AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237124 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP246 54 unknown #1 RP247 182 UDP-N-ACETYLMURAMATE--ALANINE LIGASE (murC) #2 RP249 115 D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE (ddlB) #3 RP251 179 CELL DIVISION PROTEIN FTSA (ftsA) #4 RP254 225 UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] N-ACETYLGLUCOSAMINE DEACETYLASE (lpxC) #5 RP255 300 unknown #6 RP280 46 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN RODA (rodA) #7 RP281 86 PROTEASE II (ptrB) #8 RP282 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoL3) #9 RP407 300 unknown #10 RP408 148 LIPOPROTEIN SIGNAL PEPTIDASE (lspA) #11 RP409 21 unknown #12 RP410 149 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE (murD) #13 RP411 74 CELL DIVISION PROTEIN FTSW (ftsW) #14 RP566 300 unknown #15 RP567 126 PENICILLIN BINDING PROTEIN (pbpA2) #16 RP568 224 unknown #17 RP570 300 unknown #18 RP575 224 PREPROTEIN TRANSLOCASE SECA SUBUNIT (secA) #19 RP595 166 PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE- TRANSFERASE (mraY1) #20 RP596 106 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMYL- 2,6-DIAMINOPIMELATE--D-ALANYL-D-ALANYL LIGASE (murF) #21 RP597 120 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMATE-- 2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE (murE) #22 RP599 195 unknown #23 RP666 300 CELL DIVISION PROTEIN FTSZ (ftsZ) #24 RP825 300 UNDECAPRENYL-PHOSPHATE ALPHA-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (mraY2) Motif 1 ACATTAAAATATTTTCATATTATTTAATTCATTA 5 94 1 TATAATTTTTATATCATTAATGTTTTAA 23 282 0 GAACCTTATTATTTTAATAATATTATTATAAAAA 22 151 1 AATTAAAAGTATTTAAGTATTTTTATATAGCTAG 19 131 0 AAATATTAACATTTAAATATATTTAAACAACCTC 4 199 1 GTGATATATTATTTTTATAAAATTTAAGCTTATG 18 33 0 TACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAA 22 83 0 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAA 22 8 1 AGCAATCAAAATTTTACAATTTTTTATTGTAATT 9 210 1 GAATTTACTATTTTTCTTATCATTAATAAGAAAA 16 19 1 TCATAATGTAATTTATCTAATATTATATAAACAA 20 38 0 TATATTACAGATTTAATTAATCTTAATAAGAGAA 24 125 1 AAAAATTCTGATTTACATAATTTTTAAAAATCTT 3 93 1 ATTAACTTATATTTAATTAATTTTAAATCAATAA 9 162 1 TCGTAATCCAATTTAGGTATAATAGTTATTAGAT 5 189 0 TAAATATTAAATTTAATTATGTTACT 24 284 1 GTCTCAGGAATTTTTTATAAGATTGTTGATTCAA 15 46 1 TCTCGGAATCTTTTTCAAATCTTTCATTTAAAGT 8 242 0 GTTTTTCTCCTTTTTGGAATGATTAGACTTACTA 10 67 1 AGCTTAAGTCTTTTTGTTATACTAAAGAAATAAT 14 22 1 AGCTAAACAGTTTTTCAAATTATTTCTTTAGTAT 14 40 0 AATAATGTAGTTTTTTAAATTGTTTTATTGCTCA 14 275 0 AATAATATATTTTTTAGTATTTTAAAGAGGTGTT 5 52 0 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAA 0 0 1 TACAATATTTATTTAAAAAATATTATCATAATAT 9 34 1 AAAAATGAAATTTTAGATAAACTTTAAATAACAC 5 23 1 GTGAAGAAAAATTTAATTAATATATCAATTATTG 23 225 0 AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGACATTTTT 0 30 0 GATGTTCGTATTTTAGTAATTATTAGTACTTTAC 18 188 0 TGAAAAAAGTTTTTACATATTCTAAAAGCTAAAA 8 104 0 CGAGTTATTAATTTTACAAATTTATTGTATATAC 23 122 0 AAATATTATAATTTTAATTTTTTATTGAAAGACA 18 129 0 CAAATAGAGTTTTTTATTTTTATTACTTAAGCAA 21 50 0 TGAAAGACATTTTTTGCTTTATTTACTATAAATT 18 104 0 ATCATTGCTTATTTTATTTTAATAACAAGG 7 6 0 TAAATTAATAATTTTCTTTTTGTACAATTTTATT 14 122 0 ACACGAGTAGTTTTATAAAACTTTTAGCTTTTAG 8 83 1 CAAGACATTTTTTTAGCAAAGTTTCACCTCTCGG 14 191 0 AAAATTATTAATTTATATTTTGTAATGTAATGGA 14 141 1 TAATACTATAATTTTGCTTACTTATTAAGTATAT 1 70 0 GACGAATTCAATTTTAAATTATTAAACTTAA 1 161 1 TATTTGATTATTTTATAAAATATACCTATAGTAA 18 158 1 TGCTTTTTGTATTTTCAATATATATGTAACTAAG 9 98 0 TAACATTCCTTTTTTGTATTTATAAATATATTAA 10 118 1 AATTCATTATTTTTAAATTAAATAATAATTTATA 5 119 1 ***** *** ** MAP Score: 40.4138 Motif 2 AGTAAGCAAAATTATAGTATTACATAGTATT 1 82 1 AAAAATTAAAATTATAATATTTGATTATTTT 18 141 1 TATGCTTCTTATTATAAAAATTGCATTGCAA 3 155 0 TTAATTGCAAATTATACAAATAATATTTTGT 4 170 0 CTGAGACGACAATATAGAATTATTGCTAACT 15 22 0 AATATTCTTAAATATATAATTTT 0 41 1 AATACTAAAAAATATATTATTACTTTCTTAC 5 65 1 AGCAATCAAAATTTTACAATTTTTTATTGTA 9 210 1 TTAAATCTGTAATATAAAAATTAACAAGTTA 24 110 0 TATTTGAAATATTTTATTATTAACAATAATT 18 77 1 TGTATTTATAAATATATTAATTATCT 10 132 1 ACACCAATGAAATATATTAATTTTGCTCTAA 24 166 1 ATATATTATTTTTATAAAATTTAAGCTTATG 18 33 0 AAAACATCAATTTATAAAATTGA 10 2 0 CGAGTTATTAATTTTACAAATTTATTGTATA 23 125 0 TGATGTTCGTATTTTAGTAATTATTAGTACT 18 192 0 GAACCTTATTATTTTAATAATATTATTATAA 22 151 1 TAAGTTTAATAATTTAAAATTGAATTCGTCA 1 160 0 ATTATCGAAAAATTTATTATTACTGCATGAG 16 71 1 GTCATGGTTGAATTTACTATTTTTCTTATCA 16 10 1 AACATAATTAAATTTAATATTTATTATTACT 24 276 0 GCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAA 22 162 0 ATAAATCTTATTTATATTAATGAAAATTAAC 9 137 1 ATTATTATTTAATTTAAAAATAATGAATTAA 5 117 0 TAGTGTTGTTTATATAATATTAGATAAATTA 20 33 1 ATATTTTCATATTATTTAATTCATTATTTTT 5 102 1 TTTTTCTAGCTATATAAAAATACTTAAATAC 19 126 1 TAACATGGGTTTTTTATTATTTGGTGAAAGC 23 67 0 CACAAAAAGATTTTTAAAAATTATGTAAATC 3 102 0 TTTAAATGTTAATATTTAATTGCAAATTATA 4 185 0 ATATTATCATAATATTCTATTTATGATGTTT 9 53 1 GTATTTCATTAATATTTTATTAGTCATATGA 24 206 0 CTAAAATTTCATTTTTTAATTATGGATAA 5 8 0 ATAATATGAAAATATTTTAATGTAAGAAAGT 5 86 0 TTTTTAAATAAATATTGTAATGTAAATGGTG 9 22 0 TACGAATCTCTTTATTTAATTTTTAAGATAA 5 218 1 TTATGATAATATTTTTTAAATAAATATTGTA 9 34 0 TTATAATTTTAATTTTTTATTGAAAGACATT 18 127 0 CATTGCTTATTTTATTTTAATAACAAGG 7 7 0 TTTACAATTTTTTATTGTAATTTCTTTATAT 9 222 1 AAAATTAACTTATATTTAATTAATTTTAAAT 9 159 1 AATAATGTAGTTTTTTAAATTGTTTTATTGC 14 278 0 GTTGTTTAAATATATTTAAATGTTAATATTT 4 199 0 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATA 22 8 1 TTAACATTCCTTTTTTGTATTTATAAATATA 10 117 1 ATTATTCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGTA 22 86 1 TATTAATTTATATTTTGTAATGTAATGGATA 14 146 1 ****** **** MAP Score: 39.9795 Motif 3 TTAAGTTTAATAATTTAAAATTGAATTCGTCATAA 1 157 0 TTTTCTAGGCAATAATTGATATATTAATTAAATTTTT 23 216 1 TATTTAATTCATTATTTTTAAATTAAATAATAATTTA 5 114 1 AAAATACTTAAATACTTTTAATTTAAATCTACAA 19 142 1 TTTGCAATGCAATTTTTATAATAAGAAGCATAAAA 3 154 1 TTAGTTACATATATATTGAAAATACAAAAAGCATAGT 9 99 1 TCTTTCAATAAAAAATTAAAATTATAATATTTGATTA 18 131 1 ATTTTTATTTCATTTAAAGTAAAAATGTCTTAAT 0 7 1 TTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCTATGA 22 146 0 TATATTTGATTATACTTAAAACATTAATGATATAAAA 23 267 1 TGAGTTTTTTATTGATTTAAAATTAATTAAATATAAG 9 167 0 ACATTACAATATTTATTTAAAAAATATTATCATAATA 9 30 1 TCAGTTTACTATTGCTTGAAATAATATGTAAT 13 52 1 GTGATATATTATTTTTATAAAATTTAAGCTTATGTTT 18 30 0 ATATAGTTCATATTATTCATAATCAAAAATTGATTCA 9 251 1 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14 20 1 ACATCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAA 22 163 0 TTATCCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAA 5 6 1 GATCATTACCTATGTTATAAAGTATAATAATTGATGC 1 119 0 TTATCGAAAAATTTATTATTACTGCATGAGATCGCTT 16 72 1 TAATTAAATCTGTAATATAAAAATTAACAAGTTAGTT 24 107 0 GTATTTTTATATAGCTAGAAAAATTAACTCGATCTCA 19 112 0 AATTACATATAATACTTCTTAGACAATTTTTTAGAAC 16 184 0 ATTTAGGTATAATAGTTATTAGATTATCAGCTTTTAA 5 176 0 ACCTCTTTAAAATACTAAAAAATATATTATTACTTTC 5 55 1 AAATATATTTAAATGTTAATATTTAATTGCAAATTAT 4 186 0 AAGTGTGGTATTTCATTAATATTTTATTAGTCATATG 24 207 0 GTTAATTTTCATTAATATAAATAAGATTTATAACTAT 9 131 0 TTTAATTGCAAATTATACAAATAATATTTTGTTACAA 4 165 0 CATCACGTAGTGTTGTTTATATAATATTAGATAAATT 20 26 1 CGAAAGACTCAAATCTTAATAAATGATTAAATTAAAT 17 51 0 ATAGTAAAGTACTAATAATTACTAAAATACGAACATC 18 185 1 GTATATACAATAAATTTGTAAAATTAATAACTCGATT 23 122 1 TATGTAAATCAGAATTTTTAACTTGATTGCTTCGTTG 3 75 0 AACAATAATTTATAGTAAATAAAGCAAAAAATGTCTT 18 98 1 AATGATCAGTAATAATAAATATTAAATTTAATTATGT 24 269 1 ATGTCTTAATATTCTTAAATATATAATTTT 0 34 1 TAATGATAAGAAAAATAGTAAATTCAACCATGAC 16 7 0 GTTAAATTCTTCTCTTATTAAGATTAATTAAATCTGT 24 131 0 AAATATATTATTACTTTCTTACATTAAAATATTTTCA 5 74 1 * * ** *** * ** MAP Score: 38.9463 Motif 4 AAAGTTTATCTAAAATTTCATTTTTTAATTATGG 5 14 0 AACAGCTATTTGAAATATTTTATTATTAACAATA 18 71 1 AGTAACATAATTAAATTTAATATTTATTATTACT 24 276 0 TTTCTTACATTAAAATATTTTCATATTATTTAAT 5 88 1 TATAAAATAATCAAATATTATAATTTTAATTTTT 18 141 0 TTAACACCAATGAAATATATTAATTTTGCTCTAA 24 163 1 ATATTATAATTTTAATTTTTTATTGAAAGACATT 18 127 0 AATTTTTTATTGTAATTTCTTTATATATAGTTCA 9 227 1 ATTTGTTTCATTTAATTTAATCATTTATTAAGAT 17 42 1 AAGTATTATATGTAATTTAGTTATGACTAT 16 204 1 TGGATAGTAGTTTAATATTATTATCATTGCTTAT 7 28 0 ATATTAACATTTAAATATATTTAAACAACCTCGT 4 201 1 AAACATAAGCTTAAATTTTATAAAAATAATATAT 18 30 1 TAAAATACTAAAAAATATATTATTACTTTCTTAC 5 62 1 GACATTATCGAAAAATTTATTATTACTGCATGAG 16 68 1 TTTTGTATTTATAAATATATTAATTATCT 10 129 1 GATGCACTTTAAAAATTTGCTAATTAATTCTATA 12 17 1 TATTTATTTAAAAAATATTATCATAATATTCTAT 9 39 1 TATTTTTTAAATAAATATTGTAATGTAAATGGTG 9 22 0 TCATAATGGGAAAAATTTTCTGATCATCGACACC 24 27 0 TACATAATTTTTAAAAATCTTTTTGTGAATTGCA 3 106 1 CTTGAGAGTTTCAAAATTGATCTTGTTATAATTA 1 18 0 ATGTAATTTATCTAATATTATATAAACAACACTA 20 33 0 ATGGTGATTATGTAATATTTTGTAACAAAATATT 4 146 1 AGCAATCAAGTTAAAAATTCTGATTTACATAATT 3 81 1 GTGGTATTTCATTAATATTTTATTAGTCATATGA 24 206 0 TCTTCACTGTATTAATTTCATATTCTTTTTGAAG 12 82 1 AATATAAATTAATAATTTTCTTTTTGTACAATTT 14 126 0 TTATTATTTTAATAATATTATTATAAAAAAATTT 22 156 1 CAAAAATATTATGTATCATCACGTA 20 1 1 TATTAATTTTACAAATTTATTGTATATACTTATG 23 117 0 AAACAGTTTTTCAAATTATTTCTTTAGTATAACA 14 36 0 CTATGTGAAGAAAAATTTAATTAATATATCAATT 23 229 0 GGAAAGATATAGAAATTTTTTCAACTTTTTCTAG 23 190 1 TCAATTTTATAAATTGATGTTTTGTTGCAGA 10 7 1 CTTTATTTACTATAAATTATTGTTAATAATAAAA 18 88 0 TCTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTTAAAA 5 129 0 AATAAAAAATTGTAAAATTTTGATTGCTGGGTTA 9 204 0 TCACATGTTCTAAAAAATTGTCTAAGAAGTATTA 16 178 1 ATTATTTAATTTAAAAATAATGAATTAAATAATA 5 111 0 TTTTATTGATTTAAAATTAATTAAATATAAGTTA 9 164 0 TGTAACTAAGAATAATATGTTCTAAAACATCATA 9 74 0 GAGTGCAAATAGTAATTTGCTTAAAATATATACG 8 165 0 TACTATTGCTTGAAATAATATGTAAT 13 58 1 AATGTAGTTTTTTAAATTGTTTTATTGCTCAGGT 14 272 0 TGCAAATTATACAAATAATATTTTGTTACAAAAT 4 162 0 CGAATTCAATTTTAAATTATTAAACTTAA 1 163 1 AGGTAGCACATGAAAAAAGTTTTTACATATTCTA 8 114 0 GAAACTTTGCTAAAAAAATGTCTTGATATTGCTT 14 200 1 TTCTAGCTATATAAAAATACTTAAATACTTTTAA 19 129 1 ATTAATGATAAGAAAAATAGTAAATTCAACCATG 16 12 0 * ****** * ** MAP Score: 33.5085 Motif 5 TTTAAATGTTAATATTTAATTGCAAATTATACAAA 4 181 0 ATAATATGAAAATATTTTAATGTAAGAAAGTAATA 5 82 0 CCAGTGTGCTAATACTTCACTAAAAAAGAACAAAA 7 59 1 GGAATCTCAGAATATTTGATTAGATTGGTACTCAG 13 21 1 AGTAATAATAAATATTAAATTTAATTATGTTACT 24 276 1 AGCTATTTGAAATATTTTATTATTAACAATAATTT 18 74 1 ATCGCAACTTAATATTTTAGTCATACTAATAAAAA 2 82 1 TTAAAATTATAATATTTGATTATTTTATAAAATAT 18 146 1 GCTATATAAAAATACTTAAATACTTTTAATTTAAA 19 134 1 ATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAAGCACTCTA 22 75 0 TTTACATTACAATATTTATTTAAAAAATATTATCA 9 27 1 CAATGATAATAATATTAAACTACTATCCAGTGTGC 7 33 1 CTCAAATCTTAATAAATGATTAAATTAAATGAAAC 17 46 0 GCAATCCAGCAATACATAAGTATATACAATAAATT 23 103 1 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1 TCTAAAAGCTAAAAGTTTTATAAAACTACTCGTGT 8 83 0 TTGTTTATATAATATTAGATAAATTACATTATGAC 20 38 1 ATAAGTAAGCAAAATTATAGTATTACATAGTATTT 1 79 1 TATCTGCAACAAAACATCAATTTATAAAATTGA 10 8 0 AAAGATTTTTAAAAATTATGTAAATCAGAATTTTT 3 93 0 AACAATTTAAAAAACTACATTATTT 14 285 1 CAAAAATATTATGTATCATCACGTAG 20 1 1 ATTTAGGTATAATAGTTATTAGATTATCAGCTTTT 5 178 0 TTAACATTTAAATATATTTAAACAACCTCGT 4 204 1 GATTATACTTAAAACATTAATGATATAAAAATTAT 23 274 1 ATTGCCTAGAAAAAGTTGAAAAAATTTCTATATCT 23 194 0 AACTTTGCTAAAAAAATGTCTTGATATTGCTTAGT 14 202 1 TTGATTGCGTAATAAAATTAAAGATTACTAGATTC 19 68 0 ATATTAGAGCAAAATTAATATATTTCATTGGTGTT 24 165 0 ATATTATTATAAAAAAATTTTGCAAGATGTTATAG 22 170 1 TCTGTAATATAAAAATTAACAAGTTAGTTTACGTC 24 101 0 AAAATTATATATTTAAGAATATTAA 0 39 0 ATTTTGTTACAAAATATTACATAATCACCATTGTG 4 142 0 **** ** * * ** MAP Score: 31.7493 Motif 6 TCATTTGCTTAAGTAATAAAAATAAAAAACTCTATTT 21 46 1 ACTATATATAAAGAAATTACAATAAAAAATTGTAAAA 9 221 0 ATAAGCTTAAATTTTATAAAAATAATATATCACCGTC 18 34 1 GTCTTTCAATAAAAAATTAAAATTATAATATTTGATT 18 130 1 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AACATCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAA 22 164 0 ATTAAGACATTTTTACTTTAAATGAAATAAAAAT 0 7 0 GACTTCAAAAAGAATATGAAATTAATACAGTGAAGAT 12 81 0 ACCTATAGTAAAGTACTAATAATTACTAAAATACGAA 18 181 1 TTATAAATCTTATTTATATTAATGAAAATTAACTTAT 9 135 1 TAGGCAATAATTGATATATTAATTAAATTTTTCTTCA 23 221 1 TAATTATTCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGTATCTA 22 84 1 TAATGATCAGTAATAATAAATATTAAATTTAATTATG 24 268 1 CTTATATTTAATTAATTTTAAATCAATAAAAAACTCA 9 167 1 ATTGCTCCGAAGATTATTTGAATCAATTTTTGATTAT 9 269 0 CCATTACATTACAAAATATAAATTAATAATTTTCTTT 14 137 0 TATTATGATAATATTTTTTAAATAAATATTGTAATGT 9 30 0 TTTTATGCTTCTTATTATAAAAATTGCATTGC 3 157 0 ATTAGTCATATGAATATCAATATTAGAGCAAAATTAA 24 182 0 GATCTTTATGACGAATTCAATTTTAAATTATTAAACT 1 152 1 GACATTATCGAAAAATTTATTATTACTGCATGAGATC 16 68 1 AACTAACTTGTTAATTTTTATATTACAGATTTAATTA 24 107 1 AAAATTATATATTTAAGAATATTAAGAC 0 36 0 TTGTAACAAAATATTATTTGTATAATTTGCAATTAAA 4 165 1 * ** * * *** * * MAP Score: 30.9232 Motif 7 ATTATTTTTAAATTAAATAATAATTTATATACAATAA 5 124 1 CTGGGTTATGAGTTTTTTATTGATTTAAAATTAATTA 9 175 0 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24 137 1 TGACTAATAAAATATTAATGAAATACCACACTTTAAAC 24 211 1 GATCAGTAATAATAAATATTAAATTTAATTATGTTACT 24 272 1 ***** * ** * * MAP Score: 14.1772