AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_fusions002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236791 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP224 204 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC PRECURSOR (tolC) #1 RP226 92 unknown #2 RP227 194 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB1) #3 RP228 108 TAIL-SPECIFIC PROTEASE PRECURSOR (ctp) #4 RP229 205 HISTIDINE KINASE SENSOR PROTEIN (barA) #5 RP237 75 unknown #6 RP246 54 unknown #7 RP427 121 PETR PROTEIN (ompR) #8 RP465 300 ALKALINE PHOSPHATASE SYNTHESIS SENSOR PROTEIN PHOR (phoR) #9 RP614 227 NITROGEN REGULATION PROTEIN NTRY (ntrY) #10 RP615 90 RIBOSOMAL PROTEIN S21 (rpsU) Motif 1 AAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATTG 9 132 1 CTAGTATTCATTTTTAGCTTAACTGATATCATAA 4 173 0 GCTAGAAATATTTCTAGCTTTAGTGTTATATAGA 9 39 1 GCTAGAAATATTTCTAGCTTTAATTTAGTATTAA 9 23 0 GGAATAGTAGTTTATAGCTTTTTAAAAGCGCTCG 8 98 1 AAAAATATTGTTTGTTTCTTTTTTTCTCGTTATT 8 241 1 GCTTGACCACTTTGTTTCATGGTATAATCTGTAC 3 29 1 AAATTGGTTATTTATTTCATGAAATTGTTATACA 1 59 0 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAATG 6 3 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAAT 0 4 1 AAATTTTTTGAATAATTGATACGATGT 0 187 0 ATATATGTAATTTCTTGAATTATACTTTATAATT 4 83 1 TTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGCT 7 61 0 AGGATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAAC 2 91 1 CTACTATTCCTTTTTATATTGCTTAAGCAAAATT 8 74 0 GCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT 8 282 1 CTCGTTATTATTATTTGCATAGAAAATTTCTATA 8 266 1 GCTTTAAAGCTTAATTGCTTTTCTACGTTAAATA 2 129 1 AAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTTA 5 30 0 ATCATAGTTGTTTTTGGCTTTCGTGGTCAAACCA 7 46 0 TTAAGCAAAATTAATATAATATTTAATCTATATT 8 52 0 GTTAGTGCGATTAATTTAATCTTTCAATAAGATA 0 155 0 GACATTTAATTTTATAACATTCATTTGTATTAAG 8 178 1 *** ****** * MAP Score: 26.0273 Motif 2 GCTTTGATACATTATAGATTGTAGTTATAAGTTATG 4 38 1 AATTTCTTGAATTATACTTTATAATTACAACAATTC 4 91 1 ATTAAGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTAAACA 5 34 1 TATTATATAAAATATATTATGAATTTCTTTAGCATT 8 20 0 CATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 188 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAGT 2 4 1 TAAAGTAGGCATTATTCCAATGAGTTTTTTCTGTTA 9 181 1 GACATTTAATTTTATAACATTCATTTGTATTAAGTT 8 178 1 TTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA 7 1 0 GTTAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGGG 0 79 0 ATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAGCA 8 53 1 TTGCTTAAGCAATATAAAAAGGAATAGTAGTTTATA 8 78 1 ATATAAGTTAATTATAAGTTATAGTACAATAAACCA 10 37 1 TTTATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTTAAAGA 0 14 1 AAATTGGTTATTTATTTCATGAAATTGTTATACAAT 1 57 0 AGGATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAA 2 91 1 TGTTATATAGATTATATTGGTAATTTTCTATAGTTG 9 62 1 AAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCATTGCCC 0 46 1 TTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCAT 9 128 1 TAATATATTTTATATAATATAGATTAAATATTATAT 8 37 1 AATATTGTACATTATTGTAGCAATGTTAGCACGTAA 0 103 0 AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACATT 6 33 0 ATATTATAGATTTTAAGACTTAAAATTA 5 2 1 AAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAACCCGTG 7 65 1 AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAA 9 10 1 ****** * * ** MAP Score: 26.0199 Motif 3 AATTTATCTAATAATAAGAAATAAATTTT 0 0 0 ATTATTAGATAAATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAA 0 24 1 ATTGCCCTTGAGATTAATTTTTGTTATATTACGTGCTAA 0 75 1 TAACATTGCTACAATAATGTACAATATTTTATTGTGATA 0 111 1 ATTTAATCTTTCAATAAGATACATAATATCACAATAAAA 0 137 0 TAACATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 185 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAGT 2 1 1 AGTTATGGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGAATTAT 4 67 1 TTTATACTTAATTTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT 5 7 0 TAAATTCTTGTGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTAT 5 41 0 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAATGTCTTAATATTC 6 9 1 ATGTCTTAATATTCTTAAATATATAATTTT 6 34 1 GCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAACCCGTG 7 62 1 TTTAAATGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATATAAT 8 16 1 ATTAATATAATATTTAATCTATATTATATAAAATATATT 8 38 0 AACGAGAAAAAAAGAAACAAACAATATTTTTATCGAGTT 8 233 0 AGAGTTAAATTATAGAAATTTTCTATGCAAATAA 8 276 0 TTTCTAGCTTTAATTTAGTATTAAAATCTTTTTGGTT 9 8 0 AATCTATATAACACTAAAGCTAGAAATATTTCTAGCTTT 9 36 0 ACAACTATAGAAAATTACCAATATAATCTATATAACACT 9 60 0 GTTTTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCAT 9 125 1 AATTAACTTATATGTCAAGGTTAAAATATGAGTATCAAG 10 11 0 CCTTGACATATAAGTTAATTATAAGTTATAGTACAATAA 10 30 1 AAGTTATAGTACAATAAACCACAATATCTTTTTAGGAGA 10 52 1 * * * * * ** ** * MAP Score: 24.7858 Motif 4 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAATGTCT 6 0 1 GCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAACCCGTGG 7 62 1 AATGATCCAAAAAATGATATAAATAAAGCTCTTAGAAAAC 9 125 0 TAATTTTATAACATTCATTTGTATTAAGTTAGGTATGAAA 8 184 1 ATTGCCCTTGAGATTAATTTTTGTTATATTACGTGCTAAC 0 75 1 TAAATCTTTAAGCTTAATTTATCTAATAATAAGAAATAAA 0 14 0 GAAAATTACCAATATAATCTATATAACACTAAAGCTAGAA 9 50 0 AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACAT 6 34 0 ATTGTGGTTTATTGTACTATAACTTATAATTAACTTATAT 10 37 0 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAGTT 2 1 1 AAAAGCGCTCGATCTGATCTCACTTACACTATCTTATACA 8 121 1 TCAATGCGCAGTTATGATATCAGTTAAGCTAAAAATGAAT 4 162 1 AGTTATGGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGAATTATA 4 67 1 ATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAGCAATAT 8 53 1 TTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT 8 279 1 ATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA 7 2 0 AAAATTCAGGATGTTAATGACATTTAATTTTATAACATTC 8 160 1 ACAATATTTTATTGTGATATTATGTATCTTATTGAAAGAT 0 131 1 GTGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTT 5 31 0 TTGAAAGATTAAATTAATCGCACTAACATCGTATCAATTA 0 162 1 ATAACAGAAAAAACTCATTGGAATAATGCCTACTTTATCA 9 178 0 * * ** * * *** * MAP Score: 21.6512 Motif 5 TTTATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTTAAAG 0 14 1 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAA 6 0 1 ATTATACTTTATAATTACAACAATTCTTTTATTCG 4 101 1 TAATTTGTATATTTATACTTAATTTTAAGTCTTAA 5 22 0 TCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCAT 9 129 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAGT 2 5 1 CTTTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAA 2 146 1 CTTAATATTCTTAAATATATAATTTT 6 38 1 ATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCATAAC 4 68 0 GTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGCT 7 61 0 TGCTAAAGAAATTCATAATATATTTTATATAATAT 8 22 1 CTTAAGCAAAATTAATATAATATTTAATCTATATT 8 52 0 TAAAGAAGCATTTCATACCTAACTTAATACAAATG 8 199 0 TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAACTCA 7 6 1 ACTATAACTTATAATTAACTTATATGTCAAGGTTA 10 27 0 ACTATATTTTATAGTTATAAATCTTTAAGCTTAAT 0 36 0 ATATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAAA 2 169 0 ATTTCATGAAATAAATAACCAATTTAGGCATGAT 1 68 1 CTTTAAAGCAATTGTTAGTATTATTGTATTATATA 2 103 0 AGCTTTAGTGTTATATAGATTATATTGGTAATTTT 9 54 1 CCTAGTATTCATTTTTAGCTTAACTGATATCATAA 4 173 0 *** *** * * ** MAP Score: 18.7316 Motif 6 TAACAATTTCATGAAATAAATAACCAATTTAGGCATGA 1 63 1 ACTAAACTATTTAACGTAGAAAAGCAATTAAGCTTTAA 2 132 0 CAGTTTTCCCATAACTTATAACTACAATCTATAATGTA 4 45 0 CTAACATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 184 1 CAGTTATGATATCAGTTAAGCTAAAAATGAATACTAGG 4 170 1 GTTAGTGCGATTAATTTAATCTTTCAATAAGATACATA 0 151 0 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAATGTCTTAATAT 6 8 1 TGCGCGCAGCATTAGATTGTATAACAATTTCATGAAAT 1 42 1 TATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAG 8 49 1 ATCACAATTTAATACGTACACAATCAATGCGCAGTTAT 4 139 1 AGGATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAATT 2 91 1 ATTTCTAGCTTTAATTTAGTATTAAAATCTTTTTGGTT 9 10 0 TTCATTTGTATTAAGTTAGGTATGAAATGCTTCTTTAA 8 197 1 ATCATTGTTTAAGATATATGCCTGCAATAACG 1 4 0 ATTTTAAGACTTAAAATTAAGTATAAATATACAAATTA 5 19 1 GATCTTTTTAAATGCTAAAGAAATTCATAATATA 8 6 1 GAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAAC 7 58 1 AAACCACGGGATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAA 7 14 0 ATAAGTTAATTATAAGTTATAGTACAATAAACCACAAT 10 39 1 ** * ** * **** MAP Score: 18.318 Motif 7 TTAATGACATTTAATTTTATAACATTCATTTGTATT 8 173 1 TCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATT 9 129 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTT 0 9 1 ATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCATAACT 4 67 0 CTTAATATTCTTAAATATATAATTTT 6 38 1 TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAACTCAT 7 6 1 AAAAGAATTGTTGTAATTATAAAGTATAATTCAAGA 4 95 0 GCTTAAAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCAT 0 41 1 ATTGTGGTTTATTGTACTATAACTTATAATTAACTT 10 41 0 AATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCATC 2 93 0 GAAAGACTTGTTGCTACGATCAAGTTAACTAGGATG 2 31 0 TATTATATAAAATATATTATGAATTTCTTTAGCATT 8 20 0 TGCTTAAGCAAAATTAATATAATATTTAATCTATAT 8 53 0 AGCTTTAGTGTTATATAGATTATATTGGTAATTTTC 9 54 1 CGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTG 7 57 1 TAACATCCTGAATTTTGTATAAGATAGTGTAAGTGA 8 140 0 AACTTATAACTACAATCTATAATGTATCAAAGCCGA 4 35 0 TTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT 8 279 1 TATGTATCTTATTGAAAGATTAAATTAATCGCACTA 0 151 1 CTTTCCAAATTATTTTTGATCACGTTGTCAGGATGC 2 62 1 ATTGTTTCTGTATGAATGATAAAGTAGGCATTATTC 9 162 1 GAGATTAATTTTTGTTATATTACGTGCTAACATTGC 0 84 1 AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAA 9 10 1 ATTTCATGAAATTGTTATACAATCTAATGCTGCGCG 1 44 0 AAAATTAAGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTAA 5 31 1 ACATTGCTACAATAATGTACAATATTTTATTGTGAT 0 113 1 ** ** *** * ** MAP Score: 18.2908 Motif 8 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATTA 0 0 1 ATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCA 0 36 1 ATTGCCCTTGAGATTAATTTTTGTTATATTACGTGCTAAC 0 75 1 ATCTTTCAATAAGATACATAATATCACAATAAAATATTGT 0 131 0 AATTTTTTGAATAATTGATACGATGTTAGTGCGATTAATT 0 173 0 GCCTAAATTGGTTATTTATTTCATGAAATTGTTATACAAT 1 57 0 AACTAGGATGGAAATTACTTAAATAATACTG 2 1 0 AAGCTTTAAAGCAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAA 2 101 0 AGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 2 172 1 TATAATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCATAACT 4 67 0 TATAATTACAACAATTCTTTTATTCGGAAATCACAATTTA 4 110 1 TTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTTAAG 5 28 0 AAGATTAAATTCTTGTGTTTAAAGGAAATA 5 55 0 ATATTAAGACATTTTTACTTTAAATGAAATAAAAAT 6 6 0 AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACAT 6 34 0 CCACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTTTGGC 7 62 0 TATTATATAAAATATATTATGAATTTCTTTAGCATTTAAA 8 16 0 TATATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAG 8 47 1 GATGTTAATGACATTTAATTTTATAACATTCATTTGTATT 8 169 1 GAGTTAAAGAAGCATTTCATACCTAACTTAATACAAATGA 8 198 0 ACTCGATAAAAATATTGTTTGTTTCTTTTTTTCTCGTTAT 8 234 1 ATTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT 8 278 1 AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAAA 9 7 1 TAAAGCTAGAAATATTTCTAGCTTTAGTGTTATATAGATT 9 35 1 GTTTTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATT 9 125 1 CATTTTTTGGATCATTGTTTCTGTATGAATGATAAAGTAG 9 149 1 * *** ** * * * * MAP Score: 7.54904