AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236834
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP064	249	DEOXYGUANOSINETRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE (dgtP)
#1	RP066	62	unknown
#2	RP067	122	TOPOISOMERASE IV SUBUNIT A (parC)
#3	RP206	300	DNA GYRASE SUBUNIT A  (gyrA)
#4	RP224	204	OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC PRECURSOR (tolC)
#5	RP226	92	unknown
#6	RP227	194	DNA GYRASE SUBUNIT B  (gyrB1)
#7	RP580	114	DNA GYRASE SUBUNIT B  (gyrB2)

Motif 1
CTTATAAATTATATAATATATCTTAATATTTTTCAAGAT	0	31	1
CAAGAATTTTAAAGATAAAAGTTGATTATCTAGCTTTAC	0	136	0
GTATAAAGCAACTTAAAATACAAGAATTTTAAAGATAAA	0	156	0
CATTTGATTGAGTAAAAATAGAATGTTTTTCTAGATAGC	2	33	0
TACTCAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTA	2	58	1
ATAATTTAAAAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAATG	3	28	0
CCGACCTCTGAGAAATAATACATGATTATAAGTACAAGC	3	204	1
TTAATTATAGAGACATAATAAATTTCTTTCAAGAATTGC	3	241	0
CTTAAATTAAATGAATTACATTTAATTATAGAGACATAA	3	262	0
TAATTTATCTAATAATAAGAAATAAATTTT         	4	1	0
AAAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCATTGCCCTT	4	45	1
TTAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGGGCAAT	4	75	0
TGCTACAATAATGTACAATATTTTATTGTGATATTATGT	4	117	1
TTGCTTTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAAA	6	143	1
TTAGTTTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT	6	165	1
GCTAATTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGT	7	22	1
TTGTTGCTAGAAACAATAAAAATGACTATAACGTAACTT	7	57	0
TTCTAGCAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTATATGTAT	7	84	1
          *   ** * * ** * * *
MAP Score: 24.8327

Motif 2
AAAATTACCTTGTAAAAATCTTATAAATTATATAATATA	0	12	1
AGATACAGTGTAAAGCTAGATAATCAACTTTTATCTTTA	0	127	1
ATTCAAGGAATGAAAGGATTAAATTAATG          	1	0	0
GTTGCACCACCATAATCTCATAATCAATTCAAGGAATGA	1	26	0
ACTCTTTACATAGAAAAATTTATTCATTTGATTGAGTAA	2	57	0
ATACAGGAGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT     	2	98	1
   TAAATGTTAGAAGCATTCCATTATGTTGAAAATGAA	3	7	1
ACACAATTGACATAATCATGACATTAACTGTTTTTAGCA	3	72	0
CTCATGTATGCAAAAGCAGGAATTTAATTTTAGCTTGCT	3	164	0
TGATTATAAGTACAAGCAATTCTTGAAAGAAATTTATTA	3	226	1
TACATTTAATTATAGAGACATAATAAATTTCTTTCAAGA	3	246	0
TTAATTTATCTAATAATAAGAAATAAATTTT        	4	2	0
CTTAAAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCATTGCC	4	42	1
CAATAAGATACATAATATCACAATAAAATATTGTACATT	4	126	0
AAATTAATCGCACTAACATCGTATCAATTATTCAAAAAA	4	172	1
CATTAGATTGTATAACAATTTCATGAAATAAATAACCAA	5	51	1
AAGCAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCAT	6	94	0
AGTTTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT  	6	167	1
AAAATGACTATAACGTAACTTATTAAAATAGTAAAGTTT	7	39	0
TTATTGTTTCTAGCAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTA	7	77	1
          ** **  *    ** ** *
MAP Score: 19.4156

Motif 3
TCTTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATAATTAAAT	3	246	1
TCATTCCTTGAATTGATTATGAGATTATGGTGGTGC	1	26	1
TTTAAAGCTTAATTGCTTTTCTACGTTAAATAGTTT	6	131	1
TAAAGATAAAAGTTGATTATCTAGCTTTACACTGTA	0	130	0
TAGTGCGATTAATTTAATCTTTCAATAAGATACATA	4	151	0
TACATAGAAAAATTTATTCATTTGATTGAGTAAAAA	2	54	0
     AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACTCCTG	2	101	0
ATCATGCCTAAATTGGTTATTTATTTCATGAAATTG	5	66	0
CAAAAGCAGGAATTTAATTTTAGCTTGCTTACCACT	3	157	0
AATGTACAATATTTTATTGTGATATTATGTATCTTA	4	126	1
AAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAATGGAATGC	3	22	0
AAATTAAATGAATTACATTTAATTATAGAGACATAA	3	262	0
TAATACTAACAATTGCTTTAAAGCTTAATTGCTTTT	6	115	1
CAAGTAATAAAGTTCAATATGTATATGTATT     	7	93	1
  ATATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAA	6	170	0
TTCTTTCAAGAATTGCTTGTACTTATAATCATGTAT	3	221	0
         TAATTTAGTGTTATCTTGTCAACGCTA	2	1	1
TTGTGTAAAGATTTTGTTGTATATTTGTTTATCTCA	3	105	1
TTGTATTTTAAGTTGCTTTATACTGTGATTAAGCTG	0	172	1
          **** *** * *   *
MAP Score: 17.8306

Motif 4
          AAATTTTTTGAATAATTGATACGATGT	4	187	0
GAGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT         	2	104	1
GGGCAATGATAACTATATTTTATAGTTATAAATCTTT	4	45	0
ATTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGTTA	7	26	1
AGCAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTATATGTATT 	7	88	1
TTTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT  	6	169	1
 ATCATGCCTAAATTGGTTATTTATTTCATGAAATTG	5	66	0
TTAAAGATAAAAGTTGATTATCTAGCTTTACACTGTA	0	130	0
CAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTATA	2	62	1
ACTAGCCTTAAATTAAATGAATTACATTTAATTATAG	3	270	0
AAATCTTATAAATTATATAATATATCTTAATATTTTT	0	27	1
ACATTGCTACAATAATGTACAATATTTTATTGTGATA	4	113	1
      TTAAAATTACCTTGTAAAAATCTTATAAATT	0	4	1
AAAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAATGGAATGC	3	22	0
CAATTGTGTAAAGATTTTGTTGTATATTTGTTTATCT	3	102	1
AGACATAATAAATTTCTTTCAAGAATTGCTTGTACTT	3	233	0
TTATTTCATGAAATTGTTATACAATCTAATGCTGCGC	5	45	0
CGCTATCTAGAAAAACATTCTATTTTTACTCAATCAA	2	32	1
TTAATCTTTCAATAAGATACATAATATCACAATAAAA	4	137	0
        AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATT	4	2	1
          ** **  ** * **  *
MAP Score: 16.7966

Motif 5
ATAAATTATATAATATATCTTAATATTTTTCAAGATGG	0	34	1
TTTTTAGCAATTACATAATTTAAAAATTAACAAATTTC	3	43	0
TGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAATTGCTT	6	95	1
GACTATAACGTAACTTATTAAAATAGTAAAGTTTCTTG	7	35	0
TAACATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT         	4	185	1
ATACTGTGATTAAGCTGCAATAAAAATTGGAGCTACAT	0	191	1
ATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTATATACAGGAG	2	69	1
TGATATTATGTATCTTATTGAAAGATTAAATTAATCGC	4	145	1
AATAGTAAAGTTTCTTGATTTAAAATTAGCGGGATAAT	7	14	0
ATCTTTAAGCTTAATTTATCTAATAATAAGAAATAAAT	4	13	0
GCGCGCAGCATTAGATTGTATAACAATTTCATGAAATA	5	43	1
CATGATTATGTCAATTGTGTAAAGATTTTGTTGTATAT	3	91	1
AATTTATTCATTTGATTGAGTAAAAATAGAATGTTTTT	2	42	0
GATGGTGTTGTTTTGTAGTTTAGAAATTGCCATATTCA	0	67	1
TAAATGTAATTCATTTAATTTAAGGCTAGTATA     	3	277	1
CTAAACTATTTAACGTAGAAAAGCAATTAAGCTTTAAA	6	131	0
TAATGTACAATATTTTATTGTGATATTATGTATCTTAT	4	125	1
TACGATCAAGTTAACTAGGATGGAAATTACTTAAATAA	6	15	0
          * *  **   *** * **
MAP Score: 13.6033

Motif 6
TTTTTACTCAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAA	2	54	1
AACGTAACTTATTAAAATAGTAAAGTTTCTTGATTTAA	7	29	0
ATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTTAAAGATTTAT	4	17	1
AGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGGGCAATG	4	74	0
GTTTTTAGCAATTACATAATTTAAAAATTAACAAATTT	3	44	0
CTAGCCTTAAATTAAATGAATTACATTTAATTATAGAG	3	268	0
AGGAGTTATAATAACAAAATTAAATAACTT        	2	102	1
TATTTAACGTAGAAAAGCAATTAAGCTTTAAAGCAATT	6	125	0
TAACAATTTCATGAAATAAATAACCAATTTAGGCATGA	5	63	1
TATAAATTATATAATATATCTTAATATTTTTCAAGATG	0	33	1
TATGTAATTGCTAAAAACAGTTAATGTCATGATTATGT	3	64	1
AATTCAAGGAATGAAAGGATTAAATTAATG        	1	2	0
TTTATATAATACAATAATACTAACAATTGCTTTAAAGC	6	101	1
          ** * *  * * **  **
MAP Score: 11.7052

Motif 7
TCTTAATATTTTTCAAGATGGTGTTGTTTT	0	51	1
CTAGATACAGTGTAAAGCTAGATAATCAAC	0	125	1
ATACAAGAATTTTAAAGATAAAAGTTGATT	0	148	0
TCCTTTGTTTTGTAAGGCATTGCCCATGTA	0	224	0
ATTCAAGGAATGAAAGGATTAAATTAATG 	1	9	0
TAGATAGCGTTGACAAGATAACACTAAATT	2	11	0
AATTTTTCTATGTAAAGAGTATATACAGGA	2	76	1
TTCAACATAATGGAATGCTTCTAACATTTA	3	10	0
AAACAGTTAATGTCATGATTATGTCAATTG	3	78	1
ATGTCAATTGTGTAAAGATTTTGTTGTATA	3	98	1
AATAAATTTCTTTCAAGAATTGCTTGTACT	3	234	0
ATTCATTTAATTTAAGGCTAGTATA     	3	285	1
ATGTATCTTATTGAAAGATTAAATTAATCG	4	152	1
     CGTTATTGCAGGCATATATCTTAAA	5	5	1
TGGTTATTTATTTCATGAAATTGTTATACA	5	59	0
TTGATCACGTTGTCAGGATGCGTGTTTATA	6	77	1
TAACAATTGCTTTAAAGCTTAATTGCTTTT	6	121	1
          **********
MAP Score: 7.69296