AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236872
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP179	24	DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (sucB)
#1	RP180	300	2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT (sucA)
#2	RP459	300	unknown
#3	RP460	146	DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE PRECURSOR  (pdhD)
#4	RP530	125	DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (pdhC)
#5	RP531	49	TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC)
#6	RP532	300	unknown
#7	RP805	249	DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE  (pdhD)
#8	RP806	300	unknown

Motif 1
        AATTTATTTTACTCCTAAAAACG	0	11	0
    TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTT	7	232	0
AATTAAATCTTTTATTTTAGTTATAATATAT	2	151	0
GTTTGTATTGTTTATTTTTTTGTGCAAATGT	1	273	0
TATAGCATTATTTAATTTATTGCAATAGACA	6	63	0
GAAACTGCATTTTATTTTTATTCAAAAAGCT	2	11	0
AGCTAAATGTTTTATATTTCTTAACTGCAAT	7	65	0
TAGATAATGATTTAAATTACTAAAATCACCC	1	44	0
AATTTTCTATTATATATTAATTATTTAATTA	8	205	0
TATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTTCT  	1	8	0
GTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAA	7	22	1
TAGAAAATTATATAATTTAATATCGCTTGAA	8	227	1
        TGTTTATAATATTGTAGTATTGT	3	2	1
GTATCTAATCTTTATAATAATCTTTTTTAAA	3	58	0
TACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAAAGG	7	111	1
TATTTTAAGGTATAAATTATTCCAAAAAAGG	7	206	0
TTTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTG	6	240	0
      TAGTTATAATATAATCACGTGTGTT	4	4	1
TCGAAATGTATATAATATATTACTTTCAACT	6	263	0
TTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAATATA	8	193	1
TCTCACTTGTTTTAATTAAATCTTTTATTTT	2	164	0
AATTACCATATATAAAATAATATGACGGAAA	8	35	0
ATTAATTGTCTTTTTTTTTTTTGCTGTTGTT	6	217	0
ATATACTAGTTTTATAAAACTACGTTTCATT	6	149	0
  TTTAAAGATATTATTTACTTGTAATTTTA	5	8	1
TTAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAA	8	126	1
ATAAATTAACTATTAATTAATAATATAATTA	8	138	0
    ATTCCTTTTTAATTTTTCGAAATGTAT	6	283	0
ACAACAAGACTTTATAAATTTAGTATAATCA	6	119	1
AGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAAGC	4	95	0
GAATATAACCTATAAATATTTCTCTTCTAGA	1	176	0
ATGGGTTTGCTATATTAATATGATGACGTTT	2	76	0
TTGCTGACACTTTAAAAATATTCTCAGTATC	2	47	0
          ********* *
MAP Score: 36.9674

Motif 2
         AATTTATTTTACTCCTAAAAA	0	13	0
ATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTTCT  	1	8	0
GGGGTGATTTTAGTAATTTAAATCATTATC	1	43	1
TCTAGAAGAGAAATATTTATAGGTTATATT	1	176	1
AGAAACTGCATTTTATTTTTATTCAAAAAG	2	13	0
AAATCTTTTATTTTAGTTATAATATATCTC	2	148	0
CTCTCACTTGTTTTAATTAAATCTTTTATT	2	166	0
TGAGAGAGTTATATATTTAATAGGCTAAAA	2	190	1
TACGGTGATCTTGTAATTTTAGCCTATTAA	2	206	0
ATAAATAAGCTATTACTTATTCCTGCTACT	2	243	0
AGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAAG	4	96	0
  TTTAAAGATATTATTTACTTGTAATTTT	5	8	1
TATTATTTACTTGTAATTTTAAATAAAATA	5	18	1
AGACATCCTGTAATAATTTTTACTGCCTAA	6	38	0
TATAGCATTATTTAATTTATTGCAATAGAC	6	64	0
AACAAGACTTTATAAATTTAGTATAATCAA	6	121	1
TAATTGTCTTTTTTTTTTTTGCTGTTGTTT	6	216	0
    ATTCCTTTTTAATTTTTCGAAATGTA	6	284	0
TATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAA	7	23	1
     TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTAT	7	234	0
TATTCTTTTTTAGTACTTAATTTCCGTCAT	8	15	1
ATTTCCGTCATATTATTTTATATATGGTAA	8	34	1
ATTTGAAGCATATTAATTTAGCTATAATTA	8	114	1
TTAATTAATAATATAATTATAGCTAAATTA	8	127	0
ATAATTATATTATTAATTAATAGTTAATTT	8	137	1
ATTAATTAATAGTTAATTTATATATCATTT	8	148	1
ATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAATA	8	192	1
TTCTATTATATATTAATTATTTAATTAAAA	8	202	0
TAGAAAATTATATAATTTAATATCGCTTGA	8	227	1
          **********
MAP Score: 6.16642