AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236882
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP620	300	2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE (aas)
#1	RP735	300	MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE (fabD)
#2	RP763	151	ACYL CARRIER PROTEIN (acpP)
#3	RP764	33	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE II (fabF)
#4	RP841	162	5-AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE (hemA)

Motif 1
ATAGTAGTAGTTGAAAGTAATTAACTTATAGC	1	185	1
AGCGTAACAATTGAAAAAAGTTTGTAAATTCT	1	250	1
CTATGAATATTTGAAATAAATATTCATAAGCA	2	66	0
TTAATATAAATTGATAATATTTGTTGGGTTTA	0	35	1
   TATTGGTTTGTTAGAAATTTTTATGTGAA	4	143	0
ATTTTCTCAGTTGTTACAAATATTCTGTAACT	1	113	1
CTTAGTTTAATTTATAGTAGTAGTTGAAAGTA	1	172	1
AAATTAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGT	1	223	1
AATCAAACTATTTTAAGAATTTACAAACTTTT	1	265	0
ATATTATCAATTTATATTAATATGTCAAATTT	0	23	0
CGACAACGGATTTTAACTATTTTACATTAAAA	4	26	0
TTATAGCTAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAA	1	210	1
CATTTTCTCTTTAAAAGAACTTCTAGCACAAA	2	36	0
TTTATGTGAATTGTAAAATGTACTGTGTCATA	4	121	0
         CTTTAAACTTTTTTAATTTTAAT	4	1	1
ATGTCATCTCTGTATAGTATTATCTACTTGGA	0	85	1
TGATAAAAGATTGAATATATTAACAAAGATCT	1	46	0
AAAATTGGCTTTTTAAATTATTGAATATC   	0	281	1
AATCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCAA	2	128	0
AAAACACTAATTATTAGTATTTAGTTGCGTTC	0	164	1
        CATTATTAAAAATAACTAAATCTT	1	2	1
TTAAAATAGTTTGATTTTAATAAACTCAA   	1	281	1
ATATTCAATCTTTTATCAAATAACTTTTTTAG	1	60	1
         TTTTAATTATCTTAGGGATTTAA	3	20	0
          ****** ** **
MAP Score: 18.9959

Motif 2
ACATTAAAATTAAAAAAGTTTAAAG        	4	2	0
ACAATTCACATAAAAATTTCTAACAAACCAATA	4	139	1
CGAACGCAACTAAATACTAATAATTAGTGTTTT	0	164	0
    CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATA	1	6	1
CTAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAAATACATA	1	216	1
ATATTTGAAATAAATATTCATAAGCATTTTCTC	2	59	0
ACTACTACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCA	1	163	0
CGGAATCTCGTTAAAAACACTAATTATTAGTAT	0	151	1
GACAGAACGATAAAATCCAATAAAATTGGCTTT	0	260	1
TCAATTTATATTAATATGTCAAATTTAGATAAA	0	16	0
AAAAAGTTTGTAAATTCTTAAAATAGTTTGATT	1	264	1
AATTTTAATGTAAAATAGTTAAAATCCGTTGTC	4	24	1
CAGATCTTTGTTAATATATTCAATCTTTTATCA	1	45	1
ATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATT	2	127	1
TAGTTTGATTTTAATAAACTCAA          	1	287	1
     GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAATTT	0	282	0
TTCATTGCTATGAATATTTGAAATAAATATTCA	2	72	0
          ******  * ***
MAP Score: 13.5095

Motif 3
TCAAATTTAGATAAATATTTA         	0	1	0
AATTGGCTTTTTAAATTATTGAATATC   	0	283	1
ATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATAGC	1	11	1
TGATAAAAGATTGAATATATTAACAAAGAT	1	48	0
CTTTTATCAAATAACTTTTTTAGCGAGAAA	1	69	1
TATGAAGTTACAGAATATTTGTAACAACTG	1	120	0
CTGTAACTTCATAACTATTTCCAGATTGAT	1	137	1
GTTACGCTATATGTATTTTTTAAAAGTATT	1	228	0
TAAGAATTTACAAACTTTTTTCAATTGTTA	1	254	0
TTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATTTA	1	274	0
TATGCTAGCAAAAAATAATTTTTTGTGCTA	2	15	1
GAAAATGCTTATGAATATTTATTTCAAATA	2	61	1
TTTCATTGCTATGAATATTTGAAATAAATA	2	76	0
AATCTAATAGTTGAATAATTGCTATTATAA	2	110	1
ATCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCA	2	129	0
       CTTTAAACTTTTTTAATTTTAAT	4	3	1
ACAACGGATTTTAACTATTTTACATTAAAA	4	26	0
TACAATTCACATAAAAATTTCTAACAAACC	4	138	1
          **********
MAP Score: 12.1411

Motif 4
TTTATCTAAATTTGACATATTAATATAAATTGATAATATTT	0	16	1
CCTATGTCATCTCTGTATAGTATTATCTACTTGGATCAGTT	0	82	1
CGGAATCTCGTTAAAAACACTAATTATTAGTATTTAGTTGC	0	151	1
CGCCGCGTATTTTTGAACTATGTTTTGAAATACCAAGACAG	0	224	1
CTTTGTTAATATATTCAATCTTTTATCAAATAACTTTTTTA	1	50	1
GTTACAAATATTCTGTAACTTCATAACTATTTCCAGATTGA	1	125	1
AGATTGATATTTTCTTAGTTTAATTTATAGTAGTAGTTGAA	1	159	1
TATTTTAAGAATTTACAAACTTTTTTCAATTGTTACGCTAT	1	248	0
GAGAAAATGCTTATGAATATTTATTTCAAATATTCATAGCA	2	59	1
   AAATCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCAATTATT	2	123	0
 CTTTAAACTTTTTTAATTTTAATGTAAAATAGTTAAAATC	4	9	1
TATTGGTTTGTTAGAAATTTTTATGTGAATTGTAAAATGTA	4	131	0
          **    *   * ** * ** *
MAP Score: 11.8465

Motif 5
          TAAATATTTATCTAAATTTGACATATTAATATAAA	0	0	1
ACGAGTCCTATGTCATCTCTGTATAGTATTATCTACTTGGATCAG	0	76	1
GTTTTACGTCTGTCATTCTGTAATTTATTCACGGAATCTCGTTAA	0	120	1
CGCAACTAAATACTAATAATTAGTGTTTTTAACGAGATTCCGTGA	0	148	0
CAACGCCGCGTATTTTTGAACTATGTTTTGAAATACCAAGACAGA	0	221	1
AACGATAAAATCCAATAAAATTGGCTTTTTAAATTATTGAATATC	0	265	1
AACAAAGATCTGAAAAGCTATATAAGATTTAGTTATTTTTAATAA	1	12	0
ATATTCAATCTTTTATCAAATAACTTTTTTAGCGAGAAACAGATC	1	60	1
TTCTGTAACTTCATAACTATTTCCAGATTGATATTTTCTTAGTTT	1	135	1
ATAAGTTAATTACTTTCAACTACTACTATAAATTAAACTAAGAAA	1	169	0
CTATATGTATTTTTTAAAAGTATTAATTTCCACTAGCTATAAGTT	1	207	0
AATTTTATGCTAGCAAAAAATAATTTTTTGTGCTAGAAGTTCTTT	2	10	1
AAATAAATATTCATAAGCATTTTCTCTTTAAAAGAACTTCTAGCA	2	40	0
AGATTTTATTTTCATTGCTATGAATATTTGAAATAAATATTCATA	2	70	0
ATTTTATATATTTTATAATAGCAATTATTCAACTATTAGATTTTA	2	107	0
        TTTTAATTATCTTAGGGATTTAATTTATGCAGA    	3	6	0
         CTTTAAACTTTTTTAATTTTAATGTAAAATAGTTAA	4	1	1
TACCAATATTTCTATTGGATTCTGTGATTAATATAGCGGGACGAC	4	54	0
          *   **    *     *** *  **
MAP Score: 11.1905

Motif 6
ATATTAATATAAATTGATAATATTTGTTGGGTTTA	0	32	1
ATGTCATCTCTGTATAGTATTATCTACTTGGATCA	0	85	1
TTAAAAACACTAATTATTAGTATTTAGTTGCGTTC	0	161	1
AACGCCGCGTATTTTTGAACTATGTTTTGAAATAC	0	222	1
GCTTTTCAGATCTTTGTTAATATATTCAATCTTTT	1	39	1
AACTATTTCCAGATTGATATTTTCTTAGTTTAATT	1	149	1
TAGCTAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAAATACAT	1	213	1
TGAGTTTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATTTA	1	274	0
AATAGTTGAATAATTGCTATTATAAAATATATAAA	2	115	1
TCCAATAGAAATATTGGTATTTTCTGTGTTCAAGC	4	80	1
          * ***  ** *** *
MAP Score: 1.94004