AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_fusions005_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236902
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP620	300	2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE (aas)
#1	RP735	300	MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE (fabD)
#2	RP761	300	RECA PROTEIN (recA)
#3	RP763	151	ACYL CARRIER PROTEIN (acpP)
#4	RP764	33	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE II (fabF)
#5	RP839	300	unknown
#6	RP840	157	HEAT SHOCK PROTEIN HTPG (htpG)
#7	RP841	162	5-AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE (hemA)

Motif 1
    GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAATTTTA	0	280	0
     CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATA	1	5	1
AGAATATTTGTAACAACTGAGAAAATCGACTTGT	1	105	0
TAAATTAAACTAAGAAAATATCAATCTGGAAATA	1	152	0
ATTAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGTAACA	1	225	1
ACATATAGCGTAACAATTGAAAAAAGTTTGTAAA	1	244	1
CAAACTATTTTAAGAATTTACAAACTTTTTTCAA	1	260	0
TAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAA	2	21	1
AAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGT	2	39	1
AAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTT	2	170	1
ATTGATAAGTTTATAATATAGAAATTT       	2	283	1
ATAATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGA	3	124	1
AGTTTAGATGCAATAATAATCAAAAATTAGTTTT	5	13	1
AAACTTTTTTTAAAAATGGAAAAACGCTTTATTT	5	50	1
ACTGCAGATACAACAAATAAAATAAAGCGTTTTT	5	69	0
TTTGATATGTTTAAAAATAACAAAAATGAAGAAT	5	102	1
TCTTTTCTTATTAGAAATAATAAAAATGTAATAA	5	263	1
AATAAAAATGTAATAAATTAAAAATAACT     	5	281	1
TGTTATTATGTAACAAATCTAAAAACAAGAATTT	6	118	1
AATCTAAAAACAAGAATTTATAAATTGGTTTAGT	6	133	1
CTATTTTACATTAAAATTAAAAAAGTTTAAAG  	7	8	0
ACAGTACATTTTACAATTCACATAAAAATTTCTA	7	127	1
          *** ** * * ***
MAP Score: 33.6428

Motif 2
TTATTAGAAATAATAAAAATGTAATAAATTAAAAATAA	5	270	1
TTAACTATTTTACATTAAAATTAAAAAAGTTTAAAG  	7	8	0
AAACTGCAGATACAACAAATAAAATAAAGCGTTTTTCC	5	67	0
ACTACTACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCAATCTG	1	158	0
        CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATAG	1	2	1
CAGTTTGATATGTTTAAAAATAACAAAAATGAAGAATG	5	99	1
AGCGTAACAATTGAAAAAAGTTTGTAAATTCTTAAAAT	1	250	1
AAAAGAATCCTTGCATAAAACTATTTAAGCTGATATAA	5	231	0
 AAATTTCTATATTATAAACTTATCAATTAAGATATAA	2	273	0
GAATAATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATT	3	122	1
TTTATATTAATATGTCAAATTTAGATAAATATTTA   	0	7	0
GCTATATGTATTTTTTAAAAGTATTAATTTCCACTAGC	1	215	0
AGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATA	2	156	1
TGTGTTATTATGTAACAAATCTAAAAACAAGAATTTAT	6	116	1
TATGAATATTTGAAATAAATATTCATAAGCATTTTCTC	3	59	0
TTTTCCATTTTTAAAAAAAGTTTGATAAAACTAATTTT	5	35	0
ATTTTACAATTCACATAAAAATTTCTAACAAACCAATA	7	134	1
AAAAAAGTTATTTGATAAAAGATTGAATATATTAACAA	1	52	0
ATTTCTTTACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATT	2	181	0
TTTATAGTAGTAGTTGAAAGTAATTAACTTATAGCTAG	1	182	1
ACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTA	2	36	1
CGATACCATATTATTTAAATAAAACTATCTTTTGCAAA	2	105	1
    TTGAGTTTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATT	1	276	0
GCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAAT	2	18	1
TGAGACGACAGAAGAAAAATGTAATAAAACTAT     	6	5	0
GATATAAGTTTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTAT	2	242	0
          *   * ***  **  ***
MAP Score: 26.7479

Motif 3
    GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAATTTTA	0	280	0
          CATTATTAAAAATAACTAAATCTT	1	0	1
TAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAAATACATATA	1	217	1
ACATATAGCGTAACAATTGAAAAAAGTTTGTAAA	1	244	1
AGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTA	2	40	1
CTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAAT	2	133	1
AATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACATAGT	2	177	1
ATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATTT	3	127	1
ATTAAATCCCTAAGATAATTAAAA          	4	19	1
TTAGATGCAATAATAATCAAAAATTAGTTTTATC	5	16	1
AAACTTTTTTTAAAAATGGAAAAACGCTTTATTT	5	50	1
TGATATGTTTAAAAATAACAAAAATGAAGAATGG	5	104	1
ATTCTTTTCTTATTAGAAATAATAAAAATGTAAT	5	261	1
AATAAAAATGTAATAAATTAAAAATAACT     	5	281	1
TGTTATTATGTAACAAATCTAAAAACAAGAATTT	6	118	1
AATTTTAATGTAAAATAGTTAAAATCCGTTGTCG	7	24	1
          *** * *  *****
MAP Score: 13.68