AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236980 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP122 98 HFLK PROTEIN (hflK) #1 RP123 143 HFLC PROTEIN (hflC) #2 RP124 30 PROBABLE PERIPLASMIC SERINE PROTEASE DO-LIKE PRECURSOR (htrA) #3 RP125 104 unknown #4 RP126 137 SUCCINATE DEHYDROGENASE CYTOCHROME B560 SUBUNIT (sdhC) #5 RP127 158 SUCCINATE DEHYDROGENASE HYDROPHOBIC MEMBRANE ANCHOR PROTEIN (sdhD) #6 RP128 133 SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT (sdhA) #7 RP129 119 PUTATIVE GLUTAMINE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN GLNP (glnP) #8 RP130 161 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 (rpsL) #9 RP131 33 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 (rpsG) #10 RP134 300 unknown (secE) #11 RP136 132 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11 (rplK) #12 RP138 87 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 (rplJ) #13 RP139 188 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 (rplL) #14 RP140 300 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE BETA CHAIN (rpoB) #15 RP141 156 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE BETA PRIME CHAIN (rpoC) #16 RP215 297 unknown #17 RP216 172 CYTOCHROME D UBIQUINOL OXIDASE SUBUNIT I (cydA) #18 RP217 93 CYTOCHROME D UBIQUINOL OXIDASE SUBUNIT II (cydB) #19 RP218 259 unknown #20 RP219 138 MITOCHONDRIAL PROTEASE (mpp) #21 RP263 300 unknown #22 RP275 173 GTP-BINDING PROTEIN LEPA (lepA) #23 RP345 112 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 (rpsD) #24 RP482 82 unknown #25 RP483 169 PUTRESCINE-ORNITHINE ANTIPORTER (potE) #26 RP485 65 NIFU PROTEIN (nifU) #27 RP486 77 NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1) #28 RP487 60 NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1) #29 RP488 151 unknown #30 RP489 300 unknown #31 RP501 215 TRNA PSEUDOURIDINE 55 SYNTHASE (truB) #32 RP503 21 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 (rpsO) #33 RP504 154 POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE (pnp) #34 RP552 213 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-2 (infB) #35 RP553 300 N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A (nusA) #36 RP554 300 unknown #37 RP628 211 RIBONUCLEASE PH (rph) #38 RP636 23 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 (rpsK) #39 RP637 57 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 (rpsM) #40 RP641 24 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30 (rpmD) #41 RP649 60 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14 (rplN) #42 RP655 24 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 (rpsS) #43 RP658 241 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 (rplD) #44 RP660 93 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 (rpsJ) #45 RP661 300 ELONGATION FACTOR TU (tuf) #46 RP814 300 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-1 (infA) #47 RP824 300 METHIONINE AMINOPEPTIDASE (map) #48 RP857 72 PSEUDOURIDYLATE SYNTHASE I (truA) #49 RP860 270 unknown Motif 1 ATTTATTATTAAAATTTATAAACTGCACTT 10 25 0 TGTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGCAC 46 135 0 TCAGGAAGCAAAAATATATAAAAAATTTGC 17 59 1 ATATGTCCGGAAAATATATAAAAAGCAAAT 17 83 0 TAATTACAAAAAAATATATACATTTCTTGT 23 72 0 ATGAGAAGAAAAAATATATAATAATTT 7 102 1 TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGTATA 27 10 1 ATAAATCAATAAAATTTATTGATTTATTAT 10 46 0 CTTTTATTTAAAAATTTATTACTCTAATTT 11 10 0 CCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTATAT 37 45 0 AATATTACTCAAAATATATTGTATTGGATG 18 43 1 TGAGAACAATAAAATATATTTAAAATGTGC 35 18 1 TTGTATTATGAAAATATATTTTTGTACTTG 47 259 1 GCAGCAGCTAAAAAATTATACTTCCTGTGT 7 58 0 GAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAGTA 29 42 0 CATTTTCAAAAAATTTTATAATTTACAGCA 35 212 1 ATAATAATTTAAATTTTATATAGAACCTAG 14 81 1 TATGATTTAGAAAAATTATA 47 0 0 AGAAATAGACAAAATATACAATTAAAACAG 47 101 1 ACAATACAACAAAATATACAGTCAATCACA 49 144 0 TTGATATAACAAAATTAATAATTTTGGTAT 30 38 1 TTTTAAAGCGAAAATTAATACGATTTTTGA 14 148 1 TAATATGATGAAAAATTATTATAAACTTGT 21 266 1 CTATAGTATTAAATTTTATTATTTTTATAT 4 108 1 AACTTGATCAAAATTATATAATAGAAATAG 30 184 1 GAAGTATTTAAAAAATTATTAGGCTCTTAG 35 109 1 TTAAAGGGTAAAAATATACTTCACCCTTGA 8 105 0 GACGCCACAGAAAAATTACATACAATAACA 17 31 0 CCATACAAACAAAAATTACA 46 290 1 CAAATTTTAAAAAATAAATACCTAAGCTAA 16 69 1 CTACGCCCCGAAAATTAATTATGTCTACAC 46 196 0 TCAAAAGTAAAAAATTAATTGA 6 121 1 AAACACGAATAAAATTAATTAATAGTAGTT 25 73 1 ATATTTAATTAAAAAATATTGCAT 23 4 0 AATTAAATATAAAAAATATTAGGTTAAAAA 23 24 1 ACACTAATATAAAAAATATT 37 0 0 TTAGGAGTACAAATTATATT 37 201 1 AAATTATATTGTATAGATTT 49 0 1 TTTTATAGTAAAAATTAACAAGATTTTTTA 13 55 1 TTTAGGATTTAAAATTAACAAAGCGTCATG 43 164 1 ATTCGTTCACAAATTTTACTTCTTTAAAAT 19 149 0 AACAATTTTTAAATTATACAACAAGACAAA 15 32 0 ACTTTTCCCTAAAAATTACTCCTACTCTAA 15 132 0 AATAATCTCCAAATTTTACTAGTAACTAGA 39 36 0 TTAGAAAATAAAAATAAATT 20 128 1 AAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGCCTT 16 220 1 TGAGGGCTACAAATTTAATAGATTTTCCC 36 9 0 CCTATTATTAAAAAATAATAGGTATTTGTA 44 25 1 AAATTTCTAAAAAATTTAAAAAAATAACTA 19 19 1 CTGCATCTAAAAAATTTAAAGAAATAGACA 47 82 1 CTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 0 79 1 AGTAACTAGAAAATAATATAAAAATCTTTG 39 16 0 CATGAGAGTTAAAATAAACAATTTACATTA 41 22 0 TTTAAAAAGGAAATTTAATT 0 0 0 CTTTTATAGGAAAAATAATTATAATTTAAG 8 20 1 TAGTTTTATAAAAATATAAAGTTAAATATT 36 177 1 TCAGATTATAAAAAATAACATATAAATCTA 45 84 0 TTGCAGTATAAAATATTACTCAAAATATAT 18 32 1 AAAATACCTAAAATAATACATTAATTAGAA 35 144 0 AACCTAAATCAAATAATACAACAGGACTTC 47 190 1 ATATTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACT 16 177 0 TAACAATTTTAAATTAAATTAAAGTT 3 88 1 TTACTGTTTAAAATATAATAATTTAAATTT 14 67 1 CAAGAAATACAAATATAATAATTTTCTGAA 4 40 1 ACTATTTTTAAAAAATTAAAAATTCGTTTT 5 38 0 CTTATTTGACAAATTTAACTATTACAAATA 49 76 0 TAATATCCATAAAAATAACTGTAATATGAT 17 122 0 AAATTTCTAAAAATTTAACTTTAGTTATTA 35 244 0 GATATAAATAAAATAATACTATATAATTAA 7 10 0 ATAATAGATGAAATAATACTTTTTAGCAAT 25 108 0 GAATAATACCAAATAAAATACAAATTACAG 16 15 1 TTAGTACGAAAAATAAAATAACGTAGCAAA 37 97 0 AGCATTATATAAATTATAAACAGCAGGGTG 36 245 1 GCTCTTGTTGAAATTAAACTGTGTCTATCA 31 170 1 ********** MAP Score: 61.2219 Motif 2 GGTACCTCAATTCTTAAATATTAATTTGTGTT 16 138 1 TAAAGCTATTTCTTTAAATATTTCTTTAAATC 25 137 1 AACATCTTGCTGTTTAAATATTAGGTTTAATG 44 70 1 AAAAATTTGCTTTTTATATATTTTCCGGACAT 17 79 1 AAAAGCAAATTTTTTATATATTTTTGCTTCCT 17 61 0 CTAAAGCATGTCATTATATAATATTAAAGGAT 30 106 0 AGTTAAATATTGCTTATATAATCTAATTAGTG 36 196 1 ATGTGATGTTTATATAATAAAAAAGGTG 36 282 0 AAATTATTATATATTTTTTCTTCTC 7 104 0 AACTGTAATATGATTTAATAATTATATGTCCG 17 104 0 TTCTAATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTG 29 69 1 CGTATACCGATTCTTTAATATTATTAGGAGTA 37 178 1 TATCGTAAGTTTATTTAATAATAATCTCTTAG 43 120 1 TCTATATAAATCATTTAATATTGCATGACGCT 43 185 0 ATACCTATTATTTTTTAATAATAGGTATTTGT 44 18 0 TAAATTTTATTATTTTTATATTGAATAGTT 4 117 1 TAGCCCTCATTCTTTTTATAATCATGTACAAC 36 30 1 ATATTCCTTATTATTTTATAATATCATACTAA 1 118 0 AGTAGTTATTTTTTTAAATTTTTTAGAAATTT 19 19 0 TAGTGCAAAATAATTAAATTATCGTAAGTTTA 43 101 1 GCAATAACAATTTTTAAATTATACAACAAGAC 15 35 0 TTTGTCTATTTCTTTAAATTTTTTAGATGCAG 47 82 0 ACCTAAATTATCATTATATTATACGAATCTCC 21 79 1 TCTCTTTTAATTGTTATATTATATCATTTCAT 26 37 0 GTGGAATAAATTTTTATATTTTTA 27 2 0 TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTA 0 81 0 AAAATTTAAATTATTATATTTTAAACAGTAAA 14 66 0 TCATCAAAGATTTTTATATTATTTTCTAGTTA 39 12 1 TTTTTATATTTAATTAAAAAATATTGCAT 23 7 0 TTTTCACTTTTATTTAAAAATTTATTACTCTA 11 14 0 AGTTTCAATTTTATTAAAAAATGTGTTAAAAA 12 49 1 GATTATTCTTTTTTTAAAAAATCTCATAATTT 13 91 1 AAACATACTATTTTTAAAAAATTAAAAATTCG 5 42 0 ACTGAAGAAGTATTTAAAAAATTATTAGGCTC 35 103 1 TTAGGTAATTTACTTATAAAATTCTACTGCTA 10 270 0 ATTTATTATAAATTATAAGTAATT 14 2 1 CTTGCTTCTTACATTAAATAATGCTACAAAAT 16 247 1 TAAACCCATCATGTTAAATAATTATTACAAAT 47 150 1 AAGGATATACTCGTTTAATTTTAAAATTGGCT 31 73 1 AACTTGATCAAAATTATATAATAGAAATAGAA 30 184 1 TGCTGTTTATAATTTATATAATGCTTATCCGT 36 238 0 AATTTATTTTTATTTTCTAAATAATC 20 122 0 TATTTGTGTTTGATTTTATTATGCTTTAGTTA 21 113 0 ATTTGCTACGTTATTTTATTTTTCGTACTAAA 37 96 1 TTGTAAACTTTAATTTAAAAAT 28 48 1 AACTTTAATTTAATTTAAAATTGTTACTGCTT 3 82 0 TAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATT 16 61 0 ATCCTTATTTTCCTTTTAAATTAATAAACTCT 11 102 0 ATTTTTCAATAGATTTAATATTTTGAGGTATA 16 204 0 GCAGTTTATAAATTTTAATAATAAATCAATAA 10 29 1 CTCCTATCATATTTTTAATAATAAATCAATAA 10 64 0 TTTATATGTTATTTTTTATAATCTGAAAAATG 45 88 1 ATATTTTATATTGCAATTGCAA 19 247 0 CATTTTCAAAAAATTTTATAATTTACAGCAAA 35 212 1 TTAACCTAATATTTTTTATATTTAATTAAAAA 23 19 0 AATATTTTTTATATTAGTGTTCTTT 37 3 1 AATTGTTAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAA 16 170 1 AAATTTTACTTCTTTAAAATATCATTCTCAAC 19 137 0 ATAGGAAAAATAATTATAATTTAAGTTTACTG 8 25 1 AATTTACAAGTTCTTATAATTTGTATTTAGAT 8 58 1 AATTAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTA 29 45 0 ATAATAACTAAAGTTAAATTTTTAGAAATTTT 35 243 1 GCAATATTTAACTTTATATTTTTATAAAACTA 36 177 0 TCCTAAGATTAGTTTATAAATTACTTTGTAAT 34 71 0 AAGTATCAATTGATTTTAATTTAATTAGAAAT 35 56 1 GAATTTTACAACTTTTAAAAATAAGGACTAAT 21 163 0 ATGGTATTACAACTTAAAATATGTTTAGAGAA 5 131 1 TTCTTCAAAAATCTTATAATTTGTACTAAAAA 35 171 0 GTAGCGCAAGAGTTTTTAATTTCCTTGCAATT 19 223 1 * ********* MAP Score: 57.37 Motif 3 TATAAAAAGCAAATTTTTTATATATTTTTGCTT 17 64 0 TGAGGGCTACAAATTTAATAGATTTTCCC 36 6 0 CGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTATATATAT 37 41 0 CTATTTCTTTAAATTTTTTAGATGCAGTAGATA 47 76 0 GAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAGTAAAA 29 39 0 AGGCTCTTAGAAATTTTCTAATTAATGTATTAT 35 129 1 CATTTTCAAAAAATTTTATAATTTACAGCAAAT 35 212 1 TTTAAATAAGAATTTTTTTAGATTGCAATGGTA 46 50 1 TATAATTTTTCTAAATCATAGTCATA 47 3 1 CAAAATTATTAATTTTGTTATATCAAAGTACTG 30 31 0 TATAGTATTAAATTTTATTATTTTTATATTGAA 4 109 1 ACTTTATTCCAATTTTGATATTTTAGTGTATAA 21 236 1 CGGTGGAATAAATTTTTATATTTTTA 27 3 0 TTATAGCACAAATTTTGTTATTTAAGCATTTGT 12 13 1 TTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTAAGATTAC 16 53 0 TTATTTTTTTAAATTTTTTAGAAATTTTCACAG 19 13 0 ATAAATCAATAAATTTTATTGATTTATTATTAA 10 49 1 ATATAAAAGGAAATTTTTTTGATATAATATTCA 30 73 0 TTAGTTTCAGAAAATTATTATATTTGTATTTCT 4 42 0 TGTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGCACAAT 46 132 0 ATAGTATACTAAAATTACTAAATCTATACAATA 49 16 0 TATCAGTTTCAATTTTATTAAAAAATGTGTTAA 12 45 1 TTAAATTTCATACTATGACTTACTT 3 2 1 AATTTTTAGAAATTTTTATAGAACCTAAAAACT 35 259 1 TTTTTTTGCTAAATTTATTTGTTACCACTATCT 45 229 0 AATTCTTAGTAATTTTACTTTATGAAGTTAAAT 21 190 1 AATTAAATTTCCTTTTTAAAGCTCTTT 0 4 1 AAAATTACTAATTTATTGCTACA 49 257 0 TTGGAAAATTCTTATTTACAGAATTTT 20 4 1 TTTCTTTATCAAAATTTGTAATTTTCCTTCACA 22 64 0 GTGTCCATTTAATATTTTTAGATACTGAGATCA 24 37 1 ATAATCTCCAAATTTTACTAGTAACTAGAAAAT 39 32 0 TTCGTTCACAAATTTTACTTCTTTAAAATATCA 19 145 0 GCAGTTTATAAATTTTAATAATAAATCAATAAA 10 29 1 AATGGCATGTAATATTATTAATTTCTAAACTTT 30 146 1 AAGAGCCTAATAATTTTTTAAATACTTCTTCAG 35 104 0 TCAATTAATTTTTTACTTTTGATACGGT 6 115 0 ATCAAAATTTGATTTAAAGAAATATTT 25 152 0 ATGCTAGTGCTATTTTTCTATTTCTATTATATA 30 198 0 TATGAAAATATATTTTTGTACTTGAGGTAAAAG 47 265 1 AATATGATGAAAAATTATTATAAACTTGTAAAA 21 267 1 TAAACTTGTAAAAATTTCTAAAA 21 287 1 ACATTCTTACAAAATTTCTTTATCAAAATTTGT 22 78 0 AAACACGAATAAAATTAATTAATAGTAGTTTAA 25 73 1 ACTAAAACTTAAAATTGTTTTATGTCTACAATA 29 116 0 ATTACTTTGTAATATTATTACAATGGCTATTTT 34 51 0 ATGCAATATTTTTTAATTAAATATAAA 23 4 1 AGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAAAATATACC 16 177 1 TAAATCACTAAATATTTATAGTATTTATGTAAT 43 68 0 TTAATATTCCTTATTATTTTATAAT 1 128 0 ****** ** ** MAP Score: 49.4007 Motif 4 AACTATTCAATATAAAAATAATAAAATTTAAT 4 115 0 TTTTTAATTTTTTAAAAATAGTATGTTTATAT 5 46 1 GATCTCAGTATCTAAAAATATTAAATGGACAC 24 37 0 ATGAGATCCATGTAAAAATACAAATTTGAGTA 49 200 0 AAATTTTTTTTGTAAAAATATACCTCAAAATA 16 186 1 TATGTAGTTTTATAAAAATATAAAGTTAAATA 36 173 1 CGTAAGTTTATTTAATAATAATCTCTTAGATG 43 123 1 AAATAGCCATTGTAATAATATTACAAAGTAAT 34 52 1 GTTTATAAATTTTAATAATAAATCAATAAATT 10 32 1 CTATCATATTTTTAATAATAAATCAATAAAAT 10 61 0 TGTTGTATAATTTAAAAATTGTTATTGCAAGC 15 39 1 AATTTGTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGC 46 137 0 TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGTA 27 6 1 TATAAAAATTTCTAAAAATTTAACTTTAGTTA 35 247 0 TTCACTTTTATTTAAAAATTTATTACTCTAAT 11 12 0 ATACCTATTATTAAAAAATAATAGGTATTTGT 44 22 1 TTATATTTAATTAAAAAATATTGCAT 23 4 0 TTATCAAATTTTAAAAAATAAATACCTAAGCT 16 65 1 TTTCCCTAGATATAATAATTGTGATTGACTGT 49 125 1 TGTAATATGATTTAATAATTATATGTCCGGAA 17 101 0 TTTACAAGTTTATAATAATTTTTCATCATATT 21 267 0 TAGATATATTTGTAATAATTATTTAACATGAT 47 157 0 GAAATACAAATATAATAATTTTCTGAAACTAA 4 43 1 CTGTTTAAAATATAATAATTTAAATTTTATAT 14 70 1 TAATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTGACT 29 72 1 GTGATATAAATAAAATAATACTATATAATTAA 7 10 0 TTATAATAGATGAAATAATACTTTTTAGCAAT 25 108 0 CACTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 0 77 1 AAAACCTAAATCAAATAATACAACAGGACTTC 47 188 1 AAAAAATACCTAAAATAATACATTAATTAGAA 35 144 0 GAAGAAGTATTTAAAAAATTATTAGGCTCTTA 35 106 1 CATTGCAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGC 46 48 0 TGATTCATTTTCAAAAAATTTTATAATTTACA 35 207 1 TTATTTAGAAAATAAAAATAAATT 20 124 1 GCTTATCCGTAATAAAAATACACTAATTAGAT 36 216 0 AAGTTTAGAAATTAATAATATTACATGCCATT 30 146 0 GAGCTTTTATAGTAAAAATTAACAAGATTTTT 13 51 1 TTAATTAAATATAAAAAATATTAGGTTAAAAA 23 22 1 GAACACTAATATAAAAAATATT 37 0 0 GATTATGAGAAGAAAAAATATATAATAATTT 7 98 1 ATATAACAAAATTAATAATTTTGGTATGTTTT 30 41 1 AGTGATTTTCATTAATAATTAAAGAGCTTTTA 13 28 1 AAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGCCTTGC 16 220 1 TATACCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTAT 37 47 0 CTTTTATAGGAAAAATAATTATAATTTAAGTT 8 20 1 * ******** * MAP Score: 45.9521 Motif 5 GTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTAAGAT 16 56 0 GTAGTTATTTTTTTAAATTTTTTAGAAATTTTCA 19 16 0 ATAAAACAATTTTAAGTTTTAGTATGGTTGGTAT 29 126 1 TTTGTATCAGTTTCAATTTTATTAAAAAATGTGT 12 41 1 TGCTACGTTATTTTATTTTTCGTACTAAATATGT 37 99 1 TCAATTAATTTTTTACTTTTGATACGGTATATCT 6 109 0 ATAAAACGAATTTTTAATTTTTTAAAAATAGTAT 5 36 1 AATATTTAACTTTATATTTTTATAAAACTACATA 36 173 0 ATAATAGGTATTTGTATTTTAATATCTGAAAAAC 44 39 1 TTATATATCCTTTAATATTATATAATGACATGCT 30 100 1 AATCAGGTATTTTAACATTAATTAAATTCCTCTG 13 129 0 ATGCAATATTTTTTAATTAAATATAAAAAATAT 23 9 1 TATCAATTGATTTTAATTTAATTAGAAATGCTAA 35 59 1 TTTCTAAAAATTTAACTTTAGTTATTATTTGCTG 35 237 0 GTTTTCCACCTTTTTTATTATATAAACATCACAT 36 276 1 ATTTTTAATTAATTAGGTATTGGT 42 1 1 CAAATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTTTCCCT 49 98 1 GTTCTTATAATTTGTATTTAGATATGATTTAAAG 8 67 1 TCACTTTTATTTAAAAATTTATTACTCTAATTT 11 9 0 GAATTATATATTAAAGATTTTCTACATTTAAGTC 31 39 1 TATTAGGCTCTTAGAAATTTTCTAATTAATGTAT 35 125 1 TACTACAAATTATGAGATTTTTTAAAAAAAGAAT 13 95 0 TATAGCACTGTTATATATTTAATAGTGTCCAATG 45 121 1 TCAATAAAATTTATTGATTTATTATTAAAATTTA 10 37 0 TCAATAAATTTTATTGATTTATTATTAAAAATAT 10 54 1 ATACCAAAATTATTAATTTTGTTATATCAAAGTA 30 34 0 CTATTTATCTCATTTCATAATTTATATTC 33 135 0 CAAAGATTTTTATATTATTTTCTAGTTACTAGTA 39 16 1 GATAGATTTATATGTTATTTTTTATAATCTGAAA 45 82 1 CTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATTATTCCAGC 16 11 0 GTATTAAATTTTATTATTTTTATATTGAATAGTT 4 113 1 AAGAAATGTATATATTTTTTTGTAATTAAAAAGT 23 74 1 TTTTTATTTCTTATAGATTACCTA 28 0 0 AATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTGACTAAA 29 73 1 CTAATTAATGTATTATTTTAGGTATTTTTTAGTA 35 146 1 ACCCTGCTGTTTATAATTTATATAATGCTTATCC 36 240 0 ATATAATAATTTAAATTTTATATAGAACCTAGGT 14 79 1 AATTATATAGTATTATTTTATTTATATCACTGAG 7 12 1 AAACAAATCATTTAACATTTATAACAT 27 60 1 ATTATAAAGCTATTTCTTTAAATATTTCTTTAAA 25 133 1 AATTTATTTTTATTTTCTAAATAATCATTT 20 118 0 AGATTTAGGATTTAAAATTAACAAAGCGTCATGC 43 161 1 CTTATTTTCCTTTTAAATTAATAAACTCTTACAT 11 97 0 TTCTTAGTAATTTTACTTTATGAAGTTAAATCAA 21 192 1 CAATATAAAGTTTTTGTTTAGAAAACACGAATAA 25 51 1 AACTTCTATATAAATCATTTAATATTGCATGACG 43 187 0 TAGCTTTAAATAAGAATTTTTTTAGATTGCAATG 46 46 1 ATTTTAAGATTAAGTGATTATATATATAATAGTA 0 59 0 GCTACACTCCTATCATATTTTTAATAATAAATCA 10 68 0 AAATTTAAATTATTATATTTTAAACAGTAAAGCT 14 63 0 AAGAGCCTAATAATTTTTTAAATACTTCTTCAGT 35 103 0 GCAAAATCTATAAATTTTTACATAAACAAATTGA 46 137 1 GCATGTAATATTATTAATTTCTAAACTTTGACCA 30 150 1 TATAATTTTTCTAAATCATAGTCA 47 0 1 CAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGATTTAAT 16 217 0 TTAATATTCCTTATTATTTTATAATATCATACTA 1 119 0 ATGCGATACCTATTTTATTACAAATTCTTTAAAA 21 17 1 TGATTTATTATTAAAATTTATAAACTGCACTTCT 10 23 0 CAAATACCTATTATTTTTTAATAATAGGTATTTG 44 19 0 TATTTTGAGGTATATTTTTACAAAAAAAATTTTA 16 184 0 TTAACACAAATTAATATTTAAGAATTGAGGTACC 16 138 0 CTGTAAATTATAAAATTTTTTGAAAATGAATCAC 35 206 0 GTAAAATTACTAAGAATTTTACAACTTTTAAAAA 21 174 0 TGGCTTGCAATAACAATTTTTAAATTATACAACA 15 39 0 ATTCTGTAAATAAGAATTTTCCAA 20 0 0 ATAATGCTATTAATTGTTTTTCAATATTCCAGAA 6 29 0 *** * **** ** MAP Score: 43.9337 Motif 6 ATTAAAGAGCTTTTATAGTAAAAATTAACAAGATTT 13 45 1 TGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAA 16 166 1 CTTACAAAATTTCTTTATCAAAATTTGTAATTTTCC 22 70 0 CAGGAAGCAAAAATATATAAAAAATTTGCTTTTTAT 17 60 1 AACTTAAAATATGTTTAGAGAAAATTA 5 141 1 TTAGGCAATATTTTAAAGCGAAAATTAATACGATTT 14 138 1 TATTCGTGTTTTCTAAACAAAAACTTTATATTGAAT 25 48 0 AGTATTTAATTATTAAAGCAAAAATTAGAAGTAAAT 29 63 0 TTTAAATATTTCTTTAAATCAAATTTTGAT 25 149 1 ATTTTTAAATTAAAGTTTACAACATCA 28 43 0 TTTGTATTATACAGCAATTTGCTTGCAGTA 18 4 1 TTTTTATAGCACAAATTTTGTTATTTA 12 1 1 CAAGTATATTTGTAATAGTTAAATTTGTCAAATAAG 49 70 1 AGATAACAATTAAAATACTCAAATTTGTATTTTTAC 49 185 1 ATGCGATACCTATTTTATTACAAATTCTTTAAAAAA 21 17 1 ATTTTAGGTATTTTTTAGTACAAATTATAAGATTTT 35 160 1 ATTAAAGGATATATAAAAGGAAATTTTTTTGATATA 30 80 0 AGCAAATAATAACTAAAGTTAAATTTTTAGAAATTT 35 238 1 AATTTATTGATTTATTATTAAAATTTATAAACTGCA 10 28 0 TAACAATTTTAAATTAAATTAAAGTT 3 88 1 TAAGTATTATACTTATACCGCAACTTAAATTAGTGT 33 12 1 TATTCAATATAAAAATAATAAAATTTAATACTATAG 4 108 0 TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGT 27 1 1 TACAATTTTTAGGTTTAATACAAGTTATTAGTGCAT 45 262 0 ATTAATTAAGAACTTTATTCCAATTTTGATATTTTA 21 225 1 CTAAGAGATTATTATTAAATAAACTTACGATAATTT 43 116 0 TTTTTCCCTGTTCTAAATTTCAATTTTGTATTATGG 22 12 1 ATCACATGGATAATAAAATACAAGTTATATCACAAT 22 143 1 ATACTATTTTTAAAAAATTAAAAATTCGTTTTATCT 5 34 0 CTTAAAGAGCTTTAAAAAGGAAATTTAATT 0 4 0 GAATATATGATATAAAATGCAAAATTGATAGACACA 31 189 0 TTGATTTAACTTCATAAAGTAAAATTACTAAGAATT 21 190 0 GAATAATACCAAATAAAATACAAATTACAGTTAATA 16 15 1 TACCAACCATACTAAAACTTAAAATTGTTTTATGTC 29 123 0 ATGTAGTTTTATAAAAATATAAAGTTAAATATTGCT 36 174 1 TGTTTAAAATATAATAATTTAAATTTTATATAGAAC 14 71 1 TAATAAACTAACAATTAACACAAATTAATATTTAAG 16 150 0 TAGTTTTCACTTTTATTTAAAAATTTATTACTCTAA 11 13 0 ATTAGTGCATTTTTTTTGCTAAATTTATTTGTTACC 45 236 0 AGACAAGTAGTTATTTTTTTAAATTTTTTAGAAATT 19 20 0 AAATAGTGATTCATTTTCAAAAAATTTTATAATTTA 35 201 1 AAAGTAATCTTAATTTTATCAAATTTTAAAAAATAA 16 50 1 TTAACTGAAGAAGTATTTAAAAAATTATTAGGCTCT 35 100 1 ACAAATCAATTTGTTTATGTAAAAATTTATAGATTT 46 140 0 ATGCAATATTTTTTAATTAAATATAAAAAATATT 23 8 1 TCCAACTTCATTTAGATAAAAATAATGATATTA 25 7 1 TTTTTAACACATTTTTTAATAAAATTGAAACTGATA 12 45 0 TATATAATAGTATATAACGTCAAGTTACCAGCTTAA 0 35 0 ATATATTTTTTTGTAATTAAAAAGTTAAGGATATTA 23 83 1 GGTATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACGTTA 37 73 1 TTCTATTATATAATTTTGATCAAGTTTGGTCAAAGT 30 174 0 TAACTGCCAGAAATAATGAAAAAGTTTTACTACAAT 47 36 1 ATATGATGAAAAATTATTATAAACTTGTAAAAATTT 21 268 1 ATGTAATATTATTAATTTCTAAACTTTGACCAAACT 30 152 1 AAAATAATACATTAATTAGAAAATTTCTAAGAGCCT 35 129 0 AGAAGCATTTTGTATTATGAAAATATATTTTTGTAC 47 250 1 TTCCACCTTTTTTATTATATAAACATCACAT 36 279 1 TTATATGACTATGATTTAGAAAAATTATA 47 3 0 TGATCTCATTATATATATTGCAATATGAGATTAAGT 33 68 1 TTTTTTGTAAAAATATACCTCAAAATATTAAATCTA 16 191 1 ATATTTAGTGATTTATAGTGCAAAATAATTAAATTA 43 86 1 AAGATATATATAGATATAATAAATTTTTTTTCAACG 37 38 1 ACACAGTACTTTGATATAACAAAATTAATAATTTTG 30 28 1 AAATAATCTCCAAATTTTACTAGTAA 39 41 0 AGTTTACAACATCAAATCAGAAATTTTTATTTCTTA 28 21 0 TTTGTCTTGTTGTATAATTTAAAAATTGTTATTGCA 15 32 1 TAAAATTACTAAGAATTTTACAACTTTTAAAAATAA 21 171 0 TAAACCTAATATTTAAACAGCAAGATGTTTTTCAGA 44 63 0 GATATACCGTATCAAAAGTAAAAAATTAATTGA 6 110 1 GTTACTCCATAGCTTAAATACAAAATAACATTATGG 15 93 0 TAGTAACTAGAAAATAATATAAAAATCTTTGATGAA 39 11 0 TTTTTTGATATAATATTCAAAAACATACCAAAATTA 30 56 0 TGCAGATTATTCTTTTTTTAAAAAATCTCATAATTT 13 87 1 AATTTTATTGATTTATTATTAAAAATATGATAGGAG 10 60 1 TACATGAGAGTTAAAATAAACAATTTACATTATTAA 41 18 0 AGATAATGTTACTTTTTCAAAAAAATCTTATGATTT 14 177 1 AAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAATGTTTTATTGA 37 142 0 ATATAATGAGATCAAATGGTCAAGTTACGTGCTTAC 33 46 0 CAAAATTCAGAAAATAACTTCAAAATCATAAGAA 16 273 1 ATGTTATTTTTTATAATCTGAAAAATGATATAGCAC 45 93 1 TCATGTTAAATAATTATTACAAATATATCTAAAACC 47 158 1 TGAAAAAGTAACATTATCTCAAAAATCGTATTAATT 14 160 0 TTGCAGTATAAAATATTACTCAAAATATATTGTATT 18 32 1 TACTCACAATATATATTGTGCAAAATCTATAAATTT 46 118 1 ACAACAAGACAAATTATGTACAACATATATACACT 15 9 0 ATTGGCTAGAATTATATATTAAAGATTTTCTACATT 31 31 1 AAAAAATTTAAAGAAATAGACAAAATATACAATTAA 47 90 1 CACTAATTAGATTATATAAGCAATATTTAACTTTAT 36 192 0 * **** *** ** MAP Score: 39.8762 Motif 7 TACTTCTTTAAAATATCATTCTCAACACTAATTTAACTA 19 124 0 ACGAAAAATAAAATAACGTAGCAAATTTTTCAAATTAAA 37 83 0 TAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAAAATATACCTCAAA 16 176 1 ATATTATTGAAAATAGTATACTAAAATTACTAAATCTAT 49 22 0 CTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 0 79 1 ACTTAGTAAAAAATTCTGTAAATAAGAATTTTCCAA 20 7 0 TATAAATTGCAAATACTCTATAAATCACTCTTACACACT 36 133 0 AGTAACTAGAAAATAATATAAAAATCTTTGATGAAG 39 7 0 CCATCATGTTAAATAATTATTACAAATATATCTAAAACC 47 155 1 AATTTTTTAAAAATAGTATGTTTATATTTGCGATTGTTC 5 51 1 ATTTAGATAAAAATAATGATATTAATACTATTCAATATA 25 19 1 ATCTCATAATAAATTACATGATGAAAACTGTATGTAGCA 49 225 1 TTTTATAAGTAAATTACCTAACAAAAGAT 10 281 1 AATTAAATTTCCTTTTTAAAGCTCTTTAAGCTG 0 4 1 CATTCTTACAAAATTTCTTTATCAAAATTTGTAATTTTC 22 71 0 GAGTTGTGAAAAATAGCCATTGTAATAATATTACAAAGT 34 42 1 AGATTATAAAAAATAACATATAAATCTATCTTTTAAATA 45 73 0 CTTTTAATGTAAATAACTTCTCCATTTATTGAGAAGTCC 47 213 0 ATATTTAAAGAAATAGCTTTATAATAGATGAAATAATAC 25 119 0 TTTAAAAAATAAATACCTAAGCTAAATGTAGATTTAGAT 16 74 1 AGGCTCTTAGAAATTTTCTAATTAATGTATTATTTTAGG 35 129 1 ATTTTATTACAAATTCTTTAAAAAAAAGACTATTTTAAT 21 28 1 ATAATAATTTAAATTTTATATAGAACCTAGGTTTGAACA 14 81 1 GTAAATTATAAAATTTTTTGAAAATGAATCACTATTTCT 35 199 0 AAATAATCTCCAAATTTTACTAGTAACTA 39 38 0 TTAAATCAAATACTGTCTTGATGTTATTGTATGTAA 17 7 1 TATAAAAAGCAAATTTTTTATATATTTTTGCTTCCTGAC 17 58 0 ATAAATCACTAAATATTTATAGTATTTATGTAATGTAAA 43 63 0 AAAATTCAGAAAATAACTTCAAAATCATAAGAA 16 274 1 TGCAGTTTATAAATTTTAATAATAAATCAATAAATTTTA 10 28 1 CAAAATCTATAAATTTTTACATAAACAAATTGATTTGTT 46 138 1 CAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGCTATTTTTACTAC 46 36 0 TATAATTTAAAAATTGTTATTGCAAGCCAAACTAAATGA 15 44 1 ATATAAAAGGAAATTTTTTTGATATAATATTCAAAAACA 30 67 0 ATATACCTCAAAATATTAAATCTATTGAAAAATAATAAA 16 203 1 TTATAGTGCAAAATAATTAAATTATCGTAAGTTTATTTA 43 98 1 ATACTTGACTAAATTACTTTAGTATTGTAGACATAAAAC 29 94 1 ATCCAATACAATATATTTTGAGTAATATTTTATACTGCA 18 33 0 AAAATTACTAATTTATTGCTACATACAGTT 49 250 0 TGTTCAACCTAAATTATCATTATATTATACGAATCTCCT 21 73 1 ATGCAATATTTTTTAATTAAATATAAAAAATATT 23 5 1 TACTCACAATATATATTGTGCAAAATCTATAAATTTTTA 46 118 1 GTTCTGTGAAAATTTCTAAAAAATTTAAAAAAATAACT 19 9 1 ATAATAGAGTATATAGTGTAGACATAATTAATTTTCGGG 46 181 1 GTTAACAGAGATATACCGTATCAAAAGTAAAAAATTAAT 6 101 1 CAGTACTTTGATATAACAAAATTAATAATTTTGGTATGT 30 31 1 ATATTAGGCAATATTTTAAAGCGAAAATTAATACGATTT 14 135 1 TCATGAAATGATATAATATAACAATTAAAAGAGAATAAT 26 35 1 AAGTACAAAAATATATTTTCATAATACAAAATGCTTCTT 47 249 0 ATAAAGTTAAATATTGCTTATATAATCTAATTAGTGTAT 36 192 1 AGAAATGTATATATTTTTTTGTAATTAAAAAGTTAAGGA 23 75 1 TTTTCCGGACATATAATTATTAAATCATATTACAGTTAT 17 99 1 ACTATTATATATATAATCACTTAATCTTAAAATAATATA 0 60 1 ATATTTTATATTGCAATTGCAAGGAAATTAAAAACT 19 233 0 TATATAAGAGATATTCCTAGTATATAAGAAATTCCAATG 10 207 1 ***** * * ** * MAP Score: 36.6071 Motif 8 ATTATATATATAATCACTTAATCTTAAAATAATATAAAA 0 63 1 AGCTAAGCAGTAACAATTTTAAATTAAATTAAAGTT 3 78 1 ATAAGAGATATTCCTAGTATATAAGAAATTCCAATGTTA 10 210 1 AGTAATAAATTTTTAAATAAAAGTGAAAACTACATTTCG 11 17 1 TGTAAGAGTTTATTAATTTAAAAGGAAAATAAGGATATT 11 98 1 AGTACAGAGGAATTTAATTAATGTTAAAATACCTGATTT 13 125 1 TTATAAATTATAAGTAATTTATTGGAAATAGGTATCTAT 14 15 1 GCTGGAATAATACCAAATAAAATACAAATTACAGTTAAT 16 11 1 GCTACAAAATTCAGAAAATAACTTCAAAATCATAAGAA 16 269 1 TCTGTGAAAATTTCTAAAAAATTTAAAAAAATAACTACT 19 12 1 ATTTTCTAAATAATCATTTTACAGAAAAATGAAATGCGT 20 98 0 AAATGATTATTTAGAAAATAAAAATAAATT 20 118 1 AATGATGCGATACCTATTTTATTACAAATTCTTTAAAAA 21 13 1 ATGCAATATTTTTTAATTAAATATAAAAAATATTAGGTT 23 10 1 GATTTGATGTTGTAAACTTTAATTTAAAAAT 28 39 1 AATTAAATTTTATAGATTTTAGTAAAAAAGTAGGCAAGA 29 27 0 TTGGTATGTTTTTGAATATTATATCAAAAAAATTTCCTT 30 61 1 CTGAATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGA 33 116 1 TATCAATTGATTTTAATTTAATTAGAAATGCTAATCTGG 35 59 1 TGTAGTTTTATAAAAATATAAAGTTAAATATTGCTTATA 36 175 1 TTCAACGGTATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACG 37 67 1 TTTATATTATTTTCTAGTTACTAGTAAAATTTGGAGATT 39 24 1 ACCCATCATGTTAAATAATTATTACAAATATATCTAAAA 47 153 1 * * **** **** MAP Score: 0.643946 Motif 9 CGGAGGTTGCGGGTTCGATTCCTGTCGCTCC 10 131 1 CAATAGACATAGGTTAGACTCAATA 31 4 0 AAGCGTTCGAAGGTTCGAATCCTTCTCCCTC 45 13 1 CTGGCTGTGTGGGTTCGATTCCCATCACCCG 45 192 1 AGAGGGTCGGGAGTTCGAATCTCTCCGCCCC 46 257 1 ******** ** MAP Score: 0.323177