AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236824
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP067	122	TOPOISOMERASE IV SUBUNIT A (parC)
#1	RP206	300	DNA GYRASE SUBUNIT A  (gyrA)
#2	RP227	194	DNA GYRASE SUBUNIT B  (gyrB1)
#3	RP580	114	DNA GYRASE SUBUNIT B  (gyrB2)

Motif 1
GCTATCTAGAAAAACATTCTATTTTTACTCAATCA	0	33	1
CAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTA	0	62	1
GAGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT       	0	104	1
TTTAAAAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAATG	1	28	0
CCTCTGAGAAATAATACATGATTATAAGTACAAGC	1	208	1
GCAATTCTTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATAA	1	241	1
AATTAAATGAATTACATTTAATTATAGAGACATAA	1	262	0
ACTAGGATGGAAATTACTTAAATAATACTG     	2	5	0
TTTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAAA	2	147	1
TTTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT	2	169	1
ATTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGT	3	26	1
TGCTAGAAACAATAAAAATGACTATAACGTAACTT	3	57	0
AGCAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTATATGTAT	3	88	1
          ** * * ** * ***
MAP Score: 16.3522

Motif 2
TTATCTTGTCAACGCTATCTAGAAAAACATTCTATTTTTACTCAA	0	20	1
TCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTATATACAGGAGTTA	0	65	1
GAGTATATACAGGAGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT     	0	92	1
         TAAATGTTAGAAGCATTCCATTATGTTGAAAATGAA	1	1	1
GTTGAAAATGAAATTTGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGCTAAA	1	34	1
GTAATTGCTAAAAACAGTTAATGTCATGATTATGTCAATTGTGTA	1	67	1
GGAAAGTGACAGTGGTAAGCAAGCTAAAATTAAATTCCTGCTTTT	1	147	1
AAGTACAAGCAATTCTTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATAATT	1	233	1
GCTTTAAAGCAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCAT	2	94	0
ATTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGTTACGTTATAG	3	26	1
          **   *    *       * *****
MAP Score: 9.4482

Motif 3
TACTCAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAA	0	58	1
AGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT      	0	105	1
TTTAAAAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAA	1	30	0
TATGCAAAAGCAGGAATTTAATTTTAGCTTGCT	1	164	0
CAATTCTTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATA	1	242	1
CCTTAAATTAAATGAATTACATTTAATTATAGA	1	269	0
GTAATTTCCATCCTAGTTAACTTGATCGTAGCA	2	23	1
TAACGTAGAAAAGCAATTAAGCTTTAAAGCAAT	2	126	0
TTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAA	2	148	1
TTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATA	2	170	1
GCTAATTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTA	3	22	1
TTACTATTTTAATAAGTTACGTTATAGTCATTT	3	44	1
TTCTAGCAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTAT	3	84	1
          **  ****** **
MAP Score: 6.78891

Motif 4
TACATAGAAAAATTTATTCATTTGATTGAGTAA	0	57	0
          AAGTTATTTAATTTTGTTATTAT	0	109	0
TGAAATTTGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGC	1	42	1
AATTAAATGTAATTCATTTAATTTAAGGCTAGT	1	274	1
       CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCC	2	3	1
CAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACG	2	97	0
TTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAA	2	148	1
TTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATA	2	170	1
CAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGTTACGTTA	3	35	1
          ** ** **** **
MAP Score: 1.39138

Motif 5
TTTACATAGAAAAATTTATTCATTTGATTGAGTA	0	58	0
   AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACTCCTG	0	101	0
TTAGAAGCATTCCATTATGTTGAAAATGAAATTT	1	16	1
ATGTTGAAAATGAAATTTGTTAATTTTTAAATTA	1	32	1
TGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGCTAAAAACA	1	49	1
AGTTAATGTCATGATTATGTCAATTGTGTAAAGA	1	82	1
CAATTGTGTAAAGATTTTGTTGTATATTTGTTTA	1	102	1
CTTATAATCATGTATTATTTCTCAGAGGTCGGTC	1	202	0
TTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATAATTAAAT	1	248	1
ATACTAGCCTTAAATTAAATGAATTACATTTAAT	1	275	0
         CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATC	2	1	1
TTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCATCCTG	2	90	0
ATATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAA	2	170	0
ATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGTTACGTT	3	33	1
          *  ******* * *
MAP Score: 0.903373