTT	4	268	1
AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAA	5	10	1
ATACTAAATTAAAGCTAGAAATATTTCTAGCTTTAG	5	26	1
AGCTTTAGTGTTATATAGATTATATTGGTAATTTTC	5	54	1
AAATTATAGGACAACTATAGAAAATTACCAATATAA	5	73	0
TCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATT	5	129	1
          ATTGCTATAACAGTTTCTTATAACAG	5	211	0
          ***   ***  * ***
MAP Score: 22.9765

Motif 2
TTTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT        	1	2	0
CTTAATATTCTTAAATATATAATTTT       	2	38	1
ATGGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGAATT	0	71	1
TTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAAT	1	34	0
      TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAA	3	4	1
ATATAATATTTAATCTATATTATATAAAATATA	4	40	0
AAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAACCCG	3	66	1
CTATATTATATAAAATATATTATGAATTTCTTT	4	26	0
ATTACCAATATAATCTATATAACACTAAAGCTA	5	53	0
TTAATGACATTTAATTTTATAACATTCATTTGT	4	173	1
AACTTATAACTACAATCTATAATGTATCAAAGC	0	38	0
AAACTACTATTCCTTTTTATATTGCTTAAGCAA	4	78	0
TTTCTTGAATTATACTTTATAATTACAACAATT	0	93	1
TTTATAACATTCATTTGTATTAAGTTAGGTATG	4	188	1
ATCCAAAAAATGATATAAATAAAGCTCTTAGAA	5	128	0
ATTTCTAGCTTTAATTTAGTATTAAAATCTTTT	5	15	0
TTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT  	4	279	1
ATTAACATCCTGAATTTTGTATAAGATAGTGTA	4	145	0
AGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAGCAA	4	57	1
TTCCAATGAGTTTTTTCTGTTATAAGAAACTGT	5	195	1
CCACGAGATGTAAAATGAGTATAA         	3	107	1
TGCGCAGTTATGATATCAGTTAAGCTAAAAATG	0	166	1
          * ** * ******
MAP Score: 18.5223

Motif 3
GTTTTCCCATAACTTATAACTACAATCTATAATGTATCAA	0	41	0
TTGTAATTATAAAGTATAATTCAAGAAATTACATATATCA	0	81	0
          ATATTATAGATTTTAAGACTTAAAATTAAG	1	0	1
CTTAAAATTAAGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTAAA	1	28	1
AGACATTTTTACTTTAAATGAAATAAAAAT          	2	0	0
       AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACATTTT	2	31	0
ATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA        	3	2	0
ATCTTTTTAAATGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATA	4	11	1
TATATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAG	4	47	1
TTTTGCTTAAGCAATATAAAAAGGAATAGTAGTTTATAGC	4	76	1
GATCTCACTTACACTATCTTATACAAAATTCAGGATGTTA	4	136	1
ATGACATTTAATTTTATAACATTCATTTGTATTAAGTTAG	4	176	1
ATAATAACGAGAAAAAAAGAAACAAACAATATTTTTATCG	4	237	0
         AGAGTTAAATTATAGAAATTTTCTATGCAAA	4	279	0
         AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGC	5	1	1
TTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAAATATTTCTAGCTTTA	5	21	1
GAAAATTACCAATATAATCTATATAACACTAAAGCTAGAA	5	50	0
AGAAACAATGATCCAAAAAATGATATAAATAAAGCTCTTA	5	131	0
TTCTGTATGAATGATAAAGTAGGCATTATTCCAATGAGTT	5	167	1
          *   ****  *   ** * *
MAP Score: 11.7068

Motif 4
CTCGGCTTTGATACATTATAGATTGTAGTTATAAGTTATG	0	34	1
GTATAATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCATAAC	0	68	0
AAAGAATTGTTGTAATTATAAAGTATAATTCAAGAAATTA	0	90	0
TTATGATATCAGTTAAGCTAAAAATGAATACTAGGGCTCG	0	173	1
TAAAATTAAGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTAAACA	1	30	1
         AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACATT	2	33	0
TGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA         	3	1	0
TGGTTTGACCACGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAAT	3	46	1
TTAAATGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATATAATAT	4	17	1
CAAAATTAATATAATATTTAATCTATATTATATAAAATAT	4	41	0
AATTTTGCTTAAGCAATATAAAAAGGAATAGTAGTTTATA	4	74	1
CGAGTTAAAGAAGCATTTCATACCTAACTTAATACAAATG	4	199	0
TTATAGAAATTTTCTATGCAAATAATAATAACGAGAAAAA	4	261	0
    AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAA	5	6	1
AAAATTACCAATATAATCTATATAACACTAAAGCTAGAAA	5	49	0
          *   *** ** *    * **
MAP Score: 9.74501

Motif 5
ATGGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGAATTATACT	0	71	1
AAAAATGTCTTAATATTCTTAAATATATAATTTT    	2	30	1
      TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAACTCAT	3	4	1
ATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGCTTTCGTGGTCA	3	51	0
AAGAAATTCATAATATATTTTATATAATATAGATTAAA	4	27	1
ATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAGC	4	50	1
AAGTTAGGTATGAAATGCTTCTTTAACTCGATAAAAAT	4	209	1
GTTATATAGATTATATTGGTAATTTTCTATAGTTGTCC	5	63	1
AGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATTGTTTCT	5	133	1
          * ****   * ***   *
MAP Score: 2.31303

Motif 6
AACTACAATCTATAATGTATCAAAGCCGAGAATT	0	30	0
AGTTATGGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGA	0	67	1
GAATTGTTGTAATTATAAAGTATAATTCAAGAAA	0	93	0
ATTTTTAGCTTAACTGATATCATAACTGCGCATT	0	164	0
CAGTTAAGCTAAAAATGAATACTAGGGCTCGTA 	0	182	1
TTTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT         	1	1	0
TTTTAAGACTTAAAATTAAGTATAAATATACAAA	1	20	1
ATTTTTACTTTAAATGAAATAAAAAT        	2	2	0
        AAAATTATATATTTAAGAATATTAAG	2	38	0
GTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA      	3	4	0
ACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTT	3	66	0
ATATAAAATATATTATGAATTTCTTTAGCATTTA	4	18	0
ATATTTAATCTATATTATATAAAATATATTATGA	4	34	0
ATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAG	4	53	1
TAAGCAATATAAAAAGGAATAGTAGTTTATAGCT	4	83	1
GAGCGCTTTTAAAAAGCTATAAACTACTATTCCT	4	97	0
CTGAATTTTGTATAAGATAGTGTAAGTGAGATCA	4	135	0
TGAATGTTATAAAATTAAATGTCATTAACATCCT	4	167	0
AAATTATAGAAATTTTCTATGCAAATAATAATAA	4	270	0
AAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAAATA	5	15	1
ATTACCAATATAATCTATATAACACTAAAGCTAG	5	52	0
TTATATTGGTAATTTTCTATAGTTGTCCTATAAT	5	73	1
AAGCTCTTAGAAAACTTTAGGGGATGACATCAAA	5	106	0
AATGATCCAAAAAATGATATAAATAAAGCTCTTA	5	131	0
CTGTTATAAGAAACTGTTATAGCAAT        	5	211	1
          ****** ***   *
MAP Score: 1.89968

Motif 7
AACTGATATATGTAATTTCTTGAATTATACTTTATAATTACAAC	0	78	1
          TACGAGCCCTAGTATTCATTTTTAGCTTAACTGA	0	181	0
      ATATTATAGATTTTAAGACTTAAAATTAAGTATAAATA	1	4	1
AAAAATGTCTTAATATTCTTAAATATATAATTTT          	2	30	1
ACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGCTTTCGT	3	56	0
TTTTAAATGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATATAATATAG	4	15	1
ATATTTTATATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTA	4	41	1
TTATAAAATTAAATGTCATTAACATCCTGAATTTTGTATAAGAT	4	151	0
TTTAACTCGATAAAAATATTGTTTGTTTCTTTTTTTCTCGTTAT	4	230	1
TTTTTCTCGTTATTATTATTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTA	4	261	1
ACACTAAAGCTAGAAATATTTCTAGCTTTAATTTAGTATTAAAA	5	21	0
GCTTTAGTGTTATATAGATTATATTGGTAATTTTCTATAGTTGT	5	55	1
GTCATCCCCTAAAGTTTTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTT	5	112	1
GCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATTGTTTCTGTATGAATG	5	136	1
AATGATAAAGTAGGCATTATTCCAATGAGTTTTTTCTGTTATAA	5	176	1
          **   *   *   *   *  ****
MAP Score: 0.27065