AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons003_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237169 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP115 163 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN F (nuoF) #1 RP282 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoL3) #2 RP283 51 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN L (nuoL2) #3 RP284 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoN2) #4 RP287 300 VIRB8 PROTEIN (virB8) #5 RP353 66 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN E (nuoE) #6 RP354 209 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN D (nuoD) #7 RP357 130 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN A (nuoA) #8 RP537 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoN1) #9 RP785 112 unknown #10 RP787 55 unknown #11 RP789 87 unknown #12 RP790 72 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN J (nuoJ) #13 RP793 149 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN M (nuoM) #14 RP796 143 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN H (nuoH) #15 RP798 173 unknown Motif 1 GGACATTTCAATCTAGAAAAATAAATACAATGCTAATTTAC 14 34 0 GTTGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATATCCCCTTTAT 10 20 0 ATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATATATTGTTGCTAC 4 235 0 TGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTATATCA 3 76 0 TGACTACGGTACCTATAAAACAATCAATAATTTAGTATTGT 3 178 1 AAGGAAAGCAATTTACAAAATTTTGAATAAT 13 128 1 ATCACATAACAAGGATAAAAGAAGTAAGATTGTTCAATGTA 3 234 1 ACTGAATCTAATGAACAAATTACGGTATAATTAGTTGTAAA 0 12 0 AATATTGACAAGATACAAAATCGACTACAGCATCAGTACGA 8 85 1 AAAATTATTTCGCCATAAAAACGATTATACAAAAAACATTA 8 165 0 ATAGGTAGCACATGAAAAAAGTTTTTACATATTCTAAAAGC 1 109 0 TCAGCAATACAGTAAAAAATGATGATATACAGAATTTTTAA 3 54 1 ATATCAATTTATTGATAAAAAATGCTTTATTCAATAAAATC 8 242 1 GTGAGTTGGAATTCAAAAAAATAACTTTAATCTTGATATAG 15 62 1 AGAAGTGTAAATTGATAACAATGCGTATATTAAAACACGTA 4 66 1 TGATATTTTTAACTAAAACATGTGATAAAATATAAGTATAG 6 149 1 ATTAACATTTAGTGATAAAATAATATTGACAAGATACAAAA 8 64 1 AATGATGATTAATTAAAAATCAAATAACATT 14 122 1 TAAGGATGATATAGAGCAAATTTTCTATACACACAGATACC 15 11 0 TTTAAAATTAAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCT 4 174 0 TTAATATTCTCCTAATAAAATATGGAATATATCCTCAGAAT 1 22 0 CACGGTATCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTTT 0 55 0 ACTCCTGCAAAAGGATAAATCTAGTAAAACAAATATTTACT 15 105 0 ATATAACAACATCGACAAAATTCGAATTAATTATC 2 26 1 TACAAAAAACATTAATATAAAGTGCTATATAGCTTAGTTCT 8 138 0 ATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGCGCATTTA 13 44 1 TACAAAGATGACGCAGCAAATTTTTAAAATTCCACGAGTAT 12 38 1 CAATAAGTGTAGTAATAATAAAAACTATAAATGCGCATTTT 13 71 0 TTTTAATACTACATACAATAAAAATAAAATTATTTCGCCAT 8 190 0 GTAAGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGATAAA 8 42 1 TGTTGCGTATACTAAGAAAATCTACTGTATAGAATTATAGT 3 137 1 GAATAGAAGTATAAACAACTGCACTTAAAGATTAAA 1 274 1 TATAGAAAATCTAGAAATAAATAACAAAAATACT 6 185 1 * * **** ** * * MAP Score: 30.4815 Motif 2 AATTTACAACTAATTATACCGTAATTT 0 3 1 TGTTCATTAGATTCAGTTCAAAATACTAGTATTT 0 36 1 CAAGTTACTGTTTAAACAAAGTATTGCTTTACCT 0 98 1 ACTATTGTATTTGGAGTAAATAATGAGTGCAAAT 1 189 0 ATCGACAAAATTCGAATTAATTATC 2 36 1 CAACTCAGCAATACAGTAAAAAATGATGATATAC 3 50 1 TGATCGCTGGATCGAGTTAACAATACTAAATTAT 3 204 0 TATTTTAATTTTAAAGCTAAACAATATTTGGTAT 4 200 1 TTTAATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATAT 4 246 0 CTGAAATAACATTAAATTAACAAATTATAATCAT 4 264 1 CTTCCTCATCTTGTAGTAAATCAATTGAATCACA 5 18 0 ACGGTTTAATTTTTAGTTAAGTAAACTGCATACA 6 21 0 TATACACAGCATTTAGTTAAAAATATCAATATTA 6 114 1 TTATCACATGTTTTAGTTAAAAATATCAATAATA 6 143 0 GTATGTAGTATTAAAATACAATATGATATATCAA 8 215 1 CATAGATTTTATTGAATAAAGCATTTTTTATCAA 8 253 0 CTCGTTGTTTTTATAATTCATAATAAACTATCGT 9 71 0 CTACATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAA 13 40 1 CTAAGCAATACAGTTAAAGATTCTGTAAATT 14 7 1 TTAATCATCATTGCAATTAAACATTTCATACGTA 14 100 0 GTTATTTGATTTTTAATTAATCATCATTGCAATT 14 116 0 TACATGTGAGTTGGAATTCAAAAAAATAACTTTA 15 57 1 AAAAGGATAAATCTAGTAAAACAAATATTTACTT 15 104 0 ** ****** ** MAP Score: 29.9254 Motif 3 AAAAATTCTCGTTATTGCTTTAATAA 0 147 0 CACATGAAAAAAGTTTTTACATATTCTAAAAGCTA 1 107 0 TAAAAATATCAATATTATTGATATTTTTAACTAAA 6 131 1 ATGGCGAAATAATTTTATTTTTATTGTATGTAGTA 8 190 1 GGGGATATATAATGTTTTTTTTATTTTGTAAGCAA 10 25 1 CAGAATTTTTAAATTTTTCTATATTACTAAGTCAC 3 83 1 AACAATTTACAATCTTTTTAATATT 4 0 0 TTTATCACTAAATGTTAATTTTATTATTGCTGATA 8 48 0 TTCCTATATCAAGATTAAAGTTATTTTTTTGAATT 15 71 0 TCTGTAAATTAGCATTGTATTTATTTTTCTAGATT 14 31 1 AGTATTTTTGTTATTTATTTCTAGA 6 194 0 AATACAGTTAAAGATTCTGTAAATTAGCATTGTAT 14 16 1 ATTATTCAAAATTTTGTAAATTGCTTTCCTTA 13 127 0 GTCGATTTTGTATCTTGTCAATATTATTTTATCAC 8 75 0 AATTAATTCGAATTTTGTCGATGTTGTTATATGAC 2 23 0 TTTAATTTTAAAGCTAAACAATATTTGGTATTGTA 4 203 1 TTGTAGCAACAATATATAAGTTATTTTTTAACTGA 4 233 1 TTATTATGGGAACATAGATTTTATTGAATAAAGCA 8 264 0 ATGACACCTTAGATTTCATAATATTTCACAGAATT 11 11 0 ATCAGAAGTTGATATTATATATATTTATATATTTT 4 171 1 TATAATTTGTTAATTTAATGTTATTTCAGTTAAAA 4 258 0 GAAAAATTTAAAAATTCTGTATATCATCATTTTTT 3 67 0 TACCTGCACTAAACATGAACTTATTAAAGCAATAA 0 127 1 TAACAATACTAAATTATTGATTGTTTTATAGGTAC 3 186 0 TAAAAAATTTTAACTTCTACAAATTTACGGGATGA 9 37 1 AATTTACAACTAATTATACCGTAAT 0 0 1 AAATTCTGAGGATATATTCCATATTTTATTAGGAG 1 20 1 CAAGCGTATATATTTTAAGCAAATTACTATTTGCA 1 161 1 CTATTCTCGGAATCTTTTTCAAATCTTTCATTTAA 1 245 0 ** ** * ***** MAP Score: 24.8831 Motif 4 AACAAATTATAATCATAATATAATAATT 4 282 1 GTAGTAACATATAAATAATAAAAACAT 7 113 1 TACTACATACAATAAAAATAAAATTATTTCGCCATAA 8 188 0 ATATGATGATAGCAATAATACAATGATATAAGGAAAA 11 57 1 GTAAGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGA 8 42 1 CTAAAACATGTGATAAAATATAAGTATAGAAAATCTA 6 161 1 TGAAAAAGATTCCGAGAATAGAAGTATAAACAACTGC 1 259 1 TGACTACGGTACCTATAAAACAATCAATAATTTAGTA 3 178 1 ATCACATAACAAGGATAAAAGAAGTAAGATTGTTCAA 3 234 1 TATTGTTGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATAT 10 29 0 TCGCCATAAAAACGATTATACAAAAAACATTAATATA 8 160 0 ATAGTTTATTATGAATTATAAAAACAACGAGCATCAA 9 74 1 CAATAAGTGTAGTAATAATAAAAACTATAAATGCGCA 13 75 0 TATAGTGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTC 3 85 0 AGCTTTAAAATTAAAATATATAAATATATATAATATC 4 181 0 CAACTCAGCAATACAGTAAAAAATGATGATATACAGA 3 50 1 ATTAACATTTAGTGATAAAATAATATTGACAAGATAC 8 64 1 ATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATATATTGTTG 4 239 0 ATAGAAAATCTAGAAATAAATAACAAAAATACT 6 186 1 TACATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGC 13 41 1 TGAGTTGGAATTCAAAAAAATAACTTTAATCTTGATA 15 63 1 * * **** ** ** MAP Score: 22.5482 Motif 5 AGTATTTTTGTTATTTATTTCTAGA 6 194 0 AATGCGCATTTATAGTTTTTATTATTACTACAC 13 73 1 ATGTTTTTTGTATAATCGTTTTTATGGCGAAAT 8 167 1 AAATTAGCATTGTATTTATTTTTCTAGATTGAA 14 36 1 AAATTCTGTATATCATCATTTTTTACTGTATTG 3 58 0 TAGCACTTTATATTAATGTTTTTTGTATAATCG 8 152 1 ATATCAATAATATTGATATTTTTAACTAAATGC 6 122 0 ATATCAATATTATTGATATTTTTAACTAAAACA 6 136 1 ATGTTTTTATTATTTATATGTTAC 7 116 0 GGATATATAATGTTTTTTTTATTTTGTAAGCAA 10 27 1 ATTTGCTCTATATCATCCTTATTGATTACATGT 15 31 1 TATGGCGAAATAATTTTATTTTTATTGTATGTA 8 189 1 ATATCAAGATTAAAGTTATTTTTTTGAATTCCA 15 68 0 CACTAAATGTTAATTTTATTATTGCTGATAACT 8 45 0 TTACTTCTTTTATCCTTGTTATGTGATCGCTGG 3 228 0 CTAGATTTTCTATACTTATATTTTATCACATGT 6 166 0 ATTATTATATTATGATTATAATTTGTTAATTTA 4 276 0 TTTTGTATCTTGTCAATATTATTTTATCACTAA 8 72 0 ATATTATATATATTTATATATTTTAATTTTAAA 4 182 1 TGATGCTCGTTGTTTTTATAATTCATAATAAAC 9 77 0 ATAAACTAATATTATTATGGGAACATAGA 8 281 0 TTAGAATATGTAAAAACTTTTTTCATGTGCTAC 1 113 1 AAATCTAAGGTGTCATCCTTATGATTAATATGA 11 30 1 CAATATGATATATCAATTTATTGATAAAAAATG 8 233 1 TACTAGTATTTTTAGTTATTTTTCCTTCGATAC 0 59 1 CATTTTTATTTGATTATTTAATTAAATCACTAT 13 44 0 GATTATAATTTGTTAATTTAATGTTATTTCAGT 4 263 0 *** ** ***** MAP Score: 22.3847 Motif 6 TATACACAGCATTTAGTTAAAAATATCAATATTATTGATATTTTT 6 114 1 ACTATTAATTAGTAAGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAG 8 31 1 GTGTGTTTAGAGTCATATAACAACATCGACAAAATTCGAATTAAT 2 12 1 TCAGCAATACAGTAAAAAATGATGATATACAGAATTTTTAAATTT 3 54 1 ATTAACATTTAGTGATAAAATAATATTGACAAGATACAAAATCGA 8 64 1 GATATTGAGTCATTATTGCACACAAAATTACCTAGTAA 3 3 1 TTGTATTTGGAGTAAATAATGAGTGCAAATAGTAATTTGCTTAAA 1 174 0 TGTATGTAGTATTAAAATACAATATGATATATCAATTTATTGATA 8 214 1 AATAACATTAAATTAACAAATTATAATCATAATATAATAATT 4 268 1 TAGCTTTAAAATTAAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCT 4 174 0 CCACTTATACAATAAGCTACGTAGTAACATATAAATAATAAAAAC 7 93 1 CTACATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGCGCATTTA 13 40 1 ATATCAATTTATTGATAAAAAATGCTTTATTCAATAAAATCTATG 8 242 1 TGTTGCGTATACTAAGAAAATCTACTGTATAGAATTATAGTTGAC 3 137 1 TTATTGATATTTTTAACTAAAACATGTGATAAAATATAAGTATAG 6 145 1 TAAAACAATCAATAATTTAGTATTGTTAACTCGATCCAGCGATCA 3 193 1 ATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATATATTGTTGCTACAATA 4 231 0 TATTGTTGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATATCCCCTT 10 23 0 ACTCACATGTAATCAATAAGGATGATATAGAGCAAATTTTCTATA 15 23 0 ACTCATTCAATTTGACTAAAGTGTATTTATAAGATCGTAATAGGT 4 114 0 TAGTATAGTGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTAT 3 80 0 * * * * * *** ** MAP Score: 19.1086 Motif 7 GTAAGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGATAA 8 42 1 GTTTAATTGCAATGATGATTAATTAAAAATCAAATAACAT 14 112 1 CACGGTATCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTT 0 56 0 TTTTTAACTGAAATAACATTAAATTAACAAATTATAATCA 4 257 1 CATGACTTATACACAGCATTTAGTTAAAAATATCAATATT 6 107 1 TGACTACGGTACCTATAAAACAATCAATAATTTAGTATTG 3 178 1 GAGTATAACAATTTACAATCTTTTTAATATT 4 1 0 TCGCCATAAAAACGATTATACAAAAAACATTAATATAAAG 8 157 0 TTTTAATACTACATACAATAAAAATAAAATTATTTCGCCA 8 191 0 TGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTATATC 3 77 0 TACAAAGATGACGCAGCAAATTTTTAAAATTCCACGAGTA 12 38 1 TACTATTTGCACTCATTATTTACTCCAAATACAATAGTTC 1 185 1 CAACTCAGCAATACAGTAAAAAATGATGATATACAGAATT 3 50 1 AAGGAAAGCAATTTACAAAATTTTGAATAAT 13 128 1 TCCAGCGATCACATAACAAGGATAAAAGAAGTAAGATTGT 3 227 1 ACAATAAGCTACGTAGTAACATATAAATAATAAAAACAT 7 101 1 TAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGCGCATTTA 13 45 1 CTTTACCTGCACTAAACATGAACTTATTAAAGCAATAACG 0 124 1 AATTATTATATTATGATTATAATTTGTTAA 4 280 0 TGTAATCAATAAGGATGATATAGAGCAAATTTTCTATACA 15 21 0 AAATATAAGTATAGAAAATCTAGAAATAAATAACAAAAAT 6 176 1 ATATAAATATATATAATATCAACTTCTGATTATAGTGATT 4 161 0 TATATTACTAAGTCACTATACTAATCATAAAGCATTGTTG 3 102 1 CACAATTATCATCTATTAACTTTAAATGAAAGATTTGAAA 1 224 1 * * ** * * ** ** MAP Score: 18.6962 Motif 8 ATTTTTCTATATTACTAAGTCACTATACTAATCATA 3 95 1 CTATAAAACAATCAATAATTTAGTATTGTTAACTCG 3 190 1 CGTATATATTTTAAGCAAATTACTATTTGCACTCAT 1 165 1 ATTTGATTATTTAATTAAATCACTATGTAGTGATCC 13 34 0 ATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGCGCATTTAT 13 50 1 AATTGCAATGATGATTAATTAAAAATCAAATAACAT 14 116 1 ATAACATTAAATTAACAAATTATAATCATAATATAA 4 269 1 AATTTACAACTAATTATACCGTAATTT 0 1 1 TCCCGTAAATTTGTAGAAGTTAAAATTTTTTACGTG 9 33 0 TGCTCGTTGTTTTTATAATTCATAATAAACTATCGT 9 71 0 TTAATCTTGATATAGGAAGTAAATATTTGTTTTACT 15 88 1 GTATCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTT 0 56 0 GTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGATAA 8 46 1 TATTGCAGAGTATAACAATTTACAATCTTTTTAATA 4 12 0 TATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTATATCATCATTT 3 70 0 ACATCGACAAAATTCGAATTAATTATC 2 34 1 CAGTTAAAGATTCTGTAAATTAGCATTGTATTTATT 14 20 1 TAAAATTAAAATATATAAATATATATAATATCAACT 4 177 0 GTGTAGTAATAATAAAAACTATAAATGCGCATTTTT 13 70 0 AAGAGTTAGTTATAAGAAGTGTAAATTGATAACAAT 4 52 1 CAGCATTTAGTTAAAAATATCAATATTATTGATATT 6 120 1 GAACTAAAACAATTTCAACTATTAATTAGTAAGTTA 8 14 1 ** * ** * * *** MAP Score: 16.1499 Motif 9 TTAAACAAAGTATTGCTTTACCTGCACTAAAC 0 109 1 AAATTCTCGTTATTGCTTTAATAAGTTCATGT 0 139 0 CTATCACTACAATTAATATTCTCCTAATAAAA 1 43 0 AAAGATTGTAAATTGTTATACTCTGCAATAAA 4 18 1 TTTGTTAATTTAATGTTATTTCAGTTAAAAAA 4 256 0 AATTATTATATTATGATTATAA 4 288 0 AATGTGATTCAATTGATTTACTACAAGATGAG 5 16 1 ATATCAATAATATTGATATTTTTAACTAAATG 6 123 0 ATATCAATATTATTGATATTTTTAACTAAAAC 6 136 1 TAATAGTTGAAATTGTTTTAGTTCATTC 8 6 0 TTTATCAATAAATTGATATATCATATTGTATT 8 229 0 TATTGATAAAAAATGCTTTATTCAATAAAATC 8 251 1 AGGGGATATATAATGTTTTTTTTATTTTGTAA 10 24 1 GATCACTACATAGTGATTTAATTAAATAATCA 13 35 1 AAATTTTGTAAATTGCTTTCCTTATTGCATTA 13 119 0 ***** **** * MAP Score: 5.27285